소유자별 구분 없이 일괄 양도한 경우 감정평가법인의 감정가액에 의하여 법인부동산과 개인소유토지의 양도가액을 안분하여 계산하여야 함.
소유자별 구분 없이 일괄 양도한 경우 감정평가법인의 감정가액에 의하여 법인부동산과 개인소유토지의 양도가액을 안분하여 계산하여야 함.
○○세무서장이 2004. 9.10. 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 199,273,200원과, 2002사업연도 법인세 11,203,520원의 부과처분은, 법인소유의 건물 ․ 토지와 개인소유토지에 대한 양도가액은 2001.11.29.일 가격시점의 ○○감정평가법인의 감정가액의 비율로 안분계산하여 경정합니다.
청구법인은 1997. 5. 1. 개업하여 서비스, 건설폐기물처리업을 영위한 법인사업자로서, 2001.12.29. 청구법인 소유의 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 외 1필지 공장용지 4,473㎡(이하 “법인토지”라 하고, 미계상 건물 643.36㎡를 포함하여법인부동산이라 한다)를 (주)○○개발 (사업자등록번호 000-00-00000 이하 “양수인” 이라 한다)에 양도하고, 양도가액 180,000천원에서 취득 시 장부가액 265,720천원을 차감하여 양도차손 85,720천원으로 2001사업연도 법인세를 2002. 3.31. 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 특별부가세 현지확인을 통해 양수인이 생산설비 및 집기와 법인부동산 뿐만 아니라 청구법인의 대표자 손○○ 개인소유의 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 외 5필지 29,940㎡(이하 “개인토지”라 한다)를 포함하여 소유자별 양도가액 구분 없이 일괄하여 1,660,000천원에 양수하고 동 금액을 생산설비 및 집기에 216,500천원, 법인토지와 개인토지의 가액으로 1,443,500천원(이하 “쟁점금액”이라 하고, 법인부동산과 개인토지를 “쟁점부동산” 이라 한다)으로 양수인의 장부에 계상된 것을 확인하고, 쟁점부동산에 대한 쟁점금액을 기준시가의 비율로 안분계산하여 법인토지의 양도가액을 824,530천원, 취득가액은 265, 720천원으로 하여 양도차익을 558,810천원으로 계산한 후, 2004. 9.10. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 199,273천원과 2002사업연도 법인세 11,203천원을 각각 결정 ․ 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.12. 6. 이건 심사청구를 청구하였다.
처분청은 쟁점부동산에 대한 쟁점금액을 기준시가의 비율로 안분계산하여 법인부동산 중 법인토지의 양도가액을 824,530천원으로 하여 청구법인에게 이건 법인세를 결정고지 하였는바, 법인세법시행령 141조 및 부가가치세법시행령 제48조의2 에 규정에 의거 쟁점부동산의 양도당시 감정평가법인의 감정가액이 있는 경우에는 감정가액의 비율로 안분계산 하도록 규정하고 있는데도, 처분청이 감정가액이 아닌 기준시가의 비율로 안분계산하여 과세한 이건 처분은 부당하다.
청구인이 제시한 ○○감정평가법인의 감정가액은 양도자 입장에서 소유자별로 쟁점부동산을 감정한 것이 아니고 양수자 입장에서 전체토지를 공장부지로 사용하기 위하여 감정한 것이고, 쟁점부동산 면적 중 71.2%를 차지하는 개인토지 중 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 24,507㎡는 부동산양도 계약일 2001. 8. 1 현재 지목이 임야였음이 부동산매매계약서 및 토지특성조사표에 나타남에도 감정평가서엔 공장용지로 평가되어 있다. 따라서 청구법인이 쟁점부동산의 안분계산에 있어 적용을 요구하는 감정가액으로는 신뢰할 수 없으므로 법인부동산의 양도가액을 기준시가의 비율로 안분계산하여 과세한 이건 처분은 정당하다.
○ 법인세법 제99조 【과세표준】
⑤ 법인이 토지 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
○ 법인세법 제102조 【신고 ․ 납부 ․ 결정 ․ 경정 및 징수】
② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 ․ 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
○ 법인세법시행령 제141조 【토지 등의 가액의 안분계산】 법 제99조 제5항의 규정을 적용함에 있어서 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 그 가액은 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정을 준용하여 계산한 가액으로 한다.
○ 부가가치세법시행령 제48조 의 2【과세표준의 안분계산】
④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.
○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】
① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다. (1999.12.28. 개정)
1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물 (2000.12.29. 개정)
- 가. 토 지 (95.12.29. 개정) 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
○ 소득세법시행령 제164조 【토지 ․ 건물의 기준시가 산정】
① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시및토지등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다. (98.12.31. 개정)
1. 지적법에 의한 신규등록토지 (97.12.31. 신설)
2. 지적법에 의하여 분할로 인하여 지번이 새로이 부여된 토지(97.12.31 신설)
3. 지적법에 의한 합병된 토지 (97.12.31 신설)
4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)(97.12.31. 신설)
○ 대법원 2001두4405, 2002.03.12. 【감정가액을 실지거래가액으로 보기위한 요건】. 구 부가가치세법시행령(1997.12.31. 대통령령 제15563호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제48조의 2 제3항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고, 위 제48조의 2 제4항은 제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다고 규정하면서 제3호에서 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률(이하 ‘지가공시법’이라 한다)에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 가액을 들고 있는바, 지가공시법에 의한 감정평가법인이 한 감정평가액이라 하더라도 그 감정평가액을 시행령 제48조의 2 제4항 제3호에 의하여 건물 기타 구축물의 실지거래가액으로 보기 위하여는, 그 감정평가가 적정한 감정방법에 따라 행하여진 것으로 공정성과 합리성을 가진 것이어야 할 것이다(대법원 99두7876, 2001. 1.30.).
- 다. 사실관계 및 판단 【이건 사실관계에 대하여 살펴본다】
1. 처분청이 2004년 1월 작성한 ‘특별부가세 현지확인 복명서’에 따르면,
- 가) 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 외 1필지 4,473㎡를 1997. 7. 2. 취득하여 2001.12.29. 양수인게 180,000천원에 양도하고 취득가액은 장부가액 265,720천원으로 하여 양도차손 85,720천원이 발생한 것으로 하여 2001사업연도 특별부가세를 신고한 것으로 나타나고 있다.
- 나) 처분청은 청구법인이 법인부동산을 양도하고 법인토지의 양도가액을 임의평가하여 신고한 180,000천원을 부인하고, 법인토지의 양도가액을 기준시가의 비율로 안분계산하여 양도가액을 824,530천원, 양도차익을 558,810천원으로 산정한 후 당초신고 양도차손(△85,720천원)을 차감한 금액 644,530천원을 2001사업연도 법인세결정시 익금산입하고 동 금액을 대표자 상여처분한 것으로 확인된다.
- 다) 처분청은 양수자 청구외법인의 2001년도 결산 시 대차대조표와 법인장부에서 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 외 7필지 34,413㎡를 개별필지별 구분 없이 등록세 등을 제외한 토지구입대금으로 1,443,500천원을 계상한 사실을 확인하였다고 특별부가세 현지확인복명서에 의해 나타나고 있다.
2. 처분청이 이건 조사당시 수집한 2001. 8. 1.자 작성한 부동산 매매계약서와 쟁점부동산 양도와 관련 청구법인과 청구 외 손○○의 양도차익 산정내역을 살펴보면,
- 가) 매매총대금은 생산설비 및 집기와 쟁점부동산을 일괄하여 1,660,000천원으로 하고 2001. 9.30. 중도금 294,000천원, 2001.10.10. 잔금 1,200,000천원을 지급하기로 한 내용이 나타나고, 단서조항에서 공장지 지적 변경은 정기국회 결과에 따라 즉시 결정 이행한다.라고 기술되어 있고, 부동산매매계약서의 매도인은 청구법인과 개인 손○○으로 확인되고 매수인은 (주)○○개발로 확인된다.
- 나) 청구법인의 특별부가세와 청구외법인의 대표이사인 청구 외 손○○의 양도소득세 신고 시의 양도차익 산정내역은 【표1】양도차익 산정내역과 같다. 【표1】양도차익 산정내역 (단위: 천원) 양 도 자 양도가액 취득가액 양도비용 양도차익 산출세액 비고 청구법인 180,000 265,720
• △85,720
• 임의평가 손 ○○ 121,150 91,827 2,754 23,499 4,199 기준시가
- 다) 당초 청구법인이 처분청에 제출한 법무사 작성 검인계약서와 처분청이 양수자인 청구외법인으로부터 수집한 부동산매매계약서의 내용은【표2】부동산매매계약서의 비교와 같이 확인된다. 【표2】부동산매매계약서의 비교 단위: 천원 구 분 계약금 중도금 잔 금 합 계 실제계약서 날 짜
2001. 8. 1.
2001. 9.30. 2001.10.10.
• 금 액 166,000 294,000 1,200,000 1,660,000 검인계약서 날 짜 2001.11.30.
• 2001.12.29.
• 금 액 30,000
• 520,000 550,000
- 라) 2001. 8. 1.자 작성된 부동산매매계약서상 양도금액 1,660,000천원은 쟁점부동산 외에도 생산설비 및 집기의 양도가액이 포함된 것으로, 처분청은 양수자인 청구외법인의 거래처원장 및 계정별원장에 생산설비 및 집기의 가액으로 기재된 216,500천원을 생산설비 및 집기의 양도가액으로 인정하고 이를 제외한 나머지인 쟁점금액을 쟁점부동산의 양도금액으로 보았고, 사무실 등 건물분에 대한 양도가액은 고려하지 않았음이 특별부가세 현지확인 조사복명서에 의해 확인된다.
3. 처분청이 2004. 2월 특별부가세 현지확인 조사 시 작성된 토지대금지급내역에서 매매대금 1,660,000천원 중 청구법인이 수령한 1,246,012천원에 대하여, 청구법인이 통장사본과 등기부 등본의 증빙과 함께 소명한 내역을 검토한 바, 청구법인이 수령한 금액은 ○○은행 차입금변제액 131,822천원과 미소명금액 75,226천원 합계 207,048천원으로 나타나고 있다.
4. 청구법인이 쟁점금액에 대한 안분기준금액과 감정가액과 기준시가에 의한 환산양도가액은【표3】환산양도가액의 비교와 같다. 【표3】환산양도가액의 비교 단위 단위: 천원 구 분 지 번 면적 (㎡) 공시지가 감정 단가 안분기준금액 환산양도가액 기준시가 감정가액 기준시가 감정가액 청구 법인
○○번지 1,444 42 45 61,514 64,980 266,180 61,725
○○번지 3,029 42 45 129,035 136,305 558,350 129,477 건 물 (643.36) 76,036 72,227 법인계 4,473 190,549 (57.1%) 277,321 (18.2%) 824,530 263,429 손○○
○○번지 24,507 3 45 83,078 (24.9%) 1,102,815 (72.6%) 359,490 1,047,574
○○번지 786 42 45 33,483 35,370 144,887 33,598
○○번지 568 4 45 2,357 25,560 10,199 24,279
○○번지 658 3 5 2,230 3,290 9,652 3,125
○○번지 995 6 22 6,368 21,890 27,555 20,793
○○번지 2,426 6 22 15,526 53,372 67,187 50,698 개인계 29,940 143,042 (42.9%) 1,242,297 (81.8%) 618,970 1,180,071 합 계 34,413 (643.36) 333,591 1,519,618 1,443,500 1,443,500
5. 위 표에서 처분청의 법인토지에 대한 기준시가와 감정가액에 의한 환산양도가액은 824,530천원(57.1%), 263,429천원(18.2%)으로서 561,101천원(38.9%)의 차이가 나타나고 있으며, 그 원인은 개인토지 중 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 24, 507㎡에 대하여 처분청은 2001. 6.30. 공시한 기준시가를 적용하였고 감정가액은 2001.11. 9. 자로 임야에서 공장용지로 형질변경이 완료한 후의 감정가액으로서, 기준시가와 감정가액 사이에는 가격시점과 토지용도의 차이에 의한 것으로 확인된다.
6. ○○시장의 중소기업창업사업계획승인(지경55477-10817, 1997.12. 6.)과중소기업창업사업계획변경승인(지경55477-363,
1998. 1.16.)에서 공장설립과 관련 공사기간은 1997.12.～2000.12.30, 산림법 제90조 규정에 의한 산림형질변경허가서의 공사기간은 1997.12.～2001.12.30.까지로 확인된다.
2000. 6.22.자 ○○시장의 산림형질변경허가증(제2000-8호)에서 산림소재지는 ○○시 ○○면 ○○리 산 ○○번지 외 2필지 산림면적 19,861㎡, 형질변경목적은 건설 폐기물 중간처리장으로, 형질변경기간은 2000. 6.22. ～ 2001. 3.30.으로 형질변경 방법은 인력과 중기라고 기술내용이 확인된다.
7. 2001.11.21자 ○○시장이 ○○지방법원 ○○지원 ○○등기소장에게 접수한 토지표시변경 등기촉탁서의 내용을 보면, 등기원인과 연월일은 등록전환 2001년 11월 9일○○리 산 ○○번지 임야 568㎡는 ○○리 ○○번지 공장용지로, ○○리 산 ○○번지 임야 5,779㎡는 ○○리 ○○번지 공장용지로, ○○리 ○○번지 임야 1,250㎡는 공장용지로, ○○리 ○○번지 임야 12,264㎡는 공장용지로 등록전환된 사실이 확인되고,
○○리 ○○번지 공장용지 12,264㎡에 동소 ○○번지 공장용지 5,214㎡, 동소 ○○번지 공장용지 5,779㎡, 동소 ○○번지 공장용지 1,250㎡는 동소 166-37 공장용지 24,507㎡로 합병된 사실이 2001.11.21.자 접수된 등기촉탁서에 의해 확인된다.
8. 국세청 통합전산망에서 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지의 개별공시지가를 조회한 바【표4】개별공시지가 조회와 같이 확인된다. 【표4】개별공시지가 조회 단위: 원 년 도 공시지가 공시일 년 도 공시지가 공시일 1997 3,450 1997.06.30. 2001 0 2001.11.13. 2000 0 2000.01.10. 2002 42,600 2002.06.29. 2000 3,400 2000.12.29. 2003 42,600 2002.06.30. 2001 3,390 2001.06.30. 위 표에서 2001.11.13.자 개별공시지가가 “0”인 사유에 대하여 검토한 바, ○○시장이 2001.11.13.자 ○○리 ○○번지에 대한 합병등기 촉탁일로 확인되며, 이 경우 소득세법 시행령 제164조 제1항 제3호 에 의하여 동 일자의 개별공시지가를 새로이 산정․공시하여야 하는 바, 새로운 개별공시지가를 산정․공시 하지 아니한 것으로 확인된다.
9. 2001.12. 3.자 ○○감정평가법인의 감정가액은 가격시점 2001.11.29.은 검인계약서 작성일 2001.12.30.자의 전일로 확인되며, 양수인은 쟁점부동산을 담보로 10억원을 ○○은행으로부터 대출받아 근저당설정 비용 등을 제외한 993,785천원을 2001.12.30. 잔금으로 지급한 것으로 등기부등본과 통장사본에 의해 나타나고 있다.
10. 감정평가의 적정여부와 위 【표4】개별공시지가 조회를 상호 비교할 때, 2001.11.13.자 토지합병과 관련하여 개별공지가를 산정 ․ 고시하여야 함에도 산정 ․ 고시한 바 없음이 확인되어 기준시가는 개인토지의 실지 용도․지목 반영하고 있지 아니한 것으로 보이는 반면, 2001.11.29.자 감정가액은 토지의 용도․지목이 일치하는 평가액으로 보여진다. 【이건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다】
1. 이건 심사청구의 쟁점은 일괄양도한 쟁점금액을 법인부동산과 개인토지의 양도가액으로 어떻게 안분하는 것이 적정하느냐의 문제인 바, 가) 부가가치세법시행령 제48조 의 2(과세표준의 안분계산) 제4항 단서에서실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.고 규정하고 제1호에서 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.고 규정하고 있으며,
- 나) 지가공시법에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 가액을 들고 있는 바, 지가공시법에 의한 감정평가법인이 한 감정평가액이라 하더라도 그 감정평가액을 시행령 제48조의 2 제4항 제3호에 의하여 건물 기타 구축물의 실지거래가액으로 보기 위하여는, 그 감정평가가 적정한 감정방법에 따라 행하여진 것으로 공정성과 합리성을 가진 것이어야 할 것이다(대법원 99두7876, 2001. 1.30.)라고 판시하고 있다.
- 다) 이건 토지의 형질변경과 관련하여, 2000. 6.22.자 ○○시장의 산림형질변경허가증(제2000-8호)에서 산림소재지는 ○○시 ○○면 ○○리 산 ○○번지 외 2필지 산림면적 19,861㎡, 형질변경목적은 건설폐기물 중간처리장으로, 형질변경기간은 2000. 6.22.～2001. 3.30.으로 확인되고, ○○시장의 2001. 4.18.자 산림형질변경허가지 적지복구설계신청승인(산림52133-632, 2001. 4.18.)에서 조속복구완료하고 준공검사를 받으라는 내용 등에서 적어도 이건 부동산매매계약일인 2001. 8. 1일에는 형질변경이 실질적으로 완료한 것으로 보이며, 이러한 내용은공장지 지적변경은 정기국회 결과에 따라 즉시 결정한다(개발부담금문제)는 부동산매매계약서 특약사항에서도 확인된다. 따라서 2001. 1. 1. 기준 2001. 6.30.자 공시된 개별공시지가인 기준시가는 실질적으로 임야에서 공장용지로 형질변경 된 2001. 8. 1. 계약일 현재의 실질가치를 반영하지 못한다 할 것이나, 감정가액은 공장용지인 토지의 실질가치를 반영한다 할 것이므로 감정가액에 의해 쟁점금액을 안분계산하는 것이 합리적인 것으로 판단된다.
2. 위 사실관계 등을 종합해 볼 때, 개인소유 토지 중 ○○리 ○○번지 공장용지(24,507㎡)는 소득세법 시행령 164조 제1항 제3호 에서 규정하고 있는 지적법에 의한 합병된 토지이므로, 합병일인 2001.11.13. 현재에는 개별공시지가의 산정․고시가 없었던 점으로 볼 때, ○○리 ○○번지 공장용지에 대하여는 합병일인 2001.11.13. 현재 개별공시지가를 재산정하여 청구 외 손○○의 양도소득세를 경정하는 것은 별론으로 하더라도, 이건 일괄양도금액 1,660,000천원에서 생산설비 및 집기의 가액 216,500천원을 제외한 쟁점금액(1,443,500천원)을 2001.11.29.자 가격시점의 ○○감정평가법인의 감정가액에 의하여 법인부동산과 개인소유토지의 양도가액을 안분하여 경정하여야 할 것인 바, 처분청이 기준시가에 의하여 안분하여 과세한 이건 처분은 잘못이라 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.