중고설비에 대한 투자세액공제 적용대상에 해당되는지 여부

○○세무서장이 청구법인에게 2005. 5. 1. 결정․고지한 법인세 2001사업연도 247, 565,630원, 2002사업연도 215,969,760, 2003사업연도 334,014,220원 합계 797, 549,610원의 부과처분은 이를 모두 취소합니다.

• 가. 청구법인은 제지업을 영위하는 사업자로 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 사업을 영위하던 (주)○○상사(이하 “○○상사”라 한다) ○○공장의 토지, 건물, 기계장치(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 ○○지방법원에서 2000. 3.27.자로 경락받아 취득한 중고설비 기계장치(이하 “쟁점중고설비”라 한다)에 대하여 2001～2003사업연도 법인세 과세표준신고 시 구 조세특례제한법 제27조 (이하 “구법규정”이라 한다)의 규정에 의하여 중고설비에 대한 투자세액공제를 적용하여 신고하였다.
• 나. 처분청에 대한 ○○지방국세청장의 정기업무종합감사결과 청구법인이 쟁점공장을 경매로 취득할 당시 쟁점공장은 청구 외 (주)○○(이하 “(주)○○”이라 한다)이 무상임차하여 가동 중이었으므로 쟁점중고설비 취득금액은 구법규정에 의한 세액공제 대상이 아니라는 처분지시에 따라 처분청은 청구법인이 신고한 중고설비투자세액공제를 부인하여 2005. 5. 1. 청구법인에게 법인세 2001사업연도 247,565,630원, 2002사업연도 215,969,760원, 2003사업연도 334,014,220원 합계 797,549,610원을 결정․고지하였다 청구인은 이에 불복하여 2005. 7.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 구법규정에 의하면 일정 조건의 중고설비에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제24조 제2항 제2호 단서에서는 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계 받는 방식 공매․경매 방식에 의하여 취득한 경우에는 세액공제 대상이 됨을 규정하고 있다.
• 나. 위 시행령 규정을 문구대로 해석할 경우 중고설비투자세액공제가 적용되는 경우는 첫째, 휴업․폐업 및 부도의 발생으로 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계 받는 방식이거나 둘째, 공매․경매방식에 의하여 취득하는 경우로 각각의 사유가 독립적으로 중고설비투자세액공제의 적용대상이 되는 것으로 이해할 수 있다. 일반적으로 조세법령을 해석할 때 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 취지가 여하하든 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문구대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다고 보는 것이 법원의 일관된 판례이다. 이러한 법문구의 내용을 무시하고 “휴업․폐업 및 부도의 발생으로 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장을 공매․경매방식에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.”로 해석하는 것은 그 취지가 어떠하든 법 문구에 충실한 해석은 아니다.
• 다. 같은 법시행령 제24조에서 규정하는 “3월 이상 조업중단” 여부는 양도자를 기준으로 판단하여야 한다. 같은 법시행령 제24조 제2항 제2호 단서는 “휴업․폐업 및 부도의 발생으로 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계 받는 방식 또는 공매․경매 방식에 의하여 취득한 경우”라고 되어있다. 이 단서 조항의 내용상 주체(주어)는 권리의무 승계시의 양도자임이 분명하다. 즉 휴업․폐업 및 부도의 발생주체도 양도자이며 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 운영주체도 양도자인 것이다. 따라서 쟁점공장의 가동 여부는 양도자인 ○○개발의 정상적인 공장가동 여부에 의하여 판단되어져야 할 것이다. 양도자 입장에서의 유휴설비가 경락시점에서 한시적으로 가동되었다는 사실만으로 중고설비투자세액공제 대상이 되는 유휴설비가 아니라고 판단한 것은 관련규정을 잘못 해석한 것으로 보이며 국세청 유권해석(서면2팀-52, 2005. 1. 7.)에서도 부도로 3월 이상 가동이 중단된 공장에 대해 종전 사업자가 임대인이 되어 이를 임차하고 향후 법원경매에 의해 임차인이 경락받은 경우, 경락 당시의 임대차 현황은 세액공제의 적용요건과는 무관한 것으로 해석하고 있으며 청구법인의 경우에도 동일하게 적용될 수 있는 내용이다.
• 라. ○○지방국세청장은 청구인이 쟁점중고설비를 취득할 당시에 쟁점공장이 제3자에 의해서라도 가동되고 있었으므로 유휴설비가 아니라고 하나, 조세특례제한법 제27조 의 내용은 공장가동을 중단한 후 3월 이상이 경과한 공장에 속한 중고설비를 최소한의 유휴설비로서 인정한다는 취지이다. 따라서 청구인이 쟁점중고설비를 취득할 당시 공장이 가동되었다는 사실만으로 유휴설비로 인정할 수 없다는 것은 동 법 취지를 극히 축소 해석하는 것이다. 중고설비투자세액공제의 취지는 IMF 외환위기 상황에서 유휴설비의 효율적 활용을 촉진하고 기업의 구조조정을 지원하며 중고설비에 대한 투자를 촉진하기 위해 신설된 규정이므로 유휴설비의 재가동을 기본전제로 한다는 것이 ○○지방국세청장의 의견인 바, 유휴설비의 효율적 활용을 촉진하려면 중고설비의 재가동 상태를 최소한 유지하는 것이 기본전제가 되어야 함은 당연한 것이며, 중고설비가 재가동되지 못하는 고철상태라면 유휴설비의 효율적 가동은 불가능한 것이다. 따라서 주 채권은행인 ○○은행이 쟁점중고설비가 경락되기 전까지 무상으로라도 임대를 주어 기계의 재가동 상태를 최소한 유지하고자 한 노력은 IMF 외환위기상황에서 특별히 신설된 조세특례제한법 제27조 의 취지에 부합된 것으로 보아야 할 것이다.
• 마. 쟁점공장이 1999. 5월 조업 중단된 후 ○○상사는 1998. 6.30. 폐업하였는 바, 폐업일인 1998. 6.30. 이후 쟁점공장에 대한 무상임대차계약으로 조업이 시작된 1998.10. 1.을 기준으로 하여도 쟁점공장은 3월 이상 조업이 전면 중단된 공장에 해당된다. 즉, 쟁점중고설비의 양도자인 ○○상사의 폐업일부터 청구인이 경락대금을 완납하기까지의 기간(1998. 6.30.~2000. 4.27.)이 3월 이상이 됨은 물론이고, 폐업일 이후 무상 임대차 개시까지의 조업 중단기간(1998. 6.30.~1998.10. 1.) 역시 3월 이상이 된다. 따라서 청구인이 취득한 쟁점중고설비는 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장을 경매방식으로 취득하면서 투자된 것으로서 중고설비투자세액공제 규정에서 정하는 유휴설비로 인정되는 최소한의 객관적 기준을 충족하고 있는바, 투자세액공제 대상이 되는 중고설비에 포함되는 것이다.
• 바. ○○지방국세청장은 임차인이 임대차 계약일인 10월이 아닌 1998. 8월에 사업을 개시하였다고 주장하나 임대차계약이 이루어진 시점이 10월 1일이라는 것은 임대차계약서 뿐만 아니라 ○○은행이 임차인에게 경락에 의한 임대차계약 당연 종료를 통보한 문서에도 명확히 명시되어 있는 바, 국책은행이 동의한 임대차계약서상의 임대개시일이 10월 1일인 것을 믿을 수밖에 없는 것이며, 임대차기간 개시일의 진위 여부까지 확인하여 세액공제 대상여부를 확인할 의무까지 청구법인이 져야 하는 것은 아닐 것이다. 또한, 임차인이 실질적으로 1998.10. 1. 이전에 쟁점공장을 가동하였다고 하더라도 이는 명백한 불법행위로서 이와 같은 불법행위를 알지 못한다고 하여 세액공제를 배제한다는 것은 이 조세지원제도의 당초 목적에 부합하지 못할 뿐만 아니라 그 입법취지에도 어긋나는 것이다.

○○지방국세청장은 ‘3개월 조업중단’에 대한 해석에 있어서 무상임대차계약이 주 채권은행의 주도하에 한시적으로 이루어진 임대차계약이라는 사실에 대한 고려 없이, 양도인이 정상적인 임대인의 입장에서 쟁점공장의 임차계약이 이루어진 것으로 보아 임차인에 의해 공장이 가동된 사실만을 지적하나 무상임대차계약서에는 주 채권단인 ○○은행이 동의인으로 서명되어 있을지라도 사실상 금융감독원의 기업개선(워크아웃) 명령에 따라 1998. 5월에 조업을 중단한 양도자를 대신하여, ○○은행이 실질적인 임대인의 위치에서 임대차계약을 이행한 것이다. 이러한 사실은 워크아웃 상태에서의 일반적인 채권단의 영향력과 쟁점공장이 경락된 후 임대차계약서에 대한 당연종료를 ○○은행이 직접 임차인에에게 통지한 것을 보아도 알 수 있다. 따라서 이 경우 ‘3개월 조업중단’ 여부는 양도인이 조업을 중단한 때(폐업일: 1998. 6.30.)부터 양수인인 청구인이 경락에 의하여 쟁점중고설비를 취득한 때(경락대금 완납일: 2000. 4.27.)까지의 기간을 기준으로 하여 중고설비투자세액공제 대상이 되는 유휴설비인지 여부를 판단하여야 할 것이다.

• 사. 그리고 쟁점공장의 사업장에 속한 기계는 상당량의 용수 및 부식성이 강한 차염산소다(NaOCI).P.A.C.(A12(OH)n CI(6-n)) 약품이 사용된다. 부식성이 강한 약품과 물을 365일 사용해야 하는 제지 기계 특성으로 인해 가동 중에도 부식으로부터 안전할 수 없으나, 몇 개월의 장기간 가동이 중지될 경우 가동 중지 전에 사용된 약품이나 수분의 잔여물 존재로 설비 배관과 기계 구동장치 등에 심각한 부식이 발생되는 것은 자명한 사실이며, 재가동 시 설비교환이나 정비로 많은 시간이 소요된다. 1998.10. 1. ○○상사와 (주)○○ 사이에 체결된 무상임대차 계약은 쟁점공장에 속한 기계설비의 특성 즉, 물과 결합하여 작동되어 있어서 일정기간 정기적으로 가동하지 않으면 녹슬고 부식화되어 사용 불가능하게 되는 특성에 따라 이를 사용 가능한 자원으로 유지하여 담보물에 대한 최소한의 채권확보가 되도록 노력한 주채권은행인 ○○은행의 자구책으로 이루어진 것이다. 담보권자인 ○○은행의 주도 하에 이루어진 임대차계약이 쟁점중고설비에 대한 유휴설비의 보존 유지차원의 임대가 아니라면 일반 상거래 관행상 정상가동 설비에 대한 무상임대는 불가능할 것이며, 유휴설비의 한시적 임대이기에 임대기간 또한 쟁점공장에 대한 경락 또는 제3자 인수일에 당연 종료되는 것으로 이루어진 것이다.
• 아. 유휴설비의 재활용 및 재가동을 통해 생산과 고용을 촉진하고자 하는 조세특례제한법 제27조 의 입법취지를 살펴보아도 오히려, 채권단이 쟁점중고설비를 매각할 때까지 그대로 방치함에 따라 제지 설비를 상당 부분 부식화하여 쟁점중고설비의 사용가치를 하락시킴으로써 국가 자원의 낭비를 초래함과 더불어 사업자가 가치 하락된 중고설비를 취득함으로써 중고설비 세액공제 대상에 해당되도록 하는 것이 구법의 입법 취지는 아닐 것이다. 구법의 제정 시 사업양수도 방식에 의한 중고설비 투자를 세액공제 대상에서 제외한 것은 사업양수도 방식에 의한 중고설비 취득은 소유주만 바꾸어 동일한 사업을 영위하는 것으로 이는 중고유휴설비의 효율적 활용을 촉진하려는 입법취지와 다른 것이었기 때문이다. 그러나 이후 법 개정 시 가동이 중단된 유휴공장에 대한 사업 양․수도나 공매․경매의 방식에 의하여 중고설비를 취득하는 경우를 공제 대상에 포함하였다. 이는 사업양수도 방식이라 하더라도 무용화될 중고설비가 재활용되는 상황에 대하여는 세액공제 대상에 포함시킨다는 것이다. 따라서 공장 가동 여부는 사업양도자가 폐업에 의하여 조업을 중단한 공장에 대하여 이를 취득한 양수자 간의 관계에서 판단하여 더 이상 조업을 계속할 수 없음에 따라 무용화될 중고설비에 초점을 맞추어야 할 것인 바, 한시적인 무상임대로 공장을 가동한 쟁점공장의 임차인과 양수인 간의 관계에서 양도자가 “가동한 공장” 여부를 판단함은 부당하다.

• 가. 구법규정의 중고설비투자에 대한 세액공제 관련 규정은 IMF 외환위기 상황에서 유휴설비의 효율적인 활용을 촉진하고 기업의 구조조정을 지원하며, 중고설비에 대한 시설투자를 촉진하기 위하여 신설된 규정이므로 유휴설비의 재가동을 기본 전제로 하고 있음을 알 수 있다. 따라서 청구법인이 유휴설비의 여부와 관계없이 공매나 경매방식에 의하여 취득만 하면 중고설비투자세액공제대상이 된다고 주장하는 것은 타당하지 않다.
• 나. 중고설비투자에 대한 세액공제는 당해 설비가 중고설비에 해당되는지가 중요한 판단기준이 되는 것으로 청구법인의 주장대로라면 3개월 이상 조업을 중단하였다가 다시 재가동하여 활발히 가동되고 있는 공장을 취득한 경우에도 중고설비에 해당되어 세액공제대상이 되는 모순점이 발생하게 될 뿐만 아니라 구 조세특례제한법시행령 제24조 제2항 제2호 단서규정은 첫째, 구조 조정 등으로 기업들이 신규설비 투자가 어려운 상황이므로 기존 유휴설비의 재가동을 통해 생산과 고용을 촉진하고, 둘째 현실적으로 유휴생산설비의 거래는 공장 단위별 포괄인수 형태로 이루어지는 경우가 많이 있으므로 가동을 중단한 후 3개월이 경과한 공장을 중고설비투자세액공제 대상에 포함함으로써 기존 유휴설비의 재가동을 유도하기 위해서 1999.10.30. 신설된 것이므로 전시법 단서규정의 신설취지는 양도자의 공장가동 여부와는 관계없다.
• 다. 청구법인은 3월 이상 조업중단이라 함은 공장가동을 중단한 후 3월이 경과한 공장에 대하여 최소한의 유휴설비로 인정한다는 것이므로 당해 공장의 취득시점에서 공장 가동 여부와는 관계없다는 주장을 하나 중고설비투자에 대한 세액공제의 기본 전제는 유휴설비의 취득으로서 가동이 중단된 공장(설비)의 재가동을 유도하는 것이라 할 것이므로 이러한 의미에서 당연히 취득한 시점에서 당해 공장(설비)이 가동이 중단된 상태임을 전제로 한다고 할 것이다. 또한, 쟁점공장에서 사업을 영위하였던 ○○상사 ○○공장은 1998. 6.30.폐업하였고 당해 공장 설비를 1998.10. 1. 임차하였던 (주)○○의 법인설립신고 및 사업자등록신청서를 보면 1998. 8.18.을 개업일 및 수익사업개시일로 하여 등록하였고 1998년 제2기 예정분 부가가치세 신고서를 보면 매출액이 1,171,363천원이 발생한 것으로 확인되므로 청구법인의 주장을 인정한다고 하더라도 당해 공장의 가동 중단 기간은 1998. 6.30.에서 1998. 8.18.까지로 3개월이 경과되지 않은 것이므로 역시 세액공제 대상이 되지 않는다. 따라서 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 구 조세특례제한법 제24조 의 【중고설비에 대한 투자세액공제】를 적용함에 있어서 “3월 이상 조업을 전면 중단한 공장”이란 투자시점 기준으로 역산하여 3월 이상 중단한 공장을 말하는 것인지, 또는 공장 폐업일 이후 투자시점까지의 기간 중 어느 시점이든 3월 이상 조업을 중단한 공장이면 되는 것인지
• 나. 관련법령 등

○ 구 조세특례제한법 제27조 【중고설비투자에 대한 세액공제】(1999.12.28. 개정되어 2000.12.29. 삭제되기 이전의 것)

① 제조업을 영위하는 내국인이 1998. 8.25.부터 2000.12.31.까지 대통령령이 정하는 중고설비에 투자(공장을 사업양수도방식․공매 및 경매에 의하여 취득하여 투자하는 경우를 포함한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 특수관계자간 거래, 가동 중인 공장의 사업양수도방식․공매 및 경매에 의한 취득 등 대통령령이 정하는 방법에 의하여 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.(99.12.28. 개정)

② 이하 생략

○ 구 조세특례제한법시행령 제24조 【중고설비의 범위 등】

① 법 제27조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중고설비”라 함은 내국인이 사업에 직접 사용한 사실이 있는 설비로서 제3조 제1항의 규정에 의한 사업용자산을 말한다. (1999.10.30. 개정)

② 법 제27조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 투자하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 방법에 의하여 투자하는 경우를 말한다. (1998.12.31. 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 투자하는 경우”라 개정)

소득세법시행령 제98조 제1항 및 법인세법시행령 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계가 있는 자로부터 취득하는 경우 (1998.12.31. 개정)

2. 내국인이 타인의 사업장을 양수하고 당해 사업장에서 양도자가 영위하던 사업을 계속 영위하는 경우. 다만, 휴업․폐업 및 부도의 발생으로 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계 받는 방식 또는 공매․경매방식에 의하여 취득하는 경우를 제외한다. (1999.10.30. 단서 신설)

○ 서이52, 2005. 1. 7. 제조업을 영위하는 내국인이 조세특례제한법 시행령 제24조 제2항 제2호 단서의 규정과 같이 휴업ㆍ폐업 및 부도의 발생으로 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계 받는 방식 또는 공매ㆍ경매방식에 의하여 취득하는 경우에는 중고설비투자에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 해당 자산을 임차하여 사용하던 임차인이 경락을 받은 경우 투자의 완료시기는 경매대금을 완납한 날로 하는 것이며, 해당 자산의 임대차 여부는 세액공제의 적용요건에 해당하지 않는 것임.

○ 국심2002구2896, 2002.12. 9. 폐업으로 가동 중단된 공장을 임차하여 사용하다가 법원으로부터 경락받은 공장의 기계장치는 중고설비투자에 대한 세액공제를 받을 수 있음.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

• 가) 쟁점공장은 (주)○○상사 ○○공장으로 제지업을 영위하여 왔으나 1998. 6.30. 직권폐업 되었음이 국세청통합전산망의 법인납세자 기본사항 조회에 의하여 확인되고, (주)○○이 1998.10. 1. 무상으로 임차하여 2000. 3.27. 청구법인이 ○○지방법원의 경매(1999. 5.10. ○○은행이 ○○지방법원에 임의경매신청, ○○○○호)로 낙찰 받을 때까지 가동 중이었음이 청구법인이 제출한 임대차계약서, ○○은행이 (주)○○에 보낸 『(주)○○상사의 ○○공장 경매결과 통보』공문 및 쟁점공장의 등기부등본 등에 의하여 확인된다. 위 내용을 일자별로 요약하면 다음과 같다.

1998. 5. 1. (주)○○개발 사실상 쟁점공장에 대한 조업중단

1998. 6.30. (주)○○개발 폐업

1998. 8.18. (주)○○(임차자) 사업개시일(폐업일인 6.30.부터 8.18.까지 기산하면 48일로 조업중단기간이 3개월이 되지 않으나 사실상 조업중단일인 5.1.부터 기산하면 3개월이 초과됨) 1998.10. 1. 쟁점공장에 대한 임대차계약 체결

• 계약 당사자: ○○상사, (주)○○, ○○은행 ※ ○○상사는 (주)○○개발의 합병법인임

• 계약종료일: 경락일, 제3자 인수일

• 임대료: 무상

2000. 3.27. ○○지방법원 쟁점공장 청구인에게 낙찰결정

2000. 4.10. ○○은행 (주)○○에 임대차 계약 해지 통보

• 나) 쟁점공장의 전사업자인 ○○상사 ○○공장, 임차자인 (주)○○ 및 청구법인은 모두 제지업을 영위하는 법인임이 국세청통합전산망의 사업자 기본사항 조회에 의하여 확인된다.
• 다) 청구법인은 ○○(주) ○○지사 발급한 1998. 4월과 5월의 쟁점공장의 전력사용량 및 전기요금 내역을 제시하였으며 그 내역은 다음과 같다. 연 월 전기사용량 전기요금 비 고

1998. 4월 2,044,584kw 108,296,818원 매월 기본 전기요금 29백만원이 포함된 금액임

1998. 5월 433,008kw 45,006,103원

• 라) 청구법인은 ○○도시가스 주식회사가 발급한 1998. 4월과 5월의 쟁점공장의 가스사용량 및 가스요금 내역을 제시하였으며 그 내용은 다음과 같다. 연 월 가스사용량 가스요금

1998. 4월 104,053㎡ 40,647,570원

1998. 5월 48,116㎡ 18,796,170원

• 마) 쟁점공장의 1998년 제1기 부가가치세 매출과표는 예정분(1월～3월) 매출액 769,980천원만 있었던 것으로 국세청통합전산망의 부가가치세 결의서 및 신고서 조회에 의하여 확인된다.
• 바) 청구법인은 쟁점공장을 경매로 취득한 후 2001사업연도에 158,391,320원, 2002사업연도에 271,865,724원, 2003사업연도에 193,036,974원을 각각 중고설비에 대한 투자세액공제를 신청하였음이 국세청통합전산망의 해당 사업연도 법인세신고서 조회에 의하여 확인된다.

○ 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

• 가) 이 건 심사청구의 쟁점은 무상임대 중인 중고설비를 경매로 취득한 것에 대하여 구법규정에 의한 중고설비투자에 대한 세액공제를 적용함에 있어 그 공제 요건에 해당되는지 여부를 판단하는 것인 바, 구법규정에 의한 공제요건을 먼저 살펴보면

(1) 투자대상 기간을 규정하고 있는 동법 제1항에 의하면 “제조업을 영위하는 내국인이 1998. 8.25.부터 2000.12.31.까지 대통령령이 정하는 중고설비에 투자(공장을 사업양수도방식․공매 및 경매에 의하여 취득하여 투자하는 경우를 포함한다)하는 경우”라고 되어있다. 청구법인의 경우, 2000. 3.27. ○○지방법원에서 쟁점공장을 낙찰 받았기 때문에 이 조건에 부합하는 것으로 보이며, 이 점에 대해서는 서로 다툼이 없다.

(2) 그리고 쟁점공장은 같은 법 시행령 제24조 제1항 및 준용규정인 같은 법 시행령 제3조 제1호의 규정에 의거 사업에 직접 사용한 사업용자산에 해당하는 중고설비로, 이에 대해서도 다툼이 없으며, 동 제2항 제1호 “특수관계자로부터 취득하는 경우”에도 해당되지 않아 이 점에 대해서도 문제점은 없는 것으로 보인다.

• 나) 다만, 위 투자세액공제의 적용배제를 규정한 구법규정 제1항 단서와 이 적용배제에 대한 예외를 규정한 같은 법 시행령 제24조 제2항 제2호 단서 “다만, 휴업․폐업 및 부도의 발생으로 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계 받는 방식 또는 공매․경매방식에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.”를 적용할 수 있는지에 대해서는 처분청과 청구법인의 주장이 상이하다. 즉, 3월 이상 조업을 전면 중단한 공장의 취득에 대해서는 서로 간에 현격한 견해 차이를 보이고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다.

(1) ○○지방국세청장은 양도자가 공장가동을 중단한 이후 다른 사업자가 임차하여 공장을 가동하는 경우에는 조업중단으로 볼 수 없으므로 중고설비에 대한 투자세액공제를 적용할 수 없다고 주장하나, 구법규정에 의한 중고설비투자에 대한 세액공제는 IMF 외환위기 이후 유휴설비의 효율적 활용과 기업의 구조조정을 지원하여 국가의 경제회복을 목적으로 1998. 8.25.부터 2000.12.31.까지 한시적으로 내국인이 사업에 직접 사용한 사실이 있는 설비에 투자하는 경우에는 일정 비율을 납부할 세액에서 공제해주는 제도로, 이는 결국 중고설비에 의한 투자를 촉진시키는 것이 그 목적인 바, 쟁점공장이 중고설비에 해당되는지 안 되는지를 판단하는 것이 선행되어야 할 것이다. 중고설비에 해당되는지의 판정은 구 조세특례제한법시행령 제24조 제1항 에서 규정하는 바와 같이 내국인이 직접 사업에 사용한 사실이 있는지에 의해서 결정되므로 부도 등으로 인하여 특정 공장의 조업이 중단된 경우, 그 공장의 기계장치 등의 설비는 내국인이 직접 사업에 사용한 중고설비에 해당되는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

(2) 그리고 종전공장의 3개월 이상 조업중단 요건은 투자(경매로 인한 낙찰)시점까지 어느 시점이건 연속된 3개월 이상 조업이 중단 여부에 의하여 판단하는 것이지 투자시점을 기준으로 역산하여 3개월 이상 조업이 중단되어야 한다는 것은 자의적인 해석으로 보이며, 이와 관련된 국세심판례(국심2002구2896, 2002.12. 9.)와 국세청 예규(서이52, 2005. 1. 7.)도 일관되게 중고자산이나 가동 중단된 공장의 임대차 여부는 세액공제의 적용요건은 아니라고 해석하고 있고, 임대차 중인 공장을 경락받은 경우에도 동 세액공제를 적용할 수 있는 것으로 판단하고 있는 것으로 보면 처분청의 주장과 같이 투자시점을 기준으로 역산하여 3개월 이상 조업이 중단되어야 한다는 논리는 합당하지 않은 것으로 여겨진다.

(3) 그리고 쟁점공장은 1998. 6.30. 직권폐업된 것으로 되어있으나 실질적으로 금융감독원의 기업개선(워크아웃) 명령에 따라 1998. 5월부터 가동이 중단되었음이 전기 사용량 및 도시가스 사용량(○○도시가스 주식회사가 발급한 쟁점공장의 월별 가스사용량에 의하면, 1998. 6월부터 9월까지 4개월 동안은 가스사용량이 전혀 없는 것으로 확인되며, 제품생산을 직접 사용되는 초지1호기와 초지2호기는 전부 가스에 의하여 가동되는 것임을 제조공정도에 의하여 알 수 있는 바, 가스사용량이 없었다는 것은 제품생산이 되지 않았다는 것을 의미하는 것으로 볼 수 있다)에 의하여 나타난다. 따라서 (주)○○이 1998. 8.18.부터 사업을 개시하였다고 하더라도 실제 조업은 10월 이후부터 한 것으로 보이며, (주)○○이 1998년 제2기 예정신고분으로 신고한 매출 1,171,363천원은 같은 기간에 타업체로부터 제품을 매입(1,132,451천원)하여 매출한 것으로 국세청통합전산망의 매입세금계산서 합계표 조회에 의하여 확인되고, 또한, 국세청통합전산망에서 확인한 부가가치세 신고 및 경정 내용에 의하면 1998년 제1기 확정 과세기간(4월~6월)에는 매출이 없었던 것으로 확인되는 바, 1998. 5월부터 9월까지는 사실상 조업이 중단된 것으로 판단되므로 어느 모로 보더라도 쟁점공장은 3개월 이상 조업중단 되었다는 청구주장을 부인하기는 어려운 것으로 여겨진다.

(4) 더욱이 청구법인이 쟁점공장을 경락받을 당시에 주채권자인 ○○은행이 채권확보를 위한 중고설비의 보존 유지를 목적으로 제3자에게 무상임대하여 가동한 상태에 있었다면, 이는 중고설비의 재활용을 위한 최소한의 조치로 보아야 할 것이며, 특히 IMF 이후 중고설비가 생산적으로 사용되지 못하고 사장되는 사례가 발생함에 따라 이를 재활용하여 효율적으로 이용하게 함으로써 기업이 구조조정을 극복할 수 있도록 하기 위한 당초 이 법의 입법취지에도 어긋나지 않는 것으로 판단된다. 위 사실관계와 관련법령 내용 및 그 입법취지 등을 종합하면 청구법인이 이 건 중고설비투자 세액공제에 의한 조세특례를 적용받은 것은 정당하며 달리 잘못이 있는 것으로 보이지 않는다.

따라서 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.