법인이 실지거래한 후 매입세금계산서를 수취하였는지의 여부

[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다. [이유]

처분청은 ◎○ ○○시 ○○구 □□동 155 소재에서 의류제조업을 영위하는 청구법인에 대한 부가가치세 실지조사 결과, 청구법인이 2002년 제1기 중 서울 ○○시 ○○구 ♤♤동 172-11 소재 주식회사 ▣▣▣(이하 "쟁점거래처①" 이라 한다)로부터 공급가액 30,080,000원(이하 "쟁점금액①"이라 한다), 2002년 제2기 ○○ ◎○ ○○시 ○○구 # 8-42 소재 주식회사 인터내셔날(이하 "쟁점거래처②"라 한다)로부터 공급가액 20,051,000원(이하 "쟁점금액②"라 한다), ◎○ ○○시 ○○구 동 1가 28-1 ○○빌딩 502호 소재 주식회사 하나(이하 "쟁점거래처③"이라 한다)로부터 공급가액 155,000,000원(이하 "쟁점금액③" 이라 한다), 2003년 제1기 ○○ ◎○ ○○시 ○○구 신 247-6 ○○빌딩 512호 소재 주식회사 ▽▽실업(이하 "쟁점거래처④"라 한다)으로부터 공급가액 70,100,000원(이하 "쟁점금액④"라 한다), ♤◇광역시 ○○구 동 546 소재 주식회사 ○○○□□(이하 "쟁점거래처⑤"라 한다)으로부터 공급가액 20,130,000(이하 "쟁점금액⑤"라 한다), #@도 ○○시 ○○구 ○□□동 2983-124 소재 주식회사 *@@@(이하 "쟁점거래처⑥"이라 하고, 쟁점거래처 ① ~ ⑥을 합하여 "쟁점거래처들"이라 한다)으로부터 공급가액 160,000,000원(이하 "쟁점금액⑥이라 한다), 합계 455,361,000원(이하 "쟁점금액"이라 한다)의 가공 매입세금계산서를 각각 수취한 사실을 확인하고, 쟁점금액 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2004.1.2. 2002년 제1기분 부가가치세 4,701,500원, 2002년 제2기분 부가가치세 25,750,000원, 2003년 제1기분 부가가치세 33,783,500원을 각각 경정·고지함과 아울러 쟁점금액 중 청구법인이 2002.1.1 ~ 2002.12.31. 사업연도 법인세과세표준신고시 손금산입한 205,131,000원을 손금불산입하여 법인세 58,326,970원을 결정·고지하고, 동 금액에 부가가치세를 합한 225,644,100원을 대표자에게 상여처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.3.31. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인이 쟁점거래처들로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액의 정당한 매입세금계산서를 수취하였음이 쟁점거래처들의 거래사실확인서, 무통장입금증, 지급어음 등에 의해 확인되고 있음에도, 처분청이 쟁점거래처들이 뚜렷한 실적없이 폐업한 회사이거나 부가가치세 신고를 하지 아니하였다 하여 쟁점금액을 가공의 매입세금계산서로 보아 부가가치세와 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

청구법인은 원단을 실지 매입하고 쟁점금액의 매입세금계산서를 수취하였으므로 쟁점금액이 정당한 거래라고 주장하나, 이 건과 관련된 금융조사 결과 쟁점금액이 정당한 거래임을 입증할 수 있는 금융자료가 확인되지 아니하였으며, 청구법인이 제시한 거래사실확인서만으로는 쟁점금액을 정당한 거래로 볼 수 없는 바, 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 청구법인이 실지 거래하고 쟁점금액의 매입세금계산서를 수취하였는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 [납부세액]

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서 생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략)

○ 부가가치세법 제21조 [경정](2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것)

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때(이하 생략)

○ 법인세법 제66조 [결정 및 경정]

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 실지조사 결과, 청구법인이 2002년 제1기 중 주식회사 ▣▣▣(쟁점거래처①)로부터 공급가액 30,080,000원(쟁점금액①), 2002년 제2기 중 주식회사 인터내셔날(쟁점거래처②)로부터 공급가액 20,051,000원(쟁점금액②), 주식회사 하나*(쟁점거래처③)로부터 공급가액 155,000,000원(쟁점금액③), 2003년 제1기 중 주식회사 ▽▽실업(쟁점거래처④)으로부터 공급가액 70,100,000원(쟁점금액④), 주식회사 ○○○□□(쟁점거래처⑤)으로부터 공급가액 20,130,000원(쟁점금액⑤), 주식회사 ***@@@(쟁점거래처⑥)으로부터 공급가액 160,000,000원(쟁점금액⑥), 합계 455,361,000원(쟁점금액)의 가공 매입세금계산서를 각각 수취한 사실을 확인하고, 2004.1.2. 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2002년 제1기분 부가가치세 4,701,500원, 2002년 제2기분 부가가치세 25,750,000원, 2004년 제1기분 부가가치세 33,783,500원을 각각 경정·고지함과 아울러 쟁점금액 중 청구법인이 2002.1.1. ~ 2002.12.31. 사업연도 법인세과세표준신고시 손금산입한 205,131,000원을 손금불산입하여 법인세 58,326,970원을 결정·고지하고, 동 금액에 부가가치세를 합한 225,644,100원을 대표자에게 상여처분하였음이 처분청의 조사복명서, 이 건 부가가치세경정결의서 및 법인세결정결의서, 납세고지서 등에 의해 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점거래처①로부터 의류부자재인 스냅 및 단추를 실지 매입하고 쟁점금액①의 정당한 매입세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 세금계산서 사본, 거래명세표를 제시하고 있으나, 세금계산서 사본에 의하면 쟁점금액①이 2002년 1월과 2월에 거래된 것으로 기재되어 있는 반면, 쟁점거래처①은 2001.12.31. 폐업된 사실이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있다는 점, 청구법인은 쟁점금액① 이외 쟁점거래처①과 다른 거래가 없음이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있어서 쟁점거래처①이 청구법인의 고정거래처가 아니라는 점, 청구법인이 제시한 위 증빙서류만으로는 쟁점금액①이 정당한 거래하고 보기가 어려운 반면, 쟁점금액①이 정당한 거래임을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 금융자료의 제시가 없다는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점금액①의 세금계산서는 가공의 매입세금계산서로 보이므로, 청구법인이 쟁점거래처①로부터 의류부자재를 실지 매입하고 쟁점금액①의 매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. (나) 청구법인은 쟁점거래처②로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액②의 정당한 매입세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 쟁점거래처②의 거래사실확인서, 법인인감증명서, 대표이사 신분증과 주민등록등본, 무통장입금증을 제시하고 있으나, 세금계산서 사본에 의하면 쟁점금액②가 2002년 7월, 8월 및 9월에 거래된 것으로 기재되어 있는 반면, 쟁점거래처②는 2002. 5. 20. 폐업된 사실이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있다는 점, 청구법인은 쟁점금액② 이외 쟁점거래처②와 다른 거래가 없음이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있어서 쟁점거래처②가 청구법인의 고정거래처가 아니라는 점, 쟁점거래처②는 2002.5.3.부터 2002.9.30. 까지 자료상 행위를 하여 ♠♠세무서장으로부터 서부지청장에 고발되었고, 쟁점금액② 거래기간이 쟁점거래처②의 자료상 행위기간에 해당된다는 점, 청구법인이 제시한 쟁점거래처②의 거래사실확인서, 법인인감증명서, 대표이사 신분증과 주민등록등본만으로는 쟁점금액②를 정당한 거래하고 보기가 어렵고, 무통장입금증에는 청구법인이 2002.11.12. 쟁점거래처② 명의의 ♧♧은행 동지점 계좌(--**)에 22,000,000원을 입금한 것으로 나타나고 있으나, 위 지점은 쟁점거래처②의 사업장인 ◎○ ○○시 ○○구 # 인근에 위치하지 아니하며, 처분청에서 금융조사한 내용에 의하면 2001.7.1. 부터 2002.12.31. 까지 자료상 행위를 하였다 하여 자료상으로 고발된 청구외 정◎◎(**-)이 청구법인 명의로 15시 35분에 위 금액을 입금하였다가 같은 시각에 바로 인출한 것으로 확인되어 동 금융자료는 쟁점금액②를 실지거래로 위장하기 위해 조작한 것으로 보인다는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점금액②의 세금계산서는 가공의 매입세금계산서로 보이므로, 청구법인이 쟁점거래처②로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액②의 매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. (다) 청구법인은 쟁점거래처③으로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액③의 정당한 매입세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 쟁점거래처③의 거래사실확인서, 법인인감증명서, 대표이사 신분증과 주민등록등본, 약속어음 사본 3매를 제시하고 있으나, 쟁점거래처③은 1997.6.12. 개업하여 2003.3.31. 폐업하였음에도 청구법인은 쟁점금액③ 이외 쟁점거래처③과 다른 거래가 없음이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있어서 쟁점거래처③이 청구법인의 고정거래처가 아니라는 점, 쟁점거래처③ 및 대표이사가 ㅇㅇㅇ세무서장으로부터 중부경찰서장에 자료상으로 고발된 사실이 국세통합전산망에 의해 확인되어 청구법인이 제시한 쟁점거래처③의 거래사실확인서, 법인인감증명서, 대표이사 신분증과 주민등록등본은 신빙성 있는 객관적인 입증자료로 볼 수 없다는 점, 약속어음 사본에 의하면 청구법인이 2002.12.10.에 73,700,000원의 약속어음(자가)과 49,500,000원의 약속어음(자가), 2002.12.30. 에 47,300,000원의 약속어음(자가)을 쟁점거래처③에 각각 교부하여 준 것으로 기재되어 있으나 처분청에서 금융조사한 내용에 의하면 위 약속어음 중 어음번호 자가 약속어음 이면에 청구법인의 이사 청구외 구@@가 배서한 내용이 나타나고 있어서 실제 쟁점거래처③에서 위 약속어음 3매를 쟁점금액③의 거래 대가로 수령한 것으로 보여지지 아니하는 바, 위 약속어음 3매를 쟁점금액③의 거래 대가로 수령한 것으로 보여지지 아니하는 바, 위 약속어음 3매는 쟁점금액③을 실지거래로 위장하기 위해 금융자료를 조작한 것으로 보인다는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점금액③의 세금계산서는 가공의 매입세금계산서로 보이므로, 청구법인이 쟁점거래처③으로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액③의 매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. (라) 청구법인은 쟁점거래처④로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액④의 정당한 매입세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 쟁점거래처④의 거래사실확인서, 세금계산서 사본을 제시하고 있으나, 세금계산서 사본에 의하면 쟁점금액④가 2003년 5월과 6월에 거래된 것으로 기재되어 있는 반면, 쟁점거래처④는 2002.12.23. 폐업된 것으로 국세통합전산망에 의해 확인되고 있다는 점, 청구법인은 쟁점금액④ 이외 쟁점거래처④와 다른 거래가 없음이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있어서 쟁점거래처④가 청구법인의 고정거래처가 아니라는 점, 쟁점거래처④는 2003.2.13.부터 2003.4.9.까지 자료상 행위를 하여 ◎○지방국세청장으로부터 ◎○중앙지검장에 고발되었고 쟁점금액④ 거래기간이 쟁점거래처④의 자료상 행위기간에 해당된다는 점, 청구법인이 제시한 위 증빙서류만으로는 쟁점금액④가 정당한 거래라고 보기가 어려운 반면, 쟁점금액④가 정당한 거래임을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 금융자료의 제시가 없다는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점금액④의 세금계산서는 가공의 매입세금계산서로 보이므로, 청구법인이 쟁점거래처④로부터 의류부자재를 실지 매입하고 쟁점금액④의 매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. (마) 청구법인은 쟁점거래처⑤로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액⑤의 정당한 매입세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 쟁점거래처⑤의 거래사실확인서, 법인인감증명서를 제시하고 있으나, 쟁점거래처⑤는 2001.5.4. 개업하여 2003.9.30. 폐업하였음에도 청구법인은 쟁점금액⑤ 이외 쟁점거래처⑤와 다른 거래가 없음이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있어서 쟁점거래처⑤가 청구법인의 고정거래처가 아니라는 점, 쟁점거래처⑤가 2003.1.1. 부터 2003.6.30. 까지 자료상 행위를 하였다 하여 쟁점거래처⑤ 및 대표이사가 ♤◇세무서장으로부터 ♤◇지방검찰청장에 자료상으로 고발되었고, 쟁점금액⑤ 거래기간이 쟁점거래처⑤의 자료상 행위기간에 해당된다는 점, 청구법인은 쟁점금액⑤의 거래 대가로 청구법인의 대표이사 개인의 국민은행 가계수표 3매 25,000,000원을 쟁점거래처⑤에 지급하였다고 주장하면서도 동 수표 및 이면 사본을 제시하지 아니하였고, 처분청에서 금융조사한 내용에 의하면 위 가계수표 이면에 청구법인의 이사 청구외 구@@의 아들 청구외 구# 배서한 내용이 나타나고 있어서 실제 쟁점거래처⑤에서 위 가계수표 3매를 쟁점거래⑤의 거래 대가로 수령한 것으로 보여지지 아니하는 바, 위 가계수표 3매는 쟁점금액⑤을 실지 거래로 위장하기 위해 금융자료를 조작한 것으로 보인다는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점금액⑤의 세금계산서는 가공의 매입세금계산서로 보이므로, 청구법인이 쟁점거래처⑤로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액⑤의 매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. (바) 청구법인은 쟁점거래처⑥으로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액⑥의 정당한 매입세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 쟁점거래처⑥의 거래사실확인서, 법인인감증명서, 대표이사 신분증과 주민등록등본, 인감증명서, 약속어음 사본 2매를 제시하고 있으나, 쟁점거래처⑥은 2003.2.3. 개업하여 2003.6.30. 폐업한 단기사업자로서 2003.2.3.부터 2003.6.30.까지 자료상 행위를 하였다 하여 ○○세무서장으로부터 ○○지청장에 고발되었음이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있어서 쟁점거래처⑥의 거래사실확인서, 법인인감증명서, 대표이사 신분증과 주민등록등본, 인감증명서는 신빙성 있는 객관적인 입증자료로 볼 수 없다는 점, 약속어음 사본에 의하면 청구법인이 2003.5.23.에 93,280,000원의 약속어음(자가)과 82,720,000원의 약속어음(자가***)을 쟁점거래처⑥에 교부하여 준 것으로 기재되어 있으나, 처분청에서 금융조사한 내용에 의하면 위 약속어음 이면에 청구법인의 이사 청구외 구@@가 배서한 내용이 나타나고 있어서 실제 쟁점거래처⑥에서 위 약속어음 2매를 쟁점금액⑥의 거래 대가로 수령한 것으로 보여지지 아니하는 바, 위 약속어음 2매는 쟁점금액⑥을 실지 거래로 위장하기 위해 금융자료를 조작한 것으로 보인다는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점금액⑥의 세금계산서는 가공의 매입세금계산서로 보이므로, 청구법인이 쟁점거래처⑥으로부터 원단을 실지 매입하고 쟁점금액⑥의 매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다.

(3) 위에서 살펴본 바와 같이, 쟁점금액의 매입세금계산서가 가공의 세금계산서로 보이므로, 처분청이 쟁점금액의 매입세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 경정·고지한 이 건 처분과 쟁점금액 중 청구법인이 법인세 과세표준신고시 손금산입한 금액을 청구법인의 소득금액계산시 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제21조 / 법인세법 제66조 /