실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 손금부인한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 2005. 3. 16. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2002사업연도 법인세 68,462,170원의 부과처분은, 청구법인이 2002년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구외 주식회사 ○○기전으로부터 실제 매입한 금액이 얼마인지를 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○번지에서 전기공사 건설업을 영위하는 사업자로서, 2002년 제2기 부가가치세 과세기간에 ○○시 ○구 ○○동 ○○번지 ○○공구상가 ○○ 소재 청구외 주식회사 ○○기전(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 공급가액 205,241천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 매입세액 공제하고 공사원가로 손금 계상하였다. 청구외법인 관할 ○○세무서장은 쟁점세금계산서를 위장ㆍ가공거래 혐의 자료로 처분청에 통보한바, 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아, 청구법인에게 2002사업연도 법인세 68,462,170원 및 2002년 ㅈ2기 부가가치세 34,583,100원을 2005. 3. 16. 경정 ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 3. 30. 이의신청을 거쳐, 2005. 10. 27. 이건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 전기통신공사는 특성상 공사계약시 공종별 물량내역서에 따라 원자재품명, 규격, 수량, 단위까지 지정되고 공사설계도서에 명시된 주요자재는 반입시 사전에 검사받은 후 시공하게 되며 공종별 내역서에 따라 공사감독원의 괸리하에 인력과 장비를 투입ㆍ공사함에 따라 매입한 자재물품은 실제 투입물량과 거의 일치하고 있으므로 쟁점세금계산서는 가공매입이 아니다.
• 나. 쟁점세금계산서 거래기간이 2002년 제2기에 대한 청구법인의 부가가치세 신고내용을 보면, 총매입액 255,670천원 중 재료비가 220,266천원(매입액 대비 86.2%0인바, 이중 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공으로 볼 경우, 재료비 순매입액은 15,025천원으로 매출액 555,548천원의 2.7%에 불과하고, 부가가치율도 전국평균율 56.7% 보다 매우 높은 90.9%가 되어 수익과 비용의 대응에 현실적으로 타당하지 않다.
• 다. 처분청은 공사내역서와 쟁점세금계산서 관련 거래명세표의 품목이 상이하고 해당 공사기간과 거래기간이 일치하지 않으며 특히 과세기간종료일에 청구외○○○에게 쟁점세금계산서 매입세액 상당액 2천만원만을 무통장입금한 점을 이유로 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 것으로 판단하였으나, 청구외 법인에 대한 ○○세무서의 자료상조사종결복명서에 의하여 확인되는 바와 같이, 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 상당액 2천만원을 청구외법인의 실제 사업주로 확인된 청구외 ○○○에게 송금한 점, 쟁점세금계산서 거래기간인 2002년 제2기부터는 청구외법인이 실제 제조업체로부터 매입을 하는 등 실물거래 하였음을 인정한 점, 청구외법인과 청구외법인이 명의상 대표자 ○○○와 실사업주 ○○○를 허위세금계산서 교부혐의(자료상)로 고발한 고발서에 첨부된 범죄일람표(위장가공거래)에 쟁점세금계산서는 포함되어 있지 않은 점 등으로 볼 때 처분청의 판단은 잘못된 것이다.

청구법인은 공사의 대부분이 관급공사이고 전기통신공사의 특성상 공종별 물량내역서, 공사설계도에 의해 주요 자재의 투입이 확인되므로 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나,

• 가. 쟁점세금계산서의 거래명세표상 품목과 공종별 물량내역서 등에 이한 자재사용내역 등이 일치하지 아니하고 공사별로 투입된 원자재와 관련하여 확인 가능한 구체적인 자료를 제시하지 못하고 있으며,
• 나. 거래대금 대부분의 지급증빙이 없음에도 불구하고 과세기간 종료일에 무통장으로 입금한 2천만원은 쟁점세금계산서 세액과 유사하여 거래대금으로 보기 어렵고, 쟁점세금계산서 거래와 동일한 업종의 원자재 매입처가 다수 있는 점 등으로 볼 때 쟁점세금계산서 거래를 가공으로 판단한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 손금부인한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인이 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항이 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 제32조 【결정과 경정】

① 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다. 3) 법인세법 시행령 제94조 의 2【소득처분】

① 법 제32조 5항의 규정에 의하여 “익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.” 라고 규정하면서, 제1호에서 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타소득ㆍ기타 사외유출로 처분한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.”라고, 제2호에서 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출도지 아니한 경우에는 사내유보로 한다.”라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 국세청전산자료에 의하면 청구법인의 개업일은 1996. 8. 26 이고, 주된 사업은 전기공사 건설업이며, 청구외법인의 주된 사업은 전기자재 도매업으로 확인된다.

2. ○○세무서장의 2003년 8월 청구외법인에 대한 자료상조사종결복명서에 의하면, 청구외법인의 실사업자는 청구외 ○○○이고 청구외법인의 2000년 제2기부터 2002년 제1기까지의 매출ㆍ매입거래에 대하여는 전액 가공거래로 확정하였으며 2002년 제2기부터 2003년 제1기까지의 매출ㆍ매입거래에 대하여는 청구외법인의 매입처가 실지 제조업체이고 무통장입금 조작혐의가 적으며 거래상대방의 실지거래를 강력히 주장하는 등 가공거래로 확정하기 어려워 위장ㆍ가공혐의거래로 처분청 등 거래처 관할 세무서장에게 자료통보 하였음이 확인된다.

3. ○○세무서장이 2003년 9월 청구외법인 및 청구외 ○○○, ○○○를 자료상 혐의로 ○○경찰서장에서 고발한 고발서의 범죄일람표에 의하면, 청구외법인의 2002년 제1기까지의 거래분 전부와 2002년 제2기 중 청구외 ○○전기통신외 1인에 대한 내역은 포함되어 있으나 청구법인에게 발행한 쟁점세금계산서는 포함되지 않았음이 확인된다.

4. 처분청은 ○○세무서장으로부터 2003. 9. 15 청구법인에 대한 청구외법인의 위장ㆍ가공매입 혐의자료를 통보받고 2004.12. 청구법인을 조사하였고, 조사결과 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인 보고서에는 청구법인의 매출처는 주로 관공서로 부실거래 혐의 발견할 수 없으며 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 공사내역서와 거래명세표의 품목이 상이하고 공사기간과 거래기간이 일치하지 아니하며 특히 대금결제가 거래기간 내에 이루어졌고 해당 과세기간 종료일에 무통장입금액 20백만원은 매입세액에 해당되는 점을 볼 때 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 교부받은 것으로 판단된다고 기재되어 있음이 확인된다.

5. 국세청전산자료에 의한 청구법이의 부가가치세 신고내용, 2002년 매출내역 및 업종별 평균 부가가치세율은 아래와 같다.

• 가) 부가가치세 신고내용 (단위: 천원) 기별 매출 매입 부가가치율 청구외법인 매입 비고 합계 4,689,678 2,387,314 49.1% 개업일이후 부가가치세 신고분임 2002.2기 청구외법인매입 205,241천원을 제외하면부가가치율은 90.9%임 1997.1기 91,292 71,876 21.3% 1997.2기 230,112 138,330 39.9% 1998.1기 88,521 58,415 34.0% 1998.2기 281,814 166,099 41.1% 1999.1기 76,010 37,212 51.0% 1999.2기 483,775 202,840 58.1% 2000.1기 711,577 381,539 46.4% 2000.2기 920,841 375,358 59.2% 2001.1기 161,463 117,858 27.0% 2001.2기 525,636 304,156 42.1% 2002.1기 563,089 277,961 50.6% 2002.2기 555,548 255,670 54.0% 205,241
• 나) 2002년 부가가치세 매출내역 (단위: 천원) 기별 매출처명 공급가액 비율 비고 2002.2기 합계 555,548 100% 관공서 58,491 10.5% (주)○○○ 386,137 69.5%

○○전력 1,689 0.3% (주)○○케이블TV

○○방송 69,004 12.4% 기타 40,227 7.2%

• 다) 업종별 평균 부가가치율 주업종코드 연도 부가가치율 비고 452104 (건설업/전기공사등) 2000 56.69% 2001 56.67% 2002 55.71%

6. 청구법인이 제출한 청구외법인의 ○○은행통장(계좌번호 000-000000-00-000)사본에 의하면, 2002. 12. 30. 청구법인이 위 계좌로 20백만원을 입금하였음이 확인되는바, 청구법인은 위 금액이 쟁점세금계산서 매입대금의 일부를 송금한 것이라고 주장하고 있다.

7. 청구법인은 쟁점세금계산서가 사실거래임을 주장하며, 그 입증자료로 2003. 6. 24자 ○○세무서장이 청구법인에게 쟁점세금계산서에 대한 실지거래 여부를 확인하기 위한 거래내역조회 및 문답서 사본, 2003. 7경 청구외법인의 확인서 사본, 2003. 7. 4자 청구법인과 청구외법인의 거래사실확인서 사본, 2005. 7. 30자 청구외법인의 영업부장인 청구외 ○○○의 거래사실확인서 사본 등을 제출하였는바, 위 서류에는 청구법인이 쟁점세금계산서를 청구외법인로부터 실지거래를 하고 수취한 것으로 기재되어 있다.

8. ○○지방국세청장의 이 건 관련 이의신청 결정서에 의하면, 쟁점세금계산서의 대금지급증빙으로 청구외법인이 발행한 입금표외 객관적인 증빙이 없고, 청구법인의 현금출납장에는 청구법인의 대표자에게 가지급한 자금을 회수하여 동일자에 청구외법인에게 지급한 것으로 기재되어 있으나 동 자금이 청구외법인에게 입금되었다는 증거가 없으며 2002. 12. 30 청구법인이 청구외법인의 은행계좌로 입금한 20백만원은 쟁점세금계산서와 관련한 물품대금이라고 볼 수 있는 근거를 제시하지 아니한 점 등을 이유로 쟁점세금계산서가 사실거래라는 청구주장을 받아들이지 아니하였음이 확인된다.

9. 청구법인이 제출한 2002년 하반기 공사별 계약서상 재료비 내역서 및 공사원가 장부상 실제 투입한 재료비 내역은 아래와 같다. 순번 공사명 발주처 착공일 준공일 재료비(공급단가) 비고 설계 실제 1

○○초교증축통신공사

○○교육청 02.05.07 02.07.26 988,847 600,600 2 신도시단독전송망공사

○○케이블TV 02.06.25 02.07.30 8,289,708 7,522,416 3

○○지사전원시설보강공사

○○망 02.06.29 02.08.05 16,113,440 16,871,416 4

○○동조건부강비선로인입공사

○○지사 02.10.01 02.10.21 720,399 793,870 5 외부가로등간선공사 (주)○○건설 02.10.01 02.11.05 7,511,016 6,919,167 6

○○지사○○개소

○○전기수용공사

○○지사 02.09.10 02.11.15 2,726,393 2,997,225 7

○○외관순환도로지장이전단가공사

○○지사 02.11.03 02.11.30 2,609,405 2,814,922 8

○○초교고실증축전기공사

○○지사 02.03.29 02.11.30

• 110,997,997 9

○○초교교실증축전기공사

○○교육청 02.10.11 02.12.17 1,643,622 1,806,398 10

○○초교교실증축전기공사

○○교육청 02.08.06 02.12.20 2,311,950 2,506,900 11

○○구관내보안등연간단가보수공사

○○구청 02.02.01 02.12.10

• 4,854,520 12 잔기공사

○○운수 02.08.30 02.09.10 750,000 720,720 13 전기공사

○○운수 02.10.20 02.11.01 1,825,000 1,652,750 14 전기공사

○○건설 02.10.02 02.10.15 3,050,000 2,863,630 15 전기공사

○○창고 02.10.20 02.12.02 8,650,000 8,979,960 16

○○중교실증축 통신공사

○○교육청 02.09.30 03.03.18 6,091,987 6,698,505 ‘03 이월 17

○○초교급식실증축통신공사

○○교육청 02.11.08 03.05.07 7,035,886 4,283,015 18

○○○○아파트저보통신공사8단지

○○주택공사 02.04.29 03.11.22 322,193,790 39,833,750 19

○○보안등연간단가보수공사(1)

○○구청 02.12.31 03.12.31

• 1,801,890 20 관내보안등 연간단가보수공사

○○구청 02.12.27 03.12.31

• 2,040,720 합계 392,511,443 227,560,033

10. 위 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서의 대금지급 증빙으로 청구외법인이 발행한 입금표 외에 다른 객관적인 증빙이 없고, 청구법인의 현금출납장에는 청구법인의 대표자로부터 가지급한 자금을 회수하여 동일자에 청구외법인에게 대금을 지급한 것으로 기재되어 있으나 동 자금이 청구외법인에게 입금되었다는 증거가 없으며, 2002. 12. 30 청구법인이 청구외법인의 은행계좌로 입금한 20백만원은 쟁점세금계산서와 관련한 물품대금이라고 볼 수 있는 근거로 제시하지 아니한 점 등을 이유로 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서로 보아 이 건 처분하였는바,

• 가) 청구법인은 주요 매출을 관공서 및 공기업의 납품에 의존하고 있어 거래품목, 수량 및 금액이 확인되는 사업자인 점, ○○세무서장의 청구외법인에 대한 자료상혐의 조사결과에서도 쟁점세금계산서 거래기간에 2002년 제2기 과세기간에 일부 가공자료를 주고받은 자료상이나 일부 거래는 실제 거래하였음을 인정하였을 뿐만 아니라 쟁점세금계산는 위장가공거래자료에 포함도지 아니한 점, 2002. 12. 30 청구법인이 청구외법인의 은행계좌로 20백만원을 입금하였음이 확인되는 점, 전기통신공사의 특성상 공사계약시 공종별 물량내역서에 따라 원자재 품명, 규격, 수량, 단위까지 지정되는바, 청구법인이 제출한 공사계약서에 첨부된 공사 내역서에 의하면 총 공사계약금 중 재료비 비중이 약 40%인 점, 쟁점세금계산서 거래기간인 2002년 제2기에 대한 청구법인의 부가가치세 신고내용에 의하면, 총매입액 255,670천원 중 재료비가 220,266천원(매입액 대비 86.2%)인이고 이 중 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공으로 볼 경우 재료비 순매입액은 15,025천원으로 매출액 555,548천원의 2.7%에 불과하고, 부가가치율도 전국평균율 56.7% 보다 매우 놓은 90.9%가 되어 수익과 비용의 대응에 현실적으로 타당하지 않은 점 등으로 보아 쟁점세금계산서는 실제 거래하고 수취하였다는 청구주장은 일응 신빙성이 있는 것으로 판단된다.
• 나) 그러나 청구법인이 청구외법인으로부터 실제 매입하였다는 쟁점세금계산서 관련 거래명세표상의 구입자재와 공사내역서상의 투입자재를 비교하여 보면 그 내역이 상호 일치하지 아니하여 쟁점세금계산서를 실물 거래하고 수취하였는지 여부가 객관적으로 확인되지는 않는다. 따라서 쟁점세금계산서 관련 거래명세표상의 구입자재와 공사내역서상의 투입자재가 일치 하지 않는 사유가 쟁점세금계산서를 실물 거래하고 수취하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.