쟁점부동산을 자기건설한 건축물로 볼 수 없으므로 등기접수일을 취득시기로 봄

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

• 가. 청구법인은 경기도 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 에서 토목건축 업 및 건축자재 제조업을 영위하는 중소기업에 해당하는 법인으로서, 청구법인 소유의 경기도 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 공장용지 5,362㎡,와 위 지상 공장건물 A동 2,040㎡ 및 B동 648㎡(이하 “쟁점부동산”이라 하며, 그 중 공장용지를 “쟁점토지”라 하고, A동을 “증축건물”이라 하고, B동을 “쟁점건물”이라 한다)를 1999.5.13. 청구외 (주)ㅇㅇ사에 양도함으로써 발생한 특별부가세가 조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안전 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】의 규정에 의한 감면대상에 해당한다고 보아, 1999.1.1.～1999.12.31. 사업연도(이하 “1999사업연도”라 한다) 법인세과세표준신고시 특별부가세 30,561,327원을 감면신고하였다.
• 나. 처분청은 특별부가세 감면요건인 3년 이상 보유규정이 쟁점부동산에 적용되는지 여부를 판단함에 있어 취득일과 양도일을 각 등기접수일인 1996.6.25.과 1999.5.13.로 보고 양도일 현재 3년 이상 보유요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 2004.8.1. 청구법인에게 1999사업연도 법인세 54,765,890원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.30. 이의신청을 거쳐 2005.1.25. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 청구외 ㅇㅇ주식회사(현재 ㅇㅇ주식회사이며, 이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 쟁점토지를 매입하기 위하여 1995.12.19. 매매계약을 체결하고 같은날 계약금 2억원, 1996.1.12. 중도금 4억원, 1996.5.27.에 1억2백만원을 지급하여 잔금청산하였다. 청구법인은 쟁점토지 상에 공장건물을 신축하기 위하여 건축허가 신청을 하였으나, 1995.11.27. 이미 청구외법인 명의로 건축허가신청이 이루어진 상태이며 또한 쟁점토지의 소유권이 청구외법인으로 되어 있어, 건축주의 명의변경 절차가 복잡하고 까다로운 점 등을 이유로 편의상 청구외법인과 합의 후, 설계변경 등을 하여 1996.2.15. ㅇㅇ시장으로부터 건축허가를 받아 1996.2.22. 쟁점건물을 청구외법인 명의로 착공하였으며, 1996.5.21. 사용승인이 이루어졌고, 1996.6.3. 소유권보존등기가 완료되었으며, 1996.6.25. 쟁점토지와 함께 소유권이전 등기를 청구법인 명의로 완료한 후, 사업장을 증축할 목적으로 쟁점토지 위에 증축건물을 1996.8.10 착공하여 1996.10.15. 사용승인을 받았다. 청구법인은 쟁점건물의 사용승인일인 1996.5.21. 전에 실제로 쟁점건물을사용하기 위해 1996.4.25. 한국통신 ㅇㅇ지점에 전화가입권신청을 하였고, 1996.5.1. ㅇㅇ소방서장으로부터 소방시설완공검사 합격을 통보받았으며, 1996.5.3. 구내통신설비 시공이 완료된 후, 1996.5.11. 전화 및 팩스가 가설되어 정상적으로 쟁점건물을 사용하기 시작하였다. 따라서 쟁점건물은 소득세법시행령 제162조 제1항 제4호 에서 정하는 자기가 건설한 건축물로서, 쟁점토지와 쟁점건물의 취득시기는 사실상의 사용일인 1996.5.11.이며 양도일인 1999.5.13.까지의 기간이 3년을 초과하므로, 쟁점부동산의 보유기간을 3년 미만으로 보아 특별부가세 감면을 배제한 처분청의 당초처분은 부당하다.

처분청은 쟁점토지의 취득시기를 당초 등기접수일인 1996.6.25.로 보았으나, 청구법인의 주장과 같이 대금을 청산한 날을 1996.5.27.로 인정하더라도 보유기간이 3년 미만으로 감면요건을 충족하지 못한다. 쟁점건물의 취득시기는 도급자가 청구외법인이고 수급자가 청구법인인 공사도급계약서 및 세금계산서 수수상황, 회계처리 및 장부 등으로 보아, 청구법인이 신축한 건물이 아닌 청구외법인으로부터 취득한 건물이므로 당초처분과 같이 등기접수일인 1996.6.25.로 보는 것이 타당하다. 또한 1996.8.10. 착공한 증축건물의 취득시기는 사용승인일인 1996.10.15.로 그 보유기간이 3년 미만이므로 감면대상에 제외한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산을 소득세법시행령 제162조 제1항 제4호 에서 규정한 자기가 건설한 건축물로 볼 것인지 여부 및 전화와 팩스가 가설된 날을 실제 사용일로 보아 취득시기를 적용할 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소 득세 등의 감면】

① 대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 "중소사업자"라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하 "금융기관부채"라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 사업용으로 사용한 토지 등의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (이하생략)

○ 조세특례제한법시행령 제33조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

① 법 제36조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소사업자"라 함은 토지 등의 양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위한 중소기업(축산업을 주된 사업으로 영위하고 상시 사용하는 종업원수가 300인 이내인 기업으로서 소득세법시행령 제9조 제1항 제1호 의 규정에 의한 농가부업규모를 초과하는 경우를 포함한다)을 말한다.

② 법 제36조 제1항에서 "대통령령이 정하는 금융기관의 부채"라 함은 다음 각호의 금액을 말한다.

1. 금융실명거래및비밀보장에관한법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 금융기관(이하 이 조에서 "채권금융기관"이라 한다)으로부터 사업과 관련하여 차입한 차입금(당좌차월은 제외한다)

2. 제1호의 차입금에 대한 이자(이하생략)

③ 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 감면하는 세액은 감면대상소득금액에 대한 산출세액의 100분의 100으로 하되, 감면대상소득금액은 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 토지 등(매매사업용의 토지 등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 양도일 현재 3년 이상 보유한 토지 등을 당해 사업자의 재무구조개선을 위하여 양도함으로써 발생하는 소득금액

2. 금융기관부채의 감소액이 제1호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 받은 대가 중에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)

⑤ 법 제36조 제1항 및 동조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지 등의 양도시기에 대하여는 소득세법시행령 제162조 의 규정을 준용하되, 장기할부조건의 양도의 경우에는 각회의 부불금(계약금은 첫회의 부불금에 포함되는 것으로 한다)을 수입한 날을 각각 양도일로 본다.

○ 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만, 첫회 부불금의 지급일 전에 소유권이전등기 등을 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구법인은 청구외법인으로부터 1995.12.19. 쟁점건물 및 쟁점토지를 취득하기 위해 같은 날 계약금 2억원, 1996.1.12. 중도금 4억원, 1996.4.11. 잔금 3억원을 지급하는 것으로 하여, 총 매매대금 9억원(토지 702백만원, 건물 198백만원)에 매매계약을 체결하였음이 부동산매매계약서에 의하여 확인되며, 그에 따른 계약금 및 중도금의 지급은 금융자료 등에 의하여 알 수 있으나, 잔금의 지급은 구체적인 증거자료가 없어 지급여부가 확인되지 아니한다.
• 나) 쟁점건물은 1996.2.15. 건축주를 청구외법인으로 하여 건축허가가 이루어졌으며, 1996.2.22. 도급인을 청구외법인으로 수급인을 청구법인으로 하는 공사금액 198백만원의 공사도급계약을 하여 착공하였음이 건축허가서 및 건설공사도급계약서에 의하여 확인된다.
• 다) 쟁점건물은 ○○시장으로부터 1996.5.21. 사용승인되었고, 증축건물은 1996.8.10. 착공하여 1996.10.15. 사용승인되었음이 각각의 건축물사용승인서에 의하여 확인된다.
• 라) 쟁점부동산의 건물 및 토지등기부등본을 보면 쟁점건물은 1996.6.3. 청구외법인 명의로 보존등기된 후, 1996.6.25. 청구법인으로 소유권이전등기되었고, 증축건물은 1996.10.24. 청구법인 명의로 보존등기되었음을 알 수 있으며, 쟁점토지는 1996.6.25. 청구외법인에서 청구법인으로 소유권이전되었음이 확인된다.
• 마) 청구법인은 쟁점부동산을 1999.4.7. 청구외 주식회사ㅇㅇ에 계약금 145백만원, 1999.5.12. 잔금 1,305백만원, 총 1,450백만원을 지급받기로 하는 매매계약을 체결하였음이 부동산매매계약서에 의하여 확인되고, 1999.5.13. 한미은행 시화지점의 금융부채 1,500백만원 상환에 전액 사용되었음이 부채상환계산서 및 영수증에 의하여 확인된다.
• 바) 청구법인은 쟁점건물의 사용승인일인 1996.5.21. 이전인 1996.5.11. 에 이미 사실상 사용하였다고 주장하면서 그 증거자료로 1996.5.1. ㅇㅇ소방서장이 발급한 소방시설완공검사필증 및 1996.5.3. ㅇㅇ전화국으로부터 구내통신설비시공확인서와 1996.5.11. 전화 및 팩스가 설치되었다는 가입전화등록사항증명서 및 전화요금납부영수증을 제시하고 있다.
• 사) 청구법인의 사업장변경이력을 보면 1996.6.8. 사업장을 경기도 시흥시 ㅇㅇ동에서 쟁점건물로 이전하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인되고 있고, 또한 청구법인의 법인등기부등본에서도 1996.6.5.에 사업장을 쟁점건물로 이전한 것이 확인되고 있다.

2. 판 단

• 가) 위 사실을 종합하여 보면 소득세법시행령 제162조 제1항 제4호 에 정한 자기가 건설한 건축물의 적용 대상은 건축물에 해당하는 것으로, 청구법인이 쟁점토지에 대하여도 이를 적용하여야 한다는 것은 법리를 오해한 것으로서, 청구주장은 이유 없다 할 것이다.
• 나) 증축건물은 1996.8.10. 착공하여 1996.10.15. 사용승인이 되었고, 1996.10.24. 보존등기된바, 보유기간이 3년 미만으로 조세특례제한법 제36조 의 감면대상에 해당되지 않는다고 판단된다.
• 다) 청구법인은 쟁점건물을 청구외법인으로부터 취득한 것이 아니라 부득이 청구외법인 명의로 청구법인이 직접 건설한 것이라고 주장하나, 첫째, 청구외법인을 건축주로 하여 1996.2.15. 건축허가가 이루어진 점, 둘째, 청구외법인을 도급자로 청구법인을 수급자로하여 건설공사도급계약서가 작성된 점, 셋째, 청구법인이 쟁점건물에 대한 건설공사용역을 제공하고 세금계산서를 수수하였으며, 매매계약서와 같이 이후 쟁점건물을 청구외법인으로부터 매입한 것으로 회계처리하고, 이를 장부 등에 반영하여 세무신고를 한 점 등으로 보아, 쟁점건물을 소득세법시행령 제162조 제1항 제4호 에서 정하는 자기가 건설한 건축물에 해당한다고 볼 수 없고, 또한 대금청산한 날이 분명하지 아니하므로 등기부등본에 나타나는 등기접수일인 1996.6.25.을 쟁점건물의 취득시기로 보아야 할 것으로 판단된다. 설령 쟁점건물이 소득세법시행령 제162조 제1항 제4호 에서 정하는 자기가 건설한 건축물에 해당한다고 보더라도, 쟁점건물의 사실상 사용일을 전화 및 팩스가 설치된 1996.5.11.로 볼 것이 아니라, 법인등기부등본 상의 사업장이전일인 1996.6.5.이나, 사업자등록정정신고시 사업장변경일인 1996.6.8.로 보아야 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.