토지의 자산처분이익을 산정함에 있어서 등록세와 취득세의 공제 여부

○○세무서장이 2004.1.5. 청구법인에게 한 2001.1.1~12.31. 사업연도 법인세 4,868,800원 및 특별부가세 4,564,500원의 부과처분과 대표이사 박○○에게 한 120,000,000원의 상여처분은

1. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 제방 11,227㎡, 같은 곳 ○○ 번지 구거 7,199㎡, 같은 곳 ○○ 번지 잡종지 7,067㎡ 합계 25,493㎡의 양도차익을 산정함에 있어서 취득시 납부한 취득세 2,000,000원을 취득가액에 가산하고, 등록세․교육세 및 인지대 등 취득비용 5,870,000원을 2001.1.1.~12.31. 사업연도의 손금에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 산 ○○ 번지 소재에서 환경기계/제조업을 목적으로 1995.12.4. 설립한 후 1996.6.5. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○ 번지 제방 11,227㎡, 같은 곳 ○○ 번지 구거 7,199㎡, 같은 곳 ○○ 번지 잡종지 7,067㎡ 합계 25,493㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2001.3.27. 청구외 김○○외 1인에게 양도하였으나 이에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 100,000,000원에 취득하여 120,000,000원에 양도한 것으로 보아 자산처분이익을 계산하여 2004.1.5. 청구법인에게 2001.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 4,868,800원, 특별부가세 4,564,500원 합계 9,433,300원을 결정․고지하고, 양도대금이 사외에 유출되었으나 그 귀속이 불분명하다하여 청구법인의 등기부상 대표이사인 박○○에게 120,000,000원을 상여처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.3.26. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인이 쟁점토지를 취득 및 양도한 경위는, 청구외 ○○소금(주)(이하 “○○소금”이라 한다)의 소유였던 쟁점토지를 1996.6.5. 당시 청구법인이 청구법인의 감사인 이○○의 가수금 1억원으로 매매계약을 체결하고 취득하였으나 대금지급 이후에도 소유권이전등기를 이행하지 않아 1999.11.19. “소유권이전등기 절차이행청구”를 하여 수원지방법원 제7민사부로부터 2000.3.9. 승소판결을 받아 2001.3.27. 청구법인 명의로 이전등기를 하게 되었으며, 이에 앞서 2000.2.16. 청구외 박○○이 청구법인의 대표이사로 취임함과 동시에 청구외 이○○의 가수금을 반제하기 위하여 청구외 박○○의 처 이○○ 발행의 약속어음 6매 액면합계 220,000,000원을 교부하여 가수금을 반제하였으며, 취득이전등기를 한 2001.3.27. 청구외 김○○외 1인에게 120,000,000원에 양도하고 양도대금은 모두 대표이사 일시 가수금을 변제하는데 사용하였다. 따라서, 쟁점토지의 양도로 얻은 법인소득은 양도가액 120,000,000원에서 취득가액 100,000,000원과 등록세 등 등기비용 5,870,000원과 취득세 2,000,000원을 차감하면 12,130천원으로 하여야 하고, 청구법인의 대표이사 박○○에 대한 인정상여처분액도 쟁점토지 양도가액에서 쟁점토지 취득과 관련하여 차입한 110,000,000원과 비용 7,870,000원을 차감한 2,130,000원만을 상여처분하여야 한다.

청구법인은 1995.12.4. 법인설립 이후 1997.12.31. 임의 폐업할 때까지 법인세신고 등을 한 사실이 없고, 이 건 쟁점토지 양도에 대하여도 아무런 신고 등이 없어 확인된 취득가액 100,000,000원과 양도가액 120,000,000원을 적용하여 법인소득금액을 계산하였으며, 양도대금 120,000,000원이 사외유출되었으나 귀속이 불분명하여 청구법인의 대표이사인 박○○에게 상여처분한 것에 대하여 청구법인은 대표이사의 가수금변제에 사용하였으므로 상여처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 불입자본금 및 가수금의 사용내역에 대한 장부 및 이 건 양도대금을 어떤 사유로 누구에게 귀속되었는지 여부를 확인할 수 있는 구체적 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 이 건 양도대금이 사외에 유출되어 그 귀속이 불분명한 경우에 해당하므로 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서규정에 의하여 청구법인의 대표이사인 박○○에게 상여처분한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 1) 쟁점토지의 자산처분이익을 산정함에 있어서 등록세와 취득세를 공제하지 아니한 처분이 정당한지 여부와 2) 양도대금의 귀속이 불분명하다고 보아 동 금액을 등기상 대표이사에게 상여처분한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제99조 【토지 등 양도에 대한 특별부가세】

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)

② 제1항에서 "양도"라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세및증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. [개정 2000·12·29]

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. [개정 2000·12·29]

1. 취득가액. (단서규정 생략)

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익급에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유츌된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

○ 지방세법 제112조 【세율】

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.(97.8.30 개정)

○ 법인세법 기본통칙 67-106...19【형식상 대표자의 책임】 당해 법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 등기상의 대표자를 그 법인의 대표자로 본다.

○ 심판례【국심2004서2113, 2004.11.19.】 등기상 대표이사가 실질대표자가 아니라는 객관적인 증빙이 없다면 귀속자가 불분명한 사외유출금 등은 등기상 대표이사의 상여로 소득처분하고 과세함

○ 심판례【국심2004서681, 2004.9.23.】 법인의 실질 대표자가 타인이라는 사실이 확인되지 않으므로 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자에게 자료상으로부터 수취한 공급대가를 상여처분하여 과세한 처분은 정당함

○ 심판례【국심2003서3152, 2004.3.17.】 법인의 대표자가 아니라는 사실을 입증하는 객관적 증빙을 제시하지 못한다면 누락된 투자금액은 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표이사 상여로 소득처분하고 과세함

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 처분청은 쟁점토지에 대하여 취득가액을 100,000,000원으로 하고 양도가액을 120,000,000원으로 소득금액을 산정하여 2004.1.4. 청구법인에게 2001.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 및 특별부가세 9,433,300원을 결정․고지하였고, 청구법인의 대표이사인 박○○에게 양도가액 120,000,000원을 상여처분하여 주소지 관할인 제주세무서장은 2001년 과세연도 종합소득세 42,098,520원을 결정․고지하였음이 처분청의 “법인세결정결의서” 및 국세청 통합전산망에 의하여 확인된다.
• 나) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 청구법인은 쟁점토지를 1996.6.5. ○○소금으로부터 취득하여, 2001.3.27. 청구외 김정남외 1인에게 양도하였음이 확인된다. 【쟁점토지의 취득 및 양도내역】 경기 화성 송산 삼존 지 목 면적 (㎡) 취 득 내 용 양 도 내 역 양도자 취득 일자 등기 이전일 취득 가액 취득자 양도 일자 등기 이전일 양도 가액 622-1 제 방 11,227 (주)○○ 소금 1996.6.5 매매 2001.3.27 1억원 김○○ 남외1 2001.2.26. 매매 2001.3.27 1억 2천만원 622-8 구 거 7,199 622-9 잡종지 7,067
• 다) 쟁점토지의 취득가액 100,000,000원과 양도가액 120,000,000원에 대해서는 청구인과 처분청간 다툼이 없다.
• 라) 쟁점토지의 취득경위를 보면, 1996.06.05. ○○소금과 청구법인(청구외 차○○이 공동으로)이 매매계약을 체결하였고, 1996.6.10 청구외 차욱진이 쟁점부동산에 대한 권리를 대금지급불능을 사유로 포기하였으며, 청구법인은1999.11.19 ○○소금을 상대로 “소유권이전등기 절차이행 청구의 소”를 제기하여 2000.3.9 “쟁점부동산에 대해 1996.6.5. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 이행하라”는 판결을 수원지방법원으로부터 받아 2001.3.27 소유권이전등기를 하였음이 판결문(사건번호 99가합23331) 및 등기부등본, 확인서 등에 의하여 확인된다.
• 마) 쟁점토지의 양도경위를 보면, 2001.3.16. 청구법인은 청구외 김○○외 1인과 부동산매매계약을 체결하였으나 등기부등본에는 2001.2.26.을 매매원인일로 하여 2001.3.27. 소유권이 청구법인으로부터 청구외 김○○ 외1인에게 이전등기된 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.
• 바) 청구법인이 제출한 청구외 ○○소금 대표이사 이○○의 “확인서”에 의하면, “청구법인의 대표이사인 박○○과 ○○소금의 대표이사 이○○과의 채권․채무관계, 청구외 이○○과 청구법인의 감사인 이○○과의 채권․채무관계로 인하여 쟁점토지의 양도대금을 취득자인 청구외 김○○외 1인으로부터 청구외 이○○이 받아 청구법인의 감사인 이○○에게 건네주었으므로 양도대금 중 소유권이전비용 등을 차감한 전액이 실질적으로 청구외 이○○에게 귀속되었다“고 진술하고 있다.
• 사) 청구법인의 대표이사 박○○은 채권․채무관계를 담보하기 위하여 2000.2.16. 청구법인의 대표이사로 취임했을 뿐이며, 청구법인의 실질적인 운영자는 청구법인의 감사인 이○○이며, 양도대금도 실질적으로 청구외 이○○이 수령하였다고 주장하고 있으나 이를 입증할 아무런 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 청구외 이○○은 행방불명되어 연락이 되지 않는다고 진술하고 있다. 아) 법인등기부등본에 의하면, 청구외 이○○은 1995.12.4. 법인설립시부터 현재까지 청구법인의 감사로 등재되어 있으며, 청구외 박○○은 2000.2.16. 청구법인의 대표이사로 취임한 것으로 등재되어 있다.
• 자) ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 법무사 김○○이 청구법인에게 2001.4월 발행한 “영수증”에는 등록세 3,000,000원, 교육세 600,000원, 인지대 70,000원, 증지대 21,000원, 채권할인액 1,687,000원, 등본등기외 362,000원, 보수액 130,000원, 합계 5,870,000원이 기재되어 있다.
• 차) 청구법인은 쟁점토지의 취득세 2,000,000원(=취득가액 1억원×2%)은 토지취득원가에 해당한다고 주장하고 있다
• 카) 박○○은 청구법인의 대표이사로 취임한 2000.2.16. 같은 날 ○○소금의 대표이사 이○○에게 처명의(이○○)의 양속어음 6매 220,000,000원을 발행(대여)하였다고 하면서 이 중 3매 110,000,000원의 약속어음 사본을 제시하고 있는 바 그 내용은 아래와 같다. 【박○○의 처 이○○ 발행 약속어음의 배서 내용】 (단위: 원) 약속어음 발행 1차 배서 2차 배서 발행금액 발행일 지급일 발행인 배서일 배서인 배서일 배서인 20,000,000 2000.2.16 2000.5.31 이○○ 2000.2.16

○○소금(주)대표이사 이○○ 2000.2.16 (주)○○ 대표이사 김종진 45,000,000 〃 2000.5.30 〃 〃 〃 〃 양○○ 45,000,000 〃 2000.5.31 〃 〃 〃 〃 〃

1. 판 단

• 가) 쟁점토지의 취득과 관련하여 청구법인이 등록세․교육세 및 인지세 등 비용 5,870,000원을 부담한 사실이 확인되므로 쟁점토지의 양도차익을 산정함에 있어서 청구법인의 2001.1.1.~12.31. 사업연도의 손금으로 인정하고, 취득세 2,000,000원은 쟁점토지의 취득가액으로 인정함이 타당하다고 판단된다.
• 나) 처분청이 쟁점토지의 양도금액 120,000,00원의 귀속이 불분명하다하여 청구법인의 대표이사인 박○○에게 상여처분한 것에 대하여 청구법인은 대표이사의 가수금변제에 사용하였으므로 박○○에 대한 상여처분은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다. 청구법인은 박○○의 “진술서” 및 ○○소금의 대표이사 이○○의 “확인서”, 박○○의 처 이수남이 쟁점토지를 청구법인에게 양도한 ○○소금 대표이사 이○○에게 발행하여 준 110,000,000원의 약속어음 3매를 제출하였을 뿐, 청구법인의 불입자본금 및 가수금의 사용내역에 대한 장부 및 이 건 양도대금을 어떤 사유로 누구에게 귀속되었는지 여부를 확인할 수 있는 구체적 증빙을 제시하지 못하고 있고, 더욱이 박○○은 쟁점토지의 양도와 관련하여 청구법인의 대표이사로서의 권리를 행사한 점이 인정된다. 따라서, 이 건 양도대금이 사외에 유출되었으나 그 귀속이 불분명한 경우에 해당되므로 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서규정에 의하여 청구법인의 대표이사인 박○○에게 상여처분한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.