부당과소신고금액에 대한 수정신고시 중소기업특별세액감면은 배제함

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 2005. 3월 ○○지방국세청장으로부터 범칙조사를 받고, 처분청에서 동 조사 내용에 대하여 경정․고지를 하기 전인 2005. 4.14. 2003. 1. 1.～12.31. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 수정신고를 하였으며, 수정신고시 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제128조 제3항 의 규정에 의해 부당과소신고금액에 대하여 중소기업 특별세액감면을 배제하여 신고하였다가, 2005.12. 8. 중소기업특별세액감면을 다시 적용하여 감면세액 43,199, 540원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 처분청에서는 부당과소신고금액에 대하여 수정신고를 하는 경우에는 중소기업 특별세액감면을 배제한다는 조세특례제한법의 규정에 따라 2006. 1.13. 경정청구 거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006. 2.15. 이 건 심사청구하였다.

2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제30조는 “제128조 제3항의 개정 규정은 이 법 시행 후 수정신고 하는 분부터 적용한다”라고 규정함으로써, 청구법인이 개정 전 규정에 의할 경우 수정신고로써 감면 적용을 받을 수 있었던 중소기업특별세액감면이 배제되었는 바, 동 부칙은 귀속연도를 기준으로 하지 않고 시행일을 기준으로 개정된 법률을 적용하도록 규정함으로써 동일한 사업연도의 중소기업특별세액 감면 적용에 대하여 차별할 수 있도록 허용하는 것으로써 헌법상 예측 가능성과 신뢰보호의 원칙을 기본으로 하는 조세법률주의와 재산권 보장의 원리에 위배하여 소급과세를 허용하는 위헌적 규정이므로 이에 의해 경정청구를 거부함은 부당하다.

조세특례제한법 제128조 제3항 의 감면배제 규정은 1998.12.28. 개정되어 1999. 1. 1.부터 시행된 법률로, 2004.12.31. 개정된 법률로 인해 감면이 배제되었다는 주장은 사실과 다르므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부당과소신고금액에 대한 수정신고 시 중소기업 특별세액감면을 배제한다는 조세특례제한법의 규정에 따라 경정청구를 거부한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

• 가. 제조업 (중략)

• 가. (생략)
• 나. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 중소기업은 100분의 10)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】

①, ② (생략)

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조, 제31조 제4항제5항, 제34조, 제63조 내지 제68조, 제95조, 제101조, 제102조 또는 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (1998.12.28. 개정) ※ 부 칙 (1998.12.28. 법률 제5584호) 제1조 【시행일】 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조․제39조 및 제45조 내지 제48조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조 【일반적 적용례】

① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조 의 6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2004.12.31. 개정) ※ 부칙 (2004.12.31. 법률 제7322호) 제1조 【시행일】 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다.(이하 생략) 제30조【추계과세시 등의 감면배제에 관한 적용례】 제128조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제122조 【과소신고소득금액의 범위】 법 제128조 제3항에서 󰡒대통령령이 정하는 과소신고금액󰡓이라 함은 법인의 경우에는 법인세법 시행령 제118조 의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제118조 【과소신고금액의 계산 등】

① ～ ③ (생략)

④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 부당과소신고금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 법 제26조(동조 제4호를 제외한다)법 제27조 및 법 제28조 제1항 제1호제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

3. 법 또는조세특례제한법에 의한 준비금충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상이 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다. 3의 2..국제조세조정에 관한 법률제4조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는조세특례제한법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.

5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액

6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액 (이하 생략)

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때 (이하 생략)

○ 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (중략)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인이 ○○지방국세청장의 조사내용에 대하여 처분청에서 경정․고지를 하기 전인 2005. 4.14. 2003. 1. 1. ～ 12.31. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 수정신고를 한 사실과 수정신고시 부당과소신고금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 배제하여 신고하였다가, 2005.12. 8. 중소기업 특별세액감면을 다시 적용하여 감면세액 43,199,540원을 환급하여 달라는 경정청구를 한 사실이 청구법인의 법인세 수정신고서 및 경정청구서에 의해 확인된다.

2. 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제128조 제3항 의 규정을 보면 “ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조 의 6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 조세특례제한법 제7조 중소기업 특별세액감면규정을 적용하지 아니한다”고 되어 있고, 동 부칙 제30조에서는 “제128조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있다.

3. 청구법인은 적용시기에 대하여 정한 부칙 제30조가 조세법률주의와 재산권 보장의 원리에 위배하여 소급과세를 허용하는 위헌적 규정이므로 동 규정에 의해 중소기업 특별세액감면을 배제함은 부당하다고 주장하나,

4. 처분청은 입법기관에서 정한 법률의 규정에 따라 행정을 집행하는 집행기관일 뿐이므로 법 규정이 위헌이라는 판결이 있기 전까지는 법률에서 정한 내용을 임의로 수정하여 집행할 수는 없는 것으로, 위 개정규정에 의하면 2005. 1. 1. 이후 수정신고 하는 분부터 감면이 배제되고 청구법인의 수정신고일은 2005. 4.14.이므로 위 개정규정의 적용을 받아야 할 것인 바, 처분청에서 법 규정에 따라 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.