법인세결정결의서상 법인세와 특별부가세가 구분되어 계산되어 있을 뿐이며, 감면세액에 대한 계산방법은 신설시부터 같은 내용이 계속 규정되어 있으므로 이를 소급적용이라 하는 것은 정당하지 아니하므로 당해 처분은 타당함.
법인세결정결의서상 법인세와 특별부가세가 구분되어 계산되어 있을 뿐이며, 감면세액에 대한 계산방법은 신설시부터 같은 내용이 계속 규정되어 있으므로 이를 소급적용이라 하는 것은 정당하지 아니하므로 당해 처분은 타당함.
이 건 심사청구는 받아들일 수 없어 기각합니다.
청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 번지에서 ‘○○새마을금고’라는 상호로 금융업을 영위하고 있는 법인으로 1999.1.1~1999.12.31. 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제37조 의 규정에 의한 ‘법인의 재무구조개선 등을 위한 특별부가세 면제’를 적용하여 특별부가세 2,058,110원을 면제(이하 “쟁점특별부가세면제”라 한다)받는 것으로 신고하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점특별부가세면제를 적용함에 있어 조세특례제한법 제37조 및 같은법시행령 제34조 제10항 제2호의 규정에 따라 특별부가세 산출세액에 자구계획에 따라 사용한 금액 13,720,760원이 부동산 양도대금에서 153,000,000원이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 세액만 면제를 받아야 함에도 양도대금 전액을 자구계획에 따라 사용한 금액으로 계상하여 감면세액을 1,847,442원 과다하게 공제받았으므로, 과다하게 공제받은 감면세액을 적용 배제하여 2004.8.10. 청구법인에게 특별부가세 3,310,610원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.9.10. 이 건 심사청구를 하였다.
특별부가세는 동일한 양도소득에 대하여 법인세 및 특별부가세가 법인세목으로 이중과세되는 체계로 이는 본래 개인의 양도소득에 대하여는 상대적으로 높은 세율일 적용되는 등의 불합리한 점이 있어, 개인과 법인간의 부동산 양도차익에 대한 과세형평성을 기하고 법인에 대한 부동산투기 행위를 방지하고자 하는 취지에 기인하는 것이며, 조세특례제한법시행령 제34조 제10항 제2호 의 규정에 의하면 감면세액 계산시 “자구계획에 따라 사용한 금액이 부동산 양도대금에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액”으로 명시되어 있으나, 청구법인은 자구계획서상의 사용예정액이 아닌 양도금액 전액을 자구계획에 따라 사용한 금액으로 하여 감면을 과다하게 받았으므로 쟁점특별부가세면제 금액 중 과다하게 면제받은 부분을 적용배제하고 과세한 이 건 처분은 정당하다.
○ 조세특례제한법 제37조 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】
① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획(제45조 제1항의 규정에 의한 기업개선계획을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경 우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세에 상 당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이 조와 제39조 내지 제42조ㆍ제44 조 및 제45조에서 “금융기관”이라 한다)이 저당권실행으로 인하여 취득한 부 동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 기타 대통령령이 정하는 사 업용부동산을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 금융기관의 감독기관의 장 의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다. (98.12.28. 개정)
② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인(금융기관을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세 액을 추징한다. (98.12.28. 개정)
○ 조세특례제한법시행령 제34조 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가 세의 면제】
⑩ 법 제37조 제1항의 규정에 의한 감면세액은 다음 각호에 의하여 계산한 금액 으로 한다.
2. 자구금융기관의 경우: 제1호 가목의 금액에 자구계획에 따라 사용한 금액이 부동산 양도대금에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 1999.1.1~1999.12.31. 사업연도 볍인세 신고시 조세특례제한법 제37조 의 규정에 의한 ‘법인의 재무구조개선 등을 위한 특별부가세 면제’를 적용하여 특별부가세 2,058,110원을 면제 받는 것으로 신고하였음이 같은 사업연도 법인세신고서 및 국세청통합전산망의 신고서 조회에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 청구법인이 위와 같은 특별부가세면제를 적용함에 있어 양도대금전액을 자구계획에 따라 사용한 금액으로 계상하여 감면을 과다하게 적용받은 것으로 보아 과다하게 공제받은 감면세액 1,847,442원을 적용 배제하여 2004.8.10.특별부가세 3,310,610원을 청구법인에게 결정ㆍ고지한 사실이 이 건 법인세결정결의서 및 국세청통합전산망에 의하여 확인된다.
(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 1999사업연도 법인세 과세표준이 89,710,887원임에도 부동산 처분이익 13,720,760원을 다시 법인세 과세표준에 가산하여 계산함으로써 이중으로 계상하여 이 건 과세는 이중과세된 잘못이 있다고 주장하나, 이는 청구법인이 사실을 잘못 파악하고 있는 것으로 보인다. 법인세 결정결의서를 살펴보면 법인세 결정란과 특별부가세 결정란이 구분되어 있다. 그 이유는 법인세와 특별부가세의 계산과정을 구분하기 위한 것으로, 이 때 법인세과세표준에는 청구법인이 주장하는 바와 같이 부동산 양도차익이 손익계산서상 특별이익으로 포함되며, 법인세는 이와 같이 산출된 과세표준에 세율을 곱하여 산출하는 것이고, 법인세에 포함되어 과세되는 특별부가세는 법인세로 과세된 양도차익에 대하여 다시 과세하는 이중부과의 성격을 띠고 있기는 하나, 특별부가세 세율에 비하여 상대적으로 높은 세율로 과세되는 개인의 양도소득과의 형평성을 기하고, 법인의 투기 행위를 억제하고자 하는 목적으로 마련된 과세체제인 만큼 이 자체를 부당한 것으로 볼 수는 없다. 그리고 이 건 법인세결정결의서를 살펴보면 법인세 과세표준은 89,710,887원인 것으로 되어 있고 특별부가세 과세표준은 13,720,760원으로 되어 있어 법인세과세표준에 양도차익 13,720,769원이 이중 계상되었다는 청구주장은 납득이 되지 않는다. 청구법인이 주장하는 바와 같이 법인세과세표준을 당기순이익 89,710,887원에 부동산 처분이익 13,720,760원을 다시 가산하여 계산한 것이 아니라, 단지 법인세결정결의서상 법인세와 특별부가세가 구분되어 계산되어 있을 뿐이고 당기순이익에 다시 양도차익을 계산하여 법인세를 산출한 것은 아닌 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 1999.9.8과 10.9.에 각기 승인기관으로부터 자구계획승인을 받았고 같은 사업연도에 처분청에 감면신청을 받은 사항임에도 불구하고 2000.12.29. 개정된 내용을 소급하여 쟁점특별부가세면제를 적용배제함은 부당하다고 주장하나 ‘법인의 재무구조개선 등을 위한 특별부가세 면제를’ 적용함에 있어 감면세액에 대한 계산방법을 규정하고 있는 조세특례제한법시행령 제34조 제10항 제2호 의 규정은 청구법인이 주장하는 바와 같이 2000.12.29. 개정된 것이 아니라 이 법이 신설된 1997.12.31.부터 같은 내용이 계속 규정되어 있었던 것으로 이를 소급적용이라고 하는 것은 정당하지 않은 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점특별부가세면제 금액 중 청구법인이 과다하게 면제받은 부분에 대하여 그 적용을 배제하고 과세한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 있는 것으로 보이지 않는다.
- 라. 결론 이건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.