사실확인 없이 거래처가 자료상이라는 이유로 손금부인한 처분의 당부

○○세무서장이 2004.1.6. 청구법인에게 경정고지한 2000.1.1. ~ 2000.12.31. 사업연도 법인세 61,438,210원과 2000년 1기 부가가치세 25,115,420원 합계 86,553,630원의 부과처분은,

1. 청구법인의 2000.1.1. ~ 2000.12.31. 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 (주)○○에 납품되어 (주)○○통신 콜센타 7기 증설 공사에 설치된 자동녹음장비(CTI Interface server 등) 매입액 130,267,000원을 손금에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 1990.12.1.부터 ○○시 ○○구 ○○로○가 ○○번지에서 컴퓨터 및 주변기기/제조, 도매업을 영위하던 중 2000.12.23. 청구외 (주)○○(제조․도매/정보시스템․정보통신기기, 이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병한 법인사업자이며, 피합병법인은 청구법인에게 합병되기 전인 2000년 제1기 중 (주)○○전자(이하 “청구외법인” 이라 한다)로 부터 공급가액 130,267,000원 세금계산서 2매 (2000.2.18.자 64,822,000원, 2000.3.13.자 65,445,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 이에 대한 매입세액(이하 “관련매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 2000년도 제1기분 부가가치세 신고를 하였고, 쟁점세금계산서 금액을 손금에 산입하여 청구법인의 2000.1.1 ~ 2000.12.31. 사업연도(이하 “2000사업연도” 라 한다) 법인세 과세표준신고를 하였다. 처분청은 청구외법인의 사업장을 관할하는 ○○세무서장이 쟁점세금계산서를 위장가공자료로 통보하자 추가 확인조사 없이 관련매입세액을 불공제하여 2000년 제1기 부가가치세 25,115,420원을 고지함과 동시에 쟁점세금계산서 금액을 손금불산입하여 피합병법인의 2000사업연도 법인세 61,438,210원 등 합계 86,553,630원을 2004.1.6. 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.3.22. 이 건 심사청구를 하였다.

피합병법인은 청구외 (주)

○○ 통신(이하 “(주)○○통신”이라 한다)이 발주를 하고 청구외 (주)○○(이하 “(주)○○”이라 한다)가 1차로 수주한 (주)○○통신 콜센타 시스템 7기 증설공사와 관련하여 (주)○○으로부터 자동 전화녹음장치 설치공사(이하 “녹음장비공사”라고 한다)를 419,000,000원에 재하청을 받은 후 직접수입한 Digital Recorder 3대 217,380,000원과 청구외법인으로 부터 매입한 CTI Interface Server 1대 (○○ Proliant 5,500과 ○○ Proliant ML370 ETC(이하 “쟁점품목①”이라 한다)와 24GB HDD, Dual Deck 320개(이하 “쟁점품목②”라 한다) 130,267,000원, 청구외 (주)○○엔지리어링으로 부터 Rack 매입 1,480,000원, 청구외 (주)○○정보로부터 Server Upgrade용 HDD 39,600,000원 합계 388,727,000원의 원․부자재를 매입하여 2000.4.24. (주)○○에 녹음장비공사를 정상적으로 완료하였는 바, 쟁점품목①②는 녹음장비공사의 핵심품목으로서 이를 매입하고 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 것임에도 ○○세무서장이 구체적인 조사 없이 청구외법인을 자료상으로 고발한 업체라는 단순한 이유만으로 관련매입세액을 불공제하여 피합병법인에게 부가 가치세를 과세함과 동시에 쟁점세금계산서 금액을 전액 손금불산입하여 법인세를 과세함은 부당하다.

청구외법인은 CPU 등 컴퓨터 관련제품을 외국에서 수입한 후 즉시 중간 상인에게 판매하여 실제로 청구외법인의 사업장에서 직접 판매한 것으로 볼 수 없고 청구외법인이 피합병법인에게 발행한 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 발행된 세금계산서로 보여지므로 이에 대한 관련매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하고 쟁점세금계산서 금액을 손금불산입하여 법인세를 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 보아 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부 (2) 쟁점세금계산서 금액을 피합병법인의 2000사업연도 법인세 과세표준계산시 손금으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

• 다. 사실관계 및 판단 < 사실관계에 대하여 살펴본다> 1) 피합병법인은 2000년 제1기중 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 후 관련매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 쟁점세금계산서 금액을 법인세 과세표준계산시 손금에 산입하여 피합병법인의 2000사업연도 법인세신고를 한 사실이 부가가치세 및 법인세 신고서 등에 의하여 확인된다. 2) 처분청은 2003.2.6. ○○세무서장으로부터 쟁점세금계산서가 위장가공자료로 통보(조사46600-376, 2003.2.4) 되어 오자 추가 확인조사 없이 관련매입세액을 불공제하여 피합병법인의 2000년도 제1기분 부가가치세를 과세함과 동시에 쟁점세금계산서 금액을 손금불산입하여 2000사업연도 법인세를 과세하였음이 처분청의 경정결의서 및 과세자료 조사복명서 등에 의하여 확인된다. < 쟁점(1)에 대하여 살펴본다>

1. 청구외법인은 1998.9.9. 사업자등록(도․소매/전자부품, 컴퓨터 및 주변기기)을 하다가 2002.10.31. 사업부진을 이유로 폐업(사업자등록 회수)하였고, 개업일로부터 폐업일까지 기간 중에 자진납부한 금액은 부가가치세, 법인세, 근로소득세 등 60,040천원인 사실이 국세통합전산망 조회자료에 의해 확인되고 있다.

2. ○○세무서장이 청구외법인을 자료상 행위를 한 자로 용산경찰서장에게 2003.2.3. 고발한 계기가 되었던 청구외법인에 대한신용카드 위장혐의자 조사종결복명서의 내용에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구외법인의 사업기간인 1998.9.9.부터 폐업일인 2002.10.31. 기간중의 부가가치세 신고상황은 아래와 같으며, 사업기간의 총 매출액 12,256백만원 중 신용카드매출(7,605백만원) 비율은 62%이고, 총 매입액 11,898백만원 중 인천 세관매입(9,977백만원) 비율은 83.8%로서 비교적 매입구조는 투명한 것으로 조사된 바 있다. <표1> 청구외법인의 부가가치세 신고현황 (단위: 천원) 기별 매출 매입 납부세액 기별 매출 매입 납부세액 98.2기 780,592 748,998 3,193 99.1기 1,608,557 1,557,938 5,061 99.2기 1,489,589 1,439,550 5,012 00.1기 2,214,146 2,148,444 6,733 00.2기 2,217,371 2,155,248 7,544 01.1기 1,238,860 1,201,500 4,186 01.2기 1,431,770 1,395,695 5,000 02.1기 1,099,519 1,081,210 2,569 02.2기 175,662 170,392 526 합계 12,256,068 11,898,605 39,829
• 나) ○○세무서장이 청구외법인을 조사하게 된 사유를 보면, 청구외법인 명의로 신용카드를 위장으로 가맹하여 신용카드 매출을 발생시키고 있다는 제보에 따라 청구외법인에 대한 신용카드 위장혐의자 조사를 착수하게 된 것으로 나타나고 있고, 이에 대한 조사 결과 청구외법인의 사업기간내에 컴퓨터 관련품목 등 매입액 11,898백만원 중에서 인천 세관매입액이 9,977백만원에 이르자 이에 대한 매출액을 맞추기 위하여 청구외법인 명의로 위장가맹하여 신용카드매출이 발생된 것으로 기 조사된 바 있다.
• 다) ○○세무서장은 청구외법인의 명의로 수입된 CPU 등 컴퓨터 관련품목 등을 실지로 수입한 사업자는 청구외 황○○인 것으로 조사한 바 있으며, 조사 당시 청구외 황○○는 청구외법인의 명의로 컴퓨터 등을 수입한 후 중간 상인 들에게 매출하고 이에 대응하는 매출을 맞추기 위하여 청구외법인 명의로 신용카드를 위장으로 가맹한 후 신용카드 매출을 발생시킨 것으로 확인서를 제출하자 신용카드매출액 이외에 청구외법인의 명의로 발행된 세금계산서 3,064백만원(쟁점세금계산서 포함)에 대하여 구체적인 거래사실 조사 없이 모두 위장혐의자료로 해당 세무서에 자료통보한 것으로 나타나고 있다.
• 라) ○○세무서장이 조사당시 징취한 청구외 황○○에 대한 2003.1.6.일자 확인서에 의하면, 청구외법인의 실지사업자는 황○○ 본인이며 컴퓨터 관련품목 등을 수입하여 중간 상인 들에게 매출하고 남은 잔여품목은 황○○ 본인이 직접 매출한 후 세금계산서는 청구외법인의 명의로 발행한 것으로 나타나고 있다.
• 마) ○○세무서장은 청구외 황○○가 청구외법인의 명의로 컴퓨터 관련 품목을 수입하여 매출하고도 이에 대한 세금계산서를 발행하지 아니하고 청구외법인 명의로 위장가맹점을 가입하여 신용카드매출을 발생시킨 사실에 대하여 여신전문금융법 위반혐의로 2003.2.3. 고발한 것으로 나타나고 있다.
• 바) ○○세무서장이 조사당시 작성한 청구외법인에 대한 사실과 다른 매출․매입세금계산서 교부내역표를 보면, 가공거래금액으로 확인한 것은 매출세금계산서 제출분 3,637백만원 중 400백만원에 불과하고 (주)○○외 81개업체에 발행한 3,064백만원에 대하여는 구체적인 조사 없이 위장혐의자료로 해당 세무서로 일괄 자료통보한 사실이 확인되고, 매입세금계산서의 경우에는 청구외법인의 사업기간내의 총매입액 11,898백만원 중 실지거래가 확인되는 매입액이 10,062백만원인 사실을 용산세무서장 스스로 인정한 것으로 보아 청구외법인이 단순한 자료상으로 세금계산만 발행한 업체로 보기는 어렵다.
• 사) 상기와 같은 청구외법인에 대한신용카드 위장혐의자 조사내용을 종합하여 보면, CPU 등 컴퓨터 관련제품 등을 청구외법인이 수입하여 직접 매출 한 것인지 아니면 청구외법인의 실제 사업자라고 하는 청구외 황○○가 청구외법인의 명의로 수입한 후 중간상인들에게 수입제품 전부 또는 일부를 판매하고 세금계산서는 청구외법인의 명의로 발행한 것인지 여부를 구체적으로 조사하지 아니한 채 청구외법인의 사업기간 중에 발행된 세금계산서(쟁점세금계산서 포함) 모두를 자료상 혐의자료로 해당 세무서에 자료통보한 것으로 보여진다. 3) 한편, 청구법인은 피합병법인이 청구외법인으로부터 녹음장비공사에 사용된 쟁점품목①②를 매입하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하고 있으나, 실제매입 후 세금계산서를 수취하였는지 또는 청구외법인 이외의 자로부터 매입하고 세금계산서만을 청구외법인으로부터 수취하였는지 여부가 명백히 확인되지 아니하는 등 피합병법인이 쟁점세금계산서를 수취할 당시 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다했다고 할 만한 구체적인 입증은 제시하지 못하고 있다.

4. 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구외법인의 매입액 중 83.8%가 세관매입이고 개업일로부터 폐업일까지 부가가치세를 자진신고하였으며, ○○세무서장은 조사당시 청구외 황○○가 청구외법인의 실지사업자라는 확인서를 징취하는 등 청구외법인을 세금계산서만 수수하는 100% 자료상으로 볼 수는 없다고 하겠으나, 피합병법인과 청구외법인간의 쟁점세금계산서 수수에 대한 거래사실을 명백히 입증하지 못하고 있을 뿐만 아니라 피합병법인이 선의의 거래 당사자로 주의의무를 다했다고 할 만한 구체적인 입증을 제시하지 못하고 있다. 따라서, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 볼 것인지 또는 위장세금계산서로 볼 것 인지 여부를 떠나서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하여 청구법인에게 2000년 제1기 부가가치세 25,115,420원을 경정․고지함은 달리 잘못이 없다고 판단된다. < 쟁점(2)에 대하여 살펴본다 >

1. 피합병법인은 1999.4.22. 도매․제조/정보시스템을 주업으로 사업(녹음 장비전문업체)을 영위하다가 2000.12.23. 청구법인에게 흡수합병된 법인으로서 사업기간 중 부가가치세 신고상황은 아래와 같으며 동 기간 중 자진납부한 세액은 법인세 등 308,967천원인 사실이 국세통합전산망에서 확인되고 있다. <표2> 피합병법인의 사업기간별 부가가치세 신고상황 (단위: 천원) 기별 매출 매입 납부세액 기별 매출과표 매입과표 납부세액 99.1확정 270,054 227,326 5,684 99.2예정 1,204,750 1,145,733 7,421 99.2확정 1,080,412 944,224 13,498 00.1예정 1,633,632 1,325,327 31,421 00.1확정 1,568,306 1,170,006 40,388 00.2예정 855,053 848,164 866 00.2확정 1,141,377 555,522 58,585 계 7,753,584 6,216,302 157,863

2. 청구법인은 피합병법인이 2000.12.23. 청구법인에게 흡수합병된 직후인 2001.1월 피합병법인의 대표이사였던 청구외 구○○가 불의의 사고로 사망하여 피합병법인을 흡수합병한 청구법인 입장에서는 녹음장비공사와 관련한 피합병법인과 청구외법인간의 거래 후 대금지급에 대하여 구체적인 입증자료를 제시하기가 어려우나 녹음장비공사의 핵심장비인 쟁점품목①②를 매입하여 동 공사를 완료한 것은 틀림없는 사실이라고 주장하고 있다.

3. 먼저, 청구법인은 피합병법인이 녹음장비공사를 완료하여 (주)○○통신에 납품한 후 현재에도 사용되고 있으므로 녹음장비공사의 핵심장비인 쟁점품목①②의 매입에 상당하는 쟁점세금계산서 금액을 손금에 산입하여 피합병법인의 2000사업연도 법인세 과세표준을 계산함이 타당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 녹음장비공사의 개요에 대하여 살펴보면, (주)○○통신은 콜센타 수요 확대로 7기 증설공사(○○지역, ○○지역, ○○지역)를 발주한 후 (주)○○에서 증설공사 전체 5개부분(교환기부분, CTI s/w부분, 녹음장비부분, 전광장비 부분, 인테리어 기자재 부분)을 아래와 같이 1차 수주받아 이 중에서 녹음장비 공사 전체를 피합병법인에게 재하청을 주어 (주)○○통신에 설치하도록 하였다. 〈 발 주 〉 〈1차 수주 〉 <하청업체> (주)○○통신 → (주)

○○ → 〈 5개 업체 〉 교 환 기 교 환 기 (주)

○○ 소프트웨어 어플리케이션 소프트웨어 어플리케이션

○○ 시스템 (자체납품) 녹 음 장 비 ⇦ 녹 음 장 비 ← 파합병법인 전 광 장 비 전 광 장 비

○○(주) 인테리어 기자재 인테리어 기자재 (주)사 인 (콜센타 통합시스템)

• 나) 피합병법인이 수주받은 녹음장비공사 내용에 대하여 보면, 일반고객이 (주)○○통신에 전화를 걸어오면 1차 교환기를 거치게 되는데 이때부터 CTI(Computer Telephony Integration) Server (제어기능)에서 상담원의 회선을 녹음장비와 자동 연결토록 하여 일반고객과 상담원과의 상호 통화내용, 고객 과 상담원 성명 등이 자동녹음 되도록 할 뿐만 아니라 동 녹음내용은 CTI Interface Server에 동 통화내용 등이 D/B화 되어 저장되는 일련의 자동 전화 녹음장치 설치공사인 사실이 (주)○○통신에 대한 현지확인시 확인하였다.
• 다) 피합병법인이 녹음장비공사와 관련하여 (주)○○에 제출한 품목별 견적서 금액과 매입처내용은 아래와 같다. <표3> 녹음장비공사 견적내용 및 계약내용 (단위: 천원, %) 쟁 점 품 목 부분별 매입처 수량 견적가액 공급가액 (세금계산서 발행금액) CTI Interface(sever) 녹음 D/B Server 청구외법인 1 91,800 24GB HDD.Dual Deck. N/W 녹음장비와 녹음 D/B Server 내부 HDD 등 〃 320 223,260 320CH Digital Recorder 녹음장비 특수 Server 직접수입 3 236,119 HDD(24GB)/Upgrade S/W Upgrade용 S/W (주)

○○ 정보 4 37,632 DAT drive 백업테이프 등 〃 8 12,000 Rack Server case (주)○○ 3 2,250 합 계 603,061 419,000 (견적가액 대비 69.5%)

• 라) 피합병법인은 (주)○○으로부터 녹음장비공사를 419,000천원에 최종 하도급을 받아 당초 발주업체인 (주)○○통신에 2000.4.24. 설치를 완료한 후 같은날 (주)○○에 공급가액 419,000천원의 매출세금계산서를 발행한 사실이 세금계산서 등에 의하여 확인된다.
• 마) 당심에서 (주)○○통신의 현지확인시 피합병법인이 설치한 녹음장비공사의 사실여부를 확인한 바, 현재에도 계속 사용하고 있는 사실을 (주)○○통신이 비치하고 있는 납품관련철 및 견적서 등에 의해 확인하였고, 또한, 당초 녹음장비공사 납품을 담당하였던 (주)○○통신의 강○○ 과장으로부터 (주)○○이 1차 수주받아 피합병법인이 실제 납품한 녹음장비는 현재 계속 사용되고 있으며, 동 녹음장비공사는 (주)○○통신 콜센타 7기 증설공사 5개부분 중에서 가장 중요한 부분이며, 특히 녹음장비공사 중에서도 쟁점품목①②는 녹음장비 sever를 포함하여 약 90%를 차지하는 등 녹음장비 공사의 필수적이고 중요한 핵심품목임을 인정하고 있다.
• 바) 피합병법인으로부터 녹음장비를 설치받아 사용하고 있는 (주)○○ 통신의 대리 최○○이 2003.7.3. 작성한 확인서와 당심에서의 전화확인에 의하면, 피합병법인은 쟁점품목①②를 포함한 녹음장비공사를 정상적으로 완료하여 현재 (주)○○통신 콜센타에서 주요한 녹음장비로 사용중임을 인정하고 있다.
• 사) (주)○○의 녹음장비공사 담당자(대리 정○○)의 확인서에서도 피합병법인은 아래와 같이 녹음장비공사를 완료한 후 (주)○○통신에 설치한 사실을 인정하고 있다.

• 아 래 - <표4> 피합병법인의 녹음장비공사 납품내역

1. ○○지역확장 144회선 즉각재생기능(24GB HDD): SCSI 방식 DUAL DECK(DDS-3) 1,760시간 녹음용 NETWORK 지원

2. ○○지역확장 112회선 즉각재생기능(24GB HDD): SCSI 방식 DUAL DECK(DDS-3) 1,760시간 녹음용 NETWORK 지원

3. ○○지역확장 64회선 즉각재생기능(24GB HDD): SCSI 방식 DUAL DECK(DDS-3) 1,760시간 녹음용 NETWORK 지원

4. CTI Interface Server

• ○○ Proliant 5,500 1ea

• ○○ Proliant ML370 ETC 1ea

5. DAT Up-Grade(성북지사 4 set)

○○ GDT-9000 DDS 3 DAT Drive 8ea

6. HDD Up-Grade(성북지사 4 set) 즉각재생기능(24GB HDD): SCSI 방식 ASM Software License 포함

7. SYSTEM Rack 3ea 즉각재생기능(24GB HDD): SCSI 방식 ASM Software License 포함

즉각재생기능(24GB HDD): SCSI 방식 ASM Software License 포함

• 자) 상기와 같은 사실관계에 비추어 볼 때, 피합병법인은 (주)○○으로부터 (주)○○통신 콜센타 7기 증설공사 5개부분 중 중요한 부분인 녹음장비공사를 하청받아 2004.4.24. 정상적으로 설치완료하고 이에 대한 매출세금계산서 419,000천원을 발행한 사실이 확인되므로 동 매출액에 대응되는 녹음장비공사의 핵심품목인 쟁점품목①②의 매입가액이 적정한 가액인지 여부에 대하여는 별도로 살펴본다고 하더라도 동 쟁점품목①②에 대한 매입가액 상당액은 피합병법인의 2000사업연도 소득금액계산시 매출원가로 손금산입함이 합리적이라고 하겠다.

5. 다음, 피합병법인이 (주)○○통신에 녹음장비공사를 하면서 매입하였다고 하는 쟁점품목①의 매입가액 64,822천원과 쟁점품목②의 매입가액 65,445천원의 적정여부에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 피합병법인의 (주)○○에 대한 녹음장비공사 견적가액과 동 공사를 위한 매입가액 및 매입처현황은 아래와 같다고 주장하고 있으나, 처분청에서는 쟁점품목①②에 대하여(다른 품목에 대하여는 다툼이 없음) 청구외법인으로부터 세금계산서를 수취하였다는 이유만으로 쟁점품목①②의 매입액 상당액인 130,267천원을 전액 손금불산입한 사실이 결의서 등에 의하여 확인된다. <표5> 녹음장비공사 계약내용에 따른 구매내역 (단위: 천원, %) 일 자 매 입 품 목 수 량 견적금액 (계약금액) 매입액 매입처 2000.2.18. CTI Interface sever: 쟁점품목① 1 91,800 64,822 청구외법인 2000.3.13. 24GB HDD. Dual Deck.: 쟁점품목② 320 223,260 65,445 〃 2000.02.02. 320CH Digital Recorder 3 236,119 217,380 수입(미국)

2000. 2.17. HDD(24GB)/Upgrade S/W 4 37,632 26,400 (주)

○○ 정보 (000-00-00000) 〃 DAT drive 8 12,000 13,200 〃

2000. 2.15. Rack 3 2,250 1,480 (주)

○○ 엔지리어링 (000-00-00000) 603,061 (419,000) (388,727)

• 나) 위 <표5>에서 본 바와 같이, 녹음장비공사 따른 매입금액 388,727천원은 매출금액 419,000천원의 92.78%로서 부가가치율이 7.2%에 해당하지만 쟁점품목①②의 매입금액 130,267천원을 손금불산입한다면 부가가치율이 38.3%로서 청구법인 (표준소득률 코드 515060)의 전국평균 부가가치율 11.5%(1999년도는 8.9%)에 비해 과다한 것으로 나타나고 있다.
• 다) 또한, 사단법인)한국물가정보에서 발행한 2000년 10월호의 쟁점품목①과 같은 CTI Interface Server 1대 (○○ Proliant 8000과 ○○ Proliant ML370 ETC)의 당시 국내시세는 90,114천원으로서 피합병법인이 매입한 64,822천원은 과다한 매입가액이 아님을 알 수 있고, 쟁점품목②의 매입가액 65,445천원도 2000년 5월의 20.5 GB HDD 시세 71,360천원(ⓐ 223천원 × 320개)과 26GB HDD 시세 90,240천원(ⓐ 282천원 × 320개)과 비교하여 볼 때 과다한 매입가액은 아닌 것으로 보여진다.
• 라) 아래와 같이 녹음장치공사의 1차 수주자인 (주)○○이 (주)하나로 통신에게 제출한 녹음장비공사 견적내용과 피합병법인이 (주)○○에 제출한 견적내용에 비추어 볼 때 쟁점품목①②의 매입금액 130,267천원은 부당하게 과다한 금액으로 보기는 어렵다 하겠다. <표6> 녹음장비공사 견적가액 대비 매출 및 매입가액 현황 (단위: 천원) 품 목 수량 견적가액 피합병법인 주)

○○ → (주)○○통신 피합병법인→(주)○○ 매출가액 매입가액 CTI Interface Server

• ○○ Proliant 5,500

• ○○ Proliant ML370 ETC 1 115,670 91,800 64,822 (쟁점세금 계산서)

○○ 지역확장 144회선

○○지역확장 112회선

○○지역확장 64회선 -즉각재생기능(24GB HDD) -DUAL DECK(DDS-3) 1,760시간 녹음용 320 589,700 459,379 65,445 (쟁점세금 계산서) 320CH Digital Recording System 3 217,380 (직접수입) 소 계 589,700 459,379 282,825 기타 부수자재 등 52,450 51,882 41,080 합 계 757,820 603,061 419,000 388,727

• 마) 당심에서 (주)○○통신의 녹음장비공사 담당자(과장 강○○, 대리 최○○)에게 현지확인과 전화로 확인한 바에 의하면, 피합병법인이 쟁점품목①②에 대한 매입가액 130,267천원은 당시 시세보다 상당히 낮은 가액인 것으로 진술하고 있고 쟁점품목①②는 녹음장비공사에서 핵심품목인 사실을 인정하고 있다.
• 바) 상기와 같은 사실관계와 녹음장비공사의 견적가액, 쟁점품목①②의 매입당시 국내시세 및 납품처인 (주)○○통신의 납품담당직원의 진술 등에 비추어 볼 때 피합병법인이 녹음장비공사의 핵심품목인 쟁점품목①②에 대한 매입가액 130,267천원은 과다한 금액은 아닌 것으로 보여진다.

6. 위와 같은 사실관계를 종합하여 보면, (주)○○통신의 녹음장비공사에 있어 매입사실이 분명히 확인되는 쟁점품목①②의 원가 그 자체를 부인하는 것은 불합리할 뿐만 아니라 쟁점품목①②의 매입액 상당액인 130,267천원은 견적가액과 당시 시세 등에 비추어 볼 때 과다한 금액이 아니므로 최소한 동 130,267천원은 녹음장비공사의 매출액 419,000천원에 대응되는 손금으로 인정함이 합리적이라고 판단됨에도 단순히 쟁점품목①②에 대한 매입세금계산서를 세금계산서만을 수수한 업체도 아닌 청구외법인을 자료상행위를 한 것으로 고발한 사실이 있고, 합병으로 소멸된 피합병법인의 대표자가 합병직후 사망하여 피합병법인과 청구외법인과의 거래에 대한 대금지급사실을 객관적인 증빙에 의하여 소명하지 못한다는 이유만으로 구체적인 확인조사 없이 쟁점세금계산서 금액을 전액 손금불산입함은 사실조사가 미흡한 부당한 처분이라고 판단된다. 다만, 피합병법인이 녹음장비공사시 매입한 사실이 확인되는 쟁점품목①②의 실지 매출처를 구체적으로 조사하여 제세 추징여부를 결정하는 것은 별론으로 한다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있어 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.