조세심판원 심사청구 법인세

주식 등 변동상황명세서의 제출불성실 가산세를 적용한 것이 정당한지 여부

사건번호 심사법인2005-0139 선고일 2006.01.09

채무의 감소를 통하여 실질적인 증자가 있었다고 보여지므로 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 사례.

주문

○○세무서장이 2005. 6. 1. 청구법인에게 2002. 1. 1. ~ 12.31. 사업연도 법인세 2,950,796원을 경정고지하였다가 2005. 8. 3. 2,000,000원으로 감액결정한 법인세와 2005. 8. 3. 청구법인에게 경정고지한 2004. 1. 1. ~ 12.31. 사업연도 법인세 1,428,427원은 이를 취소합니다.

1. 처분내용

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(2005.12. 2. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 이전하였다)에서 유연성회로기판을 제조하는 법인으로서 2002. 4.10. 유상증자한 15,000주(액면가액 10,000원)의 주권이 변동된 것으로 작성된 주식등변동상황명세서를 각 사업연도 법인세신고서에 첨부하여 제출하였다. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사에서 2002. 4.10. 유상증자한 15,000주에 대한 주금 중 1억원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 가공불입한 것으로 보아 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세를 적용하고, 또한 상환의무가 있는 국고보조금 중 할인받은 4,737,759원(이하 “쟁점할인액”이라 한다)을 각 사업연도의 소득금액계산상 익금산입하여 2005. 6. 1. 청구법인에게 2002 사업연도 법인세 2,950,796원을 경정․고지하였다. 이에 불복하여 2005. 6.17. 청구법인이 제기한 이의신청에 대하여 처분청은 이의신청심의위원회 심의를 거쳐 2002 사업연도에 익금으로 산입한 4,737,759원을 익금불산입하고 같은 금액을 2004 사업연도의 익금에 산입하여 2005. 8. 3. 청구법인에게 2002 사업연도 법인세 950,796원을 감액결정하고, 2004 사업연도 법인세 1,428,427원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 9.26. 이 건 심사청구 하였다.

2. 당사자 주장
  • 가. 청구주장

1. 청구법인은 2002년도 유상증자 시 실제 주금을 납입하였으며, 그 중 1억원은 인출하여 대표자에 대한 단기채무를 상환한 것으로 처리하여 실제 증자가 있었음이 입증되는데도 증자대금을 가공불입한 것으로 보아 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

2. 청구법인은 2002년도에 ○○평가원으로부터 수령한 국고보조금 중 상환의무가 있는 21,600,000원은 2002 사업연도에 자본조정으로 계상하였다가 2003 사업연도에 잡이익으로 계상하였음에도 처분청에서 상환 시 할인받은 4,737,759원을 2004 사업연도에 다시 익금산입하여 과세한 처분은 이중과세에 해당되므로 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

1. 청구법인은 처분청의 세무조사 당시 청구법인의 대표자인 이○○의 문답서와 같이 증자대금 중 1억원을 가공불입하고 법무사를 통해 증자등기를 완료한 후 동액을 증자당일 대표이사가 인출한 것으로 회계처리하였음이 확인되고 이는 회사사정이 어려워 자금부족을 이유로 실제 주식변동이 없었음에도 변동상황이 있었던 것으로 기재하여 ‘주식 등 변동상황명세서’를 제출한 것인 바, 법인세법 제90조 제6항 에서 규정하는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 불분명한 경우에 해당하여 가공불입한 1억원에 대해 ‘주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세’를 부과한 당초처분은 정당하다.

2. 상환의무가 있는 국고보조금의 회계처리에 대하여 일반적으로 인정된 회계원칙에 따르면, 개발선수금 등 부채로 처리(기업회계기준 질의회신01-32, 2001. 3. 5. 및 01-29, 2001. 2.28.)하였다가 상환의무가 없는 것으로 확정된 때에 채무면제이익으로 처리(기업회계기준 질의회신 2001.10.14.)하면 되나, 청구법인이 상환의무 있는 국고보조금 21,600,000원을 전액 자본조정으로 계상한 회계처리는 위의 회계원칙에 어긋나는 것이며, 당초 세무조사 시 2003년도에 21,600,000원을 전액 잡이익으로 계상한 사실은 전혀 진술한 바 없고 제출한 잡이익원장 또한 그 신빙성이 없다고 판단되므로 국고보조금 상환(2004. 4. 1.)에 따른 할인액 4,737,759원을 상환일이 속하는 2004년도 수익으로 계상하여 이 건 법인세를 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

1. 주금의 가공불입으로 보아 쟁점금액에 대하여 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부 및

2. 상환의무가 있는 국고보조금의 상환 시 할인받은 쟁점할인액이 이월익금에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.

  • 나. 관련법령 【쟁점①: 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세 관련】

○ 법인세법 제119조 【주식 등 변동상황명세서의 제출】

① 사업연도 중에 주식 등이 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식 등 변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.〈이하 생략〉

○ 법인세법 시행령 제161조 【주식 등 변동상황명세서의 제출】 〈중 략〉

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식 등 변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호․사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항

4. 소득세법 제99조 제1항 제3호 내지 제5호 및 제7호의 규정에 의한 기준시가

⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매․증자․감자․상속․증여 및 출자 등에 의하여 주주 등․지분비율․보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다.

○ 법인세법 제76조 【가산세】 〈중 략〉

⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식 등 변동상황명세서(이하 이 조에서는 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출․누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.〈이하생략〉

○ 법인세법 시행령 제120조 【가산세의 적용】 〈중 략〉

⑤ 법 제76조 제6항에서 “대통령령이 정하는 불분명한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우〈이하 생략〉 【쟁점②: 상환의무가 있는 국고보조금 할인액의 익금산입 여부 관련】

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것으로 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액〈이하 생략〉

○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제18조 【평가차익 등의 익금불산입】 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금으로 산입하지 아니한다.〈중 략〉

2. 이월익금 〈이하 생략〉

○ 법인세법 시행령 제16조 【이월익금】 법 제18조 제2호에서 “이월익금”이라 함은 각 사업연도의 소득으로 이미 과세된 소득(법 및 다른 법률에 의한 비과세소득 또는 면제소득을 포함한다)을 다시 당해 사업연도의 익금에 산입한 금액을 말한다.

○ 법인세법 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

○ 법인세법 기본통칙 40-71…8 【국고보조금의 귀속시기】 법인이 가격안정을 위하여 정부로부터 교부받은 국고보조금의 귀속시기는 동 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 한다.

○ 기업회계기준 해석적용사례 2000-16 【상환의무가 있는 국고보조금】 ■ 상환할 금액이 확정된 경우에는 상환할 금액을 부채로 계상하고 향후 상환의무가 소멸되면 채무면제익으로 계상한다. ■ 상환할 금액이 확정되지 않은 경우에는 상환할 금액을 추정하여 부채로 계상하고 향후 부담할 채무액이 달라지면 회계추정의 변경으로 처리한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청은 2005. 4. 6. ~ 4.19. 청구법인의 2002 사업연도에 대하여 법인세 정기조사를 실시하여 2002. 4.10. 유상증자 납입액 중 1억원을 가공불입한 것으로 적출하고, 2002년도에 ○○평가원으로부터 지원받은 국고보조금 중 상환의무 있는 21,600,000원에서 채무면제받은 4,737,759원을 채무면제익으로 익금 산입하여 2005. 6. 1. 2002 사업연도 법인세 2,950,796원을 경정․고지하였다가, 청구인의 이의신청에 대한 결정에서 채무면제익의 귀속시기를 2004 사업연도로 보아 2005. 8. 3. 2002 사업연도 법인세 950,796원(감액 후 세액은 2,000,000원임)을 감액결정하고 2004 사업연도 법인세 1,428,427원을 경정․고지한 사실이 처분청에서 제출한 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 2002. 3.19. 및 2002. 3.31. 9,600주의 주주변동이 있었고 2002. 4.10. 150,000,000원을 유상증자한 것으로 작성된 주식 등 변동상황명세서를 2002 사업연도 법인세과세표준신고 시 제출한 데 대하여, 처분청은 주주의 변동내역과 유상증자대금 중 5천만원은 사실로 인정하고 청구법인 대표이사인 이○○의 지분에 해당하는 1억원에 대하여 가공불입한 것으로 보아 가산세를 적용한 것으로 확인된다.

3. 청구법인의 등기부등본상 2002. 4.10. 150,000,000원의 자본금을 증자한 사실이 확인되며 청구법인의 자본금 원장상에도 2002. 4.10. 자본금 증자로 150,000, 000원이 계상되어 있음이 확인된다.

4. 쟁점금액 1억원은 ○○은행○○지점장이 2002. 4. 9. 발행한 ‘신주식 납입금 보관증명서’를 첨부하여 증자등기를 하였으며, ○○은행 ○○공단지점장이 발급한 예금거래실적증명서를 보면 2002. 4.10. 주식납입금으로 1억원을 입금하였다가 같은 날 즉시 현금으로 인출하였으며, 조사 당시 조사공무원과 청구법인의 대표이사인 이○○이 2005. 4.19. 작성한 문답서를 보면, ‘유상증자 150,000,000원 중 1억원은 가공불입하였고, 1억원은 2002. 4.10. 법무사를 통해 증자등기를 완료한 후 동액을 증자 당일 대표이사가 인출한 것으로 처리하였다’라고 진술한 것으로 나타난다.

5. 청구법인은 2002년도에 ○○평가원으로부터 수령한 국고보조금 중 상환의무가 있는 21,600,000원에 대하여 2002 사업연도에는 자본조정으로 계상하였다가 2004. 4. 1. 16,862,241원을 상환하여 채무면제익 4,737,759원이 발생한 사실과 상환의무가 있는 21,600,000원을 2003 사업연도에 전액 수익으로 처리한 사실에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다.

6. 청구법인은 증자대금 중 1억원은 가공불입한 것이 아니고 청구법인의 대표자 이○○에 대한 채무를 상환한 것으로 회계처리하였으므로 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세 2,000,000원을 부과한 처분은 부당하다면서, 주주임원 단기채무 원장 사본 등을 제출하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

  • 가) 청구법인은 2002. 4.10. 쟁점금액 1억원을 청구법인 대표이사인 이○○의 단기채무 상환으로 회계처리하였다며 제출한 주주임원 단기채무 원장 사본을 보면, 이 건 단기채무는 달리 가공으로 계상된 사실이 확인되지 아니하므로 정상적으로 기장처리한 것으로 보인다.
  • 나) 일시적으로 주금을 납입하고 이 돈을 은행에 예치하여 납입의 외형을 갖추고 주금납입증명서를 교부받아 설립등기나 증자등기의 절차를 마친 다음 바로 그 납입한 돈을 인출하였다 하더라도 그 인출한 돈을 회사를 위하여 사용한 것이라면 자본충실을 해친다고 할 수 없으므로 주금납입의 의사 없이 납입한 것으로 볼 수 없는 것이다(대법 96도2904, 1997. 2.14./ 대법 2003도7645, 2004. 6.17. 같은 뜻임).
  • 다) 청구법인은 상법상 정상적으로 증자절차를 거쳐 증자를 하였고 법인의 자본금으로 계상하였음이 법인등기부등본, 장부 및 통장 등에 의하여 확인되며, 이와 같이 정당하게 증자된 자본금은 동법의 규정에 의한 자본금이 감소될 때까지는 정당한 자본금으로 보는 것(법인세법 기본통칙 4-0…10 참고)인 바, 비록 청구법인의 대표이사가 쟁점금액을 가공불입하였다고 진술하였고 쟁점금액을 입금하였다가 즉시 인출하였다 하더라도 동 자본금의 납입은 유효하다 할 것이므로 쟁점금액을 인출하여 대표이사의 단기채무를 상환한 것은 실질적인 유상증자가 있었으며 쟁점금액을 주금으로 납입하였다고 보는 것이 타당할 것이다.
  • 라) 또한, 법인세법 제76조 제6항 에 의하면, 주식 등 변동상황명세서를 제출하지 아니하였거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우 가산세를 부과하도록 규정하고 있는 바, 동 규정의 취지가 주식의 이동을 통하여 양도소득세와 상속세 등 조세의 탈루를 방지하기 위하여 법인에게 협력의무를 지운 것(국심2004중4121, 2005. 4. 4. 같은 뜻임)으로, 이 건과 같이 채무의 감소를 통하여 실질적인 증자가 있었다고 볼 수 있는 경우에는 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세를 부과한 것은 무리한 처분으로 보이므로 이 건 가산세 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

7. 다음으로, 청구법인은 상환의무가 있는 국고보조금 21,600,000원에 대하여 2003 사업연도에 전액 잡이익으로 회계처리하였으므로 2004. 4. 1. 대금지급 시 실제 할인받은 4,737,759원을 2004 사업연도 채무면제익으로 익금가산한 처분은 이중과세에 해당하여 당초처분은 부당하다고 주장하고 있어, 이에 대하여 살펴본다.

  • 가) 기업회계기준 해석적용 사례(2000-16)에 의하면 국고보조금 중 상환의무가 있는 부분은 부채로 계상하고 향후 부채를 상환할 의무가 소멸되면 채무면제익으로 계상하도록 되어 있음에도, 청구법인의 경우 상환의무가 있는 국고보조금을 수령한 2002 사업연도에는 자본조정으로 계상하고 채무면제익이 확정되지 아니한 2003 사업연도에 수익으로 계상하였는 바, 이를 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행이라고 볼 수는 없다 하겠다.
  • 나) 비록 청구법인이 일반적으로 인정된 기업회계기준을 위배하여 회계처리 하였다 하더라도 법인세법 제17조 제1항 에서 규정하고 있는 권리의무확정주의와 기업회계기준에 의거 손익을 계상하여야 하는 것이며, 쟁점금액은 상환할 금액이 확정되어 채무면제익이 확인된 2004 사업연도가 수익의 귀속시기이지만 청구법인이 상환의무가 있는 국고보조금 21,600,000원 전액을 2003 사업연도에 이미 익금으로 계상하였으므로 2004 사업연도의 익금산입 누락으로 과세한 쟁점할인액은 이월익금으로 보아 익금에서 제외하여야 할 것으로 판단된다.

8. 따라서 처분청이 청구법인에게 한 쟁점금액 1억원을 주금의 가공불입으로 보아 주식 등 변동상황명세서 제출불성실가산세를 적용한 2002 사업연도 법인세 부과처분과 이월익금에 해당하는 쟁점할인액 4,737,759원을 익금가산한 2004 사업연도 법인세 부과처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)