실지조사한 사업연도의 특정항목에 대해 증빙불비를 이유로 추계결정할 수 없음

○○세무서장이 2004.12.20. 청구법인에게 경정고지한 2000.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 2,866,427,250원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구법인은 1990년 설립되어 2001년 1월 코스닥시장에 등록된 set-top box, LCD 모니터 등을 생산하는 벤처기업으로서, 매출급감 등으로 인한 재정악화로 2004.9.2. ○○지방법원(파산부)에 회사정리절차개시 신청하여 2004.9.3. 회사재산보전 명령을 받았고, 2004.9.24. 회사정리절차 개시 결정된 법인이다.
• 나. 관할 ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 국세기본법 제81조 의 5 제2항의 규정에 의거 2004.9.15.부터 2004.11.26.까지 긴급조사를 실시하였는데, 2000.1.1.～2000.12.31. 사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다)는 추계결정을, 2001.1.1.～2001.12.31. 사업연도, 2002.1.1.～2002.12.31. 사업연도와 2003.1.1.～2003.12.31. 사업연도는 실지조사를 하였다.
• 다. ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 조사청의 조사결과 내용에 따라 2004.12.20. 청구법인에게 쟁점사업연도 법인세 2,866,427,250원(2005.1.8. 추계 소득금액 계산착오로 법인세 605,249,500원 감액한 후의 금액임), 2001.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 566,902,460원, 2002.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 △361,758,140원, 2003.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 △215,261,360원을 각 각 과세 및 환급 결정하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.16. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 추계 경정처분은 부당하다.

1. 조사청은 쟁점사업연도에 대해 장기미조사에 따른 법인세통합조사를 이미 2003.10.20.～11.14.까지 장부와 증빙에 의해 실지조사를 하여 2004.1.1. 법인세 49,254,100원을 고지한 바 있다. 그러함에도 2004.9.15. 조사할 때에 추계 경정함은 법인세기본통칙 66-104…5의 제1항 및 동법기본통칙 66-104…6의 제1호를 위반한 처분이고,

2. 원재료 수불내용이 허위라는 구체적 지적도 없이 단지 결산서와 MAX ERP SYSTEM{전사적 자원(재고)관리 시스템, 이하 “MAX”라 한다}상의 기초 원재료 재고금액이 불일치한다는 사실 하나만으로 추계 경정사유로 삼는 것은 법인세법시행령 제104조 제1항 의 추계경정사유에 해당하지 아니하여 위법한 처분이며,

3. 결산서상의 원재료 수불내용은 분식회계처리로 인해 사실과 다르기는 하나, 원재료 매입장과 매입관련 제 증빙이 사실과 일치하고, 원재료의 수불내용도 사실대로 모두 기록하고 있는 MAX의 기장 내용이 허위가 아닐 뿐만 아니라, 2001년～2003년 사업연도의 원재료의 경우에는 MAX의 수불기장내용을 사실로 받아 들여 실지조사 경정하였음에도 쟁점사업연도의 소득금액을 추계로 경정한 처분은 부당하다.

4. 1999년 말 MAX의 기말재고금액(2000년 기초 재고금액)이 허위라고 가정하여도 이는 추계사유가 될 수 없으며, 2000년 사업연도 중 제조공정에 투입된 원재료 수량이 별첨 9와 같이 확인되므로, 당해 투입수량에 매입단가(총 평균단가)를 곱한 금액 35,569,042천원을 당기의 원재료비로 보고 실지조사 경정하여야 한다.

• 나. 2000년 사업연도 기초재고금액이 1999.12.31. MAX상의 원재료 재고현황 디스켓 등에 의하여 5,704,818천원임이 확인됨에도 이를 인정하지 않음은 부당하다.

1. 1999년 9월 도입한 MAX란, 현재 원자재 재고현황을 즉시 알 수 있는 전사적 재고관리(자원관리)프로그램으로써, 입력된 내용을 수정하면 수정일자가 입력되고 일자의 소급입력은 불가능한 전산시스템으로서, MAX에서는 재고현황을 화면으로 볼 수 있으나, 인쇄출력은 불가능하므로 훗날 사업경영의 참고 또는 증빙자료로 활용하기 위하여 청구법인은 매 사업연도 종료일마다 원재료 재고현황을 디스켓에 복사하여 보관하고 있으며, 1999년도 말 원재료 재고현황 디스켓(이하 “쟁점디스켓”이라 한다)도 1999.12.31 현재의 MAX상의 재고현황을 1999.12.31.자에 복사하여 보관하고 있는 디스켓 중의 하나이다.

2. 2000년부터 계속하여 분식회계처리 함으로써 법인세신고서에 첨부된 결산서의 원재료 수불내용과 MAX상의 원재료 수불내용은 2000년부터 2003년까지 모두 일치하지 아니 함에도 조사청은 20001년, 2002년, 2003년 사업연도는 MAX상의 원재료 수불내용이 진실한 것으로 인정하여 실지조사경정하고 2000년은 사실로 인정하지 않고 추계결정한 처분은 일관성이 없는 부당한 행정처분이다.

3. 조사청이 2001년 사업연도 소득금액 결정시 MAX상 기초재고금액을 9,100,502천원으로 인정하였다면, 2000년 사업연도의 기말재고금액은 9,100,502천원이 되며, 이 기말재고금액에 당기 매입을 가산하고 당기제조투입을 차감하면 기초재고금액의 진실여부를 확인할 수 있음에도 이에 대한 사실 확인을 소홀히 하고 추계경정처분은 부당하다.

• 가. 추계경정처분에 대하여

1. MAX에 의한 원자재 재고현황에 의하여, 2002년 및 2003년 사업연도는 원가과소 계상(즉 기말재고 과대계상)하고 2001년 사업연도는 원가 과다계상(즉 기말재고 과소계상)한 사실이 확인되어, 원가과소계상금액은 추가로 손금산입하였고, 원가과대계상금액을 손금불산입하였으며,

2. 위와 같이 조사대상 사업연도의 원자재 기말재고 확인과정에서, 2000년 사업연도의 결산서상의 기말재고금액이 실재 원자재 재고금액(MAX에 의한 기말재고금액)에 비하여 12,082백만 원이 과대계상 되었음을 확인하였으나, MAX에 의한 2000년 기초재료비 재고금액을 청구인이 제시하지 아니하여 2000년 사업연도의 제조원가를 알 수 없어 과세쟁점심의위원회의 심의를 거쳐 추계 경정한 것으로,

3. 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 후 그 경정에 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정하여야 하며, 2000년 사업연도는 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로 법규정에 의하여 추계 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 나. 쟁점디스켓에 수록된 기말재고금액을 2000년 사업연도의 기초 원자재재고 금액으로 볼 것인지 여부에 대하여

1. 2000년 사업연도의 실제 제조원가를 계산하기 위해서 모든 방법을 동원하여 조사하였으나 2000.1.1. 현재 기초 재료비 재고금액(1999년 사업연도 기말 재료비 재고금액)을 확인할 수 없었으며, 조사를 종결할 때까지 수차례 청구법인에게 1999년 사업연도 기말재고 조사서를 제시 요구하였으나, 청구법인은 MAX으로 재고관리를 하고 있는데 1999년 사업연도 기말재고 조사서를 파기하여 1999년 사업연도 기말 재료비 재고금액(2000.1.1. 현재 기초 재고재료비 재고금액)을 제시할 수 없다고 하였고,

2. 청구법인은 조사 종결된 시점에서 1999.12.31. 복사한 쟁점디스켓을 찾았으므로 이에 근거하여 실지조사 경정하여야 한다고 주장하고 있으나, 현행 윈도우 프로그램에서 작업일 현재 날짜를 1999.12.31.로 수정하여 작업한 후 이를 저장하면 복사일자가 1999.12.31.로 나타나므로 쟁점디스켓이 1999.12.31. 복사된 것이라고 볼 수 없다.

3. 즉, 쟁점디스켓은 조사 종결시까지 그 실체가 없었음이 확인되고, 또한, 1999년 사업 연도 기말재고자료를 제시하면 청구법인의 입장에서 분식회계로 과소 계상하였던 원가를 추가로 인정받을 수 있는 유리한 증거임에도 불구하고 조사기간 동안 계속된 제시 요청에 대하여 시종일관 파기되어 제출할 수 없다는 답변을 하다가 조사가 종결된 시점에서 쟁점 디스켓을 찾았으므로 이를 인정하여 실지조사 경정을 요구하고 있으나, 쟁점디스켓은 신빙성이 없으므로 쟁점디스켓에 수록된 기말재고금액을 2000년 사업연도의 기초 원자재재고금액으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 장부 등에 의거 실지 조사받은 사업연도에 대하여, 추후 기초재료비에 대한 장부 및 증빙 등이 없는 이유로 추계 경정한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

④ (이하 생략)

○ 국세기본법 제81조 의 3【세무조사권 남용금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다.

② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다

○ 국세기본법 제81조 의 5【납세자의 성실성 추정 및 세무조사】

① 세무공무원은 납세자가 제2항 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

② (생략)

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 2.～3. (생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 법인세법시행령 제103조 【결정 및 경정】

① (생략)

② 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치 기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

③ (생략)

○ 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.

소득세법시행령 제145조 의 규정에 의한 표준소득률(괄호 생략)을 곱한 금액에서 그 법인의 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 초과 하는 경우 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

2. 표준소득률이 결정되지 아니하였거나 천재․지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

③ (생략)

• 다. 사실관계

1. 조사청은 청구법인의 쟁점사업연도에 대하여 2003.10.27.부터 2003.11.21.까지 이미 장기미조사에 따른 법인제세 통합조사를 실시하여 아래와 같이 132,362,805원을 적출하여 2004.1.1. 법인세 49,254,100원을 경정․고지하였음이 법인세 경정결의서, 국세통합시스템 등에 의하여 확인된다. ※ 적출내역: 132,362,805원

① 주식매수선택권(세무조정오류) 88,089,204원, ② 지급이자 부인(업무무관자산) 23,347,930원, ③ 인정이자(임원 등) 20,925,670원

2. 청구법인이 회사정리법에 의한 회사정리절차개시신청을 함에 따라, 조사청은 청구법인의 2001.1.1.부터 조사일 현재까지를 조사대상기간으로 모든 세목에 대하여 2004.9.15.부터 2004.11.26.까지 긴급조사를 하겠다는 세무조사통지서를 발송하고 세무조사를 실시하여, 2001년, 2002년 및 2003년 사업연도 법인세는 장부에 의한 실지조사로 아래 {표 1}과 같이 경정하였고, 조사대상 사업연도가 아니고 위 1).에서와 같이 기 조사받은 쟁점사업연도에 대하여 과세쟁점심의를 거쳐 법인세 추계조사 경정하였음이 법인세경정결의서 및 조사보고서 등에 의하여 확인된다. 【표 1】 (단위: 천원) 2003년 사업연도 2002년 사업연도 2001년 사업연도 2000년 사업연도 가공매출 (손금,△유보) 원재료비 (손금,△유보) 가공매출원가 (익금,유보) △9,605,079 △1,689,602 9,658,667 원재료비 (손금,△유보) 지급이자 (익금,기타) △7,151,251 108,592 원재료비 (익금,유보) 2,147,483 과세표준 (추계경정) 8,238,267 적출소득 △1,636,014 적출소득 △7,042,659 적출소득 2,147,483 적출소득 6,669,447 추징세액 △215,261 추징세액 △361,758 추징세액 566,902 추징세액 2,866,427

3. 청구법인의 재무회계팀 상무이사 ○○○와 부장 ○○○의 2004.11.11.자 확인서에서 “청구법인은 매 연도 12월말 기준으로 재고자산 실지조사에 근거한 원자재 및 제품의 실지재고목록(품목 및 수량)을 자재팀으로부터 인수받아 결산자료로 반영하여 왔으나, 당기순이익 조작 등을 위한 분식회계 목적으로 약 7～8년 전부터 당기에 투입된 원자재 수량과 금액을 과소 또는 과다 계상하여 결국 각 사업연도 말 원자재의 재고가 사실과 달리 왜곡 처리하였다”고 하고 있으며, “이에 대한 입증자료로 각 사업연도(2000년, 2001년, 2002년, 2003년의 각 12월말, 2004년 6월말 기준) 결산반영 회계장부와 실질재고(원재료조정분석표상 MAX 재고․금액으로 기재)의 차이 수량 및 금액을 조정금액으로 표시한 원재료 조정분석표와 같으며, 각 기말 실지재고금액산정시 품목별 단가는 당 법인이 신고한 총평균법을 적용하였으며, 자재팀으로부터 인수받은 1999년 12월말 및 그 이전 원자재 및 제품의 실지재고목록은 파기하여 제시할 수 없으며, 원자재 수불 전산관리프로그램인 MAX에서도 별도로 추출이 불가능하다”고 하면서 ‘2000년, 2001년, 2003년도의 1월～12월 및 2004년 1월～6월까지의 원재료 조정분석’자료를 각 1부를 제출하였음을 알 수 있다

4. 조사청은 청구법인이 제출한 위 2000년, 2001년, 2003년도의 1월～12월 및 2004년 1월～6월까지의 원재료 조정분석’자료를 사실로 인정하여, 이를 근거로 원재료 및 원재료비를 분석한 원재료비 분식 및 역분식 금액 산출내역서를 작성하였으며, 이를 정리하면, 아래의 [표 2]와 같으며, [표 2] (단위: 천원) 사 업 연 도 결산서상 원재료 내역 실지(조사결과) 원재료 내역 원재료비 차 액 (①

• ②) 기초 재고액 당기 매입액 기말 재고액 원재료비

① 기초 재고액 당기 매입액 기말 재고액 원재료비

②

2000. 1.～12. 8,477,133 40,301,585 20,765,999 28,012,719? 40,723,203 9,105,307 *40,095,029 △12,082,310

2001. 1.～12. 20,765,999 46,706,045 15,271,295 52,200,749 9,105,307 46,706,045 5,758,087 50,053,266 2,147,483

2002. 1.～12. 15,271,295 61,454,674 23,742,868 52,983,101 5,758,087 61,454,674 7,078,408 60,134,352 △7,151,251

2003. 1.～12. 23,466,720 39,476,032 16,490,607 46,452,145 7,078,408 39,487,615 8,080,943 38,485,080 **9,656,667 48,141,747 △1,689,602 ※ - 2000년 사업연도 실제 원재료비는 기초 재고액의 확인이 불가하여 결산서상의 기초 재고액을 산입하여 계산함(40,095,029 = 8,477,133 + 40,723,203, - 9,105,307)

• 결산서상 당기매입액 40,301,585천원과 실지 원재료 당기매입액 40,723,203천원의 차액 421,618천원은 청구법인의 임의 평가손 처리로 인한 것임

• *9,656,667: 위 사실관계 2.에서와 같이 실물거래없이 허위 매출세금계산서 교부금액에 대한 대응원가 9,656,667천원 가산조정한 것임 조사청은 [표 2]에서 결산서상의 원재료비와 실지 원재료비와의 차액에 대하여, 2002년 2003년 사업연도는 원재료비를 과소계상(분식회계)한 것으로 보고 차액 (2002년 7,151,251,285원, 2003년 1,689,602,717원)을 손금산입․△유보 처분하였고, 2001년 사업연도는 원재료비를 과대계상한 것으로 보고 차액 2,147,483,414원을 손금불산입․유보 처분하였음이 법인세 경정결의서, 조사보고서 등에 의하여 확인되며, 처분청과 청구인간의 다툼이 없으나 쟁점사업연도의 차액 12,082,310,383원에 대하여, 청구법인은 2001년 이후의 사업연도와 동일하게 분식회계로 인하여 차액이 발생한 것이라고 주장하였으나, 조사청은 1999년 12.31. 현재의 기말재고액(2001.1.1.현재 기초 재고액)을 확인할 수 있는 ‘1999년도 원재료 조정분석’자료 등의 입증자료를 청구법인이 제시하지 못하여 분식회계여부 확인이 불가능하므로 청구주장을 받아들 일수 없다며 차액 12,082,310,383원을 매출누락으로 보아, 부가가치세와 법인세 등을 과세하고자하였음이 법인세 조사일일보고서 및 원재료비 분식 및 역분식 금액 산출 내역서 등에 의하여 확인된다.

5. 조사청이 12,082,310,383원을 매출누락으로 부가가치세 등을 과세하려고 하자, 청구법인은 1999년말 현재의 실지재고수불부 디스켓 사본(이하 “쟁점디스켓”이라 한다)을 찾았다며 이를 근거로 2000.1.1. 현재 기초재고액을 5,704,818,000원(1999년도 기말재고액)으로 경정할 것을 요구하여, 이를 과세쟁점 심의위원회에 상정하였고, 과세쟁점 심의위원회에서는 기초원가를 몰라 정확한 원가를 산정할 수 없다면 중요장부가 미비․허위에 해당하므로 추계 결정하여야 한다라고 결정하여, 조사청은 이에 따라 소득금액을 추계 경정하여 법인세를 과세하였음이 과세쟁점 심의결과 통보서와 법인세경정 결의서에 의하여 확인된다.

6. 청구법인은 청구주장에서 연구개발비 147억 원과 시설투자비 107억 원의 상당부분을 외부 차입하여 사용하였으나 저가수출로 인하여 적자운영을 영위하여 왔으며, 대출금 회수압력을 회피하고 청구법인에 투자한 소액주주들을 보호할 목적으로 경영성과를 부풀리기 위하여 매출원가를 과소계상하는 분식회계처리를 하였음을 시인하면서도 매출 및 매입거래 중 조세포탈을 위한 허위거래는 없었다고 주장하고 있으며, 실제로 제조공정에 투입된 원재료를 투입되지 아니한 것처럼 결산서에만 기말재고금액을 과다계상하는 방법으로 매출원가를 과소계상하였고, 그 결과 매년 각 사업연도 기말재고금액이 당기 매입총액의 1/2 내지 1/3에 달하는 기이한 현상을 보이고 있다고 하고 있다.{[표 2] 참조}

7. 쟁점사업연도의 당기매입액 40,723,203,888원과 기말재고액 9,105,307,673원에 대하여는 조사청과 청구법인간의 다툼이 없고 기초재고액에 대해서만 다툼이 있는 바, 기초재고액을 장부상의 금액으로 하든, 쟁점디스켓상의 금액으로 하든, 가장 보수적으로 하여 0원으로 하든 간에 아래의 [표 3]과 같이 결산서상의 원재료비는 실제보다 과소계상된 것으로 나타나고 있다. [표 3] (단위: 천원) 사 업 연 도 실지 원재료 내역상의 기초재고액 투입내용 실지(조사결과) 원재료 내역

② 결산서상 원재료비 원재료비 차 액 (①

• ②) 기초 재고액 당 기 매입액 기 말 재고액

① 원재료비 2000.1. ～12. 장부상 기초재고액 8,477,133 40,723,203 9,105,307 40,095,019 28,012,719 12,082,310 쟁점디스켓상의 기초재고액 5,704,818 〃 〃 37,322,714 〃 9,309,994 기초재고액을 “0”으로 할 경우 0 〃 〃 31,617,896 〃 3,605,176

• 라. 판단 1) 조사청은 청구법인이 회사정리 개시절차에 들어가자 2001.1.1. 이후의 사업연도를 조사대상기간으로 조사에 착수하였고, 위 사실관계 2)와 4)에서와 같이 원재료비에 대해 회계분식 또는 역분식한 것으로 인정하여 장부에 의하여 법인세를 실지조사․경정하였으며, 쟁점사업연도는 조사대상기간이 아님에도 조사를 하였고, 조사방법은 장부와 증빙에 의해 하였으나 기초재고액을 확인할 수 있는 입증자료를 청구법인이 제시하지 못하고 있다는 이유로 추계 경정하였는 바, 이것이 정당한지를 살펴본다.

2. 첫째, 국세기본법 제16조 제1항 에서 ‘납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치․기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치․기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다’고 하였고, 동법 제16조 2항에서는 제1항의 규정에 의하여 ‘국세를 조사․결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다’고 하였으며, 동법 제81조의 5 제1항에서 ‘세무공무원은 납세자가 제2항 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다’고 규정하였으며, 법인세법기본통칙 66-104…5는 ‘당초결정 또는 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 경정 또는 재경정을 할 수 없다’고 규정하고 있는 바, 쟁점사업연도에 대해서 이미 2003.10.27.～2003.11.21.까지 실지조사방법에 의해 조사를 받은 사실이 있는 점, 둘째, 조사청은 쟁점디스켓을 청구법인이 조사당시에 제출하지 아니하고 조사종결시점에 제출하였으며 현행 윈도우프로그램에서 소급해서 작성일자를 조작할 수 있으므로 쟁점디스켓이 신빙성이 없다고 주장하였으나, 청구법인은 입력내용을 수정하면 그 수정일자가 입력되기 때문에 소급입력해서 조정이 불가능하다고 주장하는 바, 재고내용에 구체적으로 무엇이 신빙성이 없는 것인지 밝히지 못하고 있고, 셋째, 조사청은 청구법인의 분식회계한 사실은 밝히면서도 매출누락은 적출하지 못한 점으로 보아 장부와 실 기말재고액과의 차액을 무자료매출로 보기 어려운 점, 넷째, 위 사실관계 7)에서와 같이 쟁점사업연도의 당기매입액 40,723,203,888원과 기말재고액 9,105,307,673원에 대하여는 조사청과 청구법인간의 다툼이 없고 기초재고액에 대해서만 다툼이 있는 바, 기초재고액을 가장 보수적으로 “0”원으로 보더라도 결산서상의 원재료비를 과소계상한 것으로 나타나는 점(분식회계 입증), 다섯째, 청구법인의 재무회계팀 상무이사 ○○○ 등이 약 7～8년 전부터 원재료 수량을 과소 또는 과다 계상하는 방법으로 당기순이익을 조작하였다고 진술한 점과 2000연도에 청구법인이 코스닥에 등록된 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 쟁점기초재료비 재고금액을 청구법인이 제시하지 아니하였다하여 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없는 것으로 보아 추계 경정 사유로 삼은 것은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구법인의 주장이 이유 있으므로, 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.