용역공급에 대한 과세표준 계산시 수입금액의 대응경비인 퇴직금 등을 공제 여부

○○세무서장이 2005. 3. 3. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 1998.2기 부가가치세 13,472,720원, 1999.1기 동 23,292,270원, 같은 2기 동 22,338,810원, 2000.1기 동 21,395,720원, 같은 2기 동 17,035,220원, 2001.1기 동 22,926,180원, 같은 2기 동 27,338,180원, 2002.1기 동 22,247,990원, 같은 2기 동 21,043,630원, 2003.1기 동 21, 196,560원 등 소계 212,287,280원과 1998.1.1. ~ 1998.12.31.사업연도 법인세 49,356,820원, 1999.1.1. ~ 1999.12.31. 사업연도 동 53,199,840원, 2000.1.1.~ 2000.12.31. 사업연도 동 42,526,080원, 2001.1.1.-2001.12.31. 사업연도 동 64,185,550원, 2002.1.1. ~ 2002.12.31. 사업연도 동 53,095,020원, 2003.1.1. ~ 2003.12.31. 사업연도 동 25,019,490원 등 소계 287,382,800원, 총계 499,670,080원의 부과처분 중 법인세는 이를 실지조사방법으로 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 부가가치세 청구는 기각합니다.

○○대학교의료원 노동조합(이하 “청구법인”이라 함)이 청구외 유○○에게 ○○의료원 구내식당(이하 “쟁점구내식당”이라 함) 운영을 1996. 10.부터 2001. 3.까지는 월 1,900만원을, 2001. 4.부터 2002. 12.까지는 월 2,400만원을 2003. 1.부터 2003. 5.까지는 월 4,860만원(조사종결보고서에는 4,860만원이나, 전조합장 고발장에는 4,856만원으로 기재)의 대가(조사기록상 위탁약정금. 이하 “쟁점임료”라 함)를 받는 것으로 위탁하되, 다만 동 식당에 대한 세금과 종사자들의 퇴직금, 산재ㆍ고용ㆍ의료보험 및 국민연금 (이하 ”4대보험“이라 함)은 청구법인이 영수한 쟁점임료에서 부담하는 것으로 하여 쟁점구내식당을 운영한 한 사실에 대하여, 처분청은 청구법인이 청구외 유○○에게 실제 식당운영권을 임대하며, 다음 장 임료(위탁약정금)수수명세와 같이 대가를 수수하고도 관련 세금을 신고하지 않은 것으로 조사하여 1998.2기 부가가치세 13,472,720원, 1999.1기 동 23,292,270원, 같은 2기 동 22,338,810원, 2000.1기 동 21,395,720원, 같은 2기 동 17,035,220원, 2001.1기 동 22,926,180원, 같은 2기 동 27,338,180원, 2002.1기 동 22,247,990원, 같은 2기 동 21,043,630원, 2003.1기 동 21,196,560원 소계 212,287,280원과 1998.1.1.-1998.12.31. 사업연도(이하 “1998년 사업연도”라 함. 이하 같다.) 법인세 49,356,820원, 1999년 사업연도 동 53,199,840원, 2000년 사업연도 동 42,526,080원, 2001년 사업연도 동 64,185,550원, 2002년 사업연도 동 53,095,020원, 2003년 사업연도 동 25,019,490원 소계 287,382,800원, 총계 499,670,080원을 2005. 3. 3. 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 4. 11. 심사청구 하였다. 〚임료(위탁약정금) 수수명세〛 년도월별 1998년 1999년 2000년 2001년 2002년 2003년 1월 19,000,000 19,000,000 19,000,000 19,000,000 24,000,000 50,738,136 2월 19,000,000

• 19,000,000 39,000,000

• 27,535,680 3월 19,000,000 38,000,000 19,000,000 9,000,000 48,000,000 24,253,477 4월 19,000,000 19,000,000 19,000,000 19,000,000 24,000,000 30,312,220 5월 19,000,000 19,000,000 19,000,000 48,000,000 35,000,000 30,189,456 6월 19,000,000 19,000,000 19,000,000

• 13,000,000

• 1기분 계 114,000,000 114,000,000 114,000,000 134,000,000 144,000,000 163,028,969 7월 19,000,000

• 19,000,000 24,000,000 40,000,000 8월 19,000,000 38,000,000 19,000,000 24,000,000 8,000,000 9월 19,000,000 19,000,000 19,000,000 24,000,000 24,000,000 10월 19,000,000 19,000,000

• 24,000,000 28,000,000 11월 19,000,000 19,000,000 38,000,000 48,000,000 20,000,000 12월 19,000,000 19,000,000

• 24,000,000 24,000,000 2기분 계 114,000,000 114,000,000 95,000,000 168,000,000 144,000,000 연 합계 228,000,000 228,000,000 209,000,000 302,000,000 288,000,000

청구외 전조합장 이○○는 쟁점구내식당에 관한 사업자명의를 자신의 이름으로 등록하고 수탁운영자 청구외 유○○으로부터 쟁점임료를 전시명세와 같이 수수하였다하나, 동 약정금에서 쟁점구내식당 운영에 관계되는 종사 직원의 퇴직금과 4대 보험료 및 제세공과금 등을 지급하였으므로 청구법인은 실제 아무런 이득도 취한바 없다. 그러나 처분청은 쟁점임료 전액을 부가가치세 및 법인세의 과세물건으로 삼아 전시 처분요지의 세금을 부과함은 부당하다.

청구법인과 청구외 ○○의료원이 작성한 “○○의료원 구내식당 운영협정서”에 의하면 청구법인이 직영하기로 약정된 쟁점구내식당 및 매점을 청구법인의 운영위원회에서 청구외 유○○에게 위탁, 운영하기로 하며 전시 임료명세와 같은 대가를 수수하였는바, 이는 부동산 임대(전대)에 따른 용역제공에 해당함에도 부가가치세 및 법인세를 신고ㆍ납부하지 않았으므로 쟁점임료를 과세물건으로 본 당초처분은 정당하며, 다만 법인세 과세소득계산 시 장부 및 증빙에 의한 근거과세를 하고자 하였으나, 이의 제시가 없어 부득이 추계조사결정을 하였다. 한편 청구법인이 공제를 주장하는 퇴직금등 경비는 일단 쟁점구내식당 운영자 청구외 유○○이 부담할 성질의 비용으로 판단되고, 나아가 제출된 관련 입증서류도 노동조합대의원 회의시 배포된 구내식당 및 매점의 현금출납현황 등에 관한 회의자료 일뿐, 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 산정할 수 있는 경우가 아니므로 관련 법인소득을 추계 결정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 ➀ 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 수입금액의 대응경비인 퇴직금등을 공제할 수 있는지 ➁ 법인소득의 추계결정 당부
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

④ 행정기관의 장은 당해 납세의무자 또는 그 대리인의 요구가 있는 때에는 제3항의 결정서를 열람 또는 등초하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 상위없음을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술에 의한다. 다만, 당해 행정기관의 장이 필요하다고 인정하는 때에는 그 열람 또는 등초한 자의 서명을 요구할 수 있다

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액ㆍ대손금ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세ㆍ특별소비세ㆍ주세ㆍ교육세ㆍ교통세 및 농어촌특별세의 합계액으로 한다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 120조의 2 의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

3. 제117조 및 부가가치세법 제32조 의 2의 규정에 의하여 신용카드가맹점가입대상자 또는 현금영수증가맹점가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때

증권거래법 제186조 의 2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

○ 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원 수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

• 다. 사실관계 및 판단 청구외 ○○의료원과 청구법인이 단체교섭 과정에서 1989.3.8. 중앙노동위원회 조정으로 쟁점구내식당 운영권을 인수, 준비기간을 거쳐 1990.1.20.부터 청구법인에서 운영하게 되었는데, 운영은 당시 청구법인의 감사 청구외 이○○(000000-0000000)의 처 유○○(000000-000000)이 (구)○○병원 인근에서 식당을 운영한 경험이 있다하여 자기계산과 책임하에 이를 경영하도록 위탁하고 그 대가로 위탁약정금 명목의 전시임료를 수수하되, 종사직원의 퇴직금과 4대 보험료 및 관련세금은 청구법인이 부담하는 조건으로 사실상 식당운영권을 임대하면서도, 위 ○○대학교의료원과 직영조건이라 하여 1996.8.8~2002.12.31. 기간은 청구법인 대표(이○○) 개인명의로, 2003.1.1~2003.7.22. 기간은 청구법인 명의로 각 사업자등록을 하며 세금신고를 한 사실이 처분청의 조사종결보고서 및 청구외 유○○에 대한 전말서, 청구법인의 전대표 청구외 이○○의 문답서, 2003.4. 청구법인의 비상대책위원회 위원장 청구외 송○○와 그 구성원 12명이 전대표 위 이○○를 ○○지검 ○○지청에 고발한 고소장 등에 의하여 확인되고, 처분청은 위 식당운영권 대여에 관해 청구법인이 위 유○○에게 부동산를 전대한 것으로 보아, 전시 쟁점임료를 과세물건으로 하여 부가가치세는 실액과세 하였으나, 법인세는 소득금액 계산에 필요한 장부 및 증빙이 없다하여 추계조사결정을 하고 있음이 경정결의서 등 관련 조사기록으로 확인된다. 〈쟁점 ➀에 관하여〉 살피건대, 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어, 청구법인과 같이 금전으로 대가를 받는 경우에는 에누리액, 환입된 재화의 가액, 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액, 국고보조금과 공공보조금 등을 제외한 전액을 과세표준으로 하여 과세하는 것이므로 퇴직금 및 4대 보험료 등 비용을 쟁점임료에서 차감하여 과세해달라는 청구주장은 일단 받아들이기 어렵다 하겠고, 〈쟁점 ➁에 관하여〉 국세기본법 제16조 【근거과세】규정에 의하면 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하는 것이며, 다만 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있는 것인바, 설령 그 진위여부를 확인할 수는 없지만, 일단 제출된 금전출납부에 의하면 수입 및 지출이 기장된 제한적이나마 익금과 손금이 파악되고, 또한 청구법인의 전 대표 청구외 이○○는 2003.12.16. 17;10 담당공무원과 작성한 문답서에서 쟁점구내식당 중 종합관은 청구법인이 직영하고 일반관만 위 유○○에게 위탁한 것으로 진술하는데 반해, 위 유○○이 2004.4.26. 16;45 처분청에 출석하여 진술한 전말서는 1996.10.~2003.7.기간동안 일반관과 종합관 전체를 관리한 것으로 작성되어 있으나, 청구법인이 제시한 금전출납부상 쟁점임료 수입에 관한 적요 란에는 “일반관 위탁약정금”으로 그 수입처가 특정되어 기장되고 있어(종합관 수입은 없음), 쟁점임료가 일반관 및 종합관에 대한 수입인지 아니면 일반관만의 수입인지가 불분명한 점, 아울러 청구주장에 따른 종사직원의 보험료 납입에 관해 당심이 청구외 국민건강보험공단ㆍ근로복지공단ㆍ국민연금관리공단 이사장에게 조회한 바에 의하면, 산재 및 고용보험의 가입사실은 없으나, 일단 국민연금 및 건강 보험료는 납입사실이 있는 것으로 확인되는데 금전출납장상 납입액과 회보금액이 상이한 것으로 확인되는 한편, 납입자 명의가 비록 청구외 전 대표 이○○ 및 ○○노동조합 구내식당으로 되어 있더라도, 사실상 납입자를 확인할 수 없는 점 등은 별론으로 하더라도, 청구법인의 과세소득금액을 계산함에 있어, 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 보아 이를 추계조사방법으로 결정한 당초처분은 사실관계 확인을 소홀히 한 잘못이 있는 것으로 판단되는바, 금전출납부 등 장부 및 증빙, 기타 노동조합회의 자료 등 관계서류에 의하여 이를 실지조사방법으로 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 보여 진다.

이건 심사청구는 심리결과, 청구인의 주장이 일부이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.