가공 매입으로 과세한 매입세금계산서상 가액이 실지거래대가에 해당하는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 건축설계업을 영위하는 (주)건축사 사무소 ○○을 1996.01.04에 개업하여 2000.12.18.에 폐업한 사업자로 2000년 제1기 과세기간 중 청구외 사업자인 ○○인터내셔날(사업자등록번호: 000-00-00000, 대표자: 김○○, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 세금계산서(공급가액: 40,198,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고, 동 금액을 손금산입하여 2000년말 사업연도분 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액에 해당하는 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니 하고, 동 금액을 법인세 과세표준 계산시 손금불산입하여 2000년 제1기분 부가가치세 8,001,410원 및 2000년말 사업연도분 법인세 10,297,080원, 합계 18,298,490원을 2004.05.06. 청구법인에게 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2004.11.19. 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, 쟁점세금계산서는 청구법인이 청구외법인 ○○스쿨(주)에 인테리어 공사를 제공할 때 가구나 집기 등을 쟁점거래처에서 매입(이하 “쟁점거래”라 한다)하면서 교부받은 것으로, 청구법인의 사업부진과 대표자인 조건영의 건강악화로 청구법인이 사업을 정이하면서 서류, 설계도서, 장부 등을 보관할 방법이 없어서 모두 폐기했으므로 쟁점거래 사실을 입증할 증빙이 없으며, 납세자에게 거래 사실을 입증할 능력이 없을 때 과세를 정당화하는 규정도 발견하기도 곤란하므로, 이 건 과세처분은 부당하다.

○○세무서장이 자료상으로 고발한 쟁점거래처에 대한 조사 과정에서, 쟁점 거래처의 2000년 말 사업년도분 매출 중에서 쟁점거래는 금융증빙 등에 의해 확인되지 않는 가공 매출인 사실이 확인되고, 쟁점거래 사실을 입증할 책임은 기본적으로 청구법인이 부담하므로, 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점거래를 가공거래로 보아 공급가액에 해당하는 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하고 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 상법 제33조 【상업장부 등의 보존】

① 상인은 10년간 상업장부와 영업에 관한 중요서류를 보존하여야 한다. 다만, 전표 또는 이와 유사한 서류는 5년간 이를 보존하여야 한다.

② 전항의 기간은 상업장부에 있어서는 그 폐쇄한 날로부터 기산한다.

○ 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (이하생략)

3. … 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○스클(주)에 인테리어 공사를 제공할 때 쟁점거래처에서 매입한 가구나 집기 등 이외에 목재는 ○○세무서장이 자료상으로 고발한 청구외 사업자인 ○○목재(000-00-00000)에서 매입하면서 세금계산서(공급가액: 25,005,000원)를 교부받아서 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고, 동 금액을 손금산입하여 법인세를 신고하였다고 주장하지만, 처분청은 이 건 과세처분과 같은 이유로 공급가액에 해당하는 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 동 금액을 법인세 과세표준 계산시 손금불산입하여 2000년 제1기분 부가가치세 4,553,410원을 2003.06.07. 청구법인에게 경정ㆍ고지하였다. (이하 “관련 처분”이라 한다, 손금불산입 후에도 법인세 과세표준이 “0”보다 작아서 별도의 법인세 과세처분은 없었음.)

(2) 청구법인은 관련 처분에 불복하여 이 건 심사청구와 같은 청구이유로 이의 신청을 거친 후 국세심판원에 심판청구를 하여 2002.06.15.에 기각 결정을 받았다. 이후 청구법인은 다시 심판 결정에 불복하여 2004.09.24.에 서울행정법원에 행정소송을 제기하여 현재 1심 재판이 진행 중이다. (서울행정 2004구합28051)

(3) 국세통합전산망에 의하면 2003.12.31.에 ○○세무서장이 2002.07.02.에 사업부진을 이유로 2002.03.60.자로 폐업신고를 한 쟁점거래처를 1998년 제1기 과세기간부터 2002년 제2기 과세기간까지의 세금계산서 교부의무 위반 혐의로 ○○경찰서장에게 고발한 사실이 확인된다.

(4) 청구법인의 대표자인 조○○은 청구법인을 폐업하기 직전인 2000.12.01.에 청구법인과 같은 주소지의 사업장에 건축사사무소 ○○이라는 상호로 개인사업자인 건축사업을 개업하여 현재까지 운영하고 있는 사실이 국세통합전산망에 의해 확인된다.

(5) 심리과정에서 조○○ 및 청구법인의 실무 담당자였던 청구외 박○○과 통화하여 쟁점거래 사실을 입증할 추가적인 증빙이 있을 경우 제출하도록 요청하였으나, 조○○과 박○○은 청구법인과 관련된 모든 서류 및 장부 등을 폐기해서 제출할 수 있는 증빙은 전혀 없고 사업 활동과 관련한 중요한 정보들(예컨대, 금융거래정보를 조회하기 위해 필요한 청구법인의 주거래은행 등)도 기억할 수 없다고 답변하였다.

(6) 청구법인은 실제 발생한 쟁점거래 사실을 입증할 증빙이 없고 납세자에게 거래 사실을 입증할 능력이 없을 때 과세를 정당화하는 규정을 발견하기 곤란하다고 주장하지만, 납세자가 신고한 비용의 증빙인 세금계산서가 처분청에 의해 사실과 다른 세금계산서로 판정되어 납세자가 주장하는 비용의 발생 및 지급상대방이 주장하고 증빙을 제시하기 용이한 납세자가 자신의 주장을 입증할 필요가 있다고 할 것이므로 (같은 뜻의 대법원 판례: 대법96누8192, 1997.09.26.) ○○세무서장이 쟁점세금계산서를 발행한 ○○인터내셔날을 세무조사한 결과 쟁점거래가 가공인 사실을 확인하고 ○○인터내셔날을 자료상으로 고발하였다면 쟁점거래의 실제 발생 여부는 기본적으로 청구법인이 입증해야 할 것이다.

(7) 또한, 청구법인이 입증자료를 폐기하였다 하여 그 입증책임이 면해지는 것은 아니며, 청구법인은 상법상 상법장부 등의 보존의무 및 국세기본법상 부과세척기간 등을 고려할 때 폐업 이후 최소한 5년 이상은 사업 활동과 관련한 장부 및 서류 등을 보관해야 하는 기본적인 의무를 해태한 것이고, 조건영이 청구법인을 폐업하기 전에 청구법인과 동일한 업종으로 볼 수 있는 건축사 사무소를 동일한 주소지의 사업장에서 동일한 상호로 개업한 점으로 볼 때 사업에 참고할 수 있는 자료들을 굳이 폐기할 필요는 적었던 것으로 보이고, 기본적인 사업상의 정보이며 심리과정에서 쟁점거래의 실제 발생여부를 확인하기 위해 기본적으로 필요한 청구법인의 주거래은행조차 기억하지 못하는 것은 조○○과 박○○이 고령인 점을 고려하더라도 납득하기 곤란하므로, 청구법인은 정당하게 부담해야 할 입증책임을 고의 또는 과실에 의해 회피하고 있는 것으로 보인다.

(8) 따라서, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액에 해당하는 금액의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 동 금액을 법인세 과세표준 계산시 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 과세처분은 정당한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.