반품으로 인하여 교부받은 세금계산서의 공급가액이 매출원가에 포함되었는지 여부

1. ○○세무서장이 2005. 7. 1. 청구법인에게 2003사업연도분 법인세 30,327,680원의 부과처분은 매출원가를 과대계상액한 것으로 보아 손금불산입한 150,000,000원은 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

2002. 9.12. 개업하여 컴퓨터 소프트웨어개발 및 컴퓨터장비 등의 도․소매업을 영위하고 있는 청구법인이 2003. 7. 1.자로 상품 매입처인 청구 외 (주)○○(이하󰡒청구외법인󰡓이라 한다)로부터 반품으로 인하여 교부받은 공급가액 △150,000,000원의 매입세금계산서(이하 󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)가 신고누락되었다 하여 200 5. 5.31. 부가가치세에 대하여는 수정신고․납부하고, 법인세에 대하여는 상품 △15 0,000,000원(유보), 부가가치세대급금 △15,000,000원(유보), 가지급금 165,000, 000원(상품 반품 건을 가수금 잔액과 상계처분하여 기타처분함)으로 익금산입 및 손금불산입의 세무조정을 하여 추가 납부할 세액 없이 2005. 6.15. 수정신고한데 대하여, 처분청은 동 반품관련 공급가액 150,000,000원이 매출원가로 과대계상되었다 하여 부가가치세를 포함한 165,000,000원을 손금불산입(대표자 상여처분)하고, 동 부가가치세상당액 15,000,000원(기타)을 손금산입하여 2005. 7. 1. 청구법인에게 2003사업연도분 법인세 30,327,680원을 경정․고지하고, 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 8.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 주요 매입처인 청구외법인으로부터 S○○ 등의 상품을 2002.12.28. 공급가액 300,000,000원, 2002.12.30. 공급가액 105,000,000원을 매입하여 재고로 보유하고 있던 중 2003년 중에 일부를 판매하고 나머지 판매하지 못한 상품을 20 03. 7. 1.자로 공급가액 150,000,000원(쟁점세금계산서분임), 2003.10.31. 공급가액 150,000,000원 합계 300,000,000원 상당의 상품을 반품하여 청구외법인으로부터 각 반품세금계산서를 교부받았으나, 회계실수로 인하여 쟁점세금계산서분에 대하여는 신고누락하여 부가가치세와 법인세를 수정신고하면서 법인세의 경우 반품기장 누락한 쟁점세금계산서 상당의 상품은 기말재고로 계상되어 있고, 동 상품매입과 관련한 외상매입금은 대표자로부터 가수금을 받아 변제한 것으로 기장처리되어 있으므로 자산 및 부채의 과다 계상에 해당되어 법인세의 추가납부 없이 수정신고를 한 것인데도, 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서 상당액을 매출원가에 계상한 것으로 보아 손금불산입(대표자 상여처분)하여 과세한 이 건 부과처분은 부당하다.

당초 청구법인이 제출한 외상대현황, 현금출납장 및 외상매입금원장에는 매입반품이 있기 전 청구외법인에 대한 외상매입금 잔액이 164,500천원이고, 2003. 7. 1. 및 2003.10.31.자 매입 반품분을 합치면 330,000천원이 되어, 외상매입액이 부족하여 청구법인의 주장과 일치하지 않고, 추후에 통장사본을 제출하면서 2003. 1.31. 및 2003. 3.31. 청구외법인에게 총 340,000천원의 외상대를 현금 지급한 것은 잘못 계상한 것이고, 실제로는 외상매입잔액이 330,000천원이라고 주장하는 바, 고액의 외상대금을 지급한 부분마저 장부에 허위로 계상되어 있으므로 쟁점매입감액세금계산서 상당의 상품이 기말재고로 장부에 남아 있다는 청구법인의 주장도 신빙성이 없으며, 현금출납장을 보면, 2003. 1.31. 211,000천원, 2003. 3.20. 275, 000천원의 대표자 가수금이 입금되어 2003. 1.31. 200,000천원(허위), 2003. 3.2 1. 225,000천원이 대표자 가수반제되는 등 가수금계정을 임시방편적으로 운용한 것으로 판단되어 청구법인에게 법인세를 과세하고 대표자에게 상여처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 매입 반품관련 쟁점세금계산서의 상품상당의 공급가액이 매출원가에 계상되고 동 공급대가 상당액이 사외유출된 것으로 보아 상여처분하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 같은법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 같은법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다.(이하 생략)

④ 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005. 2.19.신설)

○ 부칙 (대통령령 제18706호, 2005. 2.19.) 제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제111조 내지 제114조․제114조의2․제136조의2 및 제138조의3의 개정규정은 2005년 7월 1일부터 시행한다. 제7조 (소득처분에 관한 적용례) 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) 처분청이 제시하는 서류에 의하면, ○○세무서에서 쟁점감액매입세금계산서와 관련하여 청구외법인으로부터 소명받아 처분청에 과세자료로 통보함에 따라 2005. 5. 9.자로 청구법인에게 “세금계산서 불부합거래 소명 안내문”발송하였고, 청구법인은 2005. 5.31. 부가가치세에 대하여는 수정신고․납부하고, 법인세에 대하여는 “1. 처분내용”에서 본 바와 같은 내용으로 2005. 6.15. 수정신고한데 대하여, 처분청은 공급가액 150,000,000원이 매출원가로 과대계상되었다 하여 부가가치세를 포함한 165,000,000원을 손금불산입(대표자에게 상여처분)하고, 부가가치세 15,000, 000원을 손금산입(기타)하여 이 건 법인세를 경정한 것으로 나타난다.
• 나) 청구외법인이 ○○세무서에 소명한 내용에 의하면 청구법인이 2002년 2기 중에 ○○랜드에서 서버보안제품의 수요가 있다고 하면서 청구외법인으로부터 2건을 매입하였으나 ○○랜드에서 예정된 수요보다 적게 구입하자 청구법인이 일부 반품을 요구하였고 일부 제품은 다른 사이트에 설치한다고 하여 2003. 7월에 일부 반품받아 취소세금계산서를 교부하여 주었다는 내용이다.
• 다) 청구법인은 청구외법인으로부터 2002.12.28. 공급가액 300,000,000원 및 20 02.12.30. 공급가액 105,000,000원의 매입상품을 2003. 7. 1.자로 공급가액 150, 000,000원(쟁점세금계산서해당분임), 2003.10.31. 공급가액 150,000,000원 합계 3 00,000,000원을 반품하여 청구외법인으로부터 각 반품세금계산서를 교부받았으나, 쟁점세금계산서와 관련한 거래는 반품회계처리를 하지 아니하고 부가가치세와 법인세를 신고하였으나, 쟁점세금계산서와 관련한 상품(S○○)은 매출원가로 계상한 바 없이 기말재고로 계상되어 있다고 하면서 제시하는 2003사업연도분 법인세신고서 및 결산서 등에 의하면, 쟁점세금계산서상의 품목은 수량, 단가 등의 기재 없이 “S○○외”로 되어있고, 2003년 결산서상 상품매출원가는 1,007,649,977원(기초재고 511,457,000원+당기매입 727,443,177원-기말재고 231,250,200원)으로 되어있는데, 상품재고명세 중에는 “S○○, 10개, 150,000,000원”으로, 2004년 상품재고명세에도 “S○○, 10개, 150,000,000원”으로 기재되어 있으며, 청구법인의 2003년도 상품계정장부상 “S○○”를 청구외법인 외의 다른 거래처로부터는 매입한 것으로 나타나지 아니한다.
• 라) 청구법인이 제시하는 자료에 의하면, 청구법인은 청구외법인과 2002년～2003년간 다음과 같은 매입거래가 있은 것으로 나타나는데, 처분청도 이점에 대하여는 다툼이 없다. (단위:천원) 일자 공급가액 세액 계 비 고 2002.12.28. 300,000 30,000 330,000 2002.12.30. 105,000 10,500 115,500 2002년 소계 445,500

2003. 2. 3. 270,000 27,000 297,000

2003. 7. 1. △150,000 △15,000 △165,000 쟁점세금계산서 2003.10.31. △150,000 △15,000 △165,000 2003.12.10. 14,100 1,410 15,510 계 389,100 38,910 428,010

• 마) 청구법인은 청구외법인에 대한 2003년도 외상매입금현황은 다음과 같다고 하면서 장부(외상매입금계정)와 청구외법인의 확인서 등을 제시하고 있다. (단위: 천원) 일자 장부상 실제 적요 차변 대변 잔액 적요 차변 대변 잔액 전기이월 445,500 445,500

2003. 1.31. 현금 200,000 245,500

2003. 2. 3. 매입 297,000 542,500 매입 297,000 742,500

2003. 3.21. 예금대체 175,000 567,500

2003. 3.31. 현금 140,000 402,500

2003. 6. 3. 예금대체 100,000 302,500 예금대체 100,000 467,500

2003. 6. 4. 예금대체 48,500 254,000 예금대체 48,500 419,000

2003. 7. 1. 예금대체 89,000 165,000 예금대체 89,000 330,000

2003. 7. 1. 반품 △165,000 165,000 2003.10.31. 반품 △165,000 0 반품 △165,000 0 2003.12.10. 매입 15,510 15,510 매입 15,510 15,510 차기이월 15,510 15,510

• 바) 청구법인이 제시하는 2005. 7.15.자 청구외법인의 확인서에 의하면, 2002.12. 31. 현재 청구법인에 대한 외상매출금 잔액은 445,500,000원이고, 위 3)의 표상 실제와 같은 내용으로 대금 등을 수령하고 2003.12.31. 현재 잔액 15,510,000원은 2004. 1. 9. 수령하였다고 하면서 청구법인으로부터 대금을 수령한 통장사본을 첨부하여 확인하고 있어, 위 외상매입대금의 결제에 있어서 장부상과 실제의 차이 부분은 장부상 2003. 1.31.자 현금 200,000천원과 2003. 3.31.자 현금 14 0,000천원은 실제 청구외법인에게 지급한 바 없는데도 지급한 것으로 기표되었고, 2003. 3.21.자로 실제 지급된 175,000천원은 장부상 기표하지 아니한 점에 차이가 있는 것으로 나타나며, 2003년 말 현재 외상매입금 장부상의 잔액과 실제 잔액이 일치하는 이유는 실제 지급한 바 없는 340,000천원(2003. 1.31.자 200,000천원 및 2003. 3.31.자 140,000천원)과 실제 지급되었으나 기표하지 아니한 2003. 3.21.자 175,000천원과 실제 반품되었으나 기표하지 아니한 2003. 7. 1.자 165,000천원의 합계 340,000천과 일치하기 때문인 것으로 보인다.
• 사) 청구법인이 제시하는 2003년도 현금출납부장상 실제와 다르게 기장된 무렵의 내용을 정리하면 다음과 같은데, 2003. 1.31. 200,000,000원의 외상매입금을 실제 반제하지 아니하였다면 그 자금원인 같은 날 입금된 것으로 되어 있는 대표자 가수금 입급액 211,000,000원 중 적어도 200,000,000원은 일단 가공 가수금이라 하겠다. (단위: 원) 일자 적요 입금 출금 잔액 1.30. 788,191 1.31. 대표자 가수금 입금 211,000,000 1.31. 미지급비용 등 11,661,830 1.31. 외상매입금 반제(청구외법인) 200,000,000 126,361 3.19. 856,480 3.20. 대표자 가수금 입금 275,000,000 3.20. 보통예금 입금 275,000,000 3.21. 보통예금 인출 226,150,000 3.21. 유류대 지급 등 40,400 3.21. 대표자 가수반제 225,000,000 1,966,080 3.30. 8,458.168 3.31. 외상대금 회수(

○○ 정보통신) 175,000,000 3.31. 환경개선부담금 등 4,683,200 3.31. 외상매입금 반제(청구외법인) 140,000,000 3.31. 대표자 가수금 반제 38,000,000 774,968

• 아) 청구법인이 제시하는 가수금원장에 의하면 2003. 1.30. 현재 대표자 가수금 잔액 83,539,200원에서 2003. 1.31.자로 211,000,000원이 입금된 후부터는 수 차례의 입금과 변제가 이루어져 2004.12.31. 현재까지 최소한 165,000,000원 이상의 잔액은 계속 유지되면서 2003.12.31. 현재 200,379,200원, 2004.12.31. 현재 231,335,200원의 잔액이 있은 것으로 되어 있으나, 2003. 6.30일경에는 그 잔액이 18 0,439,200원까지 감소된 바 있었고, 2004. 4.28일경에는 165,299,200원까지 감소된 바 있었던 것으로 나타나는데, 2003. 1.31.자 가공 가수금 200,000,000원을 차감하면 2003. 6.30. 가수금은 △19,560,900원(180,439,200원-200,000,000원)이 됨으로써 대표자에의 가수금은 전액 반제되고 오히려 19,560,900원의 가지급금이 발생되었던 것으로 계산된다.

○ 판단

• 가) 먼저 쟁점세금계산서 상당의 상품가액이 매출원가에 계상되는지의 여부에 대하여 보면, 청구법인의 2003년도 결산서상 상품매출원가는 1,007,649,977원(기초재고 511,457,000원+당기매입 727,443,177원-기말재고 231,250,200원)으로 되어있고, 상품재고명세 중에는 “S○○, 10개, 150,000,000원”으로, 2004년 상품재고명세에도 “S○○, 10개, 150,000,000원”으로 기재되어 있는 점으로 보아 쟁점세금계산서 상당의 상품가액 150,000,000원은 매출원가에 계상되지 않았다고 할 수밖에 없어 보이므로 처분청이 손금불산입하여 법인세를 과세한 것은 잘못이라 판단된다.
• 나) 다음, 쟁점세금계산서 상당의 대금 165,000,000원이 사외유출되어 대표자에 상여처분할 수 있는지의 여부에 대하여 보면, 사실관계에서 본 바와 같이 청구법인은 2003. 7. 1. 쟁점세금계산서의 반품상당의 외상매입금 165,000,000원을 바로 가공의 가수금을 발생시켜 지급한 것으로 회계처리한 것이 아니라 반품이 있기 훨씬 전인 2003. 1.31. 가수금 211,000,000원을 발생시키는 것을 시작으로 하여 20 03. 1.31. 실제 지급하지도 않았는데도 200,000,000원을 반제한 것으로 처리하고, 2003. 3.21일에는 175,000,000원을 실제 지급하고서도 기장하지 아니한 점, 2003. 3.31일에는 140,000,000원을 지급한 것으로 변칙 처리한 점 등으로 볼 때, 쟁점세금계산서 상당의 외상매입대금의 지급처리가 단순히 반품처리로 하여야 할 것을 회계실수에 의하여 처리한 것이 아니어서 청구법인의 회계처리는 신뢰성이 없어 보일 뿐만 아니라 청구법인의 2003년 말 현재 청구외법인의 외상매입금이 장부상 잔액과 실제 잔액이 같으나, 결국은 쟁점세금계산서 상당액 165,000,000원만큼 외상매입금액에서 차감하지 아니하고 반제를 예정으로 한 대표자에 대한 채무계정인 가수금계정 등을 조정하여 지급한 것으로 처리함으로써 그 만큼 반제를 예정한 대표자에 대한 채무가 증가됨으로써 순자산이 감소(사외유출)되었다고 할 것이며, 청구법인이 대표자에 대한 가수금 잔액(채무)과 상계되는 가지급금 165,000,000원이 누락된 것으로 보아 세무조정하여 수정신고한 것도 2005. 5. 9. 처분청으로부터 세금계산서 불부합 소명 안내문을 받고서야 수정신고를 하였으므로, 이는 법인세법 시행령 제109조 단서 규정에 해당되어 상여처분에서 제외할 수 없는 것으로 판단된다.
• 다) 그렇다면, 처분청이 쟁점세금계산서상의 상품 공급가액 상당액(150,000,000원)이 매출원가에 계상된 것으로 보아 손금불산입하여 이 건 법인세를 부과한 잘못이 있고, 쟁점세금계산서의 공급대가 상당액(165,000,000원)이 사외유출된 것으로 보아 대표자에게 상여처분한 것은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.