컴퓨터 수록내용을 근거로 하여 매출누락금액을 산정할 수 있는지 여부

[주문]

○○세무서장이 2004.6.1. 청구법인에게 결정. 고지한 2002년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 172,546,000원, 2002년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세에 대한 부가가치세 77,462,590원 및 2002.1.1. ~ 12.31.사업연도 법인세 622,555,510원, 2003.1.1. ~ 12.31. 사업연도 법인세 406,709,570원의 부과처분은, 처분청이 청구법인의 매출누락금액 2,983,795,826원(2002사업연도 1,741,642,892원 및 2003사업연도 1,242,152,934원)의 산출근거로 활용한 청구법인의 컴퓨터화일 수록내용에 청구법인이 주장하는 바와 같이 실제 매출이 아닌 견적금액이 포함되었는지 여부와 미수금 총액에서 입금액 및 D/C금액을 차감한 미수금잔액이 기장내용상 일치하지 아니하거나 매출액 보다 입금액이 많은 경우가 실제 존재하는지 여부 및 실제 존재한다면 그 발생 원인이 청구주장과 같이 전임 관리 담당자가 자신의 과오를 덮기 위해 고의적으로 청구법인의 장부를 조작하였기 때문인지 아니면 다른 이유가 있는지 등에 대하여 거래 상대방의 대금결재 내역에 대한 사실확인 등 재조사하여 그결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다. [이유]

청구법인은 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 381-2 소재에서 2000. 1월부터 현재까지 인조대리석을 가공한 후 씽크대를 제작하여 아파트 및 일반주택 등에 설치하는 제조업을 영위하는 법인으로서 처분청은 2004. 4. 22. 청구법인에 대한 법인제세통합조사 결과 2002사업연도에 1,741,642,892원 및 2003사업연도에 1,242,152,934원 힙계 2,983,795,826원 (이하 "쟁점금액"이라 한다)의 매출누락을 확인하여 2004.6.1. 청구법인에게 부가가치세 448,944,950원(2002년 1기 172,546,000원, 2002년 2기 106,487,340원, 2003년 1기 92,449,020원, 2003년 2기 77,462,590원) 및 법인세 1,029,265,000원(2002년 귀속 622,555,510원, 2003년 귀속 406,709,570원) 등 합계 1,478,210,030원을 경정. 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.7.13. 이 건 심사청구를 하였다.

당초 청구법인의 대표이사 박종☆이 매출누락이라고 확인한 쟁점금액에는 실제 매출이 이루어지지 않은 견적금액까지 포함되어 있을 뿐만 아니라, 처분청이 쟁점매출누락금액의 산출근거자료로 활용한 청구법인의 컴퓨터화일은 일부 내용이 해고된 직원에 의해 조작되는 등 문제점이 있는 것으로 확인되었으며, 청구법인이 보유하고 있는 거래명세표, 입금표, 통장 등을 근거로 산출한 실제매출누락금액은 19,562,764원이므로 당초처분은 부당하다.

당초 조사시 청구법인의 컴퓨터에 보관되어 있는 장부를 충분히 검토하여 청구법인의 대표이사 박종☆ 및 관리이사 김진○으로부터 쟁점금액의 매출누락을 확인 받아 과세하였는 바, 구체적으로 객관적인 증빙제시도 없이 이를 번복하는 청구주장은 신빙성이 없으므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액이 청구법인의 실제 매출누락금액인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 ο 소득세법 제80조 【결정과경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.(1994.12.22 개정)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.(1994.12.22 개정)

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때(1994.12.22 개정)

2. 제163조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 제164조·제164조의 2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때(2000.12.29 개정)

3. 제162조의2 및 부가가치세법 제32조의2 의 규정에 의하여 신용카드가맹점가입대상자 또는 현금영수증가맹점가입대상자로 지정받은 사업자가 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황으로 보아 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때(2004.12.31 개정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.(1994.12.22 개정)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.(1994.12.22 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청은 2004.4.22.~ 2004.5.17. 기간중 청구법인에 대한 법인세에 대한 법인제세 통합조사에서 청구법인의 대표이사 박종☆은 청구법인이 2002.1.1. ~ 2003.12.31. 기간(이하 "쟁점기간"이라 한다)중 쟁점금액의 매출누락을 하였다는 내용의 확인서(이하 "쟁점확인서"라 한다)를 2004.5.17. 처분청에 작성하여준 사실이 있으며, 처분청의 조사담당공무원 7급○○○과의 문답에서 쟁점금액의 매출누락사실에 대하여 사인하였음이 처분청이 제출한 문답서에 의하여 확인된다. 이에 대하여는 당사자간에 다툼이 없다.

2. 청구법인은 쟁점금액의 매출누락과 관련하여 아래와 같이 주장하며, 그 증거서류로 청구법인의 조사자료상의 문제점을 정리하여 제출하고 있다.

• 가) 쟁점확인서 작성당시에는 관리이사 및 실무자인 대리가 관리부실로 2004.1.20. 퇴사한 후 새로운 관리담당직원을 선발하지 못해 업무관리가 원활하지 못하여 처분청의 조사관들이 청구법인의 컴퓨터에서 나온 자료를 근거로 매출누락으로 파악했다는 금액에 대하여 이를 반박할 객관적 자료를 제시할 수도 없었으므로 세무지식이 부족한 대표이사 박종☆은 매출. 매입에 대한 장부 정리가 어떻게 되었는지 정확한 이해가 부족한 상태에서 우선 쟁점금액의 매출누락을 인정할 수밖에 없었으나,
• 나) 조사 종결 후 새로운 관리이사를 선임하여 조사내용을 검토한 결과 쟁점금액을 산출한 근거자료인 청구법인의 컴퓨터 파일에는 외상매출금의 전기이월액, 매출액, 입금액, 차기이월액이 상호 일치하지 않으며 거래를 중단했거나 전혀 거래관계가 없는 거래처와의 거래내용이 입력되어있는 등 문제점이 있는 것으로 확인되었는 바, 이는 전임 관리 담당자가 자신의 과오를 덮기 위해 고의적이고 지능적으로 청구 법인의 장부를 조작했음을 반증하는 것으로 처분청의 당초처분은 조작된 청구법인의 내부 컴퓨터 파일을 근거로 하였으므로 근거과세에 정면으로 위배되는 처분이다.
• 다) 청구법인에서 조작전 파일을 찾을 수 없어, 청구법인이 보유하고 있는 거래명세표, 입금표, 통장 등을 근거로 청구법인의 진정한 관리부 파일을 새로 만들어 본 결과 쟁점기간 중 청구법인의 실제 매출누락 금액은 2002년 6,005,502원 2003년 13,557,262원 합계 19,562,764원으로 확인되므로 이를 초과하는 금액은 청구법인의 매출누락이 아니므로 당초처분은 부당하다.
• 라) 청구법인이 제출한 "청구법인의 조사자료상의 문제점" 자료에 의하면, 미수금 총액에서 입금액 및 D/C금액을 차감한 미수금잔액이 기장내용상 일치하지 아니하거나 매출액 보다 입금액이 많은 경우가 있는 등 일부 문제점이 있음이 확인되고 있다.

3. 처분청은 청구법인의 컴퓨터에 보관되어 있는 장부를 근거로 쟁점금액의 매출누락을 산출하여 청구법인의 대표이사의 확인을 받아 이 건 과세하였으며, 컴퓨터의 기장내용에 대하여 거래명세표 및 대금수수관계 등 증빙을 통하여 검증하거나 무자료 거래 상대방에 대한 사실확인 조사는 하지 아니하였음이 처분청의 조사관련 서류 등에 의하여 확인된다.

4. 처분청은 청구법인과 청구법인의 대표이사 박종☆이 사기. 기타 부정한 행위로 법인세 등을 포탈하였다하여 조세범처벌법 제9조 제1항 제3호 및 특정범죄가중처벌등에 관한법률 제8조 제1항 제1호 위반으로 2004.6.18. ○○지검 ○○지청장에게 고발하였음이 처분청이 제출한 고발서에 의하여 확인된다.

5. 위 사실관계를 종합하여 살펴보면, 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 무자료 거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등을 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다 할 것(같은 뜻: 대법2000두3610, 2001.02.23외 다수)이나, 청구법인이 제출한 "청구법인의 조사자료상의 문제점" 자료에 의하면, 처분청이 쟁점금액의 산출자료로 활용한 청구법인의 컴퓨터화일 수록내용에는 미수금 총액에서 입금액 및 D/C금액을 차감한 미수금잔액이 기장내용상 일치하지 아니하거나 매출액 보다 입금액이 많은 경우가 있는 등 일부 문제점이 있음이 확인되고 있어 그 자체만으로 과세근거로 삼기에는 일부 부족한 면이 있는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점금액의 산출자료로 활용한 청구법인의 컴퓨터화일 수록내용에 청구법인이 주장하는 바와 같이 실제 매출이 아닌 견적금액이 포함되었는지 여부와 미수금 총액에서 입금액 및 D/C금액을 차감한 미수금잔액이 기장내용상 일치하지 아니하거나 매출액 보다 입금액이 많은 경우 등의 문제점이 실제 존재하는지 여부 및 문제점이 실제 존재한다면 그 발생 원인이 청구주장과 같이 전임 관리 담당자가 자신의 과오를 덮기 위해 고의적으로 청구법인의 장부를 조작하였기 때문인지 아니면 다른 이유가 있는지 등에 대하여 거래 상대방의 대금결재 내역에 대한 사실확인 등 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제80조 /