심사청구에서 부외경비가 있다는 주장에 대하여 본안심리가 가능한지 여부

[주문]

○○세무서장이 2004.2.9. 청구법인에게 경정. 고지한 2001.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 172,617,170원, 2002.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 235,185,990원의 부과처분은 청구법인이 실제 운송비 등으로 지출하였으나 손금에 산입하지 아니한 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준과 세액을 경정하되, 그 한도는 이 건 고지세액 범위 이내로 합니다. [이유]

청구법인은 2000.4.15. 개업하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 운수업을 영위하는 법인으로서 2001.1.1.~12.31 사업연도(이하 "2001사업연도"라 한다. 이후 사업연도도 같다) 중 청구외법인 ☆☆석유(주)와 ○○석유(주)(이하 "쟁점거래처"라 한다)로부터 교부받은 매입세금계산서 공급가액 482,147,436원과 쟁점거래처로부터 2002사업연도 중 교부받은 매입세금계산서 공급가액 777,551,310원, 합계 공급가액 1,145,180,696원(이하 합하여 "쟁점세금계산서"라 한다)을 각각 당해 사업연도 유류비로 손비처리하여 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점거래처로부터 받은 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 세금계산서만 교부받은 가공세금계산서라고 보고 손금부인하여 2004.2.9. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 172,617,170원, 2002사업연도 법인세 235,185,990원을 경정. 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.5.8. 이의신청을 거쳐 2004.8.27. 이 건 심사청구 하였다.

청구법인은 쟁점세금계산서가 가공세금계산서인 것은 인정하지만, 2001사업연도에 운송비를 지급하고 손비처리하지 못한 금액이 494,728,751원, 2002사업연도에 손비처리하지 못한 금액 933,319,155원, 합계 1,428,047,906원(아래 명세 참조, 이하 "쟁점비용"이라 한다)을 손비처리하지 못하였으니 손비처리하지 못한 쟁점비용을 추가로 손금에 산입하여 당초처분을 취소하여야 한다. 운송비 지급액 및 회계처리내역 단위: 원 ┌─────┬───────┬─────────────────────┬───────┐ │ │ 실제 지급한 │ 회계처리 내역 │ 과소계상액 │ │ 사업연도 │ ├──────┬──────┬───────┤ │ │ │ 운송비① │ 운반비 │ 잡급 │ 합계② │ ① - ② │ ├─────┼───────┼──────┼──────┼───────┼───────┤ │ 2001년 │ 800,817,266│ 306,088,515│ - │ 306,088,515│ 494,728,751│ ├─────┼───────┼──────┼──────┼───────┼───────┤ │ 2002년 │ 1,722,280,538│ 569,003,163│ 219,958,220│ 788,961,383│ 933,319,155│ ├─────┼───────┼──────┼──────┼───────┼───────┤ │ 소계 │ 2,523,097,804│ 875,091,678│ 219,958,220│ 1,095,049,898│ 1,428,047,906│ └─────┴───────┴──────┴──────┴───────┴───────┘

청구법인은 당초 조사시 쟁점비용에 대한 손비 인정을 주장하거나 증빙을 제시한 바가 없는데도 이제 와서 이를 주장하는 것은 청구인이 제출한 운송비 명세 등이 사후에 임의작성이 가능한 점, 쟁점비용을 손금에 산입하면 운송비가 운송수입금액을 초과하는데 청구법인의 운송수입의 대부분이 지입차량에서 생긴 운송수입인 점 등에 비추어 청구주장은 신빙성이 없으므로 이를 인정할 수 없다.

가.쟁점

① 청구법인의 2001 사업연도 및 2002 사업연도 법인소득금액 계산상 쟁점비용을 청구법인의 손금에 산입할 수 있는지 여부 및 ② 부외 쟁점비용의 지출이 사실인지를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점1, 쟁점비용을 손금에 산입할 수 있는지 여부

1. 청구법인은 부외운송비를 지급하였으나 지입차주의 조세회피 등을 목적으로 쟁점세금계산서를 받은 것이라고 추정되는 바, 부외운송비 지급이 사실인지에 대한 본안 심리하기에 앞서, 2002.12.18. 법률 제6782호로 신설된 국세기본법 제22조 의 2[경정의 효력]과 관련하여, 이건 부과처분의 원인인 가공세금계산서인지에 대해서는 다투지 아니하고 그와 관련이 없는 부외운송비가 있다는 주장을 심리할 수 있는지를 살펴본다.

• 가) 관련법령 ο 국세기본법 제22조 의 2【경정등의 효력】(본조 신설 2002.12.18.)

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리. 의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리. 의무관계에 영향을 미치지 아니한다. ο 국세기본법 부칙 (법률 제6782호, 2002.12.18.)

① [시행일] 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

② [경정등의 효력에 관한 적용례] 제22조의 2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 경정하는 분부터 적용한다.

• 나) 판단

(1) 조세채무의 확정절차를 보면, 국세기본법 제21조 는 소득세. 법인세 등 국세의 납세의무성립시기 즉, 과세요건이 충족되었는지를 가리는 일정시점을 규정하고 있다.

(2) 그러나, 납세의무가 성립되었다고 할지라도 이는 추상적. 관념적인 것에 불과할 뿐, 납세의무자가 그 의무를 이행하거나 정부가 납세의무자로 하여금 그 의무를 이행하도록 하기 위해서는 그 내용을 구체적으로 확정하는 절차가 필요한데, 세액확정절차에 관한 일반규정으로서 국세기본법 제22조 와 국세기본법시행령 제10조 의 2는 그 확정절차를 규정하고 있으며, 그 내용을 보면 세목에 따라 납세의무자의 신고행위에 의하여 그 세액이 확정되는 신고납부제도와 정부의 결정에 의하여 그 세액이 확정되는 정부부과제도이다.

(3) 조세채무액을 확정함에 있어서, 1과세기간에 납세의무는 1개이므로 단 1회적으로 세액을 확정하는 것이 이상적일 것이나, 조세법의 전문성, 기술성, 복잡성(하나의 과세가 이루어지기까지는 여러 가지 가산 요인과 차감 요인이 복합되어 계산됨), 과세관청과 납세자 사이에 해석상 차이, 적용상 차이 등으로 인하여 일단 세액이 확정되었을지라도 그 신고 또는 결정에 오류 또는 탈루가 발견될 수 있고, 따라서, 단 1회로 종료되기보다는 부과제척기간이 종료되기 전까지는 그 횟수에 관계없이 여러 번 경정이 이루어지고 있는 바, 이는 조세법이 정한 정당한 세액의 납세의무를 지우기 위한 것으로 보인다.

(4) 이와 같이 정부의 경정처분이 반복됨에 따라 납세의무를 확정시키는 납세의무자의 신고행위 및 정부의 결정 또는 경정처분과 후행처분의 그 효력관계 등이 문제가 된다.

(5) 이와 관련하여, 2002.12.18. 법률 제6782호로 국세기본법 제22조 의 2(경정 등의 효력)를 신설(동 개정일 이후 경정하는 분부터 동 규정을 적용하도록 하였음) 하였는바, 동조 제1항은 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리. 의무관계에 영향을 미치지 아니한다", 동조 제2항은 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리. 의무관계에 영향을 미치지 아니한다" 고 규정하고 있다. 즉, 경정의 효력에 관한 위의 규정은 납세의무의 확정행위가 되풀이되는 경우에 당초 확정된 세액을 증가시키거나 감액시키는 경정이 있는 경우 경정의 효력은 당초 확정된 세액에 관하여 국세기본법 또는 세법에서 규정한 권리. 의무관계에 영향을 미치지 아니하도록 하였다.

(6) 위 규정을 신설한 취지는, 증액경정처분이 되면 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 소멸하므로 당초 부과처분에 기초한 가산금 징수처분 역시 효력을 상실한다는 판례(대법원97누 13139,1999.5.11 외)가 나오는 등 선행 과세처분의 효력에 관하여 적용상 혼란(납세의무자의 신고 또는 정부의 결정. 경정에 의하여 납세의무가 확정되면 이를 기초로 각종 절차가 진행하게 되는데 당초 확정된 세액과 관련된 권리. 의무가 그 후의 경정처분에 의하여 영향을 받게 된다면 법적 안정성이 저해됨)이 있었고, 납세자가 고의적으로 적은 금액의 경정사유를 제공하여 증액경정처분을 받은 후 이미 불복청구기간이 경과한 당초처분에 대하여도 불복을 하여 악용하는 사례가 발생하곤 하였고, 따라서, 이러한 혼란의 발생을 방지하고자 법률로써 명확히 한 것으로 보인다.

(7) 증액경정처분이 있어 이에 대하여 불복을 제기하는 경우에, 불복청구의 대상에 경정처분의 원인이 된 과세요건만을 그 대상으로 하여야 할지, 당초 확정시의 하자있는 과세요건도 포함시켜야 할지, 불복청구대상 청구세액을 당초 확정된 세액을 초과하는 세액도 포함되는지는 쟁송절차로서의 불복제도를 둔 취지, 과세처분으로서의 경정처분의 성격 및 경정 등의 효력을 정한 국세기본법 제22조 의 2규정의 입법 취지 등을 감안하여 정하여야 할 것이다. (8) 국세기본법 제55조 제1항 이 "이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 및 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 필요한 처분을 청구할 수 있다." 고 규정하고 있는 바, 따라서 과세처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 불복청구를 할 수 있다.

① 그러므로 과세관청의 증액경정처분이 있는 경우 당해 증액경정처분의 원인이 된 과세요건사실의 하자를 이유로 불복청구를 제기할 수 있다는 것은 당연하다 하겠고, 경정처분을 이유로 불복청구를 하면서 당해 경정처분이 있기 전의 확정행위(신고 또는 결정)의 하자를 다툴 수 있는지를 보면, 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위와 증액경정행위 모두 추상적으로 성립한 조세채무를 구체적으로 확정하는 일련의 행위로서 외형적으로는 각기 별도 독립된 행위로서 나타나지만 실제 있어서는 서로 밀접한 관계를 맺고 처분청이 증액경정을 함에 있어서는 당초의 확정된 세액을 포함하여 당해 조세채무 전체에 대한 최종적이고도 통일적인 인식 내지 확인이라는 전제 하에 세액을 확정시킨다는 점(당초처분에서 결정한 과세표준과 세액을 그대로 두고 증감부분만 예컨대 매출누락, 가공원가, 세액불공제 등을 조사 결정하는 것이 아니라, 당초처분에 의해 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서의 과세표준과 세액을 다시 결정한 후, 당초처분과의 차액을 납세고지 또는 환급하고 있음), 경정이 유효하게 이루어지면 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위는 경정과 모순된 내용을 가진 부분은 존속할 수 없다 할 수 있는 점에 비추어 보면, 증액경정이 이루어진 경우에는 신고나 경정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 하자를 바로잡도록 함이 법적 안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 하겠다.

② 그러나, 불복청구의 대상이 당초의 확정행위에 관한 과세요건사실도 포함된다고 할 때에 그 범위에 아무런 제한이 없는지를 국세기본법 제22조 의 2제1항과 관련하여 살펴보면, 국세기본법 제22조 제1항 이 "당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한" 이라 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액 기준 으로 하였다. 즉, 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 대하여는 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액 즉, 경정처분으로 고지된 세액 부분만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 하겠다.

③ 그러하다면 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하되, 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분 즉, 경정처분으로 고지된 세액만이 그 대상이 되어야 할 것(국심 2003중 556, 2003.10.18. 등 같은 뜻임)이다.

• 다. 쟁점2, 부외 운송비 지출이 사실인지 여부

1. 관련법령 (1) 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다. (2) 법인세법 제15조 [익금의 범위]

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. (3) 법인세법 제19조 [손금의 범위]

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (4) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치. 기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치. 기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다. (5) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여. 배당. 기타 사외유출. 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

2. 사실관계 및 판단

• 가) 처분청은 청구법인이 2001사업연도 및 2002사업연도 중에 쟁점거래처로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 각각 당해 사업연도 유류비로 손비처리하여 법인세를 신고한 데 대하여 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 세금계산서만 교부받은 가공세금계산서라고 보고 손금부인하여 2004.2.9. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 172,617,170원, 2002사업연도 법인세 235,185,990원을 경정.고지하였음이 처분청이 제출한 경정결의서 및 조사서 등에 의하여 확인되고 청구인도 이에 대해서는 다툼이 없다. 다만, 청구법인은 쟁점세금계산서가 가공세금계산서인 것은 인정하지만, 2001사업연도 및 2002사업연도 중에 운송비를 지급하였으나 쟁점비용을 손비처리하지 못하였으니 과소 손비처리한 쟁점비용을 추가로 손금에 산입하여야 한다는 주장이고, 처분청은 청구법인이 당초 조사시 쟁점비용에 대한 손비 인정을 주장하거나 증빙을 제시한 바가 없는데도 이제 와서 이를 주장하는 것은 청구인이 제출한 운송비 명세 등이 사후에 임의작성이 가능한 점과 쟁점비용을 손금에 산입하면 운송비가 운송수입금액을 초과하는데 청구법인의 운송수입의 대부분이 지입차량에서 생긴 운송수입인 점 등에 비추어 청구주장은 신빙성이 없으므로 이를 인정할 수 없다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 살펴본다.
• 나) 청구법인이 실제 지출하였다고 주장한 운송비와 회계처리내역은 다음과 같다. 운송비 지급액 및 회계처리내역 단위: 원 ┌─────┬───────┬─────────────────────┬───────┐ │ │ 실제 지급한 │ 회계처리 내역 │ 과소계상액 │ │ 사업연도 │ ├──────┬──────┬───────┤ │ │ │ 운송비① │ 운반비 │ 잡급 │ 합계② │ ① - ② │ ├─────┼───────┼──────┼──────┼───────┼───────┤ │ 2001년 │ 800,817,266│ 306,088,515│ - │ 306,088,515│ 494,728,751│ ├─────┼───────┼──────┼──────┼───────┼───────┤ │ 2002년 │ 1,722,280,538│ 569,003,163│ 219,958,220│ 788,961,383│ 933,319,155│ ├─────┼───────┼──────┼──────┼───────┼───────┤ │ 소계 │ 2,523,097,804│ 875,091,678│ 219,958,220│ 1,095,049,898│ 1,428,047,906│ └─────┴───────┴──────┴──────┴───────┴───────┘
• 다) 처분청은 청구법인이 제출한 운송료 지급현황 명세서 등이 사후에 임의작성이 가능하여 신빙성이 없다고 주장하고 있으나, 운송료에서 관리비와 보험료 등 비용을 공제한 후 나머지 운송료 모두를 지입차주의 예금계좌로 입금하였는바, 이는 사후에 임의로 작성할 수 없는 것이고, 쟁점비용을 운송비에 추가로 계상할 경우 운송비가 운송수입을 초과한다는 주장도 가공세금계산서로 판명된 쟁점세금계산서를 운송원가에서 제외하고 운송비 실제 발생비용을 운송비에 포함할 경우 2001사업연도 운송수입은 1,162,963천원인데 운송원가는 1,005,231천원으로 운송수입의 86.4%, 2002사업연도 운송수입 2,261,615천원인데 운송원가는 2,049,262천원으로 운송수입의 90.6%로 운송원가가 운송수입을 초과하지는 아니하는 것으로 확인된다.
• 라) 청구법인이 운송비를 각 지입차주에게 지급하였다고 증거로 제출한 청구법인의 예금계좌 ○○은행(현재는 ○○은행)○○지점 보통예금 계좌번호 921601--** 및 ○○은행 ○○지점 기업자유예금 계좌번호 955--(이하 두 예금계좌를 "쟁점예금계좌"라 한다)의 예금통장 사본을 보면, 청구법인이 이체한 금액과 이체된 계좌번호 혹은 성명이 기재되어 있다. 또한 청구법인이 제출한 운송료지급현황명세서에 의하면 운송용역의 발주자별로 운송비 지급내역이 일자, 금액, 성명, 차량번호 등이 기재되어 있다. 쟁점계좌에서 지입차주 등 운송인에게 이체된 2001사업연도 총금액은 624,287천원, 2002사업연도에는 1,545,367천원(청구인이 제출한 예금통장 사본 및 집계표에 의함)으로 지입차주에게 운송료를 송금할 때 관리비와 보험료 등을 차감하고 지급하였을 것으로 볼 때 청구법인이 운송료로 실제 지급하였다고 주장하는 금액 2001사업연도 800,817,266원과 2002사업연도 1,722,280천원은 신빙성이 있어 보인다.
• 마) 판단 처분청은 부외운송비 지급사실이 객관적으로 확인되지 아니한다고 하였으나, 위 사실관계를 종합하여 보면 쟁점비용을 지출하고서도 지입차주들의 조세회피 등의 목적으로 그 일부만을 손비처리하고 손비처리되지 아니한 운송비는 일부는 잡금으로 일부는 쟁점세금계산서를 교부받아 손비처리하였다고 보여진다. 따라서 청구법인이 지출한 운송비를 재조사하여 손비처리하지 아니한 금액은 추가로 손비처리하고 대표자 상여처분에서 제외하여야 할 것으로 판단된다. 그러나, 관련 대상자가 다수이고 그 금액에 있어 일부가 이미 손금으로 계상되는 등 청구주장과 다른 부분도 발견되므로 청구인이 제출한 운송비지급현황명세서를 대상으로 쟁점계좌의 예금통장과 현금예금 계정, 원가계정을 재조사하여, 그 결과에 따라 부외운송비로서 손금산입 및 상여처분에서 제외하여 각 과세연도의 과세표준과 세액을 경정하되, 경정으로 감액되는 세액의 한도는 이건 고지세액 범위 내로 하여야 할 것으로 판단된다. 다만, 지입차주들의 수입금액 누락에 따른 부가가치세 및 종합소득세 과세 등은 별론으로 한다.
• 라. 결론 따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제22조의2 / 법인세법 제14조 / 법인세법 제15조 / 법인세법 제19조 / 국세기본법 제16조 / 법인세법 제67조 /