과점주주로서 출자자의 제2차납세의무자에 해당하는 교회인지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구교회는 1996. 10. 2 ○○주식회사(이하 “청구외법인” 이라 한다) 로부터, ○○구 ○○동 A번지 대지128.4㎡, 같은 동 B번지 대지 2,359.7㎡, 같은 동 C번지 대지 1,400.4㎡, 같은 동 D번지 대지306㎡ 합계 4필지 4,194.5㎡ 및 그 지상 건물 759.52㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 38억원에 매입하였고, 처분청은 청구교회가 청구외법인의 과점주주로서 특수관계이고, 청구외법인이 청구교회에 쟁점부동산을 저가 양도한 것으로 보아기준시가에 의해 평가하여 부당행위계산부인하고, 2003. 12. 2 청구외법인에게 1996. 1. 1 ~ 12. 31 사업연도법인세 1,214,606,320원(특별부가세 498,617,380원 포함)을 결정ㆍ고지하고, 청구교회를 출자자로서의 제2차납세의무자로 지정ㆍ납부통지하였다. 청구교회는 이에 불복하여 2004. 2. 16 이 건 심사청구하였다.

• 가. 처분청은 청구교회가 청구외법인의 주식을 100% 소유하고 있는 과점주주라 하나, 청구교회는 1995년 청구외법인의 총주식40,000주 중 36,643를 소유하다가 쟁점부동산의 매입 이전에 주식을 전부 처분하여 실질적으로 소유주식이 없음에도 불구하고, 담임목사인 청구외 유○○이 동 청구 건과 관련하여 부정한 방법으로 특별부가세와 법인세 1,989,900,243을 포탈하였다는 공소사실로 ○○지방법원에 기소되자 이를 근거로 별다른 조사도 하지 아니한 채, 청구교회가 주식을 위장분산한 것으로 보아 청구교회를 청구외법인의 주식을 100% 소유한 과점주주로 보고 출자자로서의 제2차납세의무자로 지정ㆍ납부통지한 처분은 부당하다.
• 나. 청구교회는 1995. 4. 7 청구외 ○○화학공업주식회사로부터 쟁점부동산의 사이에 위치한 ○○구 ○○동 E번지 대지340.5㎡를 ㎡당 약 881,057원 합계 3억원에 매수한 사실이 있는바, 쟁점부동산의 매매시점은 1996. 10. 2로 그동안 쟁점부동산의 개별공시지가는 거의 변동이 없었고, 청구교회는 쟁점부동산을 매입하면서 위 방학동 E번지 대지의 ㎡당 가격인881,057원에 준하여 그 보다 24,891원이 더 많은 ㎡당 905,948원으로 총 38억원에 매입하였으므로 실지거래사례에 비추어 정당함에도, 처분청은 매입일로부터 1년 6개월 전인 1995. 3. 23자 감정평가서를 근거로 38억원이 저가라고 보았으나, 동 감정평가서는 쟁점부동산이 교회에 인접해 있어 기피시설이라는 점을 반영하지 않았고, 위 방학동 E번지 대지의㎡당 매매실례가격이 881,057원임을 비추어 볼 때 과다평가 되었으므로 이를 근거로 청구외법인이 저가 양도한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 다. 처분청은 쟁점부동산 중 건물부분의 시가를 과세시가표준액으로 산정하여 평가액에 포함하였는바, 청구교회는 교회 건물을 신축하기위해 쟁점부동산을 취득하였기에 건물부분은 철거할 예정이었고, 동 건물은 노후된 폐차장 시설로 경제적 가치가 전혀 없으므로, 이러한 경우 토지의 가격만을 산정하여 매매대금을 결정하는 것이 일반적인 관행임에도, 건물의 과세시가표준액을 쟁점부동산의 평가액에 포함하여 과세한 처분은 부당하다.
• 라. 처분청이 청구외법인에 대하여 1996. 1. 1 ~ 12. 31 사업연도 법인세를 2003. 12. 2에 과세한 처분은 부과제척기간인 5년을 경과한 처분이므로 부당하다.

• 가. 청구교회는 처분청이 별도의 조사도 하지 않은 채 청구교회를 청구외법인의 과점주주로 보고 제2차납세의무자로 지정하였다고 주장하나, 처분청은 2000. 12. 13 ○○지방검찰청 특수3부로부터 “청구교회가 과점주주로서 부담해야 할 약 20억원 상당의 출자자의 제2차 납세의무를 부정한 방법으로 포탈한 것으로 확인되었으므로 청구교회 담임목사인 청구외 유○○을 고발 조치하였는바,조세범칙과 관련한 ○○지방검찰청의 수사결과 청구교회가 청구법인의 100% 실질주주임이 확인되었고, 처분청 또한 검찰의 수사기록에 대하여 검토한 바 청구교회가 과점주주로서 특수관계임을 확인하였으므로 청구교회를 출자자로서의 제2차납세의무자로 지정한 처분은 정당하다.
• 나. 청구교회는 처분청이 1995. 3. 23자 감정평가서를 근거로 청구교회의 매입가격 38억원이 시가가 아니라고 단정하였다 하나, 처분청은 청구외법인의 양도가액과 공시지가 및 감정가액과의 차이를 비교한 바, 부당행위계산의 기초가 되는 시가의 산정에 있어서 양도일과 감정평가일간에는 1년 6월의 시차가 있어 당해 감정가액을 시가로 볼 수 없기에, 구 법인세법시행규칙 제16조의2 및 구상속세법 시행령 제5조 제2항 제1호 및 제1호의2의 규정에 의하여 평가한 가액을 시가로 산정함이 타당하여, 토지는 개별공시지가로 건물은 과세시가표준액에 의한 가액을 시가로 하여 시가와의 차액을 부당행위계산부인하였으므로, 당초 처분은 정당하다.
• 다. 청구교회는 쟁점부동산을 매수한 후 건물부분을 철거할 예정이었고 동 건물은 경제적가치도 없는바, 이러한 경우 토지의 가격만을 산정하여 매매대금을 결정하는 것이 일반적 거래관행이므로, 건물부분의 과세시가표준액을 제외한 토지의 가액만을 기준으로 하여 시가가 산정됨이 마땅하다고 주장하고 있으나, 그렇다면 청구교회의 실지매입가액인 38억원에는 건물의 가액이 포함되지 않아야 하나, 청구교회의 당시 담임목사인 청구외 유○○의 1996. 11. 27자 사실확인서를 보면 “건물매입액이 5천만원이고 부지매입액이 37억5천만원”이라고 확인하고 있고, 이를 근거로 비추어 볼 때 건물가액을 포함한 가액으로 매입한 사실임이 명백히 드러나는 바, 처분청의 처분은 정당하다.
• 라. 청구교회는 청구외법인에 대한 이 사건 부과처분은 부과제척기간인 5년을 도과하였으므로 부당하다고 주장하나, 청구법인은1996. 1. 1 ~ 12. 31 사업연도 법인세에 대하여 법정신고기한 내에 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로, 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 의 규정에 해당하여 국세부과의 제척기간이 7년이므로 이 사건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 청구교회가 청구외법인의 주식을 100% 소유한 과점주주로서, 특수관계 및 출자자로서의 제2차납세의무자에 해당하는지 여부와

2. 청구외법인의 쟁점부동산의 양도가 저가 양도에 해당되는지 여부,

3. 쟁점부동산의 평가액에 건물부분 평가액을 포함한 것이 정당한지 여부,

4. 처분청의 과세처분이 부과제척기간을 경과한 위법한 처분인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】(1998.12.28 법률 제5579호로 개정되기 전의 것)

① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여제2차 납세의무를 진다.

2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자

• 가. 주식을 가장 많이 소유하거나 출자를 가장 많이 한 자
• 나. 법인의 경영을 사실상 지배하는 자 (이하 생략)

2. 구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】(1998.12.28 법률 제5582호로 개정되기 전의 것) 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

3. 구 법인세법시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】(1998.12.28 법률 제5582호로 개정되기 전의 것)

① 법 제20조에서 “특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 출자자(소액주주를 제외한다.)와 그 친족 (중략)

② 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당 우”라 함은 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(중략)

4. 출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때 (이하 생략)

4. 구 법인세법시행규칙 제16조의2 【시가의 범위 등】(1998.12.28 법률 제5582호로 개정되기 전의 것) 영 제46조의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다.(단서 생략)

5. 구상속세법시행령 제5조【상속재산의 평가방법】(1996.12.31 대통령령 제15193호로 개정되기 전의 것)

① (생략)

② 유형재산(유가증권을 제외한다)의 평가는 다음 각호에 의한다.

• 가. 나목의 경우를 제외하고는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가에 의한다. 다만, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 총리령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. (생략) 1의2. 건물의 평가
• 가. 나목의 경우를 제외하고는 지방세법시행령 제80조 의 규정에 의한 시가표준액에 의한 가액에 의한다.(이하 생략) 6) 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구교회는 청구외법인으로부터 쟁점부동산을 38억원에 매입하였고, 처분청은 청구교회와 청구외법인이 특수관계자이며, 청구외법인이 쟁점부동산을 청구교회에 저가로 양도하였다 하여 양도가액 38억원과 기준시가로 평가한 4,785,575,130원과의 차액 985,575,130원을 부당행위계산부인하여 청구외법인에게 1,214,606,320원을 과세하고, 청구교회를 제2차납세의무자로서 지정하였음이 처분청의 조사서 및 경정결의서, 제2차납세의무자 지정통지서 등에 의해 확인된다.

2. 청구주장에 대하여 쟁점별로 살펴본다.

• 가) 청구교회와 청구외법인이 특수관계 및 제2차납세의무자에 해당하는지 여부를 보면, 청구교회는 1995년 청구외법인의 총주식 40,000주 중 35,643주를 소유하다가 쟁점부동산의 매입일인 1996. 10. 2 이전에 모두 처분하여 특수관계가 아니라며 제2차납세의무자에도 해당하지 않는다고 주장하고 있고, 처분청은 2000. 12. 13 ○○지방검찰청으로부터 “청구교회가 과점주주로서 부담해야 할 약 20억원의 출자자의 제2차 납세의무를 부정한 방법을 포탈한 것이 확인되었으므로 청구교회의 담임목사인 청구외 유○○에 대해 고발장을 제출하여 줄 것”을 의뢰받고 2000. 12. 14 청구외 유○○을 조세범처벌법 위반혐의로 ○○지방검찰청에 고발하였고, 그 수사기록에서 관련인들(명의위장 주주 등)의 진술에 의하면, “청구교회는 1992년 3월부터 1995년 3월까지 청구외법인의 주식을 100% 매입하였고, 1994년 10월경 청구교회 사무실에서 청구외 유○○ 제직위원회를 열어 청구외법인의 부지에 교회를 신축하려면 청구교회가 소유하고 있는 주식을 분산시켜야 한다고 제안하여 당시 제직위원 약 24명이 모두 찬성하였고, 이후 교인 등의 명의로 주식을 위장분산하였다”고 진술하며 주변정황을 상세히 설명하고 있는 점으로 볼 때 관련인들이 허위진술을 하였다고는 보이지 않으며, 이에 근거하여 처분청이 청구교회를 100%과점주주로서 특수관계자로 보고 출자자로서의 제2차납세의무자로 지정한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 인정되고,
• 나) 청구외법인이 쟁점부동산을 청구교회에 저가에 양도하였는지 여부를 보면, 청구교회는 1995. 4. 7 ○○동 E번지 대지 340.5㎡를 ㎡당 881,057원, 합계 3억원에 매입하였고, 쟁점부동산은 이 보다 24,891원이 더 많은 ㎡당 905,948원에 매입하였으므로 방학동 E번지의 매매실례가에 비하여 저가가 아님에도 처분청은 1995. 3. 23자 감정평가서를 근거로 38억원이 저가라고 보았다고 주장하고 있으나, 청구교회는 위 ○○동 E번지 대지를 3억원에 매입하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 쟁점부동산의 매매가액 38억원은 감정평가액인 5,376,056,400원 대비70.68%, 기준시가인 4,785,575,130원 대비 79.4%에 불과한 점으로 볼 때, ○○동 E번지 대지의 거래를 매매실례가액으로 인정하기에는 무리가 있고, 처분청은 매매일과 감정평가일 간에는 1년 6월의 시차가 있다 하여 감정평가액을 적용하지 않고 기준시가를 적용하여 평가하였으므로 처분청의 평가는 정당한 것으로 보이며,
• 다) 청구교회는 처분청의 쟁점부동산 평가에 대해 경제적 가치도 없는 건물부분을 평가액에 포함한 것은 잘못이라고 주장하나, 청구외 유○○이 1996. 11. 27 ○○세무서장에게 제출한 사실확인서를 보면 “건물매입액이 5천만원이고, 부지매입액이 37억5천만원” 이라고 되어 있는바, 청구교회가 비록 건물부분의 대가를 지불한 것이 확인되므로 이 또한 처분청의 평가에 잘못이 없어 보이고,
• 라) 청구교회는 처분청이 1996. 1. 1 ~ 12. 31 사업연도분 법인세를 2003. 12. 2 에 과세한 처분은 부과제척기간인 5년을 경과한 처분이므로 부당하다고 주장하나, 동 사업연도분 법인세는 처분청에서 수시부과한 사실은 있으나 이로 인하여 청구외법인의 신고의무가 면제되는 것은 아님에도, 청구외법인은 신고기한내에 자진신고한 사실이 없으므로 이 경우 무신고에 해당하여 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 의 규정에 의해 부과제척기간이 7년에 해당하고, 동법 동조 제1항 제1호에 “납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하는 경우에는 부과제척기간이 10년”으로 규정되어 있어 청구외법인의 경우에는 위 각호 모두에 해당한다 할 것이므로 처분청의 과세처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.