체납된 직권폐업법인의 과점주주에 대한 2차 납세의무자 지정 처분이 부당하다는 주장이 맞는지 여부

○○세무서장이 2003.11.19 청구인들을 출자자로서의 제2차납세의무자로 지정하여 납부통지한 12,197,270원(김○○: 법인세 외 8,702,170원, 고○○: 법인세 외 3,495,100원)은 이를 취소합니다.

청구인들은 1994.06.25 주식회사○○연구소(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 설립하여 컴퓨터설계 및 게임개발업을 영위하였으나, 쟁점법인은 2001년 제2기 부가가치세 예정신고 이후부터 제세 신고의무를 이행하지 않았고, 처분청은 2003.2.10 쟁점법인이 제세 신고의무를 이행치 아니하고 사업장이 불분명하다 하여 2001.09.30자로 소급하여 직권폐업시키고, 2002.10.1. 쟁점법인에게 2001.1.1~12.31 사업연도 법인세 2,818,250원을 결정ㆍ고지하고, 2003.10.1 직권폐업일인 2001.9.30 현재의 잔존재화 127,912,000원에 대하여 17,997,218원을 경정ㆍ고지하였으나, 쟁점법인이 동 고지세액을 납부치 않으므로 2003.11.19 과점주주인 청구인들을(김○○ 39.09%, 처 고○○ 15.70%) 제2차납세의무자로 지정하고 지분비율에 따라 지정기일까지의 가산금을 포함하여 8,702,170원 및 3,495,100원을 각각 납부통지하였다. 청구인들은 이에 불복하여 2004.2.19 이의신청을 거쳐 2004.3.24 이 건 심사청구하였다.

청구인들은 2001.10.17 쟁점법인의 주식을 청구외 윤○○, 이○○에게 정상적으로 양도하고, 청구외 윤○○가 대표이사로 있는 주식회사○○씨엔씨의 주식 1%(19,800주)를 대가로 받았으며, 사업양도 이후에도 쟁점법인은 계속 사업을 하고 있었음에도 2001.09.30을 폐업일로 간주하여 잔존재화에 대한 부가가치세 및 2001.01.01 ~ 12.31 사업연도 법인세를 부과하고 청구인들을 제2차납세의무자로 지정하여 납부통지한 처분은 부당하다.

쟁점법인이 2001.12.28 사업장 및 대표자 정정신고를 하였으나, 동 장소의 임대주에게 확인한바 쟁점법인과 계약 및 입주한 사실이 없는 것으로 확인되어 처분청에 제출한 임대차계약서가 허위임이 입증되므로 정상적으로 사업을 영위하지 않았다는 사실이 확인되고, 2001년 무신고하였으므로 2001.09.30자로 직권폐업시킨 처분은 정당하며, 쟁점법인의 주식양도계약서상, 대가로 받기로 한 주식회사○○씨엔씨의 주식을 통일증권 형태로 인수함과 동시에 주식 명의변경을 신청하여야 효력이 발생한다고 되어 있는데도 동 회사의 주주명부에 청구인 김○○이 등재되어 있지 않아 주식양도양수가 이루어진 것으로 볼 수 없으므로 청구인들을 출자자로서의 제2차납세의무자로 지정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인들을 출자자로서의 제2차납세의무자로 지정함에 있어 청구인들이 실질적으로 사업을 양도하였는지 여부와 쟁점법인이 계속 사업을 영위하였는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】

① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자

• 가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
• 나. 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
• 다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 지계존비속 (이하 생략) 2) 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】 (중략)

② 다음 각호의 국세를 납부할 의무는 제1항의 규정에 불구하고 당해 각호의 시기에 성립한다. (중략)

3. 중간예납하는 소득세ㆍ법인세 또는 예정신고기간에 대한 부가가치세에 있어서는 중간예납기간 또는 예정신고기간이 종료하는 때 (이하 생략) 3) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때 (이하 생략) 4) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】(중략)

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. (이하 생략) 5) 부가가치세법 시행규칙 제6조 【폐업일의 기준】

① 법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. (이하 생략) 6) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청이 2003.2.10 쟁점법인을 2001.9.30자로 소급하여 직권폐업시키고, 2002.10.1. 쟁점법인에게 2001.01.1 ~ 12.31 사업연도 법인세 2,818,250원을 결정ㆍ고지하였으며, 2003.10.01 직권폐업일인 2001.09.30 현재의 잔존재화에 대하여 부가가치세 17,997,218원을 경정ㆍ고지하였고, 2003.11.19 과점주주인 청구인들을(김○○ 39.09%, 처 고○○ 15.70%) 제2차납세의무자로 지정하여 8,702,170원 및 3,495,100원을 각각 납부통지한 사실이 처분청의 직권폐업복명서, 제세결정결의서 및 제2차납세의무조사서 등에 의해 확인되며, 처분청은 직권폐업일인 2001.09.30 이후에도 2002년 제1기분 부가가치세 175,670,200원, 2002년 제2기분 부가가치세 30,118,500원 및 2002.1.1~12.31 사업연도 법인세 428,143,210원을 2003.12.01 및 2004.03.01자로 결정ㆍ고지한 사실이 전산자료에 의해 확인된다.

2. 청구인들은 2001.10.17자로 사업을 양도하였다고 하나 이후 쟁점법인이 법인세 신고를 이행치 않아 주주가 변경된 주식변동상황명세서의 제출이 없었고, 쟁점법인의 주식양도계약서상에 쟁점법인 주식의 양도 대가로 주식회사○○씨엔씨의 통일증권을 인수함과 동시에 주식 명의변경을 신청하여야 효력이 발생한다는 조항을 이행치 않아 동 법인의 주주명부상 청구인들이 등재되어 있지 않는 등 처분청에 의무적으로 제출토록 되어 있는 관계법령에 규정된 서류상으로는 청구인들의 주식양도 사실이 확인되지 않는다.

3. 청구인들이 제출한 주식양도계약서를 보면 2001.10.17자로 청구인 김○○이 본인의 지분 39%를 청구외 윤○○와 이○○에게 양도한다고 되어 있어, 양수자 중 1인이며 후임 대표이사인 이○○을 2004.06.22 당심에 출두 요구하여 당시의 정황에 대하여 확인한바, “2001.10.17 쟁점법인의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 사무실에서 청구외 윤○○와 본인, 청구인 김○○ 3인이 계약서를 체결하고 동 일자로 사업을 인수하였으며, 며칠 후 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 주식회사○○씨엔씨의 사무실로 사업장을 이전하였고, 이 때 인수받은 직원 6~7명도 동 사무실에서 계속 근무하였으며, 2001.10.28 청구외 김○○에게 쟁점법인의 주식 39%를 재차 양도하였고(주식양도계약서 제출), 2002. 3~4월경 ○○로 소재 쟁점법인을 방문한바, 정상영업을 하고 있는 것을 목격하였다”고 진술하고 있다.

4. 쟁점법인의 2000년도 주식변동상황명세서를 보면 창업투자사인 청구외 ○○금융주식회사가 결성한 ○○투자조합이 5억원을 투자하여 쟁점법인의 주식 15.7%를 보유하고 있고, 정보통신부에서 51.38%를 출연한 특수법인○○공제조합에 15,000,000원 가량의 소프트웨어개발 지원자금 채무가 남아 있는바, 이들 관계인이 모르게 경영권 및 채무가 이전될 수는 없을 것으로 판단되어 이에 대하여 살펴보면,

• 가) ○○금융주식회사와 청구인 김○○간에 주고 받은 공문내용을 보면 청구인 김○○이 2001.10.10 ○○금융주식회사에 본인의 주식 39%와 경영권을 양도하고자 한다는 내용의 공문을 발송하였고, 이후 2002.05.29 ○○금융주식회사는 청구인 김○○에게 내용증명에 의해 발송한 공문에서, “당초 청구인 김○○의 지분만 양도한다고 하였는데 쟁점법인의 주주명부를 확인한 바, 청구인 김○○의 지분 39.09%(996,000주)뿐만 아니라 청구인의 처 고○○의 지분 15.70%(400,000주)까지 양도되었음이 확인되므로 실질적인 내용을 밝혀 줄 것을 요구”하면서, 2000.11.15자로 대표이사 전○○이 확인한 주주명부를 첨부하였는데, 동 주주명부에는 청구외 전○○이 청구인들의 지분 54.79%를 모두 소유하고 있는 것으로 등재되어 있는바, 2000.11.15은 주식양도 전이므로 2001.11.15을 착오로 기재한 것으로 보이며, 법인등기부등본상 청구외 전○○은 2001.12.26 쟁점법인의 대표이사로 취임한 것으로 등재되어 있으나 이는 쟁점법인 양수자의 내부문제이고, 위 내용을 종합하여 볼 때 ○○금융주식회사가 청구인들이 2001.11.15 이전에 경영권 및 주식을 양도한 것을 확인한 것을 알 수 있다.
• 나) 다음으로, 당심이 특수법인○○공제조합에 확인한바, 2002.1.4 청구외 전○○이 쟁점법인의 채무에 대하여 연대보증한 서류가 확인되고, 동 조합에서 채권상환 독려차 쟁점법인에 출장하여 작성한 2002.04.12자 복명서에 의하면 쟁점법인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 5층에서 병역특례자 3명과 게임을 개발하고 있으며, 동 사업장은 쟁점법인의 실질소유주인 청구외 이○○과 임대차계약이 체결되어 있다고 기록하고 있고, 2002.07.18자 출장복명서에는 이전한 사업장(소재지 미기록)을 확인하였으며, 실질소유주인 청구외 이○○과 채무변제에 대하여 약속하였다고 기록하고 있는 점으로 볼 때, 쟁점법인의 실질소유주가 청구외 이○○인지 청구외 전○○인지는 별론으로 하고 청구인들이 사업을 양도한 사실과 2002.07.18까지도 사업장이 존재하고 있었던 사실을 확인하고 있다.

4. 또한, 청구인들이 비록 쟁점법인의 주식양도시 정상적인 절차를 거치지 못하였다 하더라도 대가로 받은 주식회사○○씨엔씨의 통일증권을 보유하고 있고, 동 주식은 명의개서를 하지 아니하더라도 보유함으로써 주주로서의 권리가 유효하며, 쟁점법인의 주식 양도 후인 2001.10.25. 2001년 제2기 부가가치세 예정신고도 정상적으로 이루어졌고, 처분청이 직권폐업일 이후분에 대하여도 계속 부가가치세 및 법인세를 결정ㆍ고지하였다는 사실 등에서도 직권폐업이 잘못되었다는 것을 알 수 있다 할 것이다.

5. 결론적으로, 청구인 김○○의 쟁점주식 양도는 2001.10.17이고, 처 고○○의 양도일은 불분명하나 청구외 전○○이 확인한 주주명부를 보면 2001.11.15 이전에 양도한 것으로 보이며, 쟁점법인은 적어도 2002.07.18까지는 존속하였던 것으로 추정되는바, 처분청이 사업장 및 실질소유주에 대한 조사를 소홀히 한 점이 인정된다 할 것이며, 청구인들은 주식양도일인 2001.10.17 이전에 납세의무가 성립된 국세에 한하여는 제2차납세의무를 지어야 할 것이므로 처분청이 2003.10.01 고지한 2001년 제2기분 부가가치세가 이에 해당한다 할 것이나, 동 고지 내용은 2001.09.30을 폐업일로 보아 폐업시 잔존재화에 대해 과세한 것이므로 당연히 청구인들에게는 제2차납세의무가 없다 할 것이어서 처분청이 청구인들에게 지정한 출자자로서의 제2차납세의무는 취소되어야 할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.