매출환입분을 매출 발생 다음 과세연도의 법인세 과세표준에서 차감할 수는 없음

○○○세무서장이 2005.01.04.에 청구법인에게 경정·고지한 1999년 제2기분 부가가치세 2,854,440원 및 1999년 사업연도분 법인세 42,024,930원의 부과처분은 1999년 제2기분 부가가치세 및 1999년 사업연도분 법인세 과세표준에서 7,351,500원을 차감하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

내용 청구법인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 202-4번지에서 도료 제조업을 개업일인 1985.09.05. 이후 운영하는 사업자이다.

○○세무서장은 서울특별시 ○○구 ○○동 990-80번지의 건설업체인 (주)○○이 1999년 제2기 과세기간에 청구법인으로부터 세금계산서 1매(공급일자: 1999.12.31.; 공급가액: 12,960,000원; 이하 “쟁점세금계산서①” 및 “쟁점금액①”이라 한다)를 교부받아 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고 쟁점금액①을 손금에 산입하여 1999년 사업연도분 법인세를 신고하였는데, 청구법인이 1999년 제2기분 부가가치세 및 1999년 사업연도분 법인세 신고를 하면서 쟁점금액①을 부가가치세 및 법인세 과세표준에 포함시키지 않은 사실을 처분청에 2005.01.05.에 통보하였다. 또한, ○○지방국세청장은 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 15-1번지의 건설업체인 ◎◎(주)가 1999년 제1기 과세기간에 청구법인의 서울지점(이하 “서울지점”이라 한다)으로부터 별도의 세금계산서를 교부받은 것으로 신고하지 않았는데, 서울지점이 ◎◎(주)에 세금계산서 1매(공급일자: 1999.01.04.; 공급가액: (-)36,565,000원; 이하에서 “쟁점세금계산서②”라 하고, 36,565,000원을 “쟁점금액②”라 한다)를 발행한 후 1999년 제1기분 부가가치세 신고 및 1999년 사업연도분 법인세 신고를 하면서 쟁점금액②를 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 감액한 사실을 처분청 및 서울지점의 사업장을 관할하는 ○○세무서장에게 2004.06.24.에 통보하였다. 마지막으로, ○○세무서장은 (주)○○이 1999년 제1기 과세기간에 서울지점으로부터 세금계산서 1매(공급일자: 1999.06.30.; 공급가액: 23,274,000원; 이하 “쟁점세금계산서③” 및 “쟁점금액③”이라 한다)를 교부받아 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고 쟁점금액③을 손금에 산입하여 1999년 사업연도분 법인세를 신고하였는데, 서울지점이 1999년 제1기분 부가가치세 신고를 하면서 쟁점금액③을 부가가치세 과세표준에 포함시키지 않고 청구법인이 1999년 사업연도분 법인세 신고를 하면서 쟁점금액③을 법인세 과세표준에 포함시키지 않은 사실을 처분청 및 ○○세무서장에게 2005.01.05.에 통보하였다.

○○세무서장 및 중부지방국세청장으로부터 통보받은 사실에 근거하여 처분청은 쟁점금액①에 대한 1999년 제2기분 부가가치세 2,854,440원 및 쟁점금액①, 쟁점금액②, 쟁점금액③에 대한 1999년 사업연도분 법인세 42,024,930원을 2005.01.04.에 청구법인에게 경정·고지(이하 “쟁점과세처분”이라 한다)하였고, ○○세무서장은 쟁점금액②, 쟁점금액③에 대한 1999년 제1기분 부가가치세 13,209,450원을 2004.07.13.에 서울지점에 경정·고지(이하 “관련과세처분”이라 한다)하였다. 청구법인은 쟁점과세처분에 불복하여 2005.04.13.에 이의신청을 하였는데, 처분청은 2005.05.13.에 기각결정을 하였다. 서울지점은 관련과세처분에 불복하여 2004.09.13.에 이의신청을 거친 후 2005.01.14.에 심사청구(이하 “관련심사청구”라 한다)를 하였는데, 국세청장은 2005.05.23.에 쟁점금액③ 중에서 11,264,800원(이하 “쟁점금액③-ⓑ”라 하고 나머지 12,009,200원은 “쟁점금액③-ⓐ”라 한다)에 대한 1999년 제1기분 부가가치세를 취소하는 결정(이하 “관련심사결정”이라 한다)을 서울지점 및 ○○세무서에 통보하였다.

○○세무서로부터 관련심사결정을 통보받은 처분청은 동(同)결정의 취지에 따라 쟁점금액③-ⓑ에 대한 1999년 사업연도분 법인세 6,515,560원을 2005.07.04.에 감액하였다. 청구법인은 처분청의 이의신청 결정에 불복하여 2005.08.12.에 이 건 심사청구를 하였으나, 쟁점금액③-ⓐ에 대한 1999년 사업연도분 법인세 과세처분은 청구대상에 포함하지 않았기 때문에 이 건 심사청구의 대상은 쟁점금액①에 대한 1999년 제2기분 부가가치세 및 쟁점금액①, 쟁점금액②에 대한 1999년 사업연도분 법인세이다. 청구법인을 포함한 거래당사자들간의 세금계산서의 교부 관계 및 쟁점과세처분 등의 내용을 요약하면 아래의 그림 및 표와 같다. 청구법인 쟁점금액① (1999년 제2기) (본점, 처분청) → (주)○○○ (12,960,000원) ↗ 쟁점금액③ (1999년 제1기) (23,274,000원) ｛ 11,264,800원 (쟁점금액③-ⓐ) 12,009,200원 (쟁점금액③-ⓑ) 서울지점 쟁점금액② (1999년 제1기) (○○세무서) →

○○○(주) ((-)36,565,000원) 부가가치세 과세처분 법인세 과세처분 쟁점금액① 쟁점과세처분(처분청) 쟁점과세처분(처분청) 쟁점금액② 관련과세처분(○○세무서) 관련심사결정에서 기각 쟁점과세처분(처분청) 쟁점금액③-ⓐ 관련과세처분(○○세무서) 관련심사결정에서 기각 쟁점과세처분(처분청) (이 건 심사청구에서 다투지 않음) 쟁점금액③-ⓑ 관련과세처분(○○세무서) 관련심사결정에서 취소 쟁점과세처분(처분청) 관련심사결정의 취지에 따라 취소 (cf): 이 건 심사청구의 대상 /: 관련심사청구의 대상

청구법인은 1999년 (제1기 및) 제2기 과세기간에 (주)○○에 재화를 공급하고 (쟁점세금계산서③ 및) 쟁점세금계산서①을 발행하지 않았으므로, (쟁점금액③ 및) 쟁점금액①에 대한 부가가치세 및 법인세 과세처분(이하 “쟁점과세처분①”이라 한다)은 부당하다. 즉, (쟁점세금계산서③ 및) 쟁점세금계산서①은 (주)○○○의 요청을 받은 서울지점의 영업담당 직원이었던 청구외 ○○○가 임의로 발행한 가공세금계산서였다. 또한, 청구법인은 세금계산서를 전산으로 발행하고 있는데 (쟁점세금계산서③ 및) 쟁점세금계산서①은 일련번호도 기재되어 있지 않고 수기로 작성되어 있는데, ○○○는 본인이 (쟁점세금계산서③ 및) 쟁점세금계산서①을 작성한 사실을 확인하였으며, 청구법인이 (주)○○ 및 동(同)법인의 기장업무를 담당하는 대리인에 (쟁점금액③ 및) 쟁점금액①에 해당하는 물품인수증 등의 제출을 요구하였으나, 동(同)법인은 이를 거부하였다. 서울지점은 1998.12.31.에 ◎◎(주)에 쟁점금액②에 해당하는 도료(이하 “쟁점재화②”라 한다)를 외상으로 판매하였으나 ◎◎(주)은 보관이 곤란하다는 이유로 1999.01.04.에 쟁점재화②를 반환하였는데 (i) 청구법인은 1998년 제2기분 부가가치세 신고 및 1998년 사업연도분 법인세 신고를 하면서 쟁점금액②를 부가가치세 및 법인세 과세표준에 포함시킨 후, 1999년 제1기분 부가가치세 및 1999년 사업연도분 법인세 신고를 하면서 쟁점금액②를 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 차감한 반면 (ii) ◎◎(주)는 쟁점금액②에 대하여 어떠한 부가가치세 및 법인세 신고도 하지 않았다. 따라서, 1998년 제2기 과세기간말에는 이미 공급된 후 1999년 제1기 과세기간에 반환된 쟁점재화②에 대하여 청구법인이 (부가가치세 및) 법인세 과세표준을 차감하는 쟁점세금계산서②를 발행한 것은 정당하며, 거래상대방인 ○○○(주)이 1999년 제1기분 매입금액을 차감하지 않았기 때문에 청구법인의 (부가가치세 및) 법인세 신고내용이 잘못된 것으로 본 쟁점금액②에 대한 법인세 과세처분(이하 “쟁점과세처분②”라 한다)은 부당하다.

청구법인은 거래장 사본 등을 근거로 쟁점금액①에 해당하는 재화를 (주)○○에 공급하지 않았다고 주장하지만, 쟁점세금계산서①은 일련번호가 기재되어 있지 않은 점을 제외하고는 특이사항이 없는 정상적인 세금계산서로 보이므로, 쟁점과세처분①은 정당하다. 또한, 쟁점과세처분②가 부당하다는 청구인의 주장을 뒷받침할 수 있는 특별한 근거가 없으므로 동(同)과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 1999년 제2기 과세기간에 쟁점금액①에 해당하는 도료를 (주)○○○에 공급한 것으로 볼 수 있는지 여부(이하 “쟁점①”이라 한다)와 1998년말에 판매한 후 1999년초에 반품된 도료의 공급가액인 쟁점금액②를 1998년 사업연도분 법인세 과세표준에 포함시킨 후 1999년 사업연도분 법인세 과세표준에서 차감할 수 있는지 여부(이하 “쟁점②”라 한다)를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. (이하 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 … 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저, 사실관계를 살펴본다】

(1) 관련심사결정의 주요한 내용은 아래와 같다. (단, 문단④ 및 문단⑤는 이 건 심리과정에서 추가로 확인한 내용임)

① 서울지점과 (주)○○가 과세기간별로 제출한 매출 및 매입세금계산서합계표 중 쟁점금액① 및 쟁점금액③과 관련하여 상호간의 거래로 신고한 내용은 아래의 표와 같음. (단위: 원) 1998년 제2기 1999년 제1기 1999년 제2기 합계 청구법인 11,264,800

• 5,608,500 16,873,300 (주)○○

• 23,274,000 12,960,000 36,234,000

② 심리과정에서 (주)○○의 대표자인 청구외 ○○○과 ○○○에게 확인한 바에 의하면 (주)○○은 1998.03.16.에 “○○우편집중국청사” ALC판넬공사를 ○○종합건설(주)로부터 175,000,000원에 도급받아서 1998.09.20.에 그 중 외부도장공사(이하 “쟁점공사③”)를 청구법인에게 23,274,000원(쟁점금액③)에 하도급하는 계약(공사기간: 1998.09.20.～1999.05.20.)을 체결하였으며,

③ 심리과정에서 서울지점, (주)○○ 및 ○○○에게 확인한 바에 의하면 (주)○○는 쟁점공사③의 거래대금 25,601,400원(23,274,000원(쟁점금액③) x 110%)을 ○○○에게 지급하였는데 ○○○는 그 중 도료대금인 12,391,280원(= 11,264,800원(쟁점금액③-ⓑ) x 110%)을 서울지점에 지급하였으며, 나머지 13,210,120원은 현장에서 도장업 면허를 가진 개인사업자(이하 “도장업자”)에게 쟁점공사③을 위임하면서 지급하였다고 진술함.

④ 공형섭, ○○○ 및 (주)○○건설에 확인한 바에 의하면 (주)○○은 쟁점공사③ 외에 1999.01.18.에 “○○○열병합발전소” ALC판넬공사를 (주)○○건설로부터 104,821,000원에 도급받아서 1999.10.30.에 그 중 외부도장공사(이하 “쟁점공사①”)를 청구법인에 12,960,000원(쟁점금액①)에 하도급하는 계약(공사기간: 하도급계약서에는 1999.02.01.～1999.11.30.로 기재되어 있으나 실제로는 1999.10.30.～1999.11.30.로 보임)을 체결하였으며,

⑤ 청구법인, (주)○○ 및 ○○○에게 확인한 바에 의하면 (주)○○는 쟁점공사①의 거래대금 14,256,000원(12,960,000원(쟁점금액①) x 110%)을 ○○○에게 지급하였는데 ○○○는 그 중 도료대금인 6,170,000원(≒ 5,608,500원 x 110%)를 2000.01.20.에 청구법인에 어음(6,000,000원) 및 현금(170,000원)으로 지급하였으며, 나머지 8,086,000원은 현장에서 도장업자에게 쟁점공사①을 위임하면서 지급하였다고 진술함.

⑥ 하도급계약서상의 공사대금 25,601,400원의 수수 사실이 확인된 점 및 최초의 공사대금 6,000,000원이 1999.04.30.에 현금으로 수수된 점 등으로 볼 때 하도급공사 관련 세금계산서는 1998년 제2기 과세기간에 11,264,800원(쟁점금액③-ⓑ), 1999년 제1기 과세기간에 12,009,200원(쟁점금액③-ⓐ)으로 발행·교부되어야 한다고 판단되므로 청구법인이 1999년 제1기분 부가가치세 과세표준에 쟁점금액③ 전체를 누락한 것으로 본 처분청의 쟁점금액③-ⓑ에 대한 부가가치세 과세처분은 부당함. (경정 결정)

⑦ 서울지점이 쟁점금액②를 1998년 2기분 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고한 것은 당초부터 재화의 공급이 없었음에도 재화의 공급이 있는 것으로 잘못 알고 신고한 것이므로 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의하여 1998년 2기 부가가치세를 경정청구하여야 할 것임에도 1999년 1기분 부가가치세 과세표준에서 차감하여 신고하였으므로, 처분청의 쟁점금액②에 대한 1999년 제1기분 부가가치세 과세처분은 정당함. (기각 결정)

(2) 청구법인은 당초 (쟁점세금계산서③ 및) 쟁점세금계산서①가 가공세금계산서라고 주장했지만, 심리과정에서 (주)○○로부터 도료대금(이 건의 경우 6,170,000원)을 지급받은 사실의 확인을 요구받은 후 동(同)금액에 해당하는 재화를 (주)○○에 공급한 사실은 인정하였다.

(3) 청구법인 및 ○○○에 의하면 건설업 면허가 없는 청구법인은 도장공사를 수행할 수 없지만, 영업담당 직원들이 판촉활동을 위해 청구법인 명의로 계약을 체결한 후 (i) 청구법인이 도료를 직접 판매하고 (ii) 도장공사는 도장업자들에게 위임하는 방식으로 수행한다고 한다.

(4) 국세통합전산망에 의하면 ○○○는 1994년부터 2000년까지 서울지점에서 근무하면서 (1997년에는 청구법인에서 근무함) 매년 10,178,690원～25,973,056원의 급여를 지급받은 것으로 확인된다.

(5) 청구법인은 1997년부터 ERP(전사적자원관리) 시스템을 구축하고 세금계산서를 전산으로 발행하고 있으며, ○○○가 쟁점세금계산서①을 수기로 발행한 것은 영업부서에서 거래용으로 사용하는 대표자 인감을 관리하기 때문이라고 한다.

(6) 청구법인은 ○○○의 허위 세금계산서 발행으로 인한 세금 추징으로 발생한 손해배상금 13,209,450원의 집행을 보전하기 위해 ○○○의 유체동산의 가압류를 신청하였고, 서울중앙지방법원은 2004.12.06.에 가압류를 결정하였다.

(7) 서울지점과 ◎◎(주)가 과세기간별로 제출한 매출 및 매입세금계산서합계표 중 쟁점금액②를 포함하여 상호간의 거래로 신고한 내용은 아래의 표와 같다. (단위: 원) 1998년 제2기 1999년 제1기 청구법인 133,254,400 (-)16,321,000 ◎◎ (주) 96,689,400 20,244,000 차액 36,565,000 (-)36,565,000

(8) 청구법인은 쟁점재화②가 1999년 제2기 과세기간말에 이미 공급된 후 1999년 제1기에 반환되었다고 주장하지만 (i) 동(同)재화가 실제로 운송되었는지 여부는 확인할 수 없고 (ii) ◎◎(주)가 동(同)재화를 인수하였다는 증빙이 제시되거나 발견되지는 않았다. 【다음, 쟁점①에 대하여 본다】

(1) 청구법인은 당초 쟁점세금계산서①이 가공세금계산서라고 주장했지만, (주)○○ 및 ○○○에게 확인할 사실 - 즉, (주)○○에 도료를 판매하고 도료대금 6,170,000원을 지급받은 사실 - 은 인정하였고, 지급받은 금액의 대부분인 6,000,000원의 증빙이 어음으로 확인되므로, 청구법인이 1999년 제2기에 (주)○○에 발행한 세금계산서의 공급가액인 5,608,500원(≒ 6,170,000원÷110%)에 해당하는 재화를 (주)○○에 공급한 것으로 보이고, 따라서 동(同)금액은 청구법인의 1999년 제2기분 부가가치세 및 1999년 사업연도분 법인세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 그러나, 쟁점금액① 중에서 5,608,500원을 제외한 7,351,500원(≒ 8,086,000원÷110%)은 ○○○가 현장에서 도장업자에게 쟁점공사①을 위임하면서 지급한 것으로 청구법인, (주)○○ 및 ○○○가 공통적으로 진술하고 있으므로, 청구법인의 1999년 제2기분 부가가치세 및 1999년 사업연도분 법인세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다. 【다음, 쟁점②에 대하여 본다】

(1) 서울지점과 ◎◎(주)가 1998년 제2기와 1999년 제1기에 제출한 매출 및 매입세금계산서합계표에서 상호간의 거래로 신고한 내용은 각각 쟁점금액②만큼 차이가 나지만 통산(通算)할 경우에는 합계금액이 일치하고, 관련심사결정의 내용에서도 서울지점에서 당초부터 재화의 공급이 없었음에도 재화의 공급이 있는 것으로 잘못 알고 신고한 것으로 명시하고 있으므로, 청구법인의 주장과 같이 서울지점이 1998.12.31.에 쟁점재화②를 외상으로 판매하였으나 ◎◎(주)가 1999.01.04.에 동(同)재화를 반환하였다는 주장은 사실인 것으로 보인다.

(2) 그러나, 장부에 매출액으로 계상하더라도 매출환입(반품)이 발생한 경우에는 당초 매출액의 차감계정으로 계상하도록 규정하고 있는 기업회계기준과 마찬가지로 부가가치세법에서도 당초의 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 발행하도록 규정하고 있다.

(3) 또한, ◎◎(주)가 1999.01.04.에 쟁점재화②를 반환한 후 청구법인이 1998년 사업연도분 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한(1999.03.31.)까지 충분한 기간이 있었음에도 1998년 사업연도분 법인세 과세표준을 정정하지 않은 것은 청구법인의 귀책사유로 보이므로, 과대계상된 1998년 사업연도분 법인세 과세표준에 대응하여 1999년 사업연도분 법인세 과세표준을 차감해야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.