신청하지 아니한 중소제조업특별세액감면을 경정결정시 적용 가능한지 여부

○○세무서장이 2004.3.2. 청구법인에게 결정·고지한 1998.1.1.~1998.12.31. 사업연도 법인세 4,352,510원과 농어촌특별세 850,020원은, 조세감면규제법 제7조(중소제조업등에 대한 특별세액감면)규정에 의한 중소제조업특별세액을 감면하여 이를 경정합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 기타 철강제조업을 영위하는 사업자로서, 1998사업연도에 증자소득공제 33,049,516원을 공제하여 신고하고, 이에 대한 법인세상당액 9,151,690원에서 농어촌특별세 1,830,338원을 차감한 금액 7,321,352원을 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 5,287,922원을 적립함으로써 2,033,430원이 부족하게 적립되었다. 처분청은 이에 대하여 조세감면규제법 제123조 제4항의 규정에 의해 증자소득공제 일부를 배제하여 1998년 사업연도 법인세 4,352,810원(산출세액 2,541,788원, 과소신고가산세 254,178원, 미납부가산세 1,556,844원)과 농어촌특별세 850,020원 합 계 5,202,850원을 2004.3.2. 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004. 5.11. 이 건 심사청구를 하였다.

(1) 처분청은 기본통칙에 의하여 계산한 기업합리화적립금은 7,321,352원이나, 청구법인이 계산한 기업합리화적립금은 5,287,922원으로 차액 2,033,420원을 과소 적립한 것으로 보았으나, 청구법인이 당초 계산한 방식이 정당하다는 주장이며,

(2) 설령, 기본통칙에 의한 산정방식이 정당하다고 인정하더라도, 청구법인이 중소제조업특별세액 감면신청을 따로 하지 아니하였다는 이유로, 처분청은 이건 경정결정시 중소제조업특별세액감면을 적용하지 아니하였으나, 중소제조업특별세액은 신청여부와 관계없이 구 조세감면규제법 제7조의 규정을 적용하여야 하는 당연감면 사항이므로 이건 경정 처분시 이를 적용하지 아니한 것은 잘 못이라는 주장이다.(심사법인2002-197, 2003.12.22, 국심 99중 2496, 2000.6.22 같은 뜻)

(1) 청구법인은 1998사업연도 증자소득공제금액 33,049,516원에 대한 법인세 상당액 계산시 계산착오로 기업합리화적립금을 과소 적립하였으므로, 구 조세감면규제법 제124조 및 구조감법 기본통칙 123-0...3의 규정에 의하여 과소적립액 2,033,430원에 대하여 법인세상당액 2,541,788원과 가산세 1,811,022원, 농어촌특별세 850,020원을 경정·고지한 처분은 정당하고,

(2) 당초 청구법인이 중소제조업특별세액감면 신청을 한 바 없었으므로, 이건 경정시 중소제조업특별세액감면을 적극적으로 감면하지 아니한 것을 정당하므로 청구주장은 받아들일 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 첫째, 증자소득공제 후 기업합리화적립금 적립을 위한 범인세상당액계산의 적정여부와 둘째, 당초 신청하지 아니한 중소제조업특별세액감면을 이건 법인세 경정결정시 적용할 수 있는지 여부.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 조세감면규제법 제7조【중소기업제조업등에 대한 특별세액감면】

① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.(96.12.30 개정)

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세감면규제법 제123조【기업합리화적립금의 적림 등】

① 대통령령이 정하 는법인이 1998년 12월 31일까지 금전출자를 받아 자본을 증가하고 자본에 관한 변경등기를 하는 경우를 제외한다)에는 그 변경등기를 한날이 속하는 달의 다음 달부터 24월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업연도의 소득금액에서 공제한다.(1997. 8.30 개정) 공제금액=증가된 자본금액 × 당해 사업연도 중 자본변경등기후의 월수 12 × 금융기관의 이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 공제율

② 제1항의 규정은 자본을 증가한 후에 지출한 다음 각호의 금액을 합산한 매월 말일 현재의 잔액이 증가된 자본금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기관투자자가 자본을 증가한 경우에는 제2호의 규정의 의한 금액은 이를 합산하지 아니한다. (1993.12.31 개정)

1. 법인세법 제20조 의 규정에 의한 특수관계있는 자에게 업무와 직접 관련 없이 지급한 가지급금등의 합계액 (1993.12. 31 개정)

2. 대통령령이 정하지 주식 또는 출자지분을 취득하기 위하여 지출한 금액의 합계액 (1993. 12. 31 개정)

○ 조세감면규제법 제123조【기업합리화적립금의 적립 등】

① 제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제25조 내지 27조·제31조 제7항·내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제40조의 3·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조 의 규정의 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받고자하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자하는 경우에는 그 공제받고자 하는 세액에 대한 법인세액)에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. (1998. 4. 10 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 저립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 최초로 대통령령이 정하는 이익(이하 "처분가능이익"이라 한다)이 발생하는 사업연도의 이익금 처분시까시 이를 적립할 수 있다.(1997. 12.13 신설)

③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (1997.12 13 신설)

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하는 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. (1997.12. 13 개정)

⑤ 제1항 및 제2항에 의한 기업합리화적립금은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고 이를 계속하는 적립하여야 한다. (1997.12. 13 개정)

⑥ 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자를 공제받은 세액(소득공제를 받은 경유에는 그 공제받은 소득금액 대한 소득세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상항하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다.(1997. 12. 13 항번개정)

○ 조세감면규제법 제124조【감면세액의 추징】 제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제·세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다. (1993. 12. 개정)

1. 제123조 제1항의 규정에 의한 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 법인이 동조 세2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 때 (1997.12. 13 신설) 2호∼5호(생략)

○ 국세청 예규【법인 46012-1177, 96.04.17】 종소제조업 등에 대한 특별세액감면은 결산확정일 이후 세무조정으로 소득이 증액된 경우 그 증액부분에 대하여는 적용되는 것임

○ 기본통칙 123-0...【공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액의 범위】 법 제123 제1항에서 "소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액"이라 함은 소득공제를 하지 아니한 것으로 하여 계산된 법인세액에서 소득공제를 하여 계산된 법인세액을 차감한 금액을 말한다. 이 경우 법인세상당액에는 법인세에 관련한 주민세 및 농어촌특별세를 포함하지 아니한다. (1997.7.1 개정)

○ 기본통칙 123-108...4【감면세액의 추징범위】 법 제123조의 규정에 의하여 기업합리화적립금(영 제108조 제3항의 규정에 의하여 적립할 기업합리화적립금을 포함한다)을 적립하여야 할 내국법인이 이를 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 부분에 대하여는 그 감면 또는 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)을 지체없이 추징한다.(단서생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 12월말 법인으로서 1998사업연도 법인세과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 사실과 1998사업연도 33,049,516원에 대한 증자소득공제를 신청하고 이에 대한 기업합리화적립금으로 5,287,922원(6,609,902원에서 농어촌특별세 1,321,980원을 차감한 금액)을 적립한 사실이 법인세과세표준 신고서의 부속서류인 기업합리화적립금 명세서에 의하여 확인된다. 이에 대해 처분청은, 청구법인이 증자소득공제를 받은 소득금액에 대한 법인세상당액을 9,151,690원으로 계산하여 동 금액에서 농어촌특별세 1,830,338원을 차감한 7,321,352원을 적립하여야 할 기업합리화적립금으로 보았으며, 청구법인이 과소 적립한 2,033,430원에 대한 증자소득공제를 배제하여 법인세 상당액 2,541,788원, 가산세 1,811,022원에 계 4,352,810원을 법인세로, 이에 대한 농어촌특별세 850,020원을 경정·고지한 사실이 법인세경정결의서에 의하여 확인된다. 또한, 청구법인은 1998사업연도에 중소제조업특별세액감면을 따로 신청한 사실이 없으며, 증자소득공제로 인하여 중소제조업특별세액감면은 최저한세의 적용으로 신청의 여지가 없었던 것으로 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. 첫째, 증자소득공제에 대하여 기업합리화적립금 적립을 위한 법인세상당액계산의 적정여부에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 법인세상당액 계산을 법인세법 제59조 (감면 및 세액공제액의 계산)규정에 의해 기업합리화적립금 적립을 위한 법인세상당액을 아래 산식에 의한 방법으로 계산하는 방법이 합리적이라 주장하고 있다.

① 증자소득공제전 과세표준 × 세율28% = 산출세액 132,198,064 ×세율28%= 25,015,457원

② 산출세액 (공제전) × (과세표준-증자소득공제액)/ 과세표준(공제전) 25,015,457 ×(132,198,064-33,049,516)/132,198,064 = 18,761,592원

③ 법인세상당액 (① - ②): 6,253,865 (농특세 965,943원)

④ 적립하여야할 기업합리화적립금: 5,287,922원) 이에 대하여 처분청은 법인세상당액의 계산을 조세감면규제법 기본통칙 123-0...3(공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액의 범위)에 의한 방법으로 아래 산식에 의하여 법인세상당액을 계산하였다.

① 증자소득공제전 과세표준 × 세율28% = 산출세액 132,198,064 ×세율28%= 25,015,457원

② 증자소득공제후 과세표준 × 세율 = 산출세액 99,148,548(132,198,064-33,049,516) × 세율16% = 15,863,767원

③ 법인세상당액 (① - ②): 9,151,690 (농특세 1,830,338원)

④ 적립하여야 할 기업합리화적립금: 7,321,352원

• 나) 위 각 산식에서, ③법인세상당액을 처분청은 9,151,690원으로, 청구법인은 6,253,865원으로 계산함에 따라 농어촌특별세를 차감한 후 적립할 기업합리화적립금 차이가 2,033,430원으로 나타나는바, 이건 증자소득공제에 대하여 적정한 법인세상당액계산에 대하여 보면, 법 제123조 제1항에서 "소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액"이라 함은 소득공제를 하지 아니한 것으로 하여 계산된 법인세액에서 소득공제를 하여 계산된 법인세액을 차감한 금액을 말한다고 규정하고 있고, 이 경우 법인세 상당액에는 법인세에 관련한 주민세 및 농어촌특별세를 포함하지 아니한다(1997.7.1 개정)라고 규정하고 있어, 이건 처분청이 계산한 법인세상당액 9,151,690원은 정당한 것으로 판단되므로 이에 대한 청구주장은 이유 없다. 둘째, 이건 법인세 경정결정시 중소제조업특별세액감면규정을 적용할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.
• 가) 청구법인은 1998사업년도 법인세과세표준신고시 첨부된 기업합리화적립금명세서상 년도별 적립금 내역에서, 1997사업연도 중소제조업특별세액감면과 관련하여 적립한 628,517원을 기업합리화적립금으로 적립한 사실이 확인되고 있으며, 청구법인은 이건 심사청구에서 증자소득공제와 관련하여 부족하게 적립한 금액으로 인하여 경정하는 경우라면, 당연감면에 해당하는 중소제조업특별세액감면을 적용하여 경정하여 줄 것을 청구하고 있다,
• 나) 청구법인은 1998사업연도 중소제조업특별세액 감면신청을 한 사실은 없으나, 중소제조업특별세액감면은 감면신청서를 따로 신청하지 아니하여도 당연감면사항에 해당하므로 이 건 경정결정시 이를 적용하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 중소제조업특별세액감면에 대한 감면신청서를 제출하지 아니 하였으므로 경정결정시 이를 적용할 수 없다는 의견이다.
• 다) 판단컨대, 청구법인이 최소한 경정청구기한까지는 중소제조업특별세액감면신청을 하여야 한다고 하더라도, 중소제조업특별세액 감면은 법인이 감면신청서를 제출하지 않더라도, 당연히 감면되는 사항이고, 청구법인이 불복청구기한 내에 심사청구를 하였으므로 경정청구기한의 경과에 불구하고 1998사업연도 법인세경정처분에 대한 심리가 가능한 것으로 판단(국심 99중2496, 2006.6.22, 심사법인 202-197, 2003.12.22 같은 뜻)되므로, 청구법인이 당초 또는 경정청구기한 내에 중소제조업특별세액 감면을 신청하지 아니하였다고 하더라도, 청구법인이 구 조세감면규제법 제7조에서 규정하는 중소제조업특별세액 감면의 요건에 해당한다면, 법에 따라 계산된 중소제조업특별세액감면을 먼저 적용하여야 하고, 동 감면의 적용받은 청구법인은 경정일이 속하는 사업연도의 이익 처분시 추가로 감면세액을 적립하면 되는 것이고, 처분청은, 청구법인의 경정산출세액 전체에 대하여 법에서 허용하는 중소제조업특별세액 감면을 적용하여 이건 경정·고지세액을 경정하여야 한다고 판단된다.(심사법인 2002-197, 2003.12.22. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.