부동산을 일괄 양도하여 대표자에게 이익을 분여하였다고 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 2005. 4. 1. 청구법인에게 경정․고지한 2003사업연도(2003. 1. 1. ～2003.12.31.) 법인세 219,603,870원의 부과처분은 청구법인 소유 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 1,570㎡의 양도에 따른 양도차익을 산정함에 있어 청구법인과 매수자간의 계약체결 내용, 본계약서 작성 여부, 매도대금 수수내용, 매수자의 구분기장 내용 등에 대한 사실관계를 추가로 재조사하여 양도가액을 확인하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 합니다.

청구법인은 1998. 9. 1. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 부동산 임대업을 개시하여 2003.12.31. 폐업한 법인으로, ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 1,570㎡(이하󰡐청구법인 토지󰡑라 한다)를 1991. 2. 5. 취득하여 보유하다가 2003. 4. 3. (주)○○유통(이하󰡐매수자󰡑라 한다)에 양도하고, 2003사업연도(2003. 1. 1.～2003.12.31.) 법인세 신고 시 쟁점토지 양도가액을 400,350천원으로 신고하였다. 처분청은 청구법인 토지와 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 56㎡(이하󰡐대표자 토지󰡑라 한다) 및 위 양 지상 2층 근린생활 및 창고시설 건물 1,510.68㎡(이하󰡐대표자 건물󰡑이라 하고, 전체 부동산을󰡐쟁점부동산󰡑이라 한다)를 2003.4.3. 매수자에게 총 17억원에 일괄양도한 것으로 본 다음, 이를 감정가액에 의해 안분하여 토지가액을 계산하고, 이 토지가액을 다시 면적비율로 안분하여 청구법인의 토지 양도가액을 1,052,170천원으로 계산한 후, 신고된 양도가액과의 차액 651, 820천원을 부당행위계산부인하여 익금산입하고 대표자에게 상여처분하여 2005.4.1. 2003사업연도 법인세 219,603,870원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 4. 7. 이의신청을 거쳐 2005. 7.28. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 청구법인 토지와 대표자 소유 토지를 일괄양도한 것이 아니라 각각 구분하여 청구법인 토지를 635,720천원에 양도하였음에도 이를 인정하지 않은 것은 부당하다.

1. 청구법인은 상가 신축을 목적으로 1991. 2. 5. (주)○○개발로부터 청구법인 토지를 330백만원(㎡당 210,190원)에 취득하였으나, 그 토지만으로는 상가의 효용성이나 가치가 적기에, 부득이 대표자가 1994.11.7. 대표자 토지를 (주)○○개발로부터 43,925천원(㎡당 784,375원)에 청구법인 토지보다 3.73배 비싼 가격에 추가 취득하게 되었고,

2. 대표자는 위 양 지상에 422,004천원(상품진열대 등 추가공사비가 있었으나 증빙 보관하고 있지 않음)을 들여 건물을 신축(1999. 1.22.) 하였다.

3. 처분청이 청구법인 토지와 대표자 토지 및 건물을 17억원에 일괄양도한 것으로 본 이유는 ‘가계약서’에 그 구분이 되어 있지 않은 것 때문으로 보이나, 그 가계약서는 매수자가 은행융자를 받아 매매대금을 치르기 위해 작성된 것일 뿐이고, 가계약 당시 청구법인과 대표자는 각각 매수자와 매매대금의 양도자별 배분을 구두합의(청구법인 토지가액 635,720천원, 대표자의 토지와 건물 가액 1,064,280천원)하였고, 각 매도자는 합의한 내용대로 매수자로부터 해당 금액을 수령하였으므로 본계약서 작성은 생략되었으나, 이는 구분계약이 이루어진 것과 다름없다. 이와 같이 자금흐름에 의해 각자의 양도금액이 명백히 입증됨에도 거래의 실질내용은 간과한 채, 매수자가 은행융자의 필요성에 의해 작성된 것일 뿐인 가계약서만을 가지고, 그 가계약서에 청구법인토지와 대표자 토지 및 건물의 가액이 구분되어 있지 않았다하여 그 구분이 불분명한 것으로 본 것은 잘못이다.

4. 따라서, 부당행위계산부인 하더라도 청구법인의 실지 양도금액 635,720천원과 기 신고한 양도금액 400,350천원과의 차액 235,370천원을 익금산입하여 대표자에게 상여처분 하여야 할 것이다.

• 나. 만약, 청구법인 토지의 실거래가액 635,720천원을 인정하지 아니한다면, 안분계산 하더라도 기준시가에 의하여 안분하여야 한다.

1. 처분청은 감정가액에 의해 안분계산 하였으나, 그 감정가액은 매수자의 필요에 의해 청구법인 토지와 대표자의 토지 및 건물을 구분하지 아니하고 일괄 평가한 것이고,

2. 만약, 매도자가 각각 자기의 입장에서 감정을 받았다면, 대표자의 건물 신축비와 두 토지는 위치상 효용가치가 다르기 때문에 그 평가액은 다르게 나왔을 것이므로, 안분계산 하더라도 기준시가에 의해 안분계산 하여야 한다.

• 가. 부동산매매계약서에 쟁점부동산을 일괄적으로 양도한 것으로 되어 있고, 대표자와 청구법인은 특수관계에 있으므로 부당행위위계산부인 규정을 적용한 것은 정당하다.
• 나. 안분계산의 기초로 삼은 감정가액은 공신력 있는 ○○감정원이 평가한 것으로 그 감정가액에 아무런 하자가 없으므로 시가에 해당하는 감정가액에 의해 안분계산하여 청구법인 토지의 양도가액을 계산한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점부동산 거래가 법인의 소득금액을 특수관계자인 개인에게 분여한 경우에 해당되는지 여부와

② 부당행위계산부인의 경우에 해당된다면, 감정가액에 의해 안분계산함이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.～8. 생략

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

○ 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.<개정 2000.12.29.>

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 2.～3. 생략

• 다. 사실관계

1. 취득당시의 부동산매매계약서에 의하면, 청구법인은 청구법인 토지를 (주)○○개발로부터 1991. 2. 5. ㎡당 210천원인 330백만원(계약서상 345백만원이나 계약조건에 따라 330백만원으로 정산)에 매수하였고, 대표자는 대표자 토지를 같은 회사로부터 1994.11. 7. ㎡당 784천원인 50,200천원에 매수한 것으로 나타난다.

2. 부동산등기부 등본과 국세통합전산망 법인사업자 기본사항 조회에 의하면, 대표자는 청구법인 토지와 대표자 토지의 지상에 건물(근린생활시설 및 창고시설 1층 482.67㎡, 2층 970.26㎡, 지층 57.75㎡)을 신축(1998.12.22. 사용승인, 1999. 1. 22. 소유권보존등기)하여 부동산 임대업을 영위하다가 2003. 6.30. 폐업한 것으로 확인된다.

3. 심리자료에 의해 쟁점부동산의 매도대금 수령 내용을 보면, 매수자는 매수대금을 양도자별로 구분하여 지급하였는 바, 청구법인 계좌로 635,720천원을 송금하였고, 대표자에게는 1,068,280천원을 지급함에 있어 808,280천원은 대표자계좌로 송금하고, 2억원은 자기발행 어음으로 지급하며, 나머지 60백만원은 임차보증금(매수자는 대표자로부터 임차하여 사용 중이었음)과 상계하였음이 아래 <표1>과 같이 나타난다. <표1> 쟁점부동산 매도대금 수령내역 (단위: 천원) 수령자 수령일자 수령액 수 령 내 용 청구법인

2003. 4. 3. 235,370 청구법인계좌(

○○ 은행 000-000000-00-0000송금

2003. 4. 3. 400,350 청구법인계좌(

○○ 은행 000-000000-00-000) 송금 소 계 635,720 대 표 자

2003. 3. 5. 200,000 대표자계좌(

○○ 은행 0000-00-000000)로 송금

2003. 4. 3. 564,280 대표자(

○○ 은행 000-000000-00-000)로 송금

2003. 4. 4. 44,000 대표자(

○○ 은행 000-00-000000)로 송금

2003. 4. 2. 200,000 매수자 발행어음 4매(자가00000000~00000000)지급

2003. 4. 4. 60,000 대표자에 대한 임차보증금과 상계 소 계 1,068,280 합 계 1,704,00 0 ※ 어음지급분에 대한 선이자 4백만원 포함

4. 이건과 관련하여 작성된 부동산매매계약서들을 보면,

• 가) 처분청이 과세근거로 삼은 매매계약서는 2003. 3. 5. 작성된 것으로 쟁점부동산을 17억원에 양도한 것으로 기재되어 있으나, 양도금액을 양도자별로 구분하여 작성하지는 아니하였다. 청구법인은 이 계약서를 ‘가계약서’라고 하며, 매수자가 금융기관 대출을 받기 위해 감정평가 받을 때 편의상 작성된 것이라고 주장하고 있다.
• 나) 매수자가 시설자금을 대출받으면서 ○○은행 ○○지점에 제출한 계약서를 보면, 청구법인 토지는 12억원, 대표자 토지와 건물은 5억원에 양도하는 것으로 2건의 계약서로 구분 작성되어 있다. 이 계약서에 대해 청구법인은 매수자가 은행대출용으로 사용하기 위해 작성한 것으로서 단순히 날인만 해주었다고 주장한다.
• 다) ○○시장이 2003. 4. 3. 검인한 부동산 매매계약서에 의하면, 청구법인 토지를 400,350천원에, 대표자 토지를 14,280천원에, 대표자 건물을 550백만원에 양도하는 것으로 하여 3건의 계약서로 구분 작성되어 있다.

5. 매수자는 쟁점부동산 취득 후 장부가액을 1,707,941,034원(토지가액 1,098, 507,700원, 건물가액 609,433,334원)으로 계상하였음이 2003사업연도 법인세신고서 부표인󰡐주요계정명세서󰡑에 나타나지만 그 구분근거는 확인되지 아니한다.

6. 감정평가서에 의하면, 매수자가 ○○은행 ○○지점에서 대출받아 잔금을 지급하기 위해 감정의뢰하여 ○○감정원이 2003. 3. 7. 평가한 감정가액은 1,420,815, 140원으로서 이 중 토지가액은 910,560,000원(㎡당 560천원), 건물가액은 510, 255,140원으로 기재되어 있다.

7. 대표자는 양도소득세 신고 시 기준시가에 의해 양도가액을 433,346천원으로, 취득가액을 418,184천원으로 신고하였고, 2003년 1기분 부가가치세 신고 시에는 건물의 공급가액을 5억원으로 신고하였음이 관련 신고서 사본과 국세통합전산망 조회에 의해 확인된다.

• 라. 판단 청구법인의 토지와 대표자의 토지․건물을 매수자 1인에게 양도한 이 건의 경우, 청구법인과 청구법인의 대표자는 특수관계자이므로 서로의 이해관계에 따라 양도가액의 임의조정이 가능한 상황에서, 쟁점부동산의 양도에 대해 검인계약서, 은행대출 시 계약서, 감정평가 시 계약서 등 여러 건의 계약서가 작성되었고, 계약서마다 그 내용이 각각 다른 점에 비추어, 청구법인의 토지 양도가액을 낮게 하고 대표자 토지의 양도가액을 높게 함으로써 이익을 분여했는지 여부를 판단함에 있어서 조사청이 과세근거로 삼은 계약서가 신빙성 있는 진실한 계약서인지 여부와 양도자별로 수령한 금액을 구분된 실지 거래가액으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다. 청구법인은 2003. 3. 5. 쟁점부동산을 17억원에 양도하는 가계약서를 작성하였고, 가계약 당시 양도자와 매수자간에 구두합의 한 내용대로 청구법인의 토지가액을 635,720천원, 대표자의 토지․건물가액을 1,064,280천원으로 구분하여 매수자로부터 대금을 수령하였으므로 가계약서만 작성되었지 본계약서는 작성된 사실이 없다고 주장하고 있다. 그러나 부동산 매매계약서는 소유권이전등기를 위해 필요할 뿐만 아니라 양도자에게 소유권을 주장할 수 있는 증거서류이므로 본계약서를 작성하는 것이 기본일 것임에도, 청구법인은 가계약서외에 본계약서를 작성하지 아니하였다고 주장하고 있어, 이에 대한 사실여부의 조사가 필요하다. 또한 대표자가 양도대금으로 수령한 자금 중 매수자가 발행한 어음(4매) 2억원에 대해서도 어음배서 내용 등 자금흐름이 구체적으로 확인되지 아니하여 그 귀속자를 대표자로 보기에는 사실관계 조사가 미흡한 것으로 여겨진다. 아울러 법인토지와 대표자 토지가 연접해 있다 하더라도 청구법인 토지는 2차선 중로 한 면만 접하고 있는 반면, 대표자 토지는 4차선 대로와 2차선 중로에 접하고 있는 코너에 위치하여 토지의 이용도가 크게 다른 것으로 보이나, 처분청의 토지 과세가액은 청구법인이 ㎡당 210천원에 취득하여 670천원에 양도하고, 대표자는 784천원에 취득하여 670천원에 양도한 것으로 결정하여 오히려 대표자는 취득가액의 85.5%에 양도하여 양도차손이 발생하고, 청구법인은 취득가액의 319.0%에 양도하여 양도차익이 크게 발생한 것으로 나타난다. 따라서 이와 같이 취득원가가 다르고 토지의 개별적인 특성이 다른 2필지의 토지를 단위(㎡)당 동일한 가액으로 거래되었다고 보기에는 불합리한 점이 인정되므로, 본계약서 작성 여부와 구분된 실거래가액 존재 여부, 매도대금 수수내용, 매수인의 기장내용 등 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 재경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.