매출누락금액에 대응하는 원가로서 손금산입 여부

○○세무서장이 2004. 12. 1. 당초 증액경정하고 2005. 2. 15. 감액경정 한 2002. 1.~2002. 12. 및 2003. 1.~2003. 12. 사업연도 법인세 107,797,000원과 32,050,400원 합계 139,847,400원은 청구법인이 제시한 2002. 1.~2002. 12. 및 2003. 1.~2003. 12. 사업연도 관련 대응원가 154,821,390원과 73,365,700원 합계 228,187,090원을 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

1.처분요지 처분청은 청구법인이 2002. 1.~2002. 12. 및 2003. 1~2003. 12.사업연도(이하 “2002년 및 2003년 사업연도”라 함)중 ‘○○성당’과 ‘○○○○’ 등에 대한 공사수입 394,409,400원과 161,863,900원 합계 556,273,300원을 매출누락 한 것으로 보아 익금산입하고 2002년 사업연도 법인세 229,724,820원과 2003년 사업연도 법인세 46,519,680원 합계 276,244,500원을 2004. 12. 1. 경정 고지한 사실에 대하여, 청구법인은 2004. 12. 24. 이의신청, 2002년 및 2003년 사업연도 법인세를 각 107,797,000원과 32,050,400원으로 일부인용 2005. 2. 15. 감액경정 받았으나, 위 매출누락금액 중 2002년 및 2003년 사업연도 ○○성당 공사수입 174, 010,000원과 105,785,000원 합계 279,795,000원(이하 “쟁점 공사수입”이라 함)에 대한 각 대응원가 154,821,390원과 73,365,700원 합계 228,187,090원(이하 “쟁점 공사원가”라 함)의 손금산입을 주장하며 2005. 2. 11. 심사청구하였다. 2.청구주장 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 산○○번지 ○○성당 공사건은 청구법인의 기술고문인 청구외 최○○이 수주한 공사이나, 건설업면허가 없는 개인자격으론 공사를 할 수 없어 부득이 청구법인 명의로 계약하며 공사하였다. 그러나 발주자 청구외 ○○성당이 종교기관의 비과세를 이유로 쟁점공사수입에 붙는 부가가치세의 청구를 거부하므로 부득이 쟁점 공사수입과 원가를 동시에 신고누락 하였는데 처분청이 쟁점 공사수입금액을 적출하여 과세하면서 관련 대응원가인 쟁점공사원가의 손금처리는 배제(조사당시 위 최○○이 ○○도 현장에 있는 관계로 해당증빙을 제시도 못함)하므로 쟁점공사원가의 증빙을 갖추어 관련법인세의 과세표준과 세액의 재경정을 구한다. 다만, 특수관계자에 대한 대여금인정이자 상여처분 건의 당초불복은 이를 취하한다.

• 가. 청구인은 이의신청과정에서 ○○성당 공사수입금액의 누락 건에 대하여 청구법인이 아닌 청구외 최○○의 공사라는 주장이 기각되자, 심사청구를 하며 앞선 주장과 달리 공사사실을 인정하고 관련대응원가의 손금처리를 주장하고 있으나, 청구법인의 주장과 같이 쟁점공사수입의 매출누락 경위가 청구외 최○○이 성당공사를 수주한 후 청구법인에게 하도급을 준 후 세금계산서 등을 발행하지 아니하자 청구법인도 관련 세금의 신고ㆍ납부를 이행하지 못한 경우이고 나아가 제시된 증빙도 청구외 최○○이 수취한 영수증이어서 청구법인의 원가로 보기도 어렵고, 또한 지출증빙으로 제출한 것 중 30,000천원도 철골트러스 계약금과 청구외 ○○건축의 설계비로 되어 있으나, 관련 증빙을 살펴보면 철골트러스 계약금은 그 지급처가 청구외 (주)○○식품으로, 설계비는 청구외 정○○에게 송금한 것으로 되어 있는데, 이는 청구법인의 증빙 유형에 비추어 다른 공사의 비용으로 추정되며, 더욱이 설계비는 공사 전단계에서 지급되는 것이 상례이나 이건 증빙은 공사가 진행된 상태에서 지급되고 있어 설계비로 보기도 어려우며, 또 2002. 10. 31. 청구외 김○○에게 지급한 11,820천원의 노임영수증은 객관성이 부족해 신뢰하기 어렵고, 나머지 기타증빙도 세금계산서나 신용카드영수증 등 정규영수증이 아닌 간이영수증이므로 신빙성이 없다. 한편 청구법인 주장대로 관련 대응원가가 256백만원이라면 쟁점공사수입(279백만원) 대한 부가율이 8.2%인데, 이는 2002년 2기 및 2003년 1기 중 동일업종의 평균 부가율 23.9%에 비해 현저히 미달되고 있는 점에 미루어도 청구주장은 받아들이기 어렵고, 설사 제시된 증빙에 진실성을 부여하더라도 청구법인의 주장과 같이 원도급자 청구외 최○○의 영수증을 청구법인의 증빙으로 인정할 수 없으므로 청구주장은 이유 없다.
• 나. 특수관계자에 대한 대여금 인정이자의 상여처분 불복은 청구법인이 보충서면 제출시 취하하였으므로 관련의견 생략.

• 가. 쟁점 ➀ 청구외 최○○이 쟁점공사를 수주, 청구법인에게 하도급 한 것인지 여부 ➁ 쟁점공사수입에 대한 대응원가의 손금경리 여부와 청구법인의 제시원가를 관련원가로 볼 수 있는지
• 나. 관계법령

○ 국세기본법- 법률 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 국세기본법- 법률 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

○ 법인세법- 법률 제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

3. 제117조 및 부가가치세법 제32조 의 2의 규정에 의하여 신용카드가맹점가입대상자 또는 현금영수증가맹점가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유 없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때

증권거래법 제186조 의 2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 법인세법- 시행령 제103조【결정 및 경정】

① 법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지 관할세무서장이 행한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할 지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있으며, 이 경우 납세지 관할세무서장은 당해 과세표준을 결정 또는 경정하기 위하여 필요한 서류를 납세지 관할 지방국세청장에게 지체없이 송부하여야 한다.

② 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장 된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

③ 법 제66조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한부터 1년 내에 완료하여야 한다. 다만, 국세청장이 조사기간을 따로 정하거나 부득이한 사유로 인하여 국세청장의 승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인의 대표 청구외 김○○과 쟁점공사의 수주ㆍ시공을 주장하는 청구외 최○○이 2005. 4. 20. 심사청구의 보충자료로 당심에 제출한 경위서에 의하면,

• 최초 1990. 5. 1. 위 최○○의 주도로 청구외 신○○ㆍ오○○ 등 3인이 불입자본 1억5천원만원을 출자, 목조건축(통나무집)회사인 청구외 (주)○○를 설립하고 위 신○○는 대표이사, 위 오○○ㆍ최○○과 청구외 신○○는 이사, 청구외 최○○를 감사로 선임하여 운영하던 중,

• 1995. 5.에는 위 최○○이 평소 알고 지내던 청구법인의 현 대표 위 김○○(당시 공간건축사무소 근무)을 청구외 (주)○○의 건축설계사원으로 추천, 입사하게 하였고,

• 1995. 12. 31. 위 최○○은 공동출자자 위 신○○ㆍ오○○의 지분을 인수한 뒤 1996. 5. 21. (주)○○의 대표이사로 취임하였는데 이 과정에서 청구법인의 대표 김○○도 1,950주(13%)의 주식을 양수하며 출자.

• IMF 구제금용 상황이던 1998. 4. 5. 위 (주)○○는 목재수입에 따른 유산스 자금의 환차손과 관련된 자금난으로 부도가 발생, 정상적인 영업이 불가능하므로,

• 1998. 6. 신용불량 사실이 없는 위 김○○ 명의로 일단 “○○”라는 개인사업자등록증을 교부받아 영업을 계속하였고,

• 1999. 12. 3. 에는 위 “○○”를 “(주)○○”로 법인전환하며 청구법인을 설립하고 대표이사에는 위 김○○을, 나머지 이사와 감사는 청구외 박○○과 위 최○○의 처 청구외 고○○을 선임하고, 자본금도 4억원은 위 고○○과 김○○이 각 35%씩 합계 70%를 출자하였는데, 위 최○○은 자신이 신용불량 상태에서 부득이 처(妻) 고○○을 내세울 수밖에 없었다고 진술하며,

• 청구법인의 인터넷 웹 사이트(www.

○○.co.kr/) 회사소개란의 임원현황도 위 최○○과 김○○이 공동대표를 맡고 있는 것으로 소개되고 있으며, 회사연혁상 창업도 청구법인의 설립연도가 아닌 (주)○○의 창업연도인 1989년을 기원으로 하고 있음을 알 수 있고, 전시 진술은 관련자의 주민등록등본, 위 (주)○○ 등기부등본, 청구법인의 등기부등본, 위 (주)○○의 주주명부, 청구법인의 주주명부 및 인터넷 웹 사이트 등에 의하여 사실로 확인된다.

• 그런데 처분청은 ○○성당의 공사수입 누락으로 2002년 및 2003년 사업연도에 각 174,010,000원과 105,785,000원 합계 279,795,000원을 익금산입하면서 동 대응원가는 손금에 산입하지 않아 결국 수입금액 전액을 각 사업연도소득으로 과세하고 있음을 관련 결정결의서 등 조사관계서류를 통해 알 수 있다. 다만, 특수관계자에 대한 대여금 인정이자 상여처분 건은 본인취하로 심리 생략. 《쟁점 ➀ 청구외 최○○이 쟁점공사를 수주, 청구법인에게 하도급 한 것인지 여부》 먼저 당사자 주장을 보면, 처분청은 쟁점공사의 수입누락 경위가 위 최○○이 성당공사를 수주, 청구법인에게 하도급 용역을 제공하고도 동 최○○이 세금계산서를 발행하지 아니하므로 청구법인도 신고ㆍ납부하지 않았다는 의견이고, 청구법인도 당초 기술고문인 위 최○○이 쟁점공사를 수주하였는데 본인명의로 할 수 없어 부득이 청구법인 명의로 계약하고 실제 공사는 위 최○○이 한 것으로 주장하였으나,

2005. 4. 20. 청구법인의 대표 김○○과 위 최○○이 당심에 제출한 보충자료(경위서)를 살펴보면, 위 최○○이 청구법인의 실제 경영자이나 신용불량으로 인한 비노출 경영에 따른 방어적 논리를 맞추는 과정에서 빚어진 궁색한 주장으로 보여지고, 위 최○○과 청구법인의 대표 김○○도 쟁점공사가 청구법인의 시공으로 완성된 것인데 발주자인 성당측에서종교시설엔 부가가치세가 면제되는 것이라며 부가가치세를 제외한 공급가액만을 지급하여부득이 동 공사수입금액과 함께 관련 원가도 누락한 것으로 진술한다. 생각건대, 전시 사실관계와 같이 청구법인은 청구외 (주)○○를 승계한 회사로서, 위 최○○이 청구외 법인을 설립한 이래 청구법인도 계속하여 경영한 실경영자로 확인되며, 더욱이 처분청의 이의신청 결정문에서도청구법인은 ○○시 ○○읍에 소재하는 “○○성당”에 대하여 공사한 사실이 없다고 주장하나, 청구법인의 ○○은행(계좌 000-000000-00-000)과 ○○은행(계좌 000-00-0000-000) 통장에 2002년~2003년 기간 중 영덕성당으로부터 공사대금이 입금되었고, 나아가 견적서를 작성하고 있는 점 등으로 보아 공사사실이 없다는 청구법인 주장은 받아들일 수 없다.고 재결하고 있는 점 등에 미루어 쟁점공사는 청구법인이 시공, 완성한 것으로 판단된다. 《쟁점 ➁ 매출누락에 대한 대응원가의 손금경리 및 관련 제시증빙의 대응원가여부》 위 사실관계와 청구주장을 종합하면, 쟁점공사의 발주자 청구외 ○○성당이 종교시설의 비과세를 이유로 부가가치세를 제외한 공급가액만 지급하므로 부득이 신고를 누락하면서 동시에 관련원가도 미 계상하였다는 청구주장에 대하여 처분청은 제시증빙을 청구외 최○○이 수취한 영수증으로써 쟁점공사의 대응원가로 단정하기 어렵고, 또 일부는 정규 영수증이 아니며, 나아가 청구법인의 주장과 같이 만약 관련 대응원가가 256백만원이라면 쟁점공사수입 279백만원에 대한 부가율이 8.2%로 계산되는데, 이는 2002년 2기 및 2003년 1기 중 동종업종의 평균 부가율 23.9%에 비해 현저히 미달되는 점 등에 미루어 받아들이기 어렵다는 의견으로 쟁점공사원가의 미 계상에 대하여는 다툼이 없다. 다만, 제시원가의 관련성과 신빙성에 관해 의견을 달리 하고 있다. 생각건대, 쟁점 공사수입과 함께 관련원가도 누락되었는데 공사수입만을 익금에 산입하여 과세를 하고 있는 점, 청구법인이 쟁점공사를 시공 및 완성하며 관련 수입금액을 직접 수수한 점, 제시된 증빙도 청구법인의 영수증으로 위 최○○이 수취한 것이나 조사당시 울릉도공사문제로 자리를 없어 경황중 제시하지 못한 것으로 진술하는 점 등에 미루어, 일부 관련성 및 영수증의 신빙성 문제와 부가율 저조에 관한 혐의 등은 별론으로 하더라도, 제시된 공사원가 228,187,090원이 쟁점수입누락금액의 대응원가라는 청구법인의 주장은 일응 이유 있는 것으로 받아들여지는바, 따라서 제시된 공사원가를 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 합리적인 것으로 판단된다.

이건 심사청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.