학교법인이 90.12.31. 이전에 취득한 무수익 임야의 의제취득가액 적정 여부

○○세무서장이 2004.4.1 청구법인에게 고지한 2002.3.1 ~ 2003.2.28사업연도분 법인세 33,246,850원의 부과처분은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산○○번지 소재 임야 98,876㎡의 취득가액을 118,651,200원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 중고등학교를 운영하고 있는 학교법인인 비영리법인으로서, ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산○○번지 소재 임야 98,876㎡(이하󰡒쟁점임야󰡓라 한다)를 1973.12.28 취득하여 2002.11.8 이를 300,000,000원에 양도하고, 2002.3.1 ~ 2003.2.28사업연도(이하󰡒2003사업연도󰡓라 한다)분의 각 사업연도소득에 대한 법인세신고시 쟁점임야에 대한 고정자산처분이익을 양도가액 300,000,000원에서 소득세법시행령 제176조 의 2 제2항 제2호의 규정에 의한 방법으로 환산한 취득가액 218,309,858원(양도가액 300,000,000원 × 1989.1.1 현재 공시지가로 환산가액 77,708,180원/양도당시 공시지가 106,786,080원)을 차감한 81,690,142원으로 하고, 이에 부동산임대수입 등 38,097,155원을 합한 119,787,297원을 수입금액으로 하여 준비금 등을 차감한 395,642원을 결손금으로 신고하였다. 처분청은 쟁점임야가 수익사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 그 취득가액을 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정된 것임) 부칙 제8조 제2항 본문규정을 적용하여 1989.1.1 현재 공시지가로 환산한 77,708,180원으로 하여 산정한 222,291,820원을 고정자산처분이익으로 계산하여 2004.4.1. 청구법인에게 2003 사업연도분 법인세 33,246,850원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.5.28 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인이 법인세를 신고하면서 쟁점임야의 취득가액을 소득세법시행령 제176조 의 2 제2항 제2호의 규정을 적용하여 계산한 것은 잘못되었으나, 쟁점임야는 1990.12.31 이전에 취득한 토지로서 보유기간 동안 수익사업용으로 사용한 바 없고, 수익도 발생한 바 없으므로 수익사업용이 아닌 것으로 보아 그 취득가액은 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정된 것임) 부칙 제8조 제2항 단서규정을 적용하여 1991.1.1 현재 상속세및증여세법에 의하여 평가한 가액(1991.1.1 현재 공시지가) 118,651,200원으로 하여야 하는데도, 처분청이 쟁점임야를 수익사업용의 토지로 보아 위 부칙 동조 동항 본문규정을 적용하여 그 취득가액을 1989.1.1 현재를 기준으로 평가하여 과세한 것은 부당하다.

청구법인은 쟁점임야가 수익사업용이 아닌 것이므로 그 취득가액은 1991.1.1 현재의 공시지가를 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 쟁점임야를 관할교육청과 처분청에 수익용 기본재산으로 보고하였고, 또한, 쟁점임야는고등학교이하 각급학교 설립․운영규정제13조(수익용 기본재산) 및 동시행규칙 제8조(수익용 기본재산의 범위)에서 명시하고 있는 수익용 기본재산의 범위에 해당하므로, 수익사업용의 토지로 보아 그 취득가액을 1989.1.1 현재를 기준으로 평가하여 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 보유기간동안 고유목적사업(교육용)에도 사용하지 아니하고 달리 수익도 발생하지 아니한 쟁점임야를수익사업용이 아닌 것으로 보아 그 취득가액을 법인세법(1998.12.28 개정된 것임) 부칙 제8조 제2항 단서규정을 적용하여 1991.1.1 현재의 기준시가로 할 것인지의 여부
• 나. 관련법령 이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 관련법령은 다음과 같다.

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자․할인액 및 이익

3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식․신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(1998.12.28 개정)

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

○ 법인세법 부칙 제8조【수익사업소득금액계산에 관한 특례】(1998.12.28 개정된 것임)

② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. 1.~ 9. (생략)

② 법 제3조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지․관리 등을 위한 관람료․입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.(1998.12.31 개정)

○ 상속세및증여세법 제61조 【부동산등의 평가】

① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

○ 상속세및증여세법 부칙 제9조【평가에 관한 경과조치】(1996.12.30 개정)

① 제61조 제1항 제1호의 개정규정은 1990년 12월 31일 이전에 상속이 개시된 것으로서 상속세신고기한 이내에 신고된 상속 재산 중 토지에 대한 평가는 상속개시일 현재 다음 각호의 1에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1. 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 법률 제4022호 상속세법 중 개정법률 제9조 1항의 규정에 의하여 평가한 가액

2. 제1호외의 지역에 대하여는 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상의 과세시가표준액

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구법인과 처분청이 제시하는 증거서류에 의하면, 청구법인이 쟁점임야를 1973.12.28. 2,398,000원(장부가액)에 취득하여 2002.11.8 300,000,000원에 양도한 사실은 다툼이 없다.
• 나) 청구법인이 제시하는 1998.7.31자로 ○○시교육감이 청구법인에게 보낸실태조사결과 처리요구공문에 의하면,『수익용기본재산은 고등학교이하 각급학교 설립․운영규정제13조 및 제14조에 의거 발생 수익을 학교운영경비등에 사용하여야 함에도 쟁점임야등은 ‘97년도 수익이 전무하므로 동 토지의 매도, 임대, 개발 등 수익을 올릴 수 있는 방안을 강구하여 보고하라는 지적이 있었던 것으로 나타나며, 그 이전인 1996.12.27경에도 ○○시교육감으로부터 쟁점임야 등에 대하여 수익용기본재산의 수익 실적이 전무하여 수익을 올릴 수 있는 방안과 수익이 발생하지 않은데 대한 구체적인 사유서를 작성하여 제출토록 요구받은 것으로 나타나며, 2004.7.15자 ○○시 교육감의 사실증명서에서도 쟁점임야는 수익용 기본재산으로 신고되어 있으나 수익발생을 신고한 사실이 없다는 내용으로 나타나는 점으로 보아, 쟁점임야는 보유기간동안 수익사업에 제공된 바 없이 무수익자산으로 보유하고 있었던 것으로 보이며, 처분청도 이 점에 대하여는 다툼이 없다.
• 다) 쟁점임야를 수익사업용인 것으로 본다면, 1989.1.1 현재 상속세및증여세법에 평가한 가액은 당시 쟁점임야의 소재지는 특정지역으로 고시된 바 없어 그 취득가액은 9,194,468원(1989.1.1 현재 지방세법상 과세시가표준액)인 것으로 계산되고, 쟁점임야를 수익사업용이 아닌 것으로 본다면, 그 취득가액으로 적용할 1991.1.1 현재 고시된 공시지가 1,200원(㎡당)으로서 그 가액은 청구법인 주장과 같이 118,651,200원(98,876㎡ × 1,200원)인 것으로 계산된다.
• 라) 청구법인은 이 건 법인세신고시 쟁점임야를 양도한 당해 사업연도에 새로이 취득한 부동산에 대하여 임대업을 개시함으로써, 수익사업을 영위하고 있었는데도 수익사업을 영위하지 아니한 비영리법인이 적용할 수 있도록 규정한 바 있는 법인세법 제103조 (2001.12.31. 폐지되기 전의 것임)【비영리법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】규정을 적용하여 동조항에서 준용토록 한 소득세법 제99조 및 동법시행령 제164조 제4항 규정의 방법으로 1989.1.1 현재의 공시지가로 환산한 가액 77,708,180원에, 이를 기초로 동법 제114조 및 동법시행령 제176조의 2 제2호 규정의 환산취득가액 218,309,858원(양도가액 300,000,000원×77,708,180원/양도당시 기준시가 106,786,080원)을 취득가액으로 하여 소득금액을 산정하여 신고한 것으로 나타나는데, 청구법인도 잘못 계산․신고한 것으로 인정하고 있다.
• 마) 이에 대하여 처분청은 쟁점임야를 수익사업용 토지로 보아 그 취득가액을 계산하면서 법인세법 부칙(1998.12.28 개정된 것임) 제8조 제2항의 규정을 적용하여 1989.1.1 현재 상속세및증여세법에 의거 평가한 가액으로 하여야 한다고 하면서도 지방세법상 과세시가표준액(9,194,468원)을 취득가액으로 하지 아니하고 청구법인이 계산한 바와 같이 소득세법시행령 제164조 제4항 규정의 방법으로 1989.1.1 현재로 환산한 공시지가 77,708,180원을 쟁점임야의 취득가액으로 하여 이 건 부과처분을 경정한 것으로 나타나는데, 쟁점임야가 수익사업용의 토지로 본다면, 이 건 부과처분은 소득금액 68,513,712원(77,708,180원- 9,194,468원)이 과소 과세된 것으로 보인다.

2. 판단

• 가) 쟁점임야가 1997년도에 제정된고등학교이하 각급학교 설립․운영규정상 수익용 기본재산에 해당하고 청구법인이 관할교육청등에 수익용 기본재산으로 신고하였더라도 법인세법상 수익사업용 여부에 대한 판단은 법인세법에 의거 그 실질에 따라 판단하여야 할 것이다.
• 나) 쟁점임야와 같이 1988.12.31 이전에 취득한 비영리법인의 부동산에 대한 의제취득가액을 계산함에 있어서, 수익사업용은 1989.1.1 현재의 가액으로, 수익사업용이 아닌 것은 1991.1.1 현재의 가액으로 하도록 법인세법 부칙(1998.12.28 개정된 것임) 제8조【수익사업소득금액계산에 관한 특례】제2항에서 규정한 취지는 비영리법인의 수익사업용 고정자산의 처분손익에 대하여 각 사업연도소득으로 과세하는 것으로 규정한 구 법인세법(1988.12.26 개정된 것임) 제1조 제1항 제6호의 규정이 1988.12.26 신설(1989.1.1 시행)되었다가, 동호의 규정이 1990.12.31 개정(1991.1.1 시행)되어 그 과세대상을 고정자산(고유목적사업에 2년 이상 직접 사용한 것 제외)의 처분손익으로 확대함으로써 그 시행시기가 각기 다르기 때문인데, 1989.1.1 현재 시행된 구 법인세법 제1조 제1항 의 규정에서 수익사업이라 함은 그 제1호 규정의 축산업, 임업 및 수산업, 광업 및 채석업, 또는 제조업 등이라 할 것이고, 위 구 법인세법 제1조 제1항 제6호 규정에서 수익사업용 고정자산 처분손익에 대하여만 과세할 당시(1989~1990년) 학교법인이 보유기간 동안 위와 같은 사업에 고정자산으로서 실제 사용된 바 없고 수익도 발생된 바 없는 임야를 양도하였을 경우 그 처분손익(각사업연도소득)에 대하여 법인세가 과세되지 아니하는 것으로 해석(재무부 법인22631-74, 1992.4.2)한 바 있는 것으로 보아 보유기간 동안 수익사업에 실제 사용된 바 없고 수익도 발생한 바 없었던 것으로 나타나는 쟁점임야도 1989년 ~ 1990년에 양도되었다면 수익사업용 고정자산이 아니어서 과세되지 않았을 것이므로 쟁점임야는 법인세법 부칙(1998.12.28 개정) 제8조 제2항 단서규정의 수익사업용이 아닌 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.
• 다) 따라서, 쟁점임야에 대하여 법인세법 부칙(1998.12.28 개정된 것임) 제8조 제2항 단서규정을 적용하여 상속세및증여세법에 의거 평가한 1991.1.1 현재의 기준시가 118,651,200원을 그 취득가액으로 함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.