가공매입금액임을 당해 사업연도 결산 전에 인지하고 이를 운송비계정에서 원가 차감하여 결산한 사실을 확인한 사례
가공매입금액임을 당해 사업연도 결산 전에 인지하고 이를 운송비계정에서 원가 차감하여 결산한 사실을 확인한 사례
1. ○○세무서장이 2004. 11. 6. 청구법인에게 결정고지한 2002. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 법인세 13,192,020원은 운송비 14,819,000원을 손금으로 인정하여 과세표준과 세액을 경정하고, 2003. 1. 1. ~ 12. 31. 사업연도 법인세 45,936,440원은 운송비 70,000,000원을 손금불산입액에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정합니다.
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 철근콘크리트분배기의 제조 및 철근가공업을 주업으로 영위하는 주식회사 ○○시스템(이하 ‘청구법인’이라 한다)은 2001.2기분 ○○운수 주식회사로부터 수취한 매입세금계산서 19매 합계 70,865천원(이하 ‘쟁점1매입금액’이라 한다), 2002.2기분 ○○물류 주식회사로부터 수취한 매입세금계산서 1매 45,000천원(이하 ‘쟁점2매입금액’이라 한다), 2003.1기 ○○물류 주식회사로부터 수취한 매입세금계산서 3매 합계 70,000천원(이하 ‘쟁점3매입금액’이라 한다)을 해당 과세기간별로 부가가치세 매입세금계산서로 신고하였으며, 2001년 사업연도와 2002년 사업연도 법인세 신고시 쟁점1매입금액과 쟁점2매입금액을 각 손금산입하여 신고하였고, 쟁점3매입금액은 2003년 사업연도 법인세 신고시 손금에 산입하지 않았다. 처분청은 쟁점1,2,3매입금액을 매입세액 불공제하여 부가가치세를 경정결정하는 한편 같은 금액을 법인세 과세표준 계산시 손금불산입 하여 법인세를 경정결정하여, 2004.11.6. 2001.2기분 부가가치세 12,794,670원, 2002.2기분 부가가치세 7,303,490원, 2003.1기분 부가가치세 10,076,500원과 2002년 사업연도 법인세13,192,020원, 2003년 사업연도 법인세 45,936,440원을 각 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 1. 24. 이 건 심사청구를 제기하였다.
< 쟁점1 매입금액에 대하여 >
○○운수(주)로부터 수취한 2001. 2기분 매입세금계산서 70,865천원(공급대가 77,951천원)을 수취한 경위는 다음과 같으므로 가공세금계산서가 아니다. 2001.10월 ~ 11월 기간 철근 운반수량 10,375,676㎏를 운송비로 환산하면 93,380천원(9원/㎏)으로 이 금액은 물류담당 이사(박○○)가 직접 운송한 운반비 17,160천원과 실지 운송자 25명에게 송금한 금액 합계 75,240천원 및 기타 차액 980천원으로 분류된다. 따라서 실지 운송자에게 지급한 92,400천원(17,160천원 + 75,240천원)은 그 지급사실이 확인되므로 쟁점1매입금액 전액을 가공자료로 보고 부가가치세 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 법인세를 경정결정함은 부당하다. < 쟁점2매입금액에 대하여 >
○○물류(주)로부터 수취한 2002.2기분 매입세금계산서 45,000천원(공급대가 49,500천원)을 수취한 경위는 다음과 같으므로 가공세금계산서가 아니다. 2002.12월 철근 운반수량 7,650,638㎏를 운송비로 환산하면 68,855천원(9원/㎏)으로 이 금액은 물류담당 이사가 직접 운송한 운반비 21,106천원과 실지 운송자 15명에게 송금한 금액 합계 47,687천원 및 기타 차액 62천원으로 분류된다. 따라서 실지 운송자에게 지급한 68,793천원(21,106천원 + 47,687천원)은 그 지급사실이 확인되므로 쟁점2매입금액 전액을 가공매입으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 법인세를 경정결정함은 부당하다. < 쟁점3매입금액에 대하여 > 2003.3월분 운반비 발생액은 금 70,000천원으로 ○○물류(주) 발행분 세금계산서를 수취하였으나 이 회사가 자료상이라는 통보에 따라 실제로 운송비를 지급하였음에도 해명의 어려운 때문에 2003년 결산시 운송비 계정에서 차감하여 손금산입하지 아니하였으므로 해당 법인세 경정분은 취소되어야 한다. 따라서 청구법인이 쟁점1,2,3매입금액과 관련하여 거래상대방에게 상기와 같이 운반비를 지급하였음이 확인되므로 처분청이 쟁점1,2,3매입금액 전액을 가공매입으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 법인세를 경정결정함은 부당하다.
< 쟁점1매입금액에 대하여 > 청구법인이 2004년 6월 제출한 소명자료에는 부가세 포함된 총거래금액 77,951천원 중 ○○운수(주)와는 일부만(17,167천원, 부가세 포함) 실거래 하고, 2001.10.24일자 4,877천원, 2002.01.23일자 12,290천원을 지급하였으며, 나머지 운송비(공급대가) 60,783천원에 대하여는 다른 사업자(○○운수 박○○ 15,268천원, ○○화물 박○○ 16,096천원, ○○통운 ○○지점 김○○ 14,278천원, ○○운수 한○○ 15,141천원)에게 운반을 의뢰하고 세금계산서는 ○○운수(주)의 세금계산서를 수취하였다고 주장하였으며, 이에 대한 입증자료로 각 사업자의 사실확인서 및 인감증명서, 차량등록증사본을 증빙으로 제시하고 있으나, 위 다른 사업자 4명은 평소에도 계속 거래가 있던 일반과세자로서 당시에 자료상인 ○○운수(주)의 세금계산서를 수취할 이유가 없고, 과세전적부심사청구 및 심사청구시 제출된 증빙자료는 박○○ 이사를 통하여 2차례 통장으로 17,167천원을 입금하고 나머지 금액은 직불형태로 직접 지급하였다고 주장하나 직불형태로 지급하였다는 금액이 누구에게 지급되었는지 확인할 자료의 제출이 없고 설령 지급을 하였다 하더라도 그 대금은 당초 정상적인 거래의 세금계산 발행분에 대하여 대금을 지급한 것인지 확인할 수 없고,
○○세무서의 ○○운수(주)에 대한 조사서를 검토한바, 당시에 ○○운수(주)의 직영차량이 없음에도 불구하고 ○○운수(주)와 실거래를 하고 세금계산서를 수취하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. < 쟁점2매입금액에 대하여 > 청구법인은 결제대금을 주거래은행인 ○○은행(000-00-0000-000)을 통하여 ○○물류(주)의 ○○계좌로 송금하였다고 ○○은행 및 ○○통장 사본을 제시하였으나, 청구법인에서 입금하였다는 ○○계좌는 ○○물류(주)에서 2003.01.10. 통장을 신규로 개설하여 2003.01.29. 청구법인으로부터 49,500천원이 입금되고 다음날 전액 출금되었으며 본건 거래이외에는 예금거래가 단 1건도 없는 것으로 보아 정상적인 실지거래로 보기 어렵고, 당초 제시한 소명자료 중 거래명세서를 검토한 결과, ○○물류(주)와 거래가 전혀 없다가 2002.12월 1개월에 걸쳐 12/1일자 ○○와 ○○간 14건 화물운송, 12/3일자 ○○와 ○○간 12건, ○○와 ○○간 3건 등 2002.12월 1개월간 198차례에 걸쳐 화물운송을 했다는 주장은 신빙성이 없는 것으로 판단되고, 또한 ○○물류(주)는 당시 등록된 차량이 2대(경기89바** 8톤카고트럭, 경기95자** 1톤차량)에 불과한 것으로 확인되는바, 청구법인에서 제출한 차량번호가 기재된 거래명세서는 정상적인 거래명세서로 보기 어렵다. < 쟁점3매입금액에 대하여 > 거래대금을 2003.4.30. 청구법인의 통장에서 청구법인의 물류담당 이사인 박○○의 ○○계좌에 76,470천원을 송금한 후 박○○ 이사가 직접 ○○물류(주)의 통장으로 다시 송금하거나 직불형태로 운반과 동시에 지급하였다고 주장하나, 박○○ 이사가 ○○물류(주)에 이체하였다는 금액은 6건 16,722천원에 불과하고, 송금시기 또한 청구법인에서 박○○ 이사에게 입금한 2003.4.30.일 이전에 14,217천원이 송금되는 등 청구법인의 주장에 신빙성이 없고, 수취인 차○○와 ○○물류(주)와의 연관성을 확인할 수 없으므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 개정)
○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12. 28 개정)
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)
○ 국심2004서1884, 2005.3.7 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 매입 부가가치세를 불공제 되었더라도 동 세금계산서와 관련한 원재료를 실지 매입하고 거래대금을 지급한 사실이 인정된다면 법인소득금액 산출시 손금으로 인정됨.
○ 국심2004서2317, 2004.11.11 자료상으로부터 수취한 세금계산서일지라도 실지거래가 구체적으로 확인이 된다면 법인세법상 원가로 인정함.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점거래 내역에 대한 세금계산서 수수상황은 다음과 같다. 매 입 처 자 료 내 용 비 고 상 호 사업자번호 연도.기분 건수 금액(천원) 합 계 23 185,865
○○운수(주) 126-81-47*** ’01.2기 19 70,865 자료상
○○물류(주) 126-81-57*** ’02.2기 1 45,000 자료상
○○ 물류(주) 134-81-68*** ’03.1기 3 70,000 자료상
(2) 청구법인이 밝히고 있는 가공(加工)철근의 운반과 운임의 결제과정은, 가공철근의 운반에 대한 전반적인 관리는 차량수배의 어려움 등 여러 가지 사정으로 물류담당인 박○○ 이사의 책임하에 이루어지며, 박○○는 매월 발생된 운반비를 집계하여 회사에 청구하고, 회사는 운수회사에 직접 지급하는 예외적인 경우 외에는 청구액을 박○○의 예금계좌로 송금하고 있음이 이 건 심사청구시 제출한 자료에 의하여 확인된다.
○ 물류담당 이사는 가공철근 운반시 ① 출하노트(현장명, 운전자명, 적재량, 발주현장별 전표번호 기입) ② 납품송장(공사현장, 차량번호, 운전자명, 규격 및 중량, 출발일 등을 기재) 3부를 작성하여 납품한 후, ③ 현장에서 인수증을 수령한 후, ④ 이를 토대로 증빙을 구비하여 본사에 운반비 청구하고, ⑤ 본사는 청구액을 지급한다.
• 제출한 출하노트는 수첩형태의 작은 노트로서 현장명, 운전자명, 적재량, 발주현장별 전표번호등이 세밀하게 기재되어 있고 관리상태 및 내용 숙지상황으로 보아 증빙으로 제출하기 위하여 제작한 것으로 보이지 않는다.
• 청구법인의 운송비는 물류담당 이사의 상기 5가지 서류에 의하여 산출되고 정산되고 있음이 확인된다.
○ 물류담당 이사 박○○는 2001.5월부터 현재까지 청구법인에서 근무하였음이 소득금액 증명원 및 근로소득 원천징수영수증에 의하여 확인되며, 물류담당 이사의 ○○통장(000000-00-000000)에는 청구법인으로부터의 입금과 다수의 사람들(화물 운송업자인지는 불분명)에게 송금한 거래내용이 나타나 있다.
(3) 쟁점1,2,3매입금액의 거래실태에 대한 검토
- 가. 쟁점1매입금액〔○○운수(주) 매입분 2001.2기 공급가액 70,865천원(공급대가 77,951천원)〕에 대하여
○ 청구법인은 당초에 주장하였던 청구주장을 추가자료 제출시 전시한 청구주장 내용과 같이 변경하였으나, 변경된 청구주장에 대하여 처분청의 추가의견 없어도 심리가 가능하여 진행한다. <당초주장>
• 2001.10월 ~ 11월 기간 철근 운반수량 10,375,676㎏를 운송비로 환산하면 93,381천원(9원/㎏)이며 물류담당 이사가 미검수분을 차감하고 청구한 운송비는 87,315천원으로 청구법인은 2002.1.2. 31,466천원, 2002.1.5. 10,000천원, 2002.1.11. 9,353천원 합계 50,819천원을 지급하였고, 이에 대한 세금계산서는 ○○운수(주)에서 70,865천원,
○○ 화물에서 16,025천원,
○○ 화물에서 425천원 합계 87,315천원을 수취하였다.
• ○○운수(주)로부터의 공급가액 70,865천원의 매입세금계산서의 실질적인 거래내용은 ○○운수(주)가 15,607천원, ○○운수 박○○가 13,880천원, ○○화물 박○○가 14,633천원, ○○통운 ○○지점 김○○이 12,980천원, ○○운수 한○○가 13,764천원으로써 각자로부터 세금계산서를 받아야 하나 ○○운수(주)로부터 전체금액에 대한 세금계산서를 수취하였고, ○○운수(주)의 운송비는 2001.10.24일자 4,877천원, 2002.01.23일자 12,290천원을 지급하였으며, 나머지 운송업자에게는 박○○ 물류담당 이사의 계좌를 통하여 각자에게 송금하였다.
• 따라서 실지 운송자에게 대금을 지급한 사실이 명백하므로 ○○운수(주)가 실지 운송한 공급가액 17,167천원에 대하여는 부가가치세 경정결정하여서는 안되고, 쟁점1매입금액을 가공자료로 보고 전액 손금불산입하여 경정한 법인세는 부당하다.
○ 추가자료로 제출된 물류담당 이사 박○○의 ○○통장과 11장의 거래사실 확인서를 분석해 보면, 쟁점1매입금액이 발생한 거래시기인 2001.10. ~ 11월 기간의 익월 중에 물류담당 이사 박○○의 ○○통장에서 20명(실지 운반자라고 주장)에게 32회에 걸쳐 75,240천원이 송금되었음이 나타나며, 이 중에서 사실확인서를 제출한 화물운송업자는 물류담당 이사외 4개 거래처에 송금액 33,347천원이며, 청구법인으로부터는 3회에 걸쳐 50,819천원이 입금되어 있다.
• 청구법인의 3회 송금액 50,819천원: 2002.1.2. 31,466천원, 2002.1.5. 10,000천원, 2002.1.11. 9,353천원, < 운송비를 송금받은 자들의 수입액 및 사업내용 > (단위: 원) 2001.10월분 2001.11월분 사 업 현 황 일 자 금 액 일 자 금 액 성 명 상 호 사업자번호 개업일 합계 50,058,797 9,326,592 7,384,905 박○○
○○화물 105-26-85*** ’99.06.01 계속사업 2001.10.24 4,877,000 최○○
○○운수 (주) 126-81-47*** ’00.08.15 (’03.2.12) 2001.11.06 5,680,000 2001.12.03 8,114,000 김○○
○○통운 121-06-54*** ’01.05.01 계속사업 2001.11.08 2,065,000 2001.12.03 400,000 박○○
○○화물 135-10-94*** ’96.07.01 계속사업 2001.11.16 1,600,000 2001.11.30 4,296,100 2001.11.30 3,315,100 2001.12.31 3,000,100 한○○
○○운수 127-45-90*** ’92.01.01 계속사업
○ 2001. 10월 ~ 11월 중 수령액과 2001.2기 세금계산서 수수액(공급대가 기준)과의 비교 (단위: 원) 사업자(수령인) 수령액(천원) 신고한 금액 (공급대가로 환산) 비 고 상 호 성명
○○화물 박○○ 16,711 66,518
○○운수 한○○ 6,315 0 상대방 매출누락
○○화물 박○○ 8,361 31,200
○○통운 김○○ 13,794 0 상대방 매출누락
○○운수(주) 최○○ 4,877 77,951
- 나. 쟁점2매입금액〔○○물류(주) 매입분 01.2기 공급가액 45,000천원(공급대가 49,500천원)〕에 대하여
○ 청구법인은 당초에 주장하였던 청구주장을 추가자료 제출시 ‘청구주장’ 내용과 같이 변경하였다. <당초주장> 2002.12월 철근 운반수량 7,650,638㎏를 운송비로 환산하면 68,855천원(9원/㎏)이며 물류담당 이사가 전월분 미청구분을 포함하여 70,000천원을 청구하였고 청구법인은 2003.1.29일자 49,500천원을 당사 주거래통장(○○은행000-00- 0000-000)을 통하여 ○○물류(주)에 송금하였으며 나머지 대금 26,920천원은 물류담당 이사의 예금통장에 송금하였고, 이에 대한 세금계산서는 ○○물류(주)에서 45,000천원,
○○ 화물에서 25,000천원 합계 70,000천원을 수취하였다.
○ 추가자료로 제출된 물류담당 이사 박○○의 ○○통장과 11장의 거래사실 확인서를 분석해 보면, 쟁점2매입금액이 발생한 거래시기인 2002.12월의 익월인 2003.1월 중 물류담당 이사 박○○의 ○○통장에서 13명(실지 운반자라고 주장)에게 20회에 걸쳐 47,687천원이 송금되었음이 나타나며, 이 중에서 사실확인서를 제출한 화물운송업자는 물류담당 이사외 3개 거래처에 송금액 20,373천원이며, 청구법인으로부터는 2003.1.29. 26,920천원이 입금되어 있다. < 운송비를 송금받은 자들의 수입액 및 사업내용 > (단위: 원) 2002.12월분 사 업 현 황 비 고 일 자 금 액 성 명 상호 사업자번호 개업일 폐업일 합계 41,479,323 공급가액 37,708천원 21,106,323 박○○
○○화물 105-26-85*** 1999.06.01 계속 2003.01.06 7,474,000 한○○
○○운수 127-45-90*** 1992.01.01 〃 2003.01.06 3,000,000 박○○
○○화물 135-10-94*** 1996.07.01 〃 2003.01.13 2,554,000 2003.01.06 3,000,000 김○○
○○통운 121-06-54*** 2001.05.01 〃 2003.01.13 1,345,000 2003.01.20 3,000,000 (단위: 천원) 사업자(수령인) 수령액(천원) 신고한금액 (공급대가로 환산) 비 고 상 호 성명
○○화물 박○○ 21,106 72,413
○○운수 한○○ 7,474 0 상대방 매출누락
○○화물 박○○ 5,554 22,000
○○통운 김○○ 7,345 0 상대방 매출누락
- 다. ○○물류(주) 매입분 2003.1기 공급가액 70,000천원에 대하여 2003.3.10. 매입금액 25,000천원, 2003.3.20. 매입금액 20,000천원, 2003.3.31. 매입금액 25,000천원 합계 70,000천원은 같은해 12.31. 가공자료에 의한 운반비로 제조원가에서 이미 차감하여 결산에 반영되었음이 청구법인의 계정별원장의 기록에 의하여 확인되며, 차감후 운반비 연간합계는 548,794,900원이다.
- 라. 판 단
○ 쟁점1매입금액에 대한 위장거래 여부를 살펴보면 청구법인은 17,167천원을 제외한 나머지 잔액 60,783천원에 대해서는 ○○운수(주)와 거래한 사실이 없음을 인정하고 있고, ○○운수(주)와 거래하였다고 주장하는 동 17,167천원 역시 ○○운수(주)가 당시 직영차량이 없었고 자료상으로 고발된 업체라는 점에서 실거래를 인정할 수 없으므로 2001년 제2기분 부가가치세 과세는 정당하다고 판단된다. 다만, 청구주장은 부분적으로 변경되었으나 청구법인이 철구조물을 제작하여 건설현장까지 납품하면서 운송비가 필수적으로 발생하고 있음은 사실이며, 청구법인이 물류담당 이사에게 운송비로서 50,819천원을 지급하였고 물류담당 이사는 실지 운반자들에게 송금하고 있음이 전시 사실관계에서 확인되고 있으므로, 청구법인이 물류담당 이사를 통하여 운송비를 송금하였다고 주장하면서 거래사실 확인서를 제출한 화물운송업자 해당분 5명의 공급가액 50,058천원 중 ○○운수(한○○)와 ○○통운(김○○)에 송금한 금액 각 6,315천원 및 13,794천원, 합계 20,109천원은 이들에게 관련 제세를 추징함은 별론으로 하고 이를 운송원가로 손금산입하는 것이 타당하다고 할 것이다. 한편, 청구법인이 물류담당 이사를 통하여 운송비 명목으로 송금하였다고 주장하면서 거래사실 확인서를 제출한 화물운송업자 5명 중 ○○운수(한○○)와 ○○통운(김○○)을 제외한 나머지 업체들의 경우 기 세금계산서 발행금액이 동 송금액보다 많은바, 동 송금액이 기 세금계산서 발행금액을 결제한 것일 가능성이 많은 점으로 보아 이를 손금으로 인정하기는 어렵다고 판단되고, 그 외에 송금한 금액 역시 송금을 받은 자의 인적사항이 확인되지 않는 점과 화물운송업자인지 여부가 확인되지 않아 이를 손금으로 인정하기는 어렵다고 보여진다.
○ 쟁점2매입금액에 대한 위장거래 여부를 살펴보면, 청구법인은 결제대금을 주거래은행인 ○○은행(000-00 -0000-000)을 통하여 ○○물류(주)의 ○○계좌로 송금하였다고 ○○은행 및 ○○통장 사본을 제시하였으나, 청구법인에서 입금하였다는 ○○계좌는 ○○물류(주)에서 2003.01.10. 통장을 신규로 개설하여 2003.01.29. 청구법인으로부터 49,500천원이 입금되고 다음날 전액 출금되었으며 본건 거래이외에는 예금거래가 단 1건도 없는 것으로 보아 정상적인 실지거래로 볼 수 없어 당초결정은 정당하고, 다만, 청구주장은 부분적으로 변경되었으나 청구법인이 철구조물을 제작하여 건설현장까지 납품하면서 운송비가 필수적으로 발생하고 있음은 사실이며, 청구법인이 물류담당 이사에게 운송비로서 26,920천원을 지급하였고 물류담당 이사는 실지 운반자들에게 송금하고 있음이 전시 사실관계에서 확인되고 있으므로, 청구법인이 물류담당 이사를 통하여 운송비 명목으로 송금하였다고 주장하면서 거래사실 확인서를 제출한 화물운송업자 해당분 4명의 공급가액 41,479천원 중 ○○운수(한○○)와 ○○통운(김○○)에 송금한 금액 각 7,474천원 및 7,345천원, 합계 14,819천원은 이들에게 관련 제세를 추징함은 별론으로 하고 이를 운송원가로 손금산입하는 것이 타당하다고 할 것이다. 한편, 청구법인이 물류담당 이사를 통하여 운송비 명목으로 송금하였다고 주장하면서 거래사실 확인서를 제출한 화물운송업자 4명 중 ○○운수(한○○)와 ○○통운(김○○)을 제외한 나머지 업체들의 경우 기 세금계산서 발행금액이 동 송금액보다 많은바, 동 송금액이 기 세금계산서 발행금액을 결제한 것일 가능성이 많은 점으로 보아 이를 손금으로 인정하기는 어렵다고 판단되고, 그 외에 송금한 금액 역시 송금을 받은 자의 인적사항이 확인되지 않는 점과 화물운송업자인지 여부가 확인되지 않아 이를 손금으로 인정하기는 어렵다고 보여진다.
○ 쟁점3매입금액에 대한 위장거래 여부를 살펴보면, 쟁점3매입금액이 실물거래 없는 가공매입금액임에는 처분청과 청구법인 간에 달리 다툼이 없어 처분청이 이에 대한 매입세액을 불공제하여 2003년 제1기분 부가가치세를 과세한 데에는 잘못이 없다고 할 것이다. 다만, 청구법인은 쟁점3매입금액이 가공매입금액임을 해당 사업연도 결산 전에 인지하고 이를 운송비계정에서 차감하여 결산을 한 뒤 그에 의하여 법인세 신고를 하였음이 확인되므로, 처분청이 쟁점3매입금액을 손금불산입하여 2003년 사업연도 법인세를 과세한 것은 사실관계를 오해하여 잘못 과세한 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.