유류의 가공매입으로 과세한 매입세금계산서상 가액이 실지거래대가에 해당하는지 여부

○○세무서장이 청구법인에게 2004. 04. 10. 경정고지한 1999.01.01.~1999.12.3

1. 사업연도 법인세 2,778,740원, 2000.01.01.~2000.12.31. 사업연도 법인세 7,650,440원, 1999년 제1기 부가가치세 4,321,000원, 1999년 제2기 부가가치세 4,137,080원 및 2000년 제1기 부가가치세 2,692,140원의 부과처분중,

1. 1999.01.01.~1999.12.31. 사업연도 법인세 2,778,740원, 2000.01.01.~2000. 12.31. 사업연도 법인세 7,650,440원의 부과처분은 이를 취소하고,

2. 나머지 청주주장은 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 산업폐기물 수집 및 운반업을 영위하고 있는 법인으로서, 1999년 04~06월 중 청구외 ○○석유(주)○○주유소로부터 20,000,000원, 1999년 10~12월 중 청구외 ○○에너지(주)로부터 20,000,000원, 2000년 01~03월 중 청구외 ○○에너지(주)○○주유소로부터 14,998,818원, 합계 54,998,819원(공급가액이고, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서를 교부받은 뒤, 이를 손금에 산입하여 1999사업연도(01월 01일부터 12월 31일까지이고, 이하 같다) 및 2000사업연도 법인세를 신고하였고, 동 부가가치세 상당액을 매출세액에서 공제하여 1999년 제1기와 동 제2기 및 2000년 제1기 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은, 쟁점금액의 거래가 실물거래없이 세금계산서만 주고받은 가공거래라는 자료통보내용에 따라, 2004. 04. 10. 쟁점금액을 손금불산입하여 청구법인에게 1999사업연도 법인세 2,778,740원 및 2000사업연도 법인세 7,650,440원을 경정고지하였고, 같은 날 쟁점금액 관련 매입세액을 불공제하여 1999년 제1기 부가가치세 4,321,000원과 1999년 제2기 부가가치세 4,137,080원 및 2000년 제1기 부가가치세 2,692,140원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004. 07. 09. 이의신청을 거쳐 2004. 11. 05. 심사청구하였다.

• 가. 청구법인이 영위하고 있는 산업폐기물 처리업계의 차량운행 현실을 보면 대부분 지입차로 운영할 수 밖에 없는 영세성이 있고, 정규직원이 아닌 관계로 지입차주들에 대한 관리가 사실상 어려울 수 밖에 없으며, 그러다보니 청구법인과 지입차주들간에 교류 협력이 힘들고, 따라서 지입차주들에 대한 업무상 단속 및 통제가 힘들다는 점 또한 당사가 부담할 수 밖에 없는 현실이다.
• 나. 산업폐기물을 수집하여 운반하는 데에는 기본적으로 차량운행이 필수적이고, 차량운행에 소요되는 비용에는 유류대, 통행료, 수리비, 주차료, 자동차세, 보험료 등이 있는데 동 비용은 회사의 매출규모에 비례하는바, 각 지입차주들이 운행을 하던 중 주류를 한 뒤 청구법인에 대금을 청구하면 청구법인은 은행 예금계좌에서 현금 등으로 인출해서 지입차주에게 건네주면 지입차주가 주유소에 들러 직접 결제하는 방식이 업계의 현실로서, 쟁점금액의 유류대를 결제한 당사자가 청구법인이 아니라 지입차주라는 점을 감안한다면 청구법인이 당해 지입차주들에게 지출한 유류대는 정당하다 할 것이므로, 쟁점금액을 가공매입금액으로 보아 이 건 법인세와 부가가치세를 과세함은 부당하다.

청구법인은, 쟁점금액의 대금 지급이 실제 있었음을 입증하기 위하여 청구법인과 그 대표자 명의의 예금계좌 거래내역을 제시하고 있으나, 동 예금계좌에서 인출된 금액에 대하여 전표철 등 관련장부를 제시하지 못하고 있고, 수기 작성된 현금출납부 사본을 제시하였으나 기장내용이 계좌 거래내역과 일치하지 않는 점으로 보아, 예금계좌에서 인출된 금액이 유류비로 지급되었다고 인정할 수 없으며, 또한 청구주장의 매입처 소재지는 ○○도 ○○군과 ○○도 ○○군 및 ○○도 ○○시 소재 업체들로서, 쟁점금액의 거래에 대해 차량운행일지 등 실지거래를 확인할 수 있는 객관적인 증빙의 제시가 없으므로, 쟁점금액을 가공매입금액으로 보아 이 건 법인세와 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 쟁점금액 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 과세한 처분이 있는지 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제19조 【손금의 범위】 제1항은 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.라고 규정하고 있고, 동 제2항은 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제19조 【손비의 범위】는 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.라고 규정하면서, 그 제1호는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용을, 그 제17호는 제1호 내지 제16호외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액을 각각 열거하고 있다. 같은 법 제66조 【결정 및 경정】 제2항은 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.라고 규정하면서, 그 제1호는 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때를 열거하고 있다. 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】 제1항은 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.라고 규정하면서, 그 제2호는 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.라고 규정하면서, 그 제1호는 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구법인의 대표이사 청구외 김○○과 이사 청구외 김○○ 및 동 청구외 오○○이 2000. 03. 29. 작성한 뒤 같은 해 04. 03. 법무법인 ○○법률사무소에서 공증인가(○○법무등부 2000년 제1566호)를 받은 투자사실확인서에 의하면, 청구법인에 1999. 05. 07. 대표이사로 취임한 청구외 김○○이 청구법인에 투자한 금액을 주주들이 확인함으로써 차후 청구법인에 수입금(이익금) 등이 발생시 제일 먼저 회수할 것을 인정한다고 되어 있는바, 동 확인서에서 김○○이 투자한 금액은 총 239,681,000원인데, 동 투자금액 239,681,000원에는 쟁점금액 중 1999년 04~06월 청구외 ○○석유(주)○○주유소로부터 매입한 유류대의 공급대가 상당액 22,000,000원과 동일한 금액이 유류대로 포함되어 있다.
• 나) 청구법인은, 청구법인과 그 대표자 명의의 예금계좌에서 1999년 04월 30일부터 2000년 03월 30일까지의 기간 중 총 10차례에 걸쳐 82,870,000원을 출금하여 쟁점금액의 거래대금(공급대가 상당액인 60,498,700원)을 결제하였다고 주장하는데, 동 출금액은 쟁점금액의 거래와 일자 및 금액이 일치하지 아니할 뿐만아니라, 동 출금사실만으로는 그 출금액이 쟁점금액 관련 매출처들에게 귀속되었다고 인정하기 어렵다.
• 다) 청구법인이 쟁점금액의 거래 당시 작성하여 보관해 온 것이라며 제시한 업무일지를 보면, 폐기물 배출업소, 동 처리업소, 폐기품목 및 폐기물 운반차량번호 등이 기재되어 있는바, 그에 의하여 청구법인이 폐기물 운반을 위하여 월별 총 이동한 거리(폐기물 배출업소와 동 처리업소간 왕복거리에 운행회수를 곱한 금액의 합계치)를 계산할 수 있는바, 쟁점금액의 거래가 있었던 기간 중의 월별 차량운행 현황은 다음과 같다. (단원: ㎞) 월별 1999.04 1999.05 1999.06 1999.10 1999.11 1999.12 2000.01 2000.02 2000.03 합계 운행거리 61,646 62,693 73,244 44,599 42,738 50,503 48,633 47,875 40,340 472,271
• 라) 환경부의 연구수행기관중 하나인 사단법인 ○○센터가 2002년 02월 환경부장관에게 제출한 청소차량의 저공해화 방안연구 보고서(연구기간: 2001.11.24.~2002.02.23.)의 제2장(청소차량의 보유현황 및 오염물질 배출량) 중 2.1.2항의 “청소차량의 일일 주행거리 및 주행연비”를 보면, 2.5~15톤짜리 청소차량의 평균연료소비량(㎞/ℓ)이 나타나는데, 그 중 15톤짜리 전국 평균연료소비량은 2.4㎞/ℓ로 조사되었음을 알 수 있다.
• 마) 위 “다)”의 업무일지와 자동차등록증 등에 의하면, 위 기간에 폐기물을 운반한 차량은 15톤보다 상대적으로 연비가 낮은 18~22톤 차량임이 확인된다.
• 바) 당심에서 ○○공사 석유정보처 국내조사팀으로부터 확인한 쟁점금액의 거래가 있었던 기간 중의 리터(ℓ)당 차량용 경유의 주유소 판매가격은 다음과 같다. (단위: 원) 월별 1999.04 1999.05 1999.06 1999.10 1999.11 1999.12 2000.01 2000.02 2000.03

○○ 481.65 519.39 517.65 586.21 615.31 602.96 587.25 582.46 582.55

○○ 480.10 516.76 514.02 586.11 614.09 599.63 584.92 580.43 579.54

○○ 477.47 513.97 510.34 577.78 606.07 592.01 575.06 570.90 570.76

○○ 478.25 514.63 513.01 583.59 610.49 597.86 582.48 577.66 574.69 평균 479.37 516.19 513.76 583.42 611.49 598.12 582.43 577.86 576.89

• 사) 위 “다)”의 쟁점금액의 거래가 있었던 기간 중의 청구법인 차량운행거리를 위 “라)”의 리터(ℓ)당 운행거리(㎞)로 나눈 뒤 여기에 위 “바)”의 리터(ℓ)당 차량용 경유 주유소 판매가격을 곱한 금액, 즉 위 “다)~바)”에 의한 추정 경유구입비용(공급가액으로 환산한 금액)과 청구법인이 실제 장부상 비용으로 계상한 금액을 비교하면 다음과 같다. (단위: 원, %) 월별 1999.04 1999.05 1999.06 1999.10 1999.11 추정 경유구입비용(A) 11,193,652 12,258,143 14,253,726 9,856,041 9,899,189 비용 계상 쟁점금액포함(B) 11,824,910 12,948,091 14,972,556 10,426,263 10,467,808 쟁점금액제외(C) 2,824,910 7,948,091 8,972,556 3,926,263 3,967,808 비율 (B/A) 105.6 105.6 105.0 105.8 105.7 (C/A) 25.2 64.8 62.9 39.8 40.1 월별 1999.12 2000.01 2000.02 2000.03 합계 추정 경유구입비용(A) 11,441,990 10,729,287 10,479,184 8,815,054 98,926,266 비용 계상 쟁점금액포함(B) 12,103,302 11,350,050 11,121,524 9,390,526 104,605,030 쟁점금액제외(C) 5,103,302 6,075,868 6,084,251 4,703,162 49,606,211 비율 (B/A) 105.8 105.8 106.1 106.5 105.7 (C/A) 44.6 56.6 58.1 53.3 50.1

2. 판단

• 가) 쟁점금액 관련 거래처들로부터 쟁점금액 상당액의 유류(경유)를 구입하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다고 할 것이나,
• 나) 산업폐기물을 수집하여 운반하는 데에는 기본적으로 차량운행이 필수적이고 이러한 차량운행에 유류대 등이 필요하며 그 유류대는 차량의 운행거리와 연비(㎞/ℓ) 및 유류가격 등에 의하여 결정된다고 할 것인데, 청구법인의 경우 위에서 살펴 본 바와 같이 추정 경유구입비용 대비 쟁점금액을 제외한 비용계상금액 비율은 절반 정도인 50.1%(평균)라서 동 금액만을 비용으로 인정하기에는 불합리한 점이 있다고 판단되는 반면, 추정 경유구입비용 대비 쟁점금액을 포함한 장부상 비용계상금액 비율은 105.7%(평균)로서, 추정 경유구입비용에 비해 그 초과 비용계상 비율은 5.7%에 지나지 않는데, 전시 사실관계에서의 추정 경유구입비용은 15톤 차량을 기준으로 하여 작성한 것으로서, 실제 폐기물 운반에 사용된 차량은 15톤보다 상대적으로 연비가 낮은 18~22톤 차량임을 감안하여 보면, 청구법인이 쟁점금액을 포함하여 장부상 비용으로 계상한 유류(경유)대는 추정 경유구입비용에 비하여 많지 않다고 보여지는 점으로 미루어, 쟁점금액을 손금으로 인정함이 합리적이라고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.