쟁점금액을 가공매입금액으로 보아 손금불산입하는 것이 타당한지 여부

1. ○○세무서장이 2005. 7. 1. 청구법인에게 결정고지한 2003년 제2기분 부가가치세 15,163,415원은, ○○산업으로부터 매입한 금액 100,000,000원 중 75,000, 000원만을 정당한 매입으로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하여 이를 경정하고, 같은 날짜에 청구법인에게 결정고지한 2002년 제1기 부가가치세 7,849, 789원은 취소합니다.

2. 또한 청구법인에게 결정고지한 2002. 1. 1.～12.31. 사업연도 법인세 16,185, 999원은, 경정결정 시 손금불산입 하였던 (주)○○철강으로부터 매입한 금액 18, 048,871원, ○○금속열처리로부터 매입한 금액 19,227,200원, ○○철강상사로부터 매입한 금액 5,478,783원은 손금산입하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2003. 1. 1.～12.31. 사업연도 법인세 36,598,941원은 ○○산업으로부터 매입한 금액으로 손금불산입 하였던 가공매입금액 33,000,000원(부가가치세 포함)을 27, 500,000원(부가가치세 포함)으로 정정하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

처분청은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 1998. 7. 1.부터 산업기계 제조업을 영위하는 (주)○○정공(이하 ‘청구법인’이라 한다)에 대한 법인세 정기조사에서 청구법인이 청구 외 (주)○○철강으로부터 수취한 2002.1기분 매입세금계산서 26매 합계 83,905천원 중 18,048천원(이하 ‘쟁점1매입금액’이라 한다), 청구 외 ○○금속열처리로부터 수취한 2002.1기분 매입세금계산서 12매 106,680천원 중 19,227천원(이하 ‘쟁점2매입금액’이라 한다), 청구 외 ○○철강상사로부터 수취한 2002.1기 매입세금계산서 5매 합계 45,479천원 중 5,478천원(이하 ‘쟁점3매입금액’이라 한다), 청구 외 ○○산업으로부터 수취한 2003.2기 세금계산서 3매 100,000천원 중 30,000천원(이하 ‘쟁점4매입금액’이라 한다)을 가공매입한 것으로 보고, 쟁점매입금액외 해당 과세기간 다른 적출사항과 함께 경정결정하여 2005. 7. 1. 부가가치세 합계 23,013,204원 및 법인세 합계 52,784,930원을 각각 고지하고 적출금액 합계 83,753,462원을 대표자 상여처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 9.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

처분청은 쟁점세금계산에 대한 거래상대방의 확인, 기장 처리내용, 대금지급 내용 등 구체적인 사실관계를 조사함이 없이 일방적으로 세금계산서금액과 원장과의 차이금액을 가공매입으로 확정하였으며, ○○산업의 경우 거래상대방의 세무조사 시 불확실한 진술내용을 근거로 하여 가공매입으로 보아 과세하였는데, 객관적이고 구체적인 증빙서류를 확인하지 않고 단순히 수불상 차이가 난다는 이유와 내용이 불확실한 진술을 근거로 하여 고지한 처분은 부당하다.

쟁점1매입금액은 부가가치세 신고한 공급대가 178,719천원과 회사 원시 기록인 원장의 공급대가 158,863천원과의 차이 19,856천원으로, 쟁점2매입금액은 부가가치세 신고한 공급대가 117,348천원과 회사 원시 기록인 원장의 공급대가 96,198천원과의 차이 21,150천원으로, 쟁점3매입금액은 부가가치세 신고한 공급대가 50,027천원과 회사 원시 기록인 원장의 공급대가 44,000천원과의 차이 6,027천원으로서 실지거래가 없는 가공매입이므로 당초 결정은 정당하며, 쟁점4매입금액은 자료상 파생자료로 과세전적부심사청구에서 총거래금액 110,000천원(공급대가)를 전액 현금으로 지급하였다고 주장하였으나, 심사청구서에서는 받을어음(102,000천원) 및 잔액은 현금으로 지급하였다고 주장하면서도 어음 배서양도의 증빙으로 받을어음계정 원장 사본만 제출하였을 뿐 어음 사본 등 실제 대금지급 증빙을 제출하지 않아 청구주장은 근거 없으므로 당초결정은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1,2,3,4매입금액이 가공거래인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995.12.29. 개정) (중간생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12.22. 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994.12.22. 개정)

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】 (2003.12.30. 제목개정)

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. (2003.12.30. 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998.12.28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12.28. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (1998.12.28. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청은 2005. 3.14.～3.31. 기간 청구법인의 2002년 사업연도에 대한 법인세 정기조사를 실시하면서, 쟁점거래처별로 매입원장 금액과 부가가치세 신고한 금액과의 차액 72,754,854원을 가공매입한 것으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제하고 법인세 손금불산입 하는 한편 같은 금액을 대표자 상여처분 하였다. 청구인은 2005. 3.28. 쟁점1,2,3,4의 매입금액이 과다매입이라는 확인서 작성 요구를 거부한 사실이 있다.

2. 처분청은 매입세금계산서상의 공급대가에서 매입원장상의 매입금액을 차감하여 쟁점금액들을 산정하였으며, 청구법인과 처분청이 증빙으로 제시하고 있는 청구법인의 외상매입금 원장은 전산처리된 장부인 반면 매입원장은 수기(手記)로 기록되어 있다.

3. 쟁점1매입금액 18,048,871원, 쟁점2매입금액 19,227,200원, 쟁점3매입금액 5, 478,783원, 쟁점4매입금액 30,000,000원이 사실거래인지 제출된 증빙 및 관련계정의 기장내용에 의하여 쟁점별로 살펴본다.

○ 쟁점1매입금액에 대하여 살펴본다. (단위: 천원) 상 호 연도기분 공급대가 (ⓐ) 매입원장 (ⓑ) 쟁점금액 (ⓐ-ⓑ) 외 상 매입장(ⓒ) 비 고 (ⓐ-ⓒ) (주)○○철강 2002.1기 26매 92,295 24회 72,441 19,856 92,297 ․ o 거래처인 청구 외 (주)○○철강은 2005. 9. 8. 쟁점거래는 실제거래이며 가공되거나 허위의 사실이 아님을 확인하고 있으며, 1999.10. 5. 개업한 계속사업자로서 쟁점매입금액을 정상으로 신고하였다. o 처분청에서 제시한 거래처원장인 외상매입장 및 매입원장의 기재내용과 청구법인이 당심에 제시한 외상매입금 지급내역을 대사하여 보면,

• 외상매입장상 2002.1기분 매입액은 92,297,359원이고, 수기로 기재된 매입원장의 매입금액은 72,441,742원으로 19,855,617원이 차이가 나고 있으며, 두 장부를 대조한 결과 같은 해 3.20. 120,000원, 5.27. 11,714,769원, 6.29. 8,020,848원 합계금액 이며, 쟁점1매입금액은 차액의 공급가액이다. o 청구인은 92,297,359원의 외상매입금을 지급하였다는 증거로 2002. 2.26.～8. 30. 기간 발행한 약속어음 사본 7장 합계금액 90,218,252원과 현금․미지급금 2, 079,107원에 대한 증빙서류를 제시하여 검토한 결과, 제시된 어음사본은 발행과 유통과정 및 결제내용에 있어서 신빙성이 있고 계정별 원장의 기장내용과 일치하여 사실로 인정되며, 현금 또한 관련계정에 의하여 외상매입금 지급사실로 인정된다.

○ 쟁점2매입금액에 대하여 살펴본다. (단위: 천원) 상 호 연도기분 공급대가 (ⓐ) 매입원장 (ⓑ) 쟁점금액 (ⓐ-ⓑ) 외 상 매입장(ⓒ) 비 고 (ⓐ-ⓒ)

○○종합 금속열처리 2002.1기 12매 117,348 89회 96,198 21,150 106,105 선급금 11,243 o 거래처인 청구 외 ○○금속열처리는 2005. 4.20. 쟁점거래는 실제거래이며 가공 매출한 사실이 없음을 확인하고 있으며, 2002. 1.10. 개업하여 2003. 9.30. 폐업하였고, 쟁점거래는 정상적으로 신고하였다. o 쟁점2매입금액은 같은 해 1월 3,235,485원과 4월 17,916,140원 합계금액 21, 151,625원의 공급가액으로 보이며, 위 표에서 공급대가와 외상매입장과의 차이금액11,243천원은 선급금으로 결제한 거래이다.

• 청구법인은 매입금액 117,349,705원을 지급하였다는 증거로 2002. 2.15.～ 7. 29. 기간 발행한 약속어음 사본 3매 합계금액 23,500,815천원, 받을어음 4매를 배서양도하여 결제한 금액 71,750,490원, 선급금 11,244,680원, 현금 7,525,390원으로 결제하였고, 나머지 3,328,330원은 2002. 7.29. 현재 미지급금이라고 증빙을 제출하였는데 증빙서류들을 검토한 결과 신고금액(세금계산서상의 금액)을 결제한 것으로 확인된다.

• 처분청이 과세근거로 채택하고 있는 매입원장의 월별 거래금액 추이를 보면, 하위 1,700만원에서 상위 2,000만원까지 비슷한 금액으로 거래가 이루어졌는데 쟁점금액 중 17,916,140원이 발생한 4월에는 매입원장의 금액이 3,427천원에 불과하다.

○ 쟁점3매입금액에 대하여 살펴본다. (단위: 천원) 상 호 연도기분 공급대가 (ⓐ) 원재료 수불부(ⓑ) 쟁점금액 (ⓐ-ⓑ) 외 상 매입장(ⓒ) 비 고 (ⓐ-ⓒ)

○○철강상사 2002.1기 5매 50,027 18회 44,000 6,027 50,027 ․ o 거래처인 청구 외 ○○철강상사는 1981. 1.15. 개업한 계속사업자이며 2005. 4. 25. 쟁점거래는 실제거래이며 가공 매출한 사실이 없음을 확인하고 있고, 쟁점매입금액을 정상으로 신고하였다. o 청구법인은 2002. 1월～ 6월 기간 거래처원장(외상매입장)에 50,027,824원을 누계로 기장하고 있고 같은 기간 매입원장에는 44,000,239원을 기장하여 차이 6, 027,585원이 발생하고 있으며, 이 금액은 같은 해 2월 164,340원, 4월 1,413,012원, 5월 2,156,165원, 6월 2,294,068원의 합계금액으로 쟁점3매입금액은 이 합계금액의 공급대가이다. o 청구법인은 외상매입금 50,027,824원을 결제하였다는 증거로 2002. 2.26. ～ 8. 7. 기간 4회에 걸쳐 발행한 어음 사본을 근거로 제시하고 있어 검토한 결과, 제시된 어음사본은 발행과 유통 및 결제과정에 있어서 신빙성이 인정되고 계정별 원장의 기장내용과 일치하여 사실로 인정되며, 같은 해 8. 7. 어음발행으로 외상매입금 잔액은 △4,931,855원이 되어 청구법인 측에서 볼 때 선급금이 맞을 것이나 청구법인은 증빙을 제시하면서 ‘융통어음’으로 기재하고 있음이 거래처원장(외상매입금)에서 확인된다.

○ 쟁점4매입금액에 대하여 살펴본다. o 쟁점4매입금액은 거래상대방인 청구 외 ○○산업을 관할하는 ○○세무서장이 조사결과 파생시킨(2004.10. 6.) 자료로서 청구법인 입장에서 가공매입자료이며, 쟁점4매입금액은 2003.10.28. 38,500천원, 11.25. 44,000천원, 12.22. 27,500천원의 합계금액 110,000천원의 30%이다.

• 청구 외 ○○산업의 공장장인 김○○은 2004. 9.24. ○○세무서 조사공무원과의 문답에서, “2003.2기 과세기간 중 청구법인 홍○○에게 1억원의 매출세금계산서를 발행하였는데 매출처의 요구에 의하여 실제보다 30% 정도 더 많은 금액을 공급가액으로 기재하여 발행한 사실이 있습니다. 이에 대하여 별도의 자료를 가지고 있지 않아 정확한 매출금액은 알 수 없으나 대략 30% 정도 부풀린 것으로 보면 거의 맞을 겁니다. 매출처의 요구에 의하여 매출세금계산서의 기재사항 중 공급자만 표시되고 나머지 공급받는 자, 공급일자, 공급가액, 품목 등은 여백인 상태의 매출세금계산서를 교부하여 주었으며 매출처에서 기재한 공급가액의 10%에 상당하는 금액을 별도로 현금으로 수령하였습니다.”라고 진술하였고, 관계 조사공무원은 이에 근거하여 1억원 중 약 30%에 해당하는 3,000만원을 가공자료로 처분청에 자료통보한 사실이 통보 과세자료(보관용/통보용)와 문답서에 의하여 확인된다.

• 청구법인과 ○○산업은 2003. 9. 2. 공급가액 4,000만원 상당의 ‘금속칼라 자동시스템용 S○○’ 1대 제작 계약을, 2003. 9.14. 공급가액 3,500만원 상당의 ‘S○○ 외’ 제작 계약을, 2003.11.10. 공급가액 2,500만원 상당의 ‘F○○ 외’ 제작 계약을 각각 체결하였다고 주장하면서 계약서 사본 3부 제출하였다. o 청구법인은 거래처에 대한 외상매입금 결제내역으로 2003.12. 2. ○○테크 받을어음 102백만원을 할인하여 지급하고 나머지 금액은 2003.12.24. 현금으로 5,161천원, 2,839천원은 미지급 잔액이라고 증빙자료를 제출하였고, 받을어음 계정에서도 102백만원을 “외상매입금반재 어음양도, ○○산업” 기록하고 있으나, 같은 해 12.22. 매입금액 2,750만원(공급가액 2,500만원)을 외상매입장에 기록하고 있는 사실은 앞의 같은 해 12. 2.에 받을어음으로 결제하였다는 사실과 맞지 않고, ○○테크 받을어음 102백만원을 같은 해 11.17. ○○상사에서 할인하여 지급한 것으로 어음기입장에 기록하고 있다.

• 라. 판단

○ 쟁점1,2,3매입금액에 대하여

• 청구법인이 외상매입장과 받을어음 및 지급어음계정에 기록하고 있는 대금 결제사항들을 매입원장에서 많은 부분 누락하고 있음을 볼 때, 매입원장이 모든 거래를 빠짐없이 기재한 완전한 장부라고 볼 수 없을 것이므로 매입한 금액과 매입원장과의 차액을 가공매입이라고 판단하기 어려울 것이며, 청구인이 신고한 금액을 결제한 것이라고 제시한 약속어음 사본은 어음발행에서부터 결제되기까지 유통과정이 그 기재내용으로 보아 신빙성이 인정된다 할 것으로 처분청의 당초 처분은 취소하여야 할 것으로 판단된다.

○ 쟁점4매입금액에 대하여

• 청구법인은 2003.12. 2. ○○테크 받을어음 102백만원을 할인하여 외상매입금을 결제하였다고 어음사본 등 증빙자료를 제출하고 있으나, 이미 결제한 금액 27,500천원(공급대가, 거래일자 12.22.)을 다시 외상매입장에 기재하고 있다는 사실은 논리상 맞지 않으며, 받을어음 102백만원을 같은 해 11.17. 할인하여 지급한 사실 등으로 볼 때 같은 해 12.22. 거래분 27,500천원은 사실거래로 보기 어려우므로 경정결정 시 가공매입으로 본 공급대가 33,000천원 중 27,500천원은 가공거래로 나머지 금액 5,500천원은 정상적인 거래로 구분하여 다시 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.