손금부인액이 과다하다 하여 추계결정할 수 있는지 여부

[주문] 이 건에 대한 심사청구를 기각합니다. [이유]

청구법인은 1990. 3. 15. 개업하여 골재판매 및 건설중기대여업을 영위하다가 2002. 12. 30. 폐업한 법인으로, 처분청의 자료상혐의자 추적조사시 1998년 제1기부터 1999년 제2기 기간 중 116,122,000원(공급가액, 1998년 제1기 6,000,000원, 1998년 제2기 10,000,000원, 1999년 제1기 10,100,000원, 1999년 제2기 90,022,000원, 이하 "쟁점금액"이라 한다)의 실물거래 없는 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액 공제 및 법인세 신고시 손금산입하였기에 2003. 12. 1. 청구법인에게 부가가치세 계 22,227,510원(1998년 제1기 780,000원, 1998년 제2기 1,300,000원, 1999년 제1기 2,115,950원, 1999년 제2기 18,031,560원)과 1998.1.1~12.31. 사업연도 법인세 4,313,080원, 1999.1.1~12.31. 사업연도 법인세 33,588,770원을 경정. 고지하고 대표자에게 1998년 귀속 17,600,000원, 1999년 귀속 110,135,000원을 각각 상여처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 1. 31. 이의신청을 거쳐 2004.6.17. 심사청구하였다.

처분청이 사실과 다른 세금계산서 수취에 대하여 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 청구법인의 매출원가를 부인하여 법인세 고지 및 대표자에 대한 상여처분을 하였으나, 쟁점금액을 부인하면 매출원가율이 1998년 61.5%에서 37.3%로, 1999년 65.6%에서 11.7%로 현저히 낮아져 동일업종의 실제원가나표준소득률에 비추어 보아도 매출원가의 대부분이 사실과 다르게 기재된 것을 알 수 있고, 또한 쟁점금액이 손금의 대부분을 차지하여 장부와 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당되므로 법인세 과세표준을 추계에 의해 결정함이 타당하고, 따라서 대표자에 대한 상여처분 또한 부당하다.

청구법인이 1998 ~ 1999년 기간 중 자료상으로부터 수취한 가공매입세금계산서에 대하여 실거래 내역이나 실제매입처를 제시하지 못하고 있어 매출원가 부인하고 대표자에 대하여 상여처분하였으며, 청구법인은 증빙서류에 의해 결산을 하고 장부와 관련증빙서류를 비치 기장하고 있으며 세무대리인의 조정을 거쳐 법인세를 신고하여, 비치 기장된 장부와 조사한 내용에 따라 소득금액의 계산이 가능하므로 추계결정 사유에 해당하지 아니하며, 실지조사에 의한 과세처분이 추계결정에 의한 과세처분보다 불리하다거나 납세자가 추계결정을 원한다는 사유만으로는 추계결정 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다는 판례(대법원 95누2241, 1995.8.22.)도 있으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 실물거래 없는 세금계산서에 대하여 손금부인하고 대표자 상여처분하였는바, 손금부인액이 과다하다 하여 추계결정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 (중 략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.(1998.12.28 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(1998.12.28 개정) (중 략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.(1998.12.28 개정) (이하 생략) 2) 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(1998.12.31 개정)

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우(1998.12.31 개정) (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청이 2003. 7월 청구법인에 대한 자료상혐의자 추격조사를 실시하여 1998년 제1기부터 1999년 제2기 기간 중 116,122,000원(공급가액)의 실물거래없는 매입세금계산서를 수취한 사실을 확인하고 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입하여 2003. 12. 1. 청구법인에게 부가가치세 계 22,227,510원과 1998.1.1~12.31. 및 1999.1.1~12.31. 사업연도 법인세 37,901,850원을 경정. 고지하고 대표자에게 1998년 및 1999년 귀속분 127,735,000원을 상여처분하였음이 처분청의 추적조사복명서 및 경정결의서에 의해 확인되며 실물거래 없는 매입세금계산서 수취에 대하여는 청구법인과 다툼이 없다.

2. 한편, 청구법인은 실물거래 없이 수취한 매입세금계산서에 대하여 실거래 내역이나 실제매입처를 전혀 제시하지 못하고, 매출원가율이 낮다 하여 추계에 의해 결정하여 줄 것을 주장하고 있다. 3) 법인세법 관례규정을 종합하면, 법인세의 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계결정은 납세자의 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 경우에 한하여 예외적으로 허용되고 있음에 비추어 볼 때, 청구법인은 증빙서류에 의해 결산을 하고 장부와 관련증빙서류를 비치기장하고 있으며 세무대리인의 조정을 거쳐 법인세를 신고하여, 비치 기장된 장부와 조사한 내용에 따라 소득금액의 계산이 가능하여, 장부 등의 중요한 부분이 미비 또는 허위여서 실지조사가 불가능한 것으로 보기 어려우므로, 납세자가 비치. 기장한 장부 중 일부가 허위기재 또는 누락된 부분이 있는 경우에도 그 부분을 제외한 나머지 부분을 신뢰할 수 있다면 이를 근거로 과세표준과 세액을 실시조사방법에 의하여 결정하여야 하며, 또한 실지조사방법에 의한 소득금액이 추계결정방법에 의한 소득금액보다 많다는 이유만으로 추계에 의하여 결정할 수는 없다고 할 것이므로 처분청의 당초 처분에는 달리 잘못이 없어 보인다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제66조 / 법인세법시행령 제104조 /