과소결정된 재평가차액을 자산누락으로 볼 것인지 여부

○○세무서장이 2004. 9. 15. 청구법인에게 한 2000사업연도 법인세 371,109,880원의 부과처분은 BK-1 석회로 기계장치의 재평가차액 640,425,874원을 익금불산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

내용 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 소매 백화점업을 영위하는 법인으로서 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 토지 4,899.3㎡, 지하2층 지상 6층 건물연면적 28,104.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 채권자인 ○○캐피탈(주)가 1999.9.20 ○○지방법원에 임의경매(99타경118532)를 신청하여 2002년 10.15. 쟁점부동산이 ○○비엠(주)에 325억원(건물부속 유체동산 503,874,030원 포함)에 경락되었으나 청구법인이 양도에 따른 2002사업연도 법인세를 신고하지 아니합에 따라 2002년 1기에 신고한 수입금액 794,667,796원에 대하여 법인세법 제66조 및 같은법 시행령 제104조 제1항 제1호의 규정에 의하여 추계로 산정한 소득금액 716,324,856원과 쟁점부동산에 대한 양도차익 2,256,686,000원을 익금에 산입하여 과세표준을 경정하고 청구법인에게 2004.6.15. 2002사업연도 법인세 956,107,160원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.9.13. 이의신청을 거쳐 2005.1.27. 이 건 심사청구를 하였다.

(1) 청구법인이 2002사업연도 법인세를 신고하지 못한 사유는 청구법인이 소속된 ○○그룹에 대한 대검찰청 공적자금 합동단속반의 수사가 2002년8월부터 2003년 12월까지 진행되었고, 또한 관계되는 임직원의 퇴사로 장부 및 증빙서류의 보관, 정리가 제대로 되지 못하였고 회계처리를 하던 컴퓨터 또한 고장이 나고 이를 복구할 인력과 비용 등의 사정으로 법정 기한내에 법인세를 신고하지 못하였는바 청구법인이 회계처리를 위하여 당시 사용하던 컴퓨터를 ○○세무서에 이의신청을 한 후 전문업체에 파일복구를 의뢰하여 2004년 10월복구를 완료하였는바, 2001.12.31. 결산결과 기장되어 있는 쟁점부동산의 장부가액은 토지 5,082,358,637원, 건물 19,758,233,365원, 건물부속설비 3,549,853,375원, 인테리어 854,872,635원 합계 29,244,550,012원으로 법원경락으로 인한 쟁점부동산의 처분이익은 1,231,532,988원이 됨에도 쟁점부동산의 매매차익을 2,256,685,000원으로 보아 과세한 처분은 부당하고

(2) ○○도 ○○시 ○○동의 청구법인의 ○○점인 ○○○○ ○○점의 영업은 (주)○○에 위탁하여 영업을 하다가 2002.3월말에 영업을 종료하였으며, 청구법인이 매출로 신고한 수입금액은 영업장 위탁에 따른 임대료 수입 등으로 이에 대하여 수익을 요약하여 정리하면 아래와 같이 당기순이익는 778,224,584원이 되며 이와 같은 사실이 복구된 파일로 출력된 재무제표와 관계되는 원장을 제출하오니 장부에 의거 실지조사에 의거 법인세를 재경정하여야 한다. <2002사업연도 각사업연도 소득금액> 매출액 판매비와 일반관리비 영업외수익 당기순이익 임대료 수입 766,571,260 통신비 42,000 잡이익 2,198,659 기타영업수입 40,156,319 세금과공과 27,809,654 지급수수료 2,850,000 계 806,727,579 소계 30,701,654 계 2,198,659 778,224,584

(1) 쟁점부동산이 ○○지방법원의 임의경매를 통하여 청구외 ○○비엠(주)에 2002.10.15. 325억원에 경락되었음이 확인되고 여기에 대하여는 다툼이 없으나, 청구법인은 쟁점부동산의 장부가액을 건물부속설비 및 인테리어비용으로 각각 3,549백만원, 854백만원으로 합하여 재계산하여야 한다고 주장하나, 결산서 부속명세 및 증빙서류 미비로 명확히 쟁점부동산에 부속된 장부가액이 불확실하므로 청구주장을 받아들이기 어렵고

(2) 회계자료를 입력한 컴퓨터 파일을 전문업체에 의뢰하여 복구를 완료하여 출력된 재무제표라고 제시한 증빙에 의하여 실지조사를 요청하고 있으나, 청구법인이 쟁점부동산의 2000.03. 내부개보수공사 인테리어 비용 854,872천원에 대한 증빙으로 결산서상 인테리어 명세서를 제시하고 있으나, 신고내역조회한바, 2000.1기이후 ○○점 사업자번호 및 본점 사업자번호로 고정자산 매입신고한 사실이 없고 제시한 재무제표를 검토해보면 쟁점부동산의 2001년말 장부가액조차도 전혀 다른 금액이 표시되어 있으므로 청구주장은 신빙성있는 것으로 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점부동산의 양도차익을 2,256,685,000원으로 보아 과세한 처분의 당부

(2) 2002사업연도 수입금액 806,727,579원에 대하여 실지조사에 의하여 각사업연도 소득금액을 실지조사할 수 있는지 여부

• 나. 관계법령

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 와 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액 (2001. 12. 31 개정)
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액
• 다. 사실관계 및 판단 【이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.】

1. 청구법인은 2000.10.1.을 기준으로 자산재평가를 실시하고 2000.12.6. 아래와 같이 자산재평가차액을 신고하였음이 자산재평가신고서에 의하여 확인된다. < 자산재평가차액신고 내역> (단위: 원) 구분 감가상각자산 비상각자산 계 재평가액 32,872,479,765 5,418,883,045 38,291,362,810 재평가차액 8,273,375,776 2,450,457,829 10,723,833,605 이월결손금

• -

• 과세표준 8,273,375,776 2,450,457,829 10,723,833,605 재평가세액 248,201,273 24,504,578 272,705,851

2. 처분청에서는 청구법인의 자산재평가세 신고에 대하여 2001.1.27. 아래와 같이 신고한 내용대로 자산재평가세를 결정하였음이 자산재평가결정통지서(법인460220-54)에 의하여 확인된다. (단위: 원) 재평가액 재평가 차액 과세표준 재평가세액 38,291,362,810 10,723,833,605 10,723,833,605 272,705,851 구분 납부일 납부금액 1차 2000.12.06 138,893,680 2차 2001.11.29 133,812,171

3. 청구법인은 2000.7.24. 건설중인 자산(BK-2) 1,570,623,537원을 기계장치계정으로 대체하였음이 2000.7.24. 회계전표에 의하여 확인되고, 750,200,000원으로 재평가한 기존 석회로(BK-1)의 가액을 착오로 건설중인 석회로(BK-2)와 합하여 재평가차액을 신고하면서 1,680,397,663원으로 신고하였음이 자산재평가대상 자산명세서, 기계기구 및 공작물 감정명세표에 의하여 확인된다. 【다음으로 청구주장에 대하여 살펴본다.】 청구법인이 750,200,000원으로 재평가한 기존의 석회로(BK-1)을 착오로 건설중인 석회로(BK-2) 기계장치와 합하여 자산재평가세를 신고하면서 640,425,874원에 해당하는 쟁점재평가차액을 과소신고하였고, 처분청은 청구법인이 신고한 내용대로 자산재평가세를 결정함으로써 결과적으로 쟁점재평가차액만큼 과소결정되었는바, 청구법인은 정부부과세목인 자산재평가세의 경우 과소결정된 재평가차액을 자산누락으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. 정부가 재평가액 등을 결정한 후 당초 결정한 재평가세 과세표준과 세액의 계산에 오류가 있는 경우에는 당초의 결정을 경정하여 이를 지체없이 재평가하는 자에게 통지하여야 하는바(기본통칙18-0…6) 자산재평가세는 정부부과방식의 세목으로서 법인세법상 자산재평가법에 의한 토지에 대한 재평가차액(1984.1.1～1997.12.31에 취득한 토지의 재평가차액으로서 1%의 재평가세율 적용)을 제외한 자산의 평가차액은 익금불산입하도록 규정하고(법인세법 제18조 제1호) 있으므로 석회로(BK-1) 기계장치에 대한 쟁점재평가차액은 익금불산입함이 타당하다 할 것이고 자산의 평가차액을 익금불산입하도록 규정한 법인세법 제18조 의 입법취지에 비추어 볼 때 납세자가 쟁점재평가차액만큼 과소결정된 기존의 석회로(BK-1) 자산가액을 임의로 증액하여 장부에 계상할 수도 없을 뿐만 아니라 자산재평가세의 결정이 있은 후에는 자산재평가세를 수정신고 할 수도 없으므로(자산재평가세법 기본통칙 15-0…6) 과소결정된 쟁점재평가차액을 자산누락으로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 과소결정된 쟁점재평가차액에 대하여 자산재평가세를 경정하는 것은 별론으로 하고 쟁점재평가차액에 대하여 이를 자산누락으로 보아 익금산입하여 과세한 처분은 법인세법상 익금에 대한 법리를 오인한 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.