위장거래로 보아 손금산입할 수 있는지

○○세무서장이 2005.2.10. 청구법인에게 한 부가가치세 2001년 2기 43,226,960원, 2002년 2기분 16,583,770원, 2003년 1기분 46,894,890원 및 법인세 2001사업연도 110,781,510원, 2002사업연도 36,816,510원, 2003사업연도 118,850,340원의 부과처분은

1. 2001년 2기 (주)○○ 매입액 235,441,000원과 2003년 1기 (주)○○ 매입액 45,219,000원에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하고

2. 청구법인의 2001 ~ 2003사업연도 소득금액을 경정함에 있어서 2001년 2기 (주)○○ 매입액 235,441,000원과 ○○(주)의 매입액 402,961,000원(2002년 2기 100,295,000원, 2003년 1기 302,668,000원) 및 2003년 1기 (주)○○ 매입액 45,219,000원을 각각 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

내용 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○(주)라는 상호로 컴퓨터관련 전자부품을 도소매하는 법인으로서 아래와 같이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구외 (주)○○(106-00-00000)외 2개 법인으로부터 2001년 2기 ~ 2003년 2기 중에 공급가액 683,621,000원의 세금계산서 14매 교부받아 관련매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고납부하였다. <쟁점세금계산서 내역> (단위: 원) 구분 쟁점세금계산서(매입분) 상 호 기별 매수 공급가액 쟁점①금액 (주)○○반도체 03.2기 6 300,481,000 (주)○○ 03.1기 2 102,480,000 소계 8 402,961,000 쟁점②금액 (주)○○ 01.2기 5 235,441,000 (주)○○ 03.4.30 1 45,219,000 소계 280,660,000 계 14 683,621,000 처분청은 ○○세무서외 2개 세무서장으로부터 청구법인이 자료상 또는 자료상혐의자와 거래하였다는 과세자료를 통보받아 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점①금액과 쟁점②금액에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정하고, 동금액 전체를 손금불산입하여 부가가치세 2001년 2기분 43,226,960원, 2002년 2기분 16,583,770원, 2003년 1기분 46,894,890원 및 법인세 2001사업연도 110,781,510원, 2002사업연도 36,816,510원, 2003사업연도 118,850,340원 계 373,153,980원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.4.11. 이 건 심사 청구를 하였다.

청구법인은 ○○전자상가에서 컴퓨터부품을 판매하는 법인체로서 2001년까지는 청구법인이 직접 수출했으나 2002년부터는 청구외 (주)○○을 통해서 컴퓨터 부품을 수출하는 회사이며, 쟁점세금계산서의 금액을 가공거래로 보아 손금불산입하게 되면 원가가 없는 매출이 실현되었거나 또는 허위로 수출이 이루어졌다는 불합리한 모순이 발생하게 되고, 단순히 거래 상대방이 자료상 또는 자료상혐의자로 조사되었다는 사유와 상품대금 결제방법이 은행 대체결제가 아닌 현금으로 결제되었다는 이유만으로 가공거래로 보아 매출원가에서 부인하는 것은 ○○전자상가의 상거래 현실을 완전히 도외시한 것으로서 아래와 같이 부당하므로 부가가치세와 법인세를 재경정하여야 한다.

(1) 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○ 3차 6층 ○○호 소재 (주)○○(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 2001.11.29. ~ 2002.2.15. 기간중 410,800,000원을 대여하면서 대여금 상당액의 전자부품을 견질로 받아 동 견질상품을 청구외법인이 먼저 판매하면 대여금을 현금으로 변제받고, 청구법인이 먼저 판매할 경우 대여금과 상계하는 조건으로 대여하였으나, 청구외법인이 2002.2월 자금사정으로 부도폐업함에 따라 청구법인이 보관하던 견질상품을 2002.7월 ~ 2003.6월 기간중에 청구외 (주)○○에 판매하여 대여금과 상계하였으며, 청구외법인으로부터 매입세금계산서를 받을 수 없어 자료상인 (주)○○로부터 2003년 2기에 300,481,000원, (주)○○으로부터 2003년 1기에 147,699,000원의 매입세금계산서를 수취한 사실이 무통장입금증과 청구법인예금통장사본, 원시장부인 매입매출현황 및 재고장(300페이지분량), 상품수불부 등을 통하여 확인되므로 매출액의 대응원가로 인정하여야 하고

(2) 청구외 (주)○○로부터 2001.7.31. ~ 2001.10.30. 기간 중에 수취한 매입세금계산서 235,441,000원은 매입대금을 청구법인의 예금계좌에서 인출하여 현금으로 지급하였는바 청구법인의 통장 인출내용 및 매출현황과 재고장, 전표 등이 상호일치하고 있어 실거래임이 확실하게 입증되고, (주)○○으로부터 수취한 매입세금계산서 147,699,000원중 2003.4.30.자 거래분 45,213,000원은 실제 제품을 매입하고 대금을 무통장입금하여 지급하였으며 거래내용이 상품수불부, 재고장 등에 의하여 확인됨에도 거래상대방이 자료상 또는 자료상혐의자로 통보되었다는 사유만으로 이를 실물거래없는 가공거래로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입한 처분은 부당하다.

(1) 자료상인 (주)○○로부터 수취한 300,481천원에 대하여는 실거래처는 (주)○○이라고 주장하나 상품을 견질로 자금을 대여한 시점과 견질상품의 매출시점이 차이가 있고, 대여금이라고 주장하며 제출한 무통장 입금증만으로 자금출처에 대한 구체적인 증빙이 없어 청구법인의 자금으로 보기 어려워 청구법인의 주장을 인정할 수 없으며

(2) 자료상인 (주)○○으로부처 수취한 147,699,000원중 45,210,000원(공급가액)은 실지거래라고 주장하나, (주)○○ 계좌에 무통장입금 즉시 출금하는 방법으로 실지거래를 위장한 가공거래이고, 자료상인 (주)○○로부터 수취한 235,441,000원에 대하여 통장사본 제시하며 현금거래하였다고 주장하나 실물거래가 있었다고 증명할 수 있는 구체적인 증빙이 없으므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 (1)청구법인이 쟁점①금액을 청구외법인으로부터 실물거래하였다고 보아 매출원가로 손금산입할 수 있는지 여부와 (2) 청구법인이 쟁점②금액을 실거래하였다고 보아 매입세액공제 및 손금산입할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 국세기본법기본통칙2-1-5...14【거래의 실질내용 판단기준】 거래의 실질내용은 형식상의 거래내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다.

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포 탈할 우려가 있는 때

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매하는 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

○ 법인세법시행령 제103조 【결정 및 경정】

② 법제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치ㆍ기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 【이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.】

(1) 처분청은 (주)○○반도체와 (주)○○으로부터의 매입액 402,961,000원(쟁점①금액)과 (주)○○와 (주)○○으로부터의 매입액 280,660,000원(쟁점②금액)을 실물거래없는 가공거래로 보아 전체금액을 매입세액불공제 및 손금불산입하여 이건 과세하였음이 조사복명서와 부가가치세 및 법인세 경정결의서에 의하여 확인된다.

(2) ○○세무서의 (주)○○에 대한 세무조사내용을 보면, (주)○○는 2001.5.22.이전 까지는 정상거래한 사업자로서 쟁점②금액과 관련된 2001년 2기 매출액 4,081,820천원중 669,000천원, 매입액 3,943,415천원중 650,250천원이 가공거래로 확인되었고, 체납자 및 폐업자와의 거래금액이 3,684백만원에 달한다는 사유로 자료상혐의자로 분류하여 처분청에 과세자료로 통보하였음이 과세자료통보공문 및 조사복명서에 의하여 확인된다.

3. ○○세무서의 (주)○○에 대한 조사내용을 보면, “신고서상의 매출처, 매입처에 대한 소명안내 발송하였으나, 10개업체는 반송, ○○물산(주), (주)○○은 가공거래임을 시인하였고, (주)○○만 정상매입임을 주장하였으며, 그 외 업체는 현재까지 회신되지 않고 있고, 국세통합전산망에 구축된 2003년 1기 세금계산서 합계표 제출내역을 검토한 바 상기법인이 제출하지 않은 세금계산서에 대하여 거래처에서 매출 또는 매입으로 신고하였음이 다수 확인되어 청구법인은 매출 매입 전액 가공으로 판단된다”고 기재되어 있는 반면, 금융추적조사를 하였다는 내용은 조사복명서에 기재되어 있지 않으며 청구법인과의 거래금액에 대하여도 자료상자료로 통보하였음이 확인된다.

4. 청구외법인은 청구법인과는 거래가 빈번한 큰 거래처로서 2001년 말에 청구외법인의 자금사정이 급격히 악화되면서 회사운영자금을 빌려달라는 부탁을 받고 청구법인이 418,882,020원 상당액의 전자부품을 견질로 받고 6회에 걸쳐 410,800천원을 청구외법인에게 대여해 주면서 견질상품을 청구외법인이 먼저 판매할 경우 대여금을 현금으로 반환하고 청구법인이 먼저 판매할 경우 대여금과 상계하는 조건으로 자금을 대여하였다는 내용의 차용증과 견질상품의 품목(상품분류기호), 수량, 단가, 금액 등이 기재된 담보물품명세서 및 무통장입금증 2매, 청구법인 ○○은행예금통장(계좌번호(000-00-0000-000)사본을 제시하고 있는바 그 내용은 아래와 같고 2001사업연도 매입처원장에 의하면, 2001년 10월이후에는 청구외법인에 대한 외상매입금은 없는 것으로 확인된다. < 청구외법인에 대한 자금대여 내역 > (단위: 천원) 대여일 대여금액 계좌번호 출금내용 송금은행 비고 일자 금액 2001.11.29. 225,000 10491000 266604 02.11.29 225,000

○○ 전자 무통장입금증 2002.02.15 84,800 02.2.15 84,800

○○ 〃 2001.12.4 14,000

○○ 은행 000-00- 0000-000 2001.12.4 14,000 2001.12.7 16,000 2001.12.7 16,000 2001.12.13 58,000 2001.12.13 58,000 2002.1.8 13,000 2002.1.8 13,000 계 410,800

5. 청구외법인은 2002.2월 자금사정 악화로 부도폐업되어 세금계산서를 수취하지 못하였고, 청구법인 창고에 보관중인 견질상품을, 2002년 7월 ~ 2003년 6월 중에 아래와 같이 청구외 (주)○○에 판매하였다고 주장하면서 거래명세표, 상품수불부 겸 매입매출현황, 거래처원장 등을 제시하고 있는바 그 내용을 정리하면 다음과 같다. < 견질상품의 매출 내역> (단위: 천원) 세금계산서 수취 (주)

○○ 반도체 실매입처:

○○ (주) 매출처: (주)

○○ 일자 공급가액 일자 금액 일자 공급가액 02.07.31 35,740 02.07.31 35,740 02.07.31 36,443 02.08.31 29,455 02.08.31 29,455 02.08.31 97,080 02.09.30 35,100 02.09.30 35,100 02.09.30 86,651 03.01.24 72,428 03.01.31 72,488 03.01.31 144,897 03.02.25 63,247 03.02.25 63,247 03.02.25 122,183 03.03.21 64,511 03.03.31 64,511 03.03.31 194,298 03.05.31 55,170 03.05.23 36,756 03.05.31 235,409 03.06.30 47,310 03.05.31 18,414 03.06.30 221,434 03.06.30 47,310 계 402,961 계 402,961 계 1,138,395

6. 국세청 TIS상 매입처별세금계산서합계표 조회한 바에 의하면, 청구법인은 청구외법인이 부도폐업되기 전 2001년 4월~2001.12월 기간중 청구외법인으로부터 공급가액 836,126,000원의 세금계산서 13매를 수취하여 신고한 사실과, 청구법인은 2002년 7월 ~ 2003년 6월 기간중 (주)○○에 공급가액 1,563,951,000원의 세금계산서 26매를 교부하여 매출로 신고한 사실이 확인된다.

7. 청구법인이 제시한 2001.1.1. ~ 2003.12.31. 기간 중의 상품수불부겸 매입매출현황에 의하면, 1997년 11월 입고된 분부터 동 기간동안 판매되거나 재고로 남아있는 품목에 대하여 매출일자별로 매입처 상호, 입고일, 상품분류기호, 수량, 장부가, 매입가, 출고일, 매출처, 판매수량, 단가, 금액(매출원가) 등이 기재되어 있고, 엑셀프로그램에 의하여 매출일자 순으로 작성되어 있으며 그 분량은 A4용지 190매에 이르고 각 페이지마다 32줄이 설정되어 있으며, 동 상품수불부의 기재내용 중 매입처가 청구외법인, (주)○○, (주)○○으로 기재되어 있는 부분만을 추출하여 정리하면 아래와 같다. < ○○(주)와 (주)○○ 매입에 대한 매출 및 재고현황> (단위: 원) 매입처 입고일 종류 금액 매출처 매출월 금액

○○ 주) 02.07 6 35,740,000 (주)

○○ 02.07 35,740,000 02.08 3 29,455,000 02.08 29,455,000 02.09 1 35,100,000 02.09 35,100,000 03.01 10 72,428,000 03.01 72,428,000 03.02 6 63,247,000 03.02 63,247,000 03.03 5 64,511,000 03.03 64,511,000 03.05 8 55,170,000 03.05 8,257,707 03.06 8 47,310,000 03.06 94,291,091 계 47 402,961,000 계 403,029,798 (주)

○○ 에스엠 03.04 5 45,199,000 (주)

○○ 03.08 21,240,000

○○ 테크 03.12 4,603,500

○○○○ 03.08 24,349 소계 45,199,000 재고 28,132,200 <(주)○○로부터 매입상품의 매출현황 및 재고현황> (단위: 원) 입고일 종류 금 액 출고일 매출처 매출액 01.07 7 41,297,000 01.08

○○○○ 23,593,464 01.08 7 34,520,000 01.09 10,460,070 01.09 6 24,214,000 01.10 14,248,734 01.10 18 135,410,000 01.10

○○ 전자 15,382,920 01.10

○○ (주) 23,424,000 10.11

○○○○ 5,762,357 01.12. 〃 5,359,500 03.02.

○○ 전자 7,155,500 03.03.

○○ 일렉트로닉스 5,000,000 03.03. (주)

○○ 전자 13,977,600 03.04 (주)

○○ 전기 21,560,000 03.06. (주)

○○ 14,034,900 03.11.

○○ 전자(주) 20,800,000, 소계 38 235,441,000 소계 180,759,045 재고 118,032,100

8. 청구법인은 (주)○○으로부터 2003.4.30. 45,219,000원을 매입하고 대금을 2003.7.11. 45,000,000원을 무통장입금하여 송금하고, 나머지 4,740,900원은 현금으로 지급하였으며, (주)○○에 대한 매입대금을 아래와 같이 2001년에 4회에 걸쳐 230,034,100원을 지급하고 나머지 28,951,000원은 외상매입금으로 계상되어 있음이 매입처원장, 청구법인 예금통장사본, 입금표 외상매입금명세, 2001사업연도 대차대조표 등에 의하여 확인된다. <대금지급내역> (단위: 원) 일자 금 액 지급처 증빙 서류 출금액 01.10.22 140,000,000 (주)

○○ 통장사본과 입금표 140,000,000 01.11.26 7,500,000 〃 〃 7,500,000 01.12.12 54,300,000 〃 〃 54,300,000 01.12.31 28,234,100 〃 〃 28,234,100 01.12.31 28,951,000 외상매입금 잔액 28,951,000 계 258,985,100 258,985,100 03.4.30 45,000,000 (주)

○○ 무통장입금 45,000,000

9. (주)○○와 (주)○○ 인터넷 홈페이지 상에 게시된 부품목록을 보고 각 품목에 희망가격 등 구매의사표시로 청구법인의 직원 김○○ 대리가 (주)○○ 직원 김○○ 대리 및 (주)○○ 직원 김○○ 대리에게 보낸 동 견적서(=발주서)에 의하면, “귀사의 보유재고 아이템 다음과 같이 견적드립니다.”라는 내용과 상품분류기호, 제작회사명, 수량, 단가, 금액 등이 기재되어 있고, 동 기재내용은 청구법인이 (주)○○및 (주)○○으로부터 수령한 거래명세표 및 세금계산서의 내용과 일치하고 있으며, 이면지를 활용하여 작성된 것으로서 이면지 뒷면에 2001.1.26. 13시37분에 2000.12.9의 외국환 환율을 조회한 내용이 기재되어 있는 등 거래당시 이면지를 활용하여 작성된 것으로 보여진다. 【다음으로 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.】 처분청에서는 청구외법인에게 자금을 대여한 시점과 견질상품의 매출시점에 차이가 있고, 대여금이라고 주장하며 제출한 무통장입금증만으로 자금출처에 대한 구체적인 증빙이 없으므로 쟁점①금액을 손금으로 인정하기 어렵다고 판단하였으나, 청구법인은 2001년 청구외법인으로부터의 매입액이 836,126천원에 이르고 있어, 거래가 빈번한 큰 거래처로서 청구외법인의 자금사정 악화로 2002.2월 부도로 폐업한 사실 등에 비추어 긴박한 자금사정으로 상품을 견질로 잡고 자금을 대여하였다는 청구주장은 신빙성이 있는 것으로 보여지고 청구법인은 청구외법인에게 6회에 걸쳐 자금(410,800천원)을 대여하면서 청구외법인의 상품 418,882,020원을 견질로 제공받고, 견질상품을 청구외법인이 먼저 판매하는 경우 대여금을 현금으로 변제하고, 청구법인이 먼저 판매할 경우에는 대여금과 상계하기로 약정하였음이 차용증, 담보물명세서, 청구외법인 대표이사의 확인서, 무통장입금증, 청구법인의 예금통장사본 등에 의하여 확인된다. 또한 청구법인은 엑셀프로그램에 의하여 입고일을 기준으로 정리된 재고명세서, 2001.1.1. ~ 2003.12.31.까지 년도별로 판매된 상품에 대한 매입매출현황겸 상품수불부를 제시하고 있는바, 1997년 11월 ~ 2005.1.31. 기간중 입고되어 현재 남아있는 재고상품 및 2001.1.1 ~ 2003.12.31. 기간중에 판매된 상품에 대하여 매입처, 입고일, 상품분류기호, 수량, 거래상대방의 장부가, 매입가, 출고일, 매출처 상호, 판매수량, 단가, 금액 등 입고 및 출고현황이 상세히 기재되어 있으며, 출고내용이 세금계산서의 내용과 일치하고 있음에 비추어 거래사실에 따라 작성된 원시장부로 보여지고, 동 상품수불부겸 매입매출현황에 의하면, 청구법인은 2002.7 ~ 2003.6월 기간중 430,353,798원의 견질상품을 (주)○○에 판매한 것으로 확인되고, 실제 청구법인은 같은 기간중 (주)○○에 세금계산서 26매에 1,563,951천원의 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하였음이 국세청 TIS에 의하여 확인되고 있는 이건의 경우, 청구법인이 청구외법인에게 대여하였다고 주장하는 410,800천원중에서 무통장으로 309,800천원을 입금한 사실만 객관적으로 확인되고, 나머지 101,000천원은 청구법인의 ○○은행예금통장(계좌번호 015-00-0000-000)에서 2001.12.4 ~ 2002.2.15 기간중 5회에 걸쳐 출금된 사실만 확인될 뿐 출금된 금액이 청구외법인에게 대여금으로 전달되었다고 인정할 만한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으나, 청구외법인은 대량 거래처로서 자금사정이 어려워 곧바로 2002년2월 부도처리된 점, 원시증빙자료인 상품수불부겸 매입매출현황에 의하여 입고내용이 상세히 확인되고 있는 점, 견질상품이 (주)○○에 매출된 사실이 확인되고 있는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 청구법인이 컴퓨터 부품을 견질로 잡고 청구외법인에게 자금을 대여하였고, 견질상품을 (주)○○에 판매하면서 (주)○○반도체와 (주)○○으로부터 위장세금계산서를 수취였다는 청구주장은 신빙성이 있다고 인정되므로 쟁점①금액을 과세자료 통보하여 청구외법인에게 폐업시 잔존재화로 보아 과세하는 것은 별론으로 하고, 2002 ~ 2003사업연도에 (주)○○반도체로부터 매입액 300,481,000원과 (주)○○으로부터의 매입액 102,480,000원의 세금계산서를 실물거래없는 허위의 세금계산서로 보아 과세함에 있어서 청구외법인으로부터 견질상품으로 인수한 2002사업연도에 100,295,000원, 2003사업연도에 302,668,000원을 각각 손금산입함이 타당한 것으로 판단된다. 【 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.】 (주)○○의 매입대금 지급에 대한 객관적인 금융자료를 제시하지 못하고 있고, (주)○○은 전부자료상이라는 사유로 전부를 가공거래로 보아 이 건 과세하였으나, (주)○○는 청구법인과 관련된 2001년 2기 매입(3,943,415천원)과 매출(4,081,820천원)중에서 일부(2001년 2기에 매입 650백만원, 매출 669백만원)만이 가공자료로 확정되어 일부자료상인 것으로 확인되고, (주)○○은 10개업체중 일부(2개업체)만 가공거래로 시인하고, 1개업체는 실거래를 주장하고 있으며 나머지는 미회신되고 있을 뿐 나머지 미회신한 부분이 가공매출인지 여부가 명확하게 조사되지 않은 채 전부자료상자료로 통보되어 통보된 내용만으로 실물거래없는 가공거래로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 반면, 원시증빙자료로 인정되는 상품수불부겸 매입매출현황에 의하면, 청구법인은 2001.7 ~ 2001.10월 기간중 235,441,000원의 컴퓨터 부품을 (주)○○로부터 매입하여 2001.8월 ~ 2003.11월 기간중 180,759,045원을 다이아몬드외 7개처에 매출하고 2005.1월 현재까지 118,032,100원을 재고로 보유하고 있고, (주)○○으로부터 2003.4.30. 45,219,000원을 매입하여 (주)○○외 2개처에 2003.8. ~ 2003.12월중 25,867,849원을 매출하고 28,132,200원을 재고상품으로 보유하고 있는 것으로 확인되고 있는 이건의 경우, 비록 청구법인의 예금계좌에서 출금된 금액이 (주)○○의 예금계좌에 입금되었다는 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있지만, 컴퓨터 부품의 입고내용과 출고내용 등 수불내용이 명확히 확인되고 있는 점, 발주서 뒷면에 표시된 일자 등에 비추어 원시증빙자료로 보이는 발주서의 기재내용이 거래명세서 및 세금계산서의 내용과 일치하고 있는 점, 매입대금으로 동 금액이 예금계좌에서 출금되고, 출금된 내용이 현금출납부, 매입처원장, 외상매입금계정 등의 기재내용과 일치하고 있는 사실, 1997.11월 입고된 상품부터 출고되지 아니하고 2005년 1월 현재까지 남아 있는 재고상품이 상세히 기재되어 있는 상품재고장과 2001년 ~ 2003년에 판매된 상품을 일자순으로 기재한 매입매출현황겸 상품수불부의 기재내용 등에 비추어 청구법인이 (주)○○와 (주)○○과 실물거래하였다는 청구주장은 신빙성이 있다고 인정되므로 쟁점②금액에 대하여는 관련매입세액을 매출세액에서 공제하고 각사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 이를 손금으로 인정함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 처분청에서 쟁점①금액과 쟁점②금액을 실물거래없는 가공거래로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입한 이건 처분은 사실조사를 소홀히 한 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.