전산상의 기술적인 오류발생이 가산세 부과 대상에서 제외될 수 있는지 여부

○○세무서장이 2004. 2. 1. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2002.1.1. ~ 12.31. 사업연도 법인세 157,235,850원은 이를 취소합니다.

청구법인은 서울특별시 강남구 ○○동 ○○번지에서 휴대전화 등 무선 통신업을 영위하는 법인으로서 2002.1.1. ~2002.12.31. 사업연도(이하 “2002 사업연도”라 한다) 매출ㆍ매입처별 계산서합계표(이하 “계산서합계표”라 한다)를2003년 1월 전산매체(3,5인치 디스켓, 이하 “디스켓”이라 한다)로 제출하였다. 처분청은 청구법인의 2002 사업연도 계산서합계표 제출일람표에 의하여 매출 182,749,000원, 매입 15,540,836,000원, 합계 15,723,585,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매출 및 매입계산서(이하 “계산서”라 한다)의 명세가 누락된 것을 확인하고, 쟁점금액의 1%에 해당되는 금액을 계산서합계표불성실가산세(이하 “가산세”라 약칭한다)로 결정하여 2004.2.1. 2002 사업연도 법인세 157,235,000원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.2.17. 이건 심사청구 하였다.

청구법인은 2002 사업연도 계산서합계표를 디스켓에 수록한 후 디스켓표면에 계산서 건수 및 금액 총액을 빠짐없이 기재하여 2003년 1월에 처분청에 제출하였으나 ERP 전산시스템의 외주관리를 맡은 청구외 법인 (주)○○ ERP전산시스템(이하 “외주업체”라 한다)의 실수로 디스켓에 복사하는 과정에서 쟁점금액의 계산서 명세가 누락되는 실수를 한 것이다. 처분청은 청구법인이 쟁점금액을 통째로 누락하였다고 하면서 가산세를 부과하였으나 청구법인은 디스켓에 표면에 기재된 건수 및 금액 모두가 정상적으로 기재된 것으로 알고 제출하였다. 법인세법시행령 제120조 제10항 단서에는 “제출된 매출ㆍ매입처별합계표의 기재사항이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부한 또한 교부받은 계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제76조 제9항 제2호에 규정하는 사실과 다르게 기재된 매출ㆍ매입처별계산서합계표로 보지 아니한다.”고 규정되어 있고, 소득세사무처리규정 제59조에 의하면 납세자가 디스켓으로 계산서합계표를 제출하는 경우 세무서장은 익년 1월 31일까지 제출된 디스켓에 대하여 오류를 검증하고 오류가 발생되었을 경우 다시납세자로부터 정정된 디스켓을 제출받아 적합성 검증을 한 후 2월 20일까지 국세청 전산실로 입력ㆍ송부하도록 하여 납세자에게 오류를 경정할 수 있는 기회를 주도록 하고 있는 점에 비추어 이러한 절차를 이행하지 아니하고 청구법인에게 가산세를 부과함은 부당하다.

청구법인은 디스켓 관련작업은 외주업체의 실수로 디스켓 입력작업 중에 오류가 발생된 것이라고 주장하고 있으나, 디스켓 입력작업은 외주업체 단독으로 하는 것이 아니고 청구법인 전산팀 직원의 관리책임하에 하는 것으로 최종 책임은 청구법인이지는 것이며, 디스켓을 처분청에 제출하기 전에 한번이라도 정상수록 여부를 검토하였어야 할 것이고, 디스켓 표면에 계산서 건수 및 금액 총액을 빠짐없이 기재하여 제출하였다는 청구주장도 처분청의 관계공무원이 제출된 디스켓에 대하여 오류내용을 빠짐없이 검토하여 오류가 없는 상태로 송부하였는데도 쟁점금액이 누락된 점으로 보아 청구법인이 당초부터 쟁점금액을 누락한 것으로 보이므로 (이를 입증할 수 있는 청구법인이 제출한 디스켓 및 관련 공문은 청사 이전시 분실) 처분청이 법인세법 제76조 제9항 의 규정에 의하여 가산세를 부과한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 디스켓으로 제출한 매출ㆍ매입처별 계산서합계표에 대하여 오류발생 원인이 법인세법상 가산세 부과 대상에서 제외될 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제76조 【가산세】

① ~ ⑧ 생략

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다. (1998.12.28 개정)

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 (2001.12.31 개정) 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.(1998.12.28 개정)

② ~ ④ 생략

⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표(이하 “매출ㆍ매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(2001.12.31개정)

⑥ 부가가치세법에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항내지 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 계산서 등을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다. (2001.12.31 개정)

⑦ 계산서 등의 작성ㆍ교부 및 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2001.12.31 개정) 법인세법시행령 제120조 【가산세의 적용】

① ~ ⑨ 생략

⑩ 법 제76조 제9항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항”이라 함은 거래처별 사업자등록번호 및 공급가액을 말한다. 다만, 제출된 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 기재사항이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부한 또는 교부받은 계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제76조 제9항 제2호에 규정하는 사실과 다르게 기재된 매출ㆍ매입처별계산서합계표로 보지 아니한다. (1998.12.31 개정) 법인세법시행령 제164조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 소득세법시행령 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다. (2002.12.30 개정)

② ~ ③ 생략

④ 법 제121조 제5항에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 매년 1월 31일을 말한다.(2001.12.31 개정)

⑤ 법인은 재정경제부령이 정하는 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제4항에 규정한 기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(2001.12.31 개정)

⑥ 소득세법시행령 제212조 의 규정은 이 영에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 제5항의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 이를 준용한다.(2001.12.31 개정) 소득세법시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】

① ~ ⑥ 생략

⑦ 사업자가 다음 각호에서 정한 방법에 따라 계산서를 전송하고 그 자료를 보관하는 경우에는 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부한 것으로 본다.(2001.12.31 개정)

1. 제1항 각호의 기재사항을 정보통신망에 의하여 전송(제2호의 방식에 의한 전송을 제외한다)하고 이를 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 보관하는 경우 (2001.12.31 개정)

2. 제1항 각호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 인증시스템을 거쳐 인터넷에 의하여 전송하고 이를 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 보관하는 경우 (이하 생략) 소득세법시행령 제212조 【매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출 등】

① 생략

② 제211조의 계산서의 작성ㆍ교부 및 제1항의 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부가가치세법 제16조 및 제20조와 동법시행령 제54조 내지 제59조ㆍ제66조ㆍ제66조의 2 및 제67조의 규정을 준용한다. (이하 생략) 부가가치세법시행령 제66조 【세금계산서합계표의 제출방법】 사업자가 국세청장이 정하는 바에 따라 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 기재사항을 모두 기재한 전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 제출하는 경우에는 법 제20조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 것으로 본다. 국세기본법시행령 제65조의5 【과세자료의 제출협조 등】

① 법 제85조 제1항의 규정에 의하여 과세자료를 제출할 의무가 있는 자와 동조 제2항의 규정에 의하여 과세에 관계되는 자료 또는 통계를 통보할 의무가 있는 자가 전자계산조직을 운영하고 있는 경우에 국세청장은 국세행정의 효율적인 집행을 위하여 당해자료를 국세정보통신망에 의하여 전송하거나 디스켓 또는 자기테이프 등 전자기록매체로 제출할 것을 요청할 수 있다. (2002.12.30 개정)

② 제1항의 요청을 받은 자는 정당한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다. (2003.12.30 개정) 소득세사무처리규정 제59조

① 세무서장(징세과장 또는 납세자보호과장)은 법제163조 제5항의 규정에 의하여 제출받은 계산서합계표를 오류가 없도록 보완하여 다음과 규정한 날까지 입력하여야 한다.

1. 면세사업자가 사업장현황신고와 같이 제출한 계산서합계표: 2. 20

2. 겸업자 및 과세사업자가 부가가치세 예정(확정)신고와 함께 제출한 계산서합계표: 5. 20, 8. 20, 11.20, 2. 20. (2000. 12. 6 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 2002년도 계산서를 디스켓으로 제출하면서 디스켓 표면에 계산서 건수 및 금액 총액을 빠짐없이 기재하여 처분청에 제출하였다는 증빙으로 회사보관용 디스켓을 제출하고 있으나 처분청은 이에 대한 디스켓 및 관련 공문을 분실하고 제출하지 못하고 있는바, 이에 대한 불이익은 청구법인에 물을 수 없으므로 청구법인은 디스켓에 표면에 기재된 건수 및 금액 모두가 정상적으로 기재하여 제출한 것으로 보는 것이 타당한 점, 쟁점금액의 대부분(98.8%)은 청구법인이 교부받은 매입계산서로 청구법인이 고의로 계산서합계표 제출을 누락할 필요성이 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장대로 외주업체의 단순한 실수로 디스켓에 복사 하는 과정에서 쟁점금액의 계산서 명세가 누락되는 실수를 한 것으로 보여진다. 청구법인은 계산서합계표를 전산디스켓으로 법정제출 기한내에 제출하였고, 그 오류제출자료의 원인이 고의성이 없고 전산프로그램상의기술적인 오류에 기인된 것으로 보이며, 디스켓의 수록작업을 외주업체에 맡겨 청구법인으로서는 수록 오류를 사전에 파악하기 매우 어려웠던 점과 전산매체의 특성 등을 감안할 때 제출된 계산서합계표의 기재사항이 착오로 누락된 것으로 인정되고 교부받은 계산서 등에 의하여 거래사실의 확인이 가능하다고 인정되므로 관계법령이 정한 사실과 다르게 기재된 계산서합계표로 보기 어렵다고 판단(국심 2002서3, 2002.10.22, 같은 뜻)되므로 청구법인에게 가산세를 부과한 당초처분을 취소함이 타당하다고 판단된다.
• 라. 결론 이건 심사청구는 청구주장에 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.