작성일자를 소급하여 발행・교부한 사실과 다른 세금계산서로 간주한 처분의 당부

○○세무서장이 2004.6.15. 2003년 제2기분 부가가치세 52,800,760원의 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부하고, 청구법인의 2003.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 14,421,350원을 부과한 처분은,

○○섬유와 ○○섬유공업사로부터 교부받은 매입세금계산서 공급가액 721,067,600원에 대한 관련 매입세액 52,800,760원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하며, 증빙불비가산세를 부과한 2003.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 14,421,350원은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○호에서 섬유제품을 제조하는 법인사업자로서, ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 원단/도매, 편직/제조를 하는 동연섬유 대표 반○○(사업자등록번호: 000-00-00000)로부터 2003년 제2기 기간 중 매입세금계산서 10매 공급가액 686,924,000원과 ○○시 ○○동 ○○번지에서 염색가공업을 운영하는 ○○섬유공업사 대표 이○○(사업자등록번호: 000-00-00000)으로부터 2003년 제2기 기간 중 매입세금계산서 1매 공급가액 34,143,600원 계721,067,600원(이하 매입세금계산서 11매를 "쟁점세금계산서"라 하고, 공급가액을 "쟁점금액"이라 하며, 위 두 곳 매입거래처를 "쟁점거래처"라 한다)을 교부받았으나, 청구법인은 2004.1.25. 2003년 제2기분 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서를 신고누락한 사실을 알게 되어 2004.3.24. 처분청에 경정청구를 하였던 바, 처분청은 2004.5.7.~5.10. 기간동안 쟁점세금계산서에 대한 경정청구 내용에 대하여 실지조사를 하여 청구법인이 공급시기 이후에 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보아 부가가치세 매입세액 52,800,760원의 공제를 구하는 경정청구에 대해 거부처분을 하였으며, 법인세법 제76조 【가산세】의 규정에 의거 쟁점금액에 대한 증빙불비가산세를 적용하여 청구법인의 2003.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 14,421,350원을 2004.6.15. 경정・고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.9.14. 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 환급 현지확인조사시 쟁점세금계산서에 대한 거래사실여부에 대하여는 청구법인의 대금지급 및 거래사실 등을 확인하고 쟁점금액에 대하여 2003년 제2기 기간 중에 거래가 실제 이루어진 사실은 인정하였으나, 청구법인 뿐만 아니라 쟁점거래처도 확정신고 기한 내에 신고하지 아니하였다는 사유로 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 것으로 단정하였으나,

(2) 청구법인은 2003년 12월 경리담당직원의 퇴사와 2004년 1월초 대표이사의 변경 및 본점사무실 이전 등으로 인하여 업무의 인계인수가 제대로 이루어지지 않아 서류를 제대로 검토하지 못한 상태에서 2003년 제2기 부가가치세 확정신고를 하게 되었으며, 이 후 법인세 결산과정에서 과다한 이익이 발생한 사실을 발견하고 이를 검토한 바, 매입자료가 다수 누락된 것을 발견하게 되었고, 청구인은 공급시기에 정상적으로 교부받은 쟁점세금계산서에 대해 2004.3.24. 처분청에 경정청구를 한 것이며, (3) 국세기본법 제16조 【근거과세】제1항에는, "국세의 과세표준의 조사과 결정은 그 비치・기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다"라고 규정하고 있어, 어느 세법에서도 정황을 근거로 하여 과세할 수는 없는 것임에도, 처분청은 당초처분에 대하여 비치・기장한 장부 및 증빙을 근거로 하여 처분하였다는 주장은 없이, "반증하는 것임", "흔히 일어날 수 없으므로 타당성이 없음", "판단되고" 등 처분청이 아무런 근거없이 자의적으로 판단하고 결정하여 과세권을 남용한 경우에 해당되므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 것으로 단정하여 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하고, 쟁점금액에 대하여 증빙불비가산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

(1) 청구인이 정상적이 거래시기에 쟁점세금계산서를 교부받았다면 누락한 쟁점세금계산서에 대하여 경정청구만 하면 그만인데도 불구하고 과세기간이 자난 2004.1.31.에 전혀 필요없는 『매출・매입 누락분 수정신고 거래사실 확인서』를 "실무부족으로 인한 신고누락분을 쌍방 확인하에 수정신고 한다"라는 내용으로 작성하였는 바, 이는 거래시기에 교부받지 못한 쟁점세금계산서에 대하여 법인세 결산시 교부받지 못한 것을 확인하고 거래상대방과 상의하여 그 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 교부하였다는 것을 반중하는 것이며,

(2) 또한, 거래상대방인 ○○섬유는 쟁점 세금계산서와 같은 금액에 대하여 기각결정 통지일인 2004.5.20. 수정신고 하였고, ○○섬유공업사는 쟁점세금계산서와 같은 금액에 대하여 공급자와 공급받는 자가 공히 같은 세금계산서를 누락신고 하였다는 것은 정상적으로 교부하였을 경우 흔하게 일어날 수 없으므로 청구인의 주장은 타당성이 없다.

(3) 청구인은 매입세액을 지급하였다고 주장하나 미지급금이 있는 것으로 보아 적어도 쟁점세금계산서에 기재된 날자가 속한 과세기간에는 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 지급하지 아니한 것으로 보인다.

(4) 청구인은 쟁점세금계산서의 작성일자가 속한 과세기간에 교부받았음을 입증하는 어떠한 객관적인 증빙도 제출하지 못하면서 정상적으로 쟁점세금계산서를 교부받았다는 청구인의 주장은 타당성이 없는 것으로 보여지므로 이 건 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 과세기간이 경과한 이후에, 작성일자를 공급시기로 소급하여 발행・교부한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 【이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴 본다】

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치・기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치・기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

○ 납세자권리 헌장 납세자로서 귀하의 권리는 헌법과 법률이 정하는 바에 의하여 존중되고 보장되어야 합니다. 이를 위하여 국세공무원은 귀하가 신성한 남세의무를 신의에 따라 성실하게 이행할 수 있도록 필요한 권익을 최대한 제공해야 하며, 귀하의 권리가 보호되고 실현될 수 있도록 최선을 다하여 협력하여야 할 의무가 있습니다. 이 헌장은 귀하에게 납세자로서 보장받을 수 있는 권리를 구체적으로 알려드리기 위한 것입니다.

1. 귀하는 기장・신고 등 납세협력의무를 이행하지 않았거나 구체적으로 조세탈루 혐의 등이 없는 한 성실한 납세자이며 귀하가 제출한 세무자료는 진실한 것으로 추정합니다.

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되 는 때

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 '세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 제화 또는 영역의 공급시시 이후에 교부받은 세금계산서로 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 이 건 과세관련 자료에 의하면, 청구법인은 섬유제품을 제조하는 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서의 공급가액에 상당하는 원단 등을 매입하였으나, 2004.1.25. 2003년 제2기분 부가가치세 확정신고시 양 거래당사자가 쟁점세금계산서의 거래에 대하여 신고를 하지 않았다가, 2004.3.24. 쟁점세금계산서에 대하여 청구법인은 경정청구를 하였고, 거래처는 수정신고를 한 것으로 확인되며, 이에 대하여 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

② 청구법인이 제출한 쟁점세금계산서에 의하면 일자별・거래내역은 다음과 같다. 공급자 적요 작성일자 공급가액 세액 상 호 성 명 동연섬유 반○○ 편직료 2003.08.30 54,725,000 영세율 〃 〃 〃 2003.09.30 18,000,000 영세율 〃 〃 〃 2003.10.30 39,500,000 3,950,000 〃 〃 원 단 2003.11.30 16,210,000 영세율 〃 〃 편직료 2003.11.30 88,044,000 8,804,400 〃 〃 〃 2003.11.30 97,875,000 9,787,500 〃 〃 〃 2003.12.30 104,125,000 영세율 〃 〃 〃 2003.12.30 122,625,000 12,262,500 〃 〃 〃 2003.12.30 46,640,000 4,664,000 〃 〃 원 단 2003.12.31 99.180.000 9,918,000

○○섬유공업사 이○○ 원 단 2003.12.31 34,143,600 3,414,360 합 계 721,067,600 52,800,760

③ 청구법인은 2004.3.24. 2003년 제2기 확정분 부가가치세를 아래와 같이 경정청구 하였음이 "과세표준 및 세액의 경정청구서"에 의하여 확인된다. 신고내용 법 정 신 고 일 2004.1.25 최초신고일 2004.1.25 경 정 청 구 이 유 매입세금계산서 누락 구 분 최초신고 경정청구 세 목 부가가치세 부가가치세 과 세 표 준 금 액 1,907,769,605 1,907,769,605 산 출 세 액 10,389,354 10,389,354 가 산 세 액 1,049,199 1,049,199 공제 및 감면세액 39,638,848 92,439,608 납 부 할 세 엑 △28,200,295 △81,001,055 (차 감 환 급 세 액)

• (52,800,760)

④ 청구법인은 2002.1.18. 설립하여 2002.11.10. 개업하였고, 2004.1.10. 본점을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○호로 이전하였으며, 2004.1.8. 대표이사를 김○○(000000-0000000)로 변경하였음이 청구법인의 등기부등본에 의하여 확인된다.

⑤ 청구법인은 경리업무를 보던 여직원 차○○(000000-0000000)을 2004.1.20. "경영상 필요에 의한 해고"사유를 들어 퇴사시켰음이 "근로소득원천징수영수증" 및 "국민연금 사업장가입자 자격상실 신고서"등에 의하여 확인된다.

⑥ 처분청의 조상공무원은 2004.5.7~5.10. 기간동안 청구법인의 경정청구에 대한 조사를 하였으며, 대금지급내역 및 매출・매입처별 거래처별 거래내역으로 보아 거래사실이 확인된다고 복명하였다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 처분청은 쟁점세금계산서의 매입・매출자가 당초 부가가치세 확정신고시 동 거래내용을 신고하지 아니하고 경정청구를 한 것에 근거하여, 과세기간 경과 후인 2004.1.25.~2004.3.24. 사이에 작성일자를2003.8.30.~2003.12.31.로 소급하여 쟁점세금계산서를 작성・교부하였다고 보아 이 건 과세한 반면, 청구법인은 공급시기에 정상적으로 작성・교부받았으나 신고누락 사실을 확인하고 경정청구(쟁점거래처는 수정신고)를 하였다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

② 이 건의 경우, 처분청에서 쟁점세금계산서의 매입・매출누락을 확인하여 경정청구(또는 수정신고)를 하도록 권유한 것이 아니라, 거래당사자가 매입・매출누락 하였다고 스스로 판단하여 매입자인 청구법인은 경정청구를 하였고, 매출자인 쟁점거래처는 가산세까지 포함하여 수정신고를 한 것에 대하여는 처분청과 청구인간 다툼이 없다.

③ 처분청이 2004.1.25.부터 2004.3.24.사이에 작성일자를 2003.8.30.~2003.12.31.로 소급하여 쟁점세금계산서를 작성하였다고 추정하는 근거를 보면, 청구법인은 물론 쟁점거래처도 다 함께 신고기한 내에 쟁점세금계산서를 신고하지 아니하였다는 사유로 보여진다. 그러나, 청구법인은 사실관계에서 살펴본 바와 같이 2004.1.25. 2003년 제2기 확정신고를 할 즈음인 2004.1.8. 대표이사가 변경되었고, 2004.1.20.에는 경리여직원 차○○이 퇴사하였으며, 2004.1.10.에는 본점소재지를 ○○에서 ○○로 이전하는 과도기에 있었으며, 더욱이 쟁점세금계산서는 2003.8.30.부터 2003.12.31까지 약 5개월동안 실제 거래가 이루어진 것임을 처분청이 조사를 통하여 인정한 내용 이라고 한다면, 청구법인과 쟁점거래처가 정상적인 사업을 하고 있는 사업자라고 볼 때, 처분청이 추정하는 근거만으로는 쟁점세금계산서 11매를 3~8개월 후인 과세기간 경과 후 한꺼번에 공급시기로 소급하여 작성되었다고 단정하기는 어려운 반면, 공급시기에 정상적으로 교부받은 쟁점세금계산서를 청구법인 내부의 여러 가지 사유 때문에 단순히 실수로 신고누락 하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있다고 보여진다. [국심 2003구 3584(2004.3.8), 국심 2001중 0445(2001.8.6)외 다수 같은 뜻]

④ 처분정은 청구범인이 누락한 쟁점세금계산서에' 대하여 경정청구만 하면 그만인데도 불구하고 과세기간이 지난 2004.1.31.에 전혀 필요없는『매출・매입 누락분 수정신고 거래사실 확인서 』 를 "실무부족으로 인한 신고누락분을 쌍방확인하에 수정신고 한다"라는 내용의 경위서를 작성하여 제출하였는 바, 이는 거래시기에 교부받지 못한 쟁점세금계산서에 대하여 법인세 결산시 교부받지 못한 것을 확인하고 거래상대방과 상의하여 그 공급시기가 속한 과세기간이 정과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 교부하였다는 것을 반증하는 것이라고 주장하자, 청구법인은 처분청의 주장대로 청구법인도 "쟁점세금계산서에 대하여 경정청구만 하면 그만"인 것을 알고 있어서 당초에는 경정청구서만 제출하였으나, 세무서에서 아무런 연락이 없어 세무대리인인 박○○ 세무사를 통하여 조속히 환급하여 줄 것을 요청하자, 세원관리과 담당자로부터 고액환급이기 때문에 실지 거래여부를 확인하여야 하므로 "거래사실확인서"를 제출해 달라고 하여 청구법인과 세무사는 환급조사 없이 환급해 주려는 줄 알고 『매출・매입 누락분 수정신고 거래사실 확인서』를 추후에 세원관리과 담당자에게 제출하였던 것이며, 그러한 연유로, 확인서의 내용 중 "신고누락분을 쌍방 확인하에 ……"라는 말은 단순히 거래사실을 쌍방이 확인하였다는 의미일 뿐이라고 주장하고 있는 점을 살펴보면, 『매출・매입 누락분 수정신고 거래사실 확인서』는 처분청의 요구에 의하여 청구법인이 경정청구 후에 제출한 것으로서 필요없는 것을 제출하였다는 처분청의 주장은 세원관리과와 조사과간의 업무내용 전달이 안된 착오로 보여지며, 쟁점세금계산서의 교부시기를 결정하는 데는 영향을 미치지 않는 것으로 보여진다.

⑤ 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서의 작성일자가 속한 과세기간에 교부받았음을 입증하는 어떠한 객관적인 증빙도 제출하지 못하면서 정상적으로 쟁점세금계산서를 교부받았다는 청구법인의 주장은 타당성이 없는 것으로 보여진다는 처분청의 주장에 대하여, 청구법인은 처분청 역시 청구법인이 작성일자가 속한 과세기간 이후에 교부받았음을 입증하는 어떠한 객관적인 증병도 제출하지 못하면서. 청구인에게만 과세기간내에 교부하였다는 객관적인 증빙을 제시하라는 것은 심히 부당한 처사로서, 처분청 스스로가 일방적인 추측에 의한 정황만을 근거로 하여 최종 판단하였다는 것을 결국 시인한 것이 된다고 주장하는 점을 살펴보면, 정상적인 실제 거래로서 그에 대한 세금계산서를 수수하였다면, 확실한 물증이 없는 한 세금계산서 교부시기는 납세자권리헌장에서 표방하고 있는 바와 같이 납세자가 제출한 세금계산서는 교부시기(작성일자)를 포함하여 진실한 것으로 추정하여야 하며, 제출된 쟁점세금계산서가 공급시기 이후에 교부받았다는 주장에 대하여는 처분청이 이를 입증하여야 하는 것으로 보인다.

⑥ 국세기본법 제16조 의 규정에 의하면, 남세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치・기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 기장의 내용이 사실과 다르다는 둥의 법정사유에 해당하지 아니하는 한 그 비치・기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여 하도록 의무를 지우고 있는 점과, 납세자권리헌장 1호에서 납세자는 기장・신고 등 납세협력의무를 이행하지 않았거나 구체적으로 주세탈루 혐의 등이 없는 한 성실한 납세자이며, 납세자가 제출한 세무자료는 진실한 것으로 추정한다고 표방하고 있는 점에 비추어 볼 때, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대한 조사를 통해 거래사실을 인정하면서도 쟁점세금계산서의 교부시기를 정확한 증빙이나 근거없이 단순히 추정에 의하여, 과세기간이 경과한 이후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 발행・교부하였다고 단정할 수는 없다고 할 것이다.[국심 2003구 3584(2004.3.8), 국심 2001중 0445 (2001.8.6)외 다수 같은 뜻]

(3) 위 사실관계 등을 종합해 볼 때, 청구법인과 쟁점거래처가 정당한 절차에 따라 정상적으로 신고한 세금계산서에 대하여 정확한 증빙이나 근거없이, 쟁점세금계산서를 과세기간 경과 후에 공급시기를 소급하여 작성한, 사실과 다른 세금계산서로 단정하여 청구법인이 한 경정청구를 거부한 처분과, 쟁점금액에 대한 증빙불비가산세를 고지한 처분은 근거과세의 고지한 처분은 근거과세의 원칙에 반하는 위법한 처분으로 판단된다.

이 건 심사청구는 규정에 의하여 주문과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.