미등기 전매한 토지의 양도차익으로 과세한 처분에 대해 양도차익이 아닌 재건축사업권의 대가라는 주장의 당부

이 건 심사청구는 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 2001.7.24. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대 361.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 ○○○(000000-0000000, 이하 “매도자”라 한다)로부터 490,500천원에 취득하여 2001.11.25. 청구외 ○○건설 주식회사(대표자 ○○○, 이하 “매수법인”이라 한다)에게 8억원에 양도하였다. 처분청은 이를 미등기 전매로 보아 그 양도차익 309,500천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 2005.1.3. 2001년 과세연도 법인세 126,698,020원 및 특별부가세 157,566,450원 합계 284,264,470원을 청구법인에게 결정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이 중 특별부가세 부과부분에 불복하여 2005.4.7. 이의신청을 거쳐 2005.7.14. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하는 ○○연립(대지:1,235.8㎡)을 재건축하고자 사업을 추진하여 왔으며, 재건축 소재지와 인접한 쟁점토지를 주민편의를 위하여 별도로 2001.7.24. 490,500천원에 매입하는 계약(계약금 5천만원 당일 지급, 잔금지급: 2001.11.25. 예정)을 체결하고 재건축사업을 진행하였다.
• 나. 쟁점토지의 잔금지급일이 임박하였으나 잔금이 확보되지 않아 부득이 2001.11.16. 매수법인에게 모든 재건축관련 사업일체를 양도하기로 계약(이하 “쟁점약정서”라 한다)을 체결하고 청구인이 지급한 계약금 5천만원을 계약불이행으로 인한 불이익을 받지 않기 위하여 당초 지급한 잔금지급일 전에 시공사가 변경되었음을 매도자에게 즉시 통보하였으며, 매수법인 또한 실제 잔금을 매도인에게 2001.11.26.에 지급하였다.
• 다. 쟁점약정서의 문구상으로는 쟁점토지 대금으로 8억원을 지급한 것처럼 보이나 실제 이 8억원 중에는 토지의 매매대금인 490,500천원이 포함된 금액이몀, 차액 309,500천원은 청구법인이 1999.10.16.부터 건축허가까지 소요된 사업비용을 재건축사업인수자가 인수한 금액이다. 이는 통상 재건축건설시장에서 변경전 시공사가 지출한 경비를 변경 후 시공사가 보상차원에서 지급하는 금액으로 달리 나타낼 계정이 없어 쟁점토지가액에 그 금액을 합산하여 기재하였을 뿐이다.
• 라. 위 내용이 사실이라는 것은 매도자가 청구법인과의 당초 계약내용과 매수법인의 전무이사인 청구외 ○○○(이하 “매수법인의 전무”라 한다)과 재계약 내용을 확인한 사실확인서로 알 수 있으며, 매도자가 이를 왜곡할 하등의 이유가 없고, 매수법인이 매도자에게 지급한 매매대금을 확인하면 사실이 밝혀질 것이다.
• 마. 또한 청구법인이 매도자에게 지급한 계약금 5천만원은 매수법인의 전무가 총 매매대금 490,500천원에서 제외하고 지급하였으므로 매수법인이 2001.11.26. 발행한 약속어음(지급기일: 2002.2.28) 5천만원을 청구법인에게 지급하여 청구법인은 매수법인에게 계약금 반환 영수증을 발행하여 주었다.
• 바. 그러므로 실제 거래내역을 보면 청구법인과 매도자 사이의 당초 계약은 취소되고 새로운 매매계약에 의하여 매수법인은 쟁점토지 대금으로 440,500천원을 지급하고, 잔액 309,500천원은 주택재건축허가까지 지출한 청구법인의 소요경비의 대가이며, 그 대가 지급방법은 추후 매수법인이 신축한 근린시설 293.7평의 매매금액으로 대체하기로 쟁점약정서 제2항에 적시하고 있으며, 동내용을 보면 8억원 중 쟁점토지대금을 제외한 3억원(실제 금액은 309,500천원)은 근린시설 293.7평의 계약금으로 지급하며, 입주시 추가로 1억원을 지급하기로 하였다.
• 사. 국세기본법 제14조 제2항 의 규정에 의하면 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실지내용에 따라 적용한다.”라고 규정되어 쟁점약정서에 기록된 금액 등은 명목상의 금액이며, 실지내용에 따라 판단하면 청구법인과의 당초 매매계약은 취소되었으므로 미등기 전매가 아닌바, 처분청이 과세한 토지 등의 양도에 대한 특별부가세(미등기전매)는 당연히 취소되어야 하며,
• 아. 과세표준의 기준이 되는 소득 또한 총 매매금액 8억원에서 매수회사와 청구법인이 체결한 당초 계약은 취소되고 새로운 계약에 의하여 지급한 쟁점토지 대금 490,500천원을 제외한 309,500천원만이 그 동안 청구인이 추진한 주택재건축사업의 대가이며, 이는 주택재건축조합의 시공사를 변경하는 경우, 변경전 시공사가 지출한 소요경비를 변경후 시공사가 실비로 변경하는 대가일 뿐이므로 실질적으로 청구법인에게 귀속될 소득은 309,500천원이다. 따라서 이에 대해서 법인세만 과세되어야 할 것이다.

• 가. 쟁점토지의 양도대가 8억원 중 당초 청구법인이 매도자로부터 매입한 가격인 490,500천원을 제외한 309,500천원은 미등기전매 양도차익이다.
• 나. 청구법인은 위 양도차익이 재건축추진을 위하여 지출된 비용으로 토지매매가액이 아니라는 주장이나, 동 금액에 대한 지출증빙 등을 제시하지 못하여 약정서 상 토지가액으로 기재되어 있는 등 토지 매매대금이 아니라는 증거가 없으므로 미등기 전매로 보아 법인세 및 특별부가세 과세한 당초 처분은 정당하다

• 가. 쟁점 쟁점금액이 쟁점토지를 미등기 전매함으로써 발생한 양도차익인지 또는 재건축사업일체를 양도함으로써 발생한 재건축사업권의 대가인지 여부
• 나. 관련법령 ㅇ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.(98.12.28. 개정)

② 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (98.12.28. 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있을 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (2000.12.29. 개정)

3. 제117조 및 부가가치세법 제32조 의 2에 규정에 의하여 신용카드가맹점 가입대상자 또는 현금영수증가맹점 가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때 (2004.12.31. 개정)

증권거래법 제186조 의 2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때 (2003.12.30. 신설)

③ 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. (98.12.28. 개정)

④ 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (98.12.28. 개정) ㅇ 구 법인세법 제99조 【과세표준】

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (2000.2.3. 개정)

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) (2000.2.3. 신설)

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2000.2.3 신설)

3. 부동산에 관한 권리로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 (2000.2.3. 신설)

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세및증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2000.12.29. 개정)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. (2000.12.29. 단서삭제)

1. 취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되는 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 (이하 생략) ㅇ 구 법인세법 제143조 【미등기양도에서 제외되는 자산】 법 제101조 제3항에서 “대통령령이 정하는 토지 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (98.12.31. 개정)

1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

2. 법률의 규정 또는 법원의 처분에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산 3.법 제100조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지

• 다. 사실관계 및 판단

1. 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 쟁점토지를 490,500천원에 매입하는 것으로 2001.7.24. 매도자와 계약을 체결하고, 계약금으로 5천만원을 계약 당일 지급하는 것으로 하면서 잔금 440,500천원은 2001.11.25. 중개업자 입회하에 지불하기로 하였음이 쟁점토지의 매매계약서에 의하여 확인되며, 계약금 5천만원은 계약 당일 청구법인이 매도자에게 지급하였음이 영수증 사본에 의하여 나타난다.
• 나) 청구법인은 토지대금이 완불되지 않은 상태에서 재건축사업을 집행하기로 하고 이에 필요한 토지사용 승낙을 2001.9.12. 매도자로부터 받은 사실이 쟁점토지의 사용승낙서에 의하여 확인된다.
• 다) 이 건 재건축공사와 관련한 재건축내용은 건축설계도면에 의하여 다음 표와 같이 요약된다. 구분 내역 공사명

○○동 ○○연립 재건축아파트 신축공사(이하 “아파트재건축공사”라 한다) 대지위치

○○시○○구○○동○번지 외 1필지 대지면적 1,597.40㎡(483.21평) 주용도 근린생활시설/공동주택(아파트) 건축규모 지하2층/지상17층 건축면적 928.98㎡(281.01평) 지상층연면적 6,703.56㎡(2,027.80평) 지하층연면적 1,780,67㎡(538.64평) 연면적

• 라) 매수법인이 ○○구청장에게 제출한 쟁점토지의 검인계약서(작성일자: 2001.7.25, 접수일자: 2001.11.27, 접수번호: 19,803호)를 보면 매도인은 ○○○, 매수인은 매수법인의 전무인 ○○○(000000-0000000, ○○도 ○○시 ○○동 ○번지 ○○아파트 ○호), 매매대금은 490,500천원, 계약금은 5천만원으로 약정하고, 잔금은 440,500천원은 2001.11.26. 지불하는 것으로 되어있음을 알 수 있다.
• 마) 매수법인은 2001.11.26. 청구법인에게 약속어음 5천만원(어음번호: 자다00000000, 지급장소: ○○은행 ○○동지점, 지급기일: 2002.2.28)을 발행하고 청구법인은 2001.1.16. 위 약속어음을 받았다는 영수증을 매수법인에게 교부하였음을 위 약속어음과 영수증 사본으로 알 수 있다.
• 바) 청구법인이 제시한 ○○지방법원 조정조서(2003가단 22534 손해배상사건, 원고: 청구법인, 피고: 매수법인)에 의하면 다음과 같은 조정결정을 하였음이 확인된다.

1. 피고는 2004.6.30. 원고로부터 금 3억원을 지급받음과 동시에 별지 목록 기재 부동산 지하 1층 전유부분 793.39 (대지권 포함)에 관한 소유권이전 등기절차를 이행한다.

2. 원고와 피고 사이의 별지 목록 개재 부동산에 관한 공사로 인하여 발생한 채권ㆍ채무관계는 일체 포기한다.

3. 원고의 나머지 청구를 포기한다.

• 사) 청구법인은 2001.11.16. 이 건 재건축아파트신축에 관한 모든 사업권을 매수 법인에게 승계한다는 약정서를 작성하였는바, 청구법인이 제시한 약정서 사본에 의하면 그 내용은 다음과 같다.

1. “갑(청구법인)”은 이미 계약한 ○○동 ○번지 대지(361.6㎡)를 “을(매수법인)”에게 일금 8억원에 양도한다. 대금지불조건은 2001.11.15. 일괄지불하고 토지명의는 “을”에게 즉시 이전한다.

2. “을”은 “갑”에게 위 사업장의 지하 1층 근생시설 293.7평(○○ 설계사무소 2001.8. 계획안)을 일금 4억원에 분양한다. 계약일자는 2001.11.25.로 하고 지불조건은 계약금 및 중도금 3억원을 계약시 지불하고 잔금 1억원은 입주시 지불한다.

2. 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인과 매수법인이 2001.11.16. 체결한 쟁점약정서에 의하면, 1번에 “‘갑(청구법인)’은 이미 계약한 ○○동 ○○번지 대지(361.6㎡)를 ‘을(매수법인)’에게 일금 8억원에 양도한다. 대금지불조건은 2001.11.25. 일괄지불하고 토지명의는 ‘을’에게 즉시 이전한다.”라고 약정하고 있고 2번,3번, 4번을 각각 별도로 약정하고 있으며, 청구주장과 같이 이 건 재건축아파트공사 사업권의 양도대가라면 위와 같은 방식으로 거래조건을 약정할 것이 아니라 쟁점금액은 사업권을 양도하는 대가라고 약정하여야 할 것임에도 이렇게 하지 않았다는 것은 쟁점금액이 이 건 아파트 재건축 사업권의 양도가 아니라는 것을 반증하는 것으로 볼 수 있고,
• 나) 설령, 청구주장과 같이 청구법인의 자금사정으로 재건축아파트의 사업권을 매수법인에게 양도하였다 할지라도, 별도로 재건축조함과 재건축계약이 체결되어 있지 않은 상태, 즉 재건축사업권 자체를 가지지 못한 상태에서는 사업권의 양도라는 것이 있을 수 없는바, 쟁점약정서의 1번에 명시된 거래내용에 따라 쟁점토지의 양도로 볼 수밖에 없는 것이며, 따라서 쟁점금액은 전매로 인한 양도차익으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.
• 다) 청구법인은 쟁점토지의 양도가 미등기전매가 아니라는 사실을 입증하는 증빙으로 매도자의 사실확인서와 검인계약서를 제시하고 있으나, 매도자의 입장에서는 쟁점토지의 매수자가 누가 되든 간에 양도대금만 적기에 받으면 되는 상황에서 자기에게 불이익이 될 것이 없는 사실확인서나 검인계약서를 작성하는 것은 어려운 일이 아니었을 것으로 보이는바, 이러한 조건에서 작성되어진 사실확인서나 검인계약서를 쟁점토지의 계약이 청구법인간에 취소되었음을 나타내는 증빙으로 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.
• 라) 그리고 청구법인은 사업자등록일이 2004.1.1.로 쟁점토지를 취득한 시점인 2001.7.24.에는 수익서업을 개시하지도 않았으며, 쟁점토지의 취득ㆍ양도와 관련하여 법인세 신고도 한 사실이 없었다. 위와 같은 여러 정황으로 판단하면 청구법인은 쟁점토지를 실지로 매입하여 재건축사업을 시행할 의사를 가지고 있었다기보다는 단지 쟁점토지를 양도함으로써 발생할 차익을 목적으로 거래를 한 것으로 보이는바, 처분청이 쟁점금액을 쟁점토지를 전매함으로써 발생한 양도차익으로 보아 법인세 및 특별부가세 부과한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없어 보인다. 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.