가공으로 교부한 세금계산서에 대한 수정세금계산서 발행가능 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 2001.12. 6. 대형쇼핑몰 신축공사 시행사인 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 (주)○○(이하 “청구외법인”이라 한다)와 계약금액 750백만원으로 한 구 건물 및 설비 철거공사(이하 “쟁점공사”라 한다)계약을 체결하고 공사착수 전에 대금결제 없이 청구외법인의 요청으로 2001.12.31. 공급가액 750백만원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발행하여 교부하고, 청구 외 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 (주)○○정보통신(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 실물거래 없이 2001.11.30. 공급가액 75백만원, 2001.12.31. 175백만원 합계 250백만원의 세금계산서 2매(매입세액 25백만원, 이하 “쟁점매입세금계산서 또는 쟁점매입세액”이라 한다)를 교부받아 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 2001년 제2기 부가가치세를 신고하였으나 청구외법인의 사정으로 실질공사가 이루어지지 아니하여 2005. 1.15. 쟁점공사계약을 해약하고 쟁점매출세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 발행하여 2005년 제1기 예정 부가가치세 신고 시 매출과세표준에서 차감하였다. 처분청은 2005. 5.19. 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지 확인조사에서 청구법인이 2005. 1.15. 발행한 수정세금계산서에 대하여 당초 가공매출에 대한 쟁점매출세금계산서는 수정세금계산서 발행대상이 아니므로 매출감액 신고를 부인하고 2005. 6.10. 청구법인에 2005년 제1기 부가가치세 11,318,380원을 경정․고지하고 2001년 부가가치세 및 법인세는 경정청구기간이 경과되었다는 이유로 과세표준과 세액을 경정감 결정하지 아니하였으며, 청구법인이 실물거래 없이 교부받은 쟁점매입세금계산서에 대하여 부가가치세 매입세액을 불공제하고 손금불산입․대표자에게 상여로 소득 처분하여 청구법인에게2005. 5. 1. 2001년 제2기 부가가치세 47,400,000원을 경정․고지하고, 2005. 6. 1. 2001 사업연도 법인세 123,031,900원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 9.12. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 청구외법인이 쟁점공사계약을 체결한 후 자금유치에 필요하다고 공사금액 전액에 대한 세금계산서 발행을 요구하여 2001.12.31. 쟁점매출세금계산서를 발행하여 청구외법인에게 교부하고 공사수입금액 및 매출채권으로 장부에 계상하고, 외주공사 용역을 제공받은 사실없이 공사수입에 대응되는 쟁점매입세금계산서를 쟁점매입처로부터 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 2001년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였으나, 청구외법인이 공사계약을 이행하지 아니하여 2005. 1.15. 쟁점공사계약을 해약하고 쟁점매출세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 발행하여 2005년 제1기 부가가치세 예정 신고 시 매출과세표준에서 차감한데 대하여 처분청은 2005. 5.19. 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사에서 2005. 1.15. 발행한 쟁점매출세금계산서의 공급가액을 취소하는 수정세금계산서에 대하여 당초 용역제공 없이 가공 발행한 세금계산서는 수정세금계산서 발행대상이 아니라하여 이를 부인하고 2005년 제1기 부가가치세의 과세표준과 세액을 경정하면서 2001년 제2기 부가가치세 및 2001 사업연도 법인세는 경정청구기간이 경과되었다는 이유로 경정감 결정을 하지 아니하였으나, 청구법인은 쟁점매출세금계산서에 대한 매출세액 75,000천원을 2001년 제2기 부가가치세 신고 시 실질거래와 무관하게 부담하게 되었고, 2001 사업연도 법인세 신고 시 수입금액에도 계상한 사실이 확인되고 있음에도 2001년도 부가가치세 및 법인세 과세표준 및 세액을 감액결정하지 아니한 것은 부당하고, 청구법인이 신고한 가공매출을 부인함에 있어 대응원가를 동시에 부인하는 경우 동 부인금액은 대표자 등에게 상여로 소득 처분할 수 없음에도 불구하고 2001년 제2기 가공매출에 대응하여 교부받은 쟁점매입세금계산서의 공급가액 및 매입세액을 2001 사업연도 소득금액 계산 시 손금불산입 하면서 대표자에게 상여로 소득 처분한 것은 부당하다.

청구법인이 쟁점공사에 대한 용역제공 없이 가공으로 발행한 쟁점매출세금계산서는 수정세금계산서를 교부할 수 없으므로 2005년 제1기 부가가치세 예정신고 시 쟁점매출세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 부인하여 부가가치세를 경정결정하고, 경정 청구기간이 만료되어 경정청구하지 못한 2001년 제1기 가공매출에 대하여 과세권자가 적극적으로 과세표준에서 경정감 결정하지 아니한 것은 정당하며, 쟁점매입세금계산서는 자료상인 청구 외 (주)○○정보통신으로부터 재화 및 용역의 공급없이 세금계산서만 교부받은 가공거래이므로 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 청구법인의 2001 사업연도 소득금액 계산 시 공급가액을 손금불산입하고 공급가액 및 매입세액을 대표자에게 상여로 소득 처분한 것은 정당하다. 쟁점① 가공으로 교부한 세금계산서에 대하여 과세기간을 달리하여 발행한 수정세금계산서를 부인한 경우 당초 가공매출한 과세 기간의 과세표준을 감액결정할 수 있는지

• 가. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금게산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재 사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(2003.12.31.까지 법인은 100분의 2)에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때.

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1(2003.12.31.까지 법인은 100분의 2)에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5 (2003. 12.31.까지 법인은 1000분의 10)에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. (2003.12.30. 개정)

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994.12.22. 개정)

3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우 (1994.12.22. 신설)

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1(2003.12.31.까지 법인은 100분의 2)에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때.

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고 하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액.

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액.

• 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율.
• 나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세 고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율.

○ 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때.

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

○ 국세기본법 제22조 의 2 【경정 등의 효력】

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. (2002.12.18. 신설)

② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. (2002.12.18. 신설)

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (2005. 2.19. 단서개정)

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 (1998.12.31. 개정)
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여.
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. (2005. 2.19. 개정)
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인이 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때.

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때.

○ 법인세법 기본통칙 4-0…2 【법인의 거증책임】 법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 거래증빙과 지급규정, 사규 등의 객관적인 자료에 의하여 이를 당해 법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 한다. 다만, 사회통념상 부득이하다고 인정되는 범위내의 비용과 당해 법인의 내부통제기능을 감안하여 인정할 수 있는 범위내의 지출은 그러하지 아니한다.

• 나. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) 청구법인은 2001.12. 6. 청구외법인과 쟁점공사를 2002. 7.20.까지 완성하기로 한 계약금액 750백만원의 계약을 체결하고 계약금 75백만원을 청구외법인이 배서한 지급기일 2002. 5.31.자 약속어음을 수령한 사실이 도급공사계약서 및 약속어음 사본에 의하여 확인되며, 청구법인은 2001.12.31. 공사금액 전액에 대한 쟁점매출세금계산서를 발행하여, 청구법인의 공사수입금액 및 매출채권으로 장부에 계상하여 2001년 제2기 부가가치세 확정 신고를 하였으며, 2001 사업연도 수입금액으로 계상한 사실이 부가가치세신고서 및 매출처별세금계산서합계표와 재무제표 부속명세서에 의하여 확인되며, 청구외법인은 쟁점세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고한 사실은 없는 것으로 전산조회결과 확인된다.
• 나) 청구외법인이 2005.12.30. 작성한 사실확인서에 의하면 쟁점공사계약은 청구외법인의 내부문제로 이행되지 않고 지연되다가 2005. 1.15. 쌍방합의에 의하여 일체의 조건없이 계약만 해지한 것으로 ‘도급공사 해지약정서’에 의하여 확인되고 있으며, 청구법인은 2005. 1.15. 쟁점매출세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 발행하여 2005년 제1기 부가가치세 예정 신고 시 매출과세표준에서 차감한 사실이 부가가치세신고서 및 세금계산서합계표 전산조회결과 확인되고 있다.
• 다) 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인 조사 시 쟁점매출 세금계산서를 용역의 공급없이 가공으로 발행한 것으로 보았으며, 가공매출세금계산서는 수정세금계산서를 발행할 수 없음에도 청구법인이 수정세금계산서를 발행하여 20 05년 제1기 부가가치세 예정 신고 시 매출과세표준에서 차감한데 대하여 이를 부인하고 청구법인에게 2005. 6.10. 부가가치세 11,318,380원을 경정․고지한 사실이 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.
• 라) 청구법인은 처분청이 쟁점매출세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 부인하고 2005년 제1기 부가가치세 과세표준을 증액경정 하면서 당초 쟁점매출세금계산서를 발행한 2001년 제2기 부가가치세 및 2001 사업연도 법인세는 경정청구기간이 경과되었다는 이유로 경정감 결정하지 아니한 대하여 쟁점공사 계약이 2001. 12. 6. 체결되었다가 2005. 1.15. 해약됨으로써 2001년 제2기 부가가치세 및 2001 사업연도 법인세에 대한 경정청구기간이 경과되어 경정청구를 하지 아니하였으나, 쟁점매출세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 부인하는 경정처분을 하는 경우 당초 가공 발행하여 부가가치세 및 법인세 과세표준으로 신고한 과세기간에 대하여 감액결정을 하여야 한다는 주장이나, 경정청구기간이 경과되어 경정청구하지 못한 과세기간에 대한 다른 처분이 없었으므로 불복청구 대상이 존재하지 아니한 것으로 보여진다.
• 다. 판단 사업자가 재화 또는 용역의 공급없이 가공으로 세금계산서를 교부한 경우 가공으로 교부한 세금계산서에 대하여는 부가가치세법 시행령 제59조 의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것인 바, 청구법인이 쟁점공사에 대한 용역의 공급없이 교부한 쟁점매출세금계산서는 수정세금계산서 교부대상이 아님에도 불구하고 청구법인이 수정세금계산서를 발행하여 2005년 제1기 부가가치세 예정 신고 시 매출과세표준에서 차감한데 대하여 처분청이 이를 부인하고 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다. 또한, 청구법인이 가공매출 세금계산서를 발행하여 2001년 제2기 부가가치세 신고 시 매출과세표준으로 신고하고 2001 사업연도 수입금액에 계상하여 법인세를 신고하였다고 하더라도 이는 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 기한 내에 경정청구를 하여야 할 사항일 뿐 처분청에서 다른 처분을 한 사실이 없으므로 불복청구 대상이 존재하지 아니한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 2001년 제2기 부가가치세 및 2001 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 감액결정하지 아니한 것은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 쟁점② 가공매출에 대응하는 가공매입을 법인의 소득금액 계산 시 손금불산입하고 대표자에게 상여로 소득처분 한 것이 정당한지 여부

• 가. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) 청구법인은 쟁점매입처로부터 공사용역을 제공받은 사실없이 쟁점매입세금계산서만 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제한 것으로 하여 2001년 제2기 부가가치세를 신고한 사실이 부가가치세신고서와 매입처별세금계산서합계표에 의하여 확인되고, 2001 사업연도 청구법인의 소득금액 계산 시 손금에 산입한 사실이 외주가공비 계정에 의하여 확인되고 있으며, 처분청이 2003.11월 쟁점매입 세금계산서에 대하여 실지 거래여부를 조회한 결과 실물거래없이 세금계산서만 교부받은 것으로 청구법인이 작성한 거래내용확인서에 의하여 확인된다.
• 나) 한편, 처분청은 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고 청구법인에 2001년 제2기 부가가치세 47,400,000원을 2005. 5. 1. 경정․고지하고, 2001 사업연도 소득금액 계산 시 쟁점매입세금계산서 관련 공급가액을 손금불산입하여 20 05. 6.17. 법인세 123,031천원을 경정․고지하고 공급가액과 매입세액 상당액을 대표자에게상여로 소득 처분한 사실이 부가가치세와 법인세결정결의서 및 소득금액변동통지서(1)에 의하여 확인된다.
• 다) 처분청이 쟁점매입세금계산서에 대한 공급가액 및 매입세액 상당액을 상여로 소득처분한데 대하여 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하여 외부로 유출되었는지 여부를 확인한 결과,

(1) 청구법인은 청구외법인에게 방축열 및 조명부분 공사계약보증금으로 2000.10. 12. 150,000천원, 2000.11. 2. 100,000천원 합계 250,000천원을 지급한 것으로 계정별원장 중 계약보증금 계정에 기재되어 있으며, 2000.10.12. 청구외법인이 작성한 입금표 150,000천원과 청구법인의 자기앞수표 2매 105,000천원과 ○○은행 무통장입금증 37,672천원, ○○은행 무통장 입금증 20,000천원 및 ‘방축열(냉난방)시스/조영부문 정식계약 전 약정서’를 제시하고 있다.

(2) 청구외법인으로부터 공사계약 이행보증금에 대한 담보로 2001. 9.11. 청구 외 (주)○○가 발행하고 청구외법인이 배서한 약속어음 액면 150백만원권 1매, 100백만원권 1매 합계 250백만원(지급일 2001.11.13, 이하 “쟁점받을어음”이라 한다)을 수취하여 만기에 결제된 것으로 받을어음 및 제예금․현금출납장에 계상되어 있으나, 쟁점받을어음 사본에 의하면 2001.11.13. 무거래로 ○○은행 ○○지점에서 부도처리된 것으로 확인되고 있다.

(3) 청구법인은 쟁점부도어음을 장부상 부도로 처리하지 않고 금 150백만 원의 약속어음은 2001.11.12. 정상적으로 결제되어 제예금 계정으로 대체한 후 제예금을 인출하여 쟁점매입처 외상매입대금 275,000천원 중 2001.12.12. 82,500천원, 2001.12.20. 80,300천원, 2001.12.31. 12,200천원, 쟁점부도어음 중 100,000천원으로 외상매입대금을 지급한 것처럼 변칙적으로 회계처리한 사실이 계정별 원장에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 쟁점매입세금계산서 중 1매, 공급가액 75,000천원은 2001.11.30. 수취하고, 1매 공급가액 175,000천원은 2001.12.31. 수취한 것으로 장부에 계상한 사실이 외주가공비 계정에 의하여 확인되고 있다.

• 다) 청구법인은 청구외법인으로부터 공사계약 이행보증금에 대한 담보로 수취한 쟁점받을어음이 부도처리 되었을 때 부도어음계정으로 회계처리하고 채권보전을 위한 노력을 하여야 함에도 불구하고 부도어음계정으로 회계 처리한 사실과 채권보전을 위한 조치를 한 사실이 없는 것으로 확인된다.
• 라) 청구법인은 쟁점공사 계약을 2001.12. 6. 체결하였으나, 공사이행을 위한 보증금은 2000.10.12. 150,000천원, 2000.11. 2. 100,000천원 합계 250,000천원을 지급하고 이행보증금에 대한 담보로 2001.10.27. 청구외법인이 배서한 약속어음 2매, 250,000천원(지급일 2001.11.13.)을 수취한 것으로 회계처리 하였으나, 쟁점공사 계약체결 전에 쟁점공사 관련 이행보증금을 지급하고 보증금에 대한 담보로 쟁점받을어음을 수취한 사실 등으로 미루어 볼 때 쟁점매입세금계산서가 쟁점공사와 관련하여 수취하였다고 보기 어렵다.
• 마) 또한, 쟁점공사와 관련하여 이행보증금으로 지급한 250백만원을 2005. 1.15. 쟁점공사가 해약되었으므로 이행보증금을 청구외법인으로부터 반환받아야 함에도 이를 반환 받은 사실이 장부 및 제증빙 서류에 의하여 확인되지 아니하며, 청구법인의 대표자도 이행보증금 반환 여부를 기억하지 못한다고 진술하였다.
• 나. 판단 청구법인은 쟁점공사를 착수하기 전에 가공으로 발행한 쟁점매출세금계산서에 대응되는 원가로 계상하기 위하여 쟁점매입세금계산서를 교부받았으므로 가공매출에 대응되는 가공매입에 대하여 법인의 사업연도 수입금액 계산 시 손금불산입하면서 상여로 소득 처분할 수 없다는 주장이나, 청구법인은 쟁점매입세금계산서 중 쟁점공사 계약을 체결하기 전인 2001.11.30. 공급가액 75,000천원의 가공세금계산서를 교부받은 사실로 미루어 보아 쟁점매입 세금계산서를 쟁점매출세금계산서에 대응되는 원가로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 청구법인이 가공매출은 장부상 외상매출금으로 계상하고 가공매입 275,000천원 중 150,000천원은 부도처리 된 받을어음을 부도어음으로 처리하지 않고 정상적으로 결제 받아 외상매입금을 지급한 것으로 회계처리 하고, 100,000천원은 부도처리된 받을어음으로 결제한 것처럼 변칙적으로 회계처리 하였으며, 25,000천원은 현금으로 지급한 것으로 회계처리한 사실로 보아 쟁점매입세금계산서를 가공매출에 대응되는 가공매입이므로 상여로 소득 처분할 수 없다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 청구법인이 청구외법인에게 쟁점공사에 대한 이행보증금을 지급하고 담보로 받았다는 쟁점받을어음이 부도처리 되었음에도 불구하고 채권보전을 위한 조치를 한 사실이 없으며, 쟁점공사 해약으로 반환받아야할 이행보증금의 반환 여부에 대하여 장부에 계상한 사실이 확인되지 아니하고 객관적인 증빙자료도 제시하지 못하므로 이행보증금의 회수여부가 불분명하다. 따라서 처분청이 쟁점매입세금계산서 관련 공급가액을 청구법인의 2001. 사업연도 소득금액 계산 시 손금불산입하고 공급가액 및 매입세액 상당액을 대표자에게 상여로 소득 처분한 당초 처분은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.