가공의 운송비로 과세한 매입세금계산서상 가액이 실지거래대가에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2004.04.01. 청구법인에게 경정고지 한 법인세 14,881,720원(2000사업연도 522,520원, 2001사업연도 7,625,040원, 2002사업연도 6,734,160원)및 부가가치세 7,879,840원(2000년 제2기분 188,180원, 2001년 제1기분 963,280원, 2001년 제2기분 2,165,580원, 2002년 제1기분 1,632,120원, 2002년 제2기분 1,511,450원, 2003년 제1기분 1,418,310원) 합계 22,761,560원은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 수배전반 제조업을 영위하고 있는 중소법인으로서, 청구외 주식회사 ○○운수(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2000년 제2기부터 2003년 제1기까지 수배전반 운송용역을 제공받고, 공급가액 49,570,000원(2000년 제2기분 1,000,000원, 2001년 제1기분 5,380,000원, 2001년 제2기분 12,750,000원, 2002년 제1기분 10,150,000원, 2002년 제2기분 9,970,000원, 2003년 제1기분 10,320,000원)의 매입세금계산서 총 30매(이하 “쟁점금액” 또는 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액 공제를 받고, 동 공급가액을 매출원가에 산입하여 각사업연도 법인세 과세표준을 신고하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 실지로 용역제공을 받지 아니하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 매입세액 불공제하여 2004.04.01. 청구법인에게 2000년 제2기 과세기간 등 부가가치세 7,897,840원(2000년 제2기분 188,180원, 2001.년 제1기분 963,280원, 2001년 제2기 2,165,580원, 2002년 제1기 1,632,120원, 2002년 제2기분 1,511,450원, 2003년 제1기분 1,418,310원) 및 쟁점금액을 손금불산입하여 2002.01.01~12.31. 사업연도 등 법인세 14,881,720원(2000년 522,520원, 2001년 7,625,040원, 2002년 6,734,160원)을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.07.03. 이의신청을 거쳐 2004.11.03. 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청의 조사서에 쟁점거래처는 허위의 세금계산서만을 교부한 자료상이 아니라 총 68대의 지입차량을 가지고 실지로 화물운송 용역을 제공하고 매출세금계산서를 교부하였던 정상사업자였고, 쟁점거래처 대표이사 구○○의 확인서에도 쟁점거래처가 청구법인으로부터 운송주문을 받아 기사가 운송하였고, 청구법인이 기사에게 운송료를 지급하였으며, 기사한테 직접 지급하였던 운송료에 대하여 쟁점세금계산서를 발행하였다고 되어 있으며, 처분청의 조사서에도 쟁점거래처는 거래처에서 화물운송 의뢰가 오면 배차를 하였고, 지입차주가 운송하였으며, 거래처에서 지입차주한테 직접 지급한 운송료를 근거로 하여 매출세금계산서를 발행하여 주었다고 되어 있는 것을 보아도 실지 거래한 사실을 알 수 있다.
• 나. 쟁점거래처가 기록하여 비치하고 있었고, 처분청의 세무조사당시에도 확인된 차량배차현황 장부를 보면, 거래일자, 차량번호, 거래처명, 행선지, 출발시각 등이 매우 자세히 기록되어 있고, 동 장부에는 청구법인과의 거래내역도 포함되어 있고, 쟁점세금계산서 및 청구법인의 거래처 원장을 보아도 알 수 있듯이 청구법인과 쟁점거래처는 2000년부터 2003년까지 4년 동안 계속ㆍ반복적으로 매월 1~3백만원의 운송거래를 하였던 것이지, 불특정 다수의 화물기사와 단기간에 1회성 고액거래를 한 것이 아니다. 또한, 쟁점거래처의 대표이사 구○○도 『(주)○○운수 소속의 기사와 차량을 보내 운송을 하도록 하였으며, 운송시마다 간이영수증을 발행하여 청구법인에게 기사가 전달하고 월합계 세금계산서를 발행하였다.』고 확인하고 있다.
• 다. 따라서, 청구법인은 2000년 제2기부터 2003년 제1기까지 쟁점거래처와 수배전반 운송용역에 대하여 정상적으로 거래를 하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 처분청이 거래사실이 없이 교부받은 매입세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.

청구법인은 세금계산서, 차량배차 현황을 제시하여 실질거래임을 주장하나 결제내역이 없는 등 신뢰성이 없으므로 당초 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 용역제공을 받지 아니하고 교부받은 가공매입세금계산서로 보아 쟁점금액의 부가가치세 상당액을 불공제하고, 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금 계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제66조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액이다.

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 수배전반을 제조하는 법인으로 1996.04.08.에 개업하여 현재 계속 사업자임이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

2. 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 49,570,000원을 실지로 용역제공을 받지 아니하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 매입세액 불공제하여 2004.04.01. 청구법인에게 2000년 제2기 과세기간 등 부가가치세 7,897,840원 및 2002.01.01~2002.12.31. 사업연도 등 법인세 14,881,720원을 경정고지 한 것으로 경정결의서에 의하여 확인된다.

3. 청구법인은 2000년부터 2003년까지 4년에 걸쳐 수배전반에 대한 운송을 쟁점거래처에 전화로 의뢰하여 운송용역을 제공받고 운송료를 화물기사에게 현금으로 직접 건네주고 쟁점거래처로부터 월 합계로 쟁점매입세금계산서를 수취하였으며, 이와 같은 사실은 자료상혐의자 조사복명서에서도 나타나는데도 대금결제의 증빙이 없다하여 쟁점매입세금계산서를 가공매입세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

4. 처분청은 청구법인이 세금계산서, 차량배차 현황을 제시하며 실질거래임을 주장하나, 결제내역이 없는 등 신뢰성이 없으므로 당초 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

5. 처분청이 자료상혐의로 조사한 쟁점거래처에 대한 복명서를 보면,

• 가) 처분청은 쟁점거래처는 총 68대의 지입차량을 이용하여 화물용역을 제공하였던 정상적인 사업자로서 사무실에 배차일지, 송장 등 운송관련 서류를 비치하고 있었고, 허위의 매출세금계산서만을 교부하였던 자료상혐의자는 아니며, 거래처에서 화물운송 의뢰가 오면 배차를 하고 운송대금을 수령하여 지입차주에게 지급한 정상사업자인 것으로 판단하였고, 매출처에 조사한 내용을 보면, 지입차주가 청구법인에게 운송용역을 제공하고 직접 운송료를 수령하는 등 쟁점거래처는 대금관계에 전혀 관여하지 않았음에도 불구하고 거래처에서 지입차주한테 직접 지급한 운송료를 근거로 하여 매출세금계산서 발행을 요구하면 부가가치세 상당액만 수령한 후 매출세금계산서 발행하여 주었다고 되어 있다.
• 나) 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점거래처 대표이사 구○○는 세무조사당시(2003.10.13.)『1) 당사가 청구인으로부터 운송 주문을 받으면 기사가 운송을 한 후 청구법인으로부터 직접 운송료를 수령하고 당해 법인은 대금관계에 전혀 관여하지 않았으며, 2) 매출세금계산서는 당사의 차량운행일지 또는 외상대금 수금내역 등의 근거서류에 의해 발행하지 않고 청구인이 기사한테 직접 지급하였던 운송료에 대하여 당사에 매출세금계산서 발행을 요구하여 발행하였다.』라고 확인서를 작성하여 준 것으로 확인된다.
• 다) 처분청은 상기의 쟁점거래처의 대표이사 구○○가 작성한 확인서 및 조사보고서의 내용을 근거로 쟁점세금계산서를 거래사실 없이 교부받은 가공 매입세금계산서에 해당한다하여 매입세액불공제하여 부가가치세 등을 과세한 것으로 확인된다.

6. 처분청이 실질 용역제공을 받지 아니하고 교부받은 매입세금계산서라하여 부가가치세 등을 과세한데 대하여 살펴본다.

• 가) 처분청의 쟁점거래처 조사복명서에 쟁점거래처는 허위의 세금계산서만을 교부한 자료상이 아니라 총 68대의 지입차량을 보유하고 실지 화물운송용역을 제공하고 매출세금계산서를 교부하였던 정상사업자이며, 쟁점거래처 대표이사 구○○의 확인서에도 쟁점거래처가 청구법인으로부터 운송주문을 받아 지입차주가 청구법인에게 운송용역을 제공하고, 청구법인이 직접 기사에게 운송료를 지급하였으며, 운송료에 대하여 청구법인이 세금계산서를 요구하면 세금계산서를 발행해 주었다고 진술한 것으로 확인서에 나타난다.
• 나) 쟁점거래처가 차량배차를 기록하여 비치하고 있었고 세무조사당시에도 확인된 차량배차현황 장부를 보면, 거래일자, 차량번호, 거래처명, 행선지, 출발시각 등이 매우 자세히 기록되어 있고, 동 장부에는 청구법인과의 거래내역도 포함되어 있는 것으로 확인된다.
• 다) 쟁점세금계산서 및 청구법인의 거래처 원장에 의하면, 쟁점거래처와 2000년부터 2003년까지 4년 동안 계속ㆍ반복적으로 매월 1~3백만원의 운송거래를 하였던 것으로 확인된다.
• 라) 쟁점거래처의 대표이사 구○○도『(주)○○운수 소속의 기사와 차량을 보내 운송을 하도록 하였으며, 운송시마다 영수증을 발행하여 청구법인에게 기사가 전달하고 월합계 세금계산서를 발행하였다.』고 확인하고 있다.
• 마) 청구법인이 제출한 영수증을 확인한 결과 2003년 01월은 01월 20일부터 01월 28일 사이에 청구외 ○○산업개발(주)등에 17회에 걸쳐 수배전반을 운반하고, 운반비는 1회에 최소 3만원에서 최고 17만원을 지급한 것으로 영수증사본에 의하여 확인되고, 매출원장에 매출로 계상한 일자와 일치하고 있고, 청구법인이 2003년 01월에 수취한 매입세금계산서 공급가액 1,710,000원과 일치하는 것으로 확인되고, 동년 02월에도 청구외 ○○산전(주) 등에 수배전반을 공급하면서 쟁점거래처로부터 15회에 걸쳐 운송용역을 제공받고 1,460,000원의 영수증을 수취한 사실이 확인되며, 동년 03월에도 청구외 ○○전기(주) 등에 수배전반을 공급하면서 쟁점거래처로부터 17회에 걸쳐 운송용역을 제공받고 1,903,000원의 영수증을 수취한 것으로 확인된다. 따라서, 쟁점거래처의 대표이사 구○○가 당초 작성한 2003.10.13. 확인서보다는 2004.06.21.작성한 확인서가 차량배치현황, 영수증 및 매출원장 등에 비추어 더 신빙성이 있는 것으로 판단된다.
• 바) 처분청의 조사복명서나 청구법인의 주장에 의하여 실거래가 있었던 것은 상기와 같이 확인되나, 용역을 제공한 주체를 쟁점거래처로 볼 것인지 지입차주로 볼 것인지 살펴보면, 청구인은 2000년부터 2003년까지 4년 동안 쟁점거래처에게 전화에 의한 구두계약으로 수차에 걸쳐 계속ㆍ반복적으로 제품운송거래를 한 것으로 쟁점거래처의 배송일지 등에 의하여 확인되고, 처분청이 쟁점거래처의 매출처 조사서를 보면,『사무실에 비치된 장부를 확인한바 화물을 운송하여주고 운송대금을 수령하였으나, 거래처에서 세금계산서 수취를 거부하여 매출세금계산서를 발행하지 않아 신고누락한 금액이 2000년 제2기 41,168천원, 2001년 제1기 99,977천원, 2001년 제2기 120,656천원, 2002년 제1기 109,822천원, 2002년 제2기 107,330천원, 2003년 제1기 129,777천원 등 합계 608,733천원으로 확인됨』이라고 되어 있는 점으로 볼 때 지입차주가 아니라 쟁점거래처가 운송용역의 주체임을 알 수 있다.

7. 상기 사실관계 등을 종합해보면, 처분청이 쟁점거래처에 대한 자료상 혐의에 대한 조사시, 쟁점거래처가 청구법인에게 교부한 쟁점세금계산서는 차주가 청구법인에게 용역을 제공한 것을 쟁점거래처가 청구법인에게 세금계산서를 발행한 것으로 이는 위장세금계산서에 해당하는 것으로 보아 과세자료를 통보 하였으나, 처분청은 청구법인에 대하여 과세를 하면서 대금결재를 확인할 수 있는 구체적인 증빙이 없다하여 쟁점거래처의 조사서에 실거래가 확인되었음에도 불구하고 위장거래가 아니라 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세하였으나, 상기에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 쟁점거래처에 운송용역을 전화로 의뢰하고 쟁점거래처는 차량을 배차하여 청구법인에게 수배전반 운송용역을 제공한 것으로 차량배차현황에 의하여 확인되고, 당초 쟁점거래처 조사시 쟁점거래처의 매출을 차주로부터 받는 수수료가 아닌 운송용역의 전액을 수입금액으로 보아 과세한 점으로 볼 때 쟁점거래처가 운송용역의 공급주체인 것으로 처분청도 판단한 것이므로 쟁점거래처가 청구법인에게 세금계산서를 발행한 것은 정당하게 교부한 것으로 판단되므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 실질 용역제공이 없이 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 과세한 처분은 사실관계를 오해한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.