부동산 양도에 따른 신고누락으로 과세한 처분에 대해 부당하다는 주장이 맞는지 여부

○○세무서장이 2004.1.1. 청구법인에게 경정 ․ 고지한 1998사업연도 법인세 1,759,210원과 특별부가세 3,902,960원은,

1. 청구법인이 양도한 토지 및 건물의 양도가액, 취득가액 및 세무상 장부가액을 재조사하여 그 결과에 따라 각 사업연도에 대한 법인세 및 특별부가세 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 각 사업연도에 대한 법인세 과세표준 계산시 공제가능한 이월결손금을 각 사업연도 소득금액에서 차감하는 것으로 하여 경정합니다.

• 가. 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재에서 특수화물 운수업을 영위하는 법인으로, 청구법인은 1998.1.6. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 잡종지 849㎡l 및 동 소 ○○번지 소재 잡종지 639㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 쟁점토지 소재지 지상 경량철골조 패널지붕 단층 자동차 관련시설 66㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도한 사실이 있는데, 1998.1.1.~12.31. 사업연도(이하 “1998사업연도”라 한다)에 대한 법인세 신고시 쟁점부동산의 양도에 따른 법인세 및 특별부가세 신고를 누락하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 22,127,240원(이하 "쟁점양도가액"이라 한다)으로 확인하고, 취득가액은 11,250,000원(이하 "쟁점취득가액"이라한다)으로 계산하여 2004.1.1. 청구법인에게 1998사업연도 법인세 1,759,210원과 특별부가세 3,902,960원, 합계 5,662,170원을 경정 ․ 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.2.3. 이 건 심사청구하였다.

청구법인은 1998.1.6. 쟁점부동산을 청구외 ○○통운주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 22,127,240원에 양도한 것은 사실이나, 청구법인의 장부에 의하면 쟁점토지의 장부가액은 188,270,710원이고, 쟁점건물의 장부가액은 32,649,000원으로 되어 있어, 청구법인은 쟁점부동산의 양도로 인하여 처분손실이 발생하였는데도 이 건 법인세 및 특별부가세를 경정 ․ 고지하는 것은 부당하다.

국세청, 전산자료에 의하면 청구법인은 1996사업연도 중에 쟁점부동산외에는 취득한 사실이 없으며, 청구법인이 주장하는 쟁점토지의 188,270,710원 및 쟁점 건물의 취득가액 32,649,000원은 쟁점부동산 취득당시인 1996사업연도 대차대조표 금액이 아니고, 2002사업연도의 대차대조표상금액이며, 쟁점부동산의 쟁점취득가액을 청구법인의 세무사사무실에서 제출하여 준 쟁점부동산 취득계약서에 의하여 확인된 금액으로 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액을 실거래가액으로 계산하여 이 건 법인세 및 특별부가세를 경정 ․ 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 양도한 쟁점부동산의 장부가액 및 취득가액이 얼마인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제9조 【각사업연도의 소득】 - 1998.12.28. 개정전 규정

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다. 2) 법인세법 시행령 제12조 【수익과 손비의 정의】

① 법 제9조 제2항에서 "수익" 이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

② 법 제9조 제3항에서 "손비" 라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

1. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 3) 법인세법 제59조 의 2 【 과세표준】

① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지 ․ 건물 ․ 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지등” 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

② 제1항에서 “양도”라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 다만, 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 및 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 상속세법의 규정에 의하여 상속세 과세가액에 산입되지 아니한 재산 또는 증여세가 면제되는 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

④ 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다.

⑤ 법인이 토지등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

⑥ 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

⑦ 제3항에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 토지 (1995. 12. 29 개정 ; 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 부칙) 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가 (이하 “개별공시지가” 라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. 2.건물 제3호의 경우를 제외한 건물의 경우에는 대통령령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액

⑨ 제7항의 규정에 의하여 산정한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우 양도당시 기준시가나, 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의하여 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가등 기준시가의 산정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 법인세법 시행령 제124조 의 5 【기준시가의 산정】

① 법 제59조의 2 제7항 제4호에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액" 이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.)

1. 제124조의 3 제4항 제2호 및 제3호의 자산 상속세 및 증여세법시행령 제51조 의 규정을 준용하여 평가한 가액

2. 제124조의 3 제4항 제1호의 자산 (1998. 5. 16 직제개정) 양도자산의 종류 ․ 규모 및 거래상황등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 국세청장이 평가한 가액

3. 제124조의 3 제9항의 자산 (1998. 5. 16 직제개정) 소득세법시행령 제165조 제1항 의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기나 평가액은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여, 장부분실등의 사유로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 적용한다.

② 법 제59조의 2 제4항에서 “대통령령이 정하는 산식” 이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다.

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 양도가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조제7항 의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가를 말한다.)

2. 양도가액이 분명하지 아니한 경우 취득가액 × 양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조제7항 의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가를 말한다.) 취득당시의 기준시가

③ 법 제59조의 2 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법” 이라 함은 다음 각호의 방법을 말한다.

1. 기준시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가 법인이 감정한 가액에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 국세청 전산자료에 따르면 청구법인은 1993.9.1. 설립한 운수업을 영위하는 법인으로 ○○도 ○○시 ○○면 ○○ ○○번지 소재에서 최초로 개업하였다가 두 번에 걸쳐 사업장을 옮긴 사실과 청구법인의 대표자도 다섯 번 바뀐 사실이 확인된다.

2. 청구법인은 쟁점부동산을 1998.1.6. 청구외법인에게 양도한 사실이 있는 데도 이에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고누락한 사실이 있는 바, 처분청이 제출한 쟁점부동산의 양도시 작성한 부동산매매계약서(이하 "쟁점양도계약서"라 한다)에 의하면, 쟁점부동산의 양도가액은 22,127,240원으로 확인되나, 쟁점양도가액을 토지 및 건물로 구분한 사실은 없이 일괄로 양도한 사실이 확인되고, 쟁점양도가액에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼은 없다.

3. 처분청이 청구법인의 세무사사무실로부터 제출받은 쟁점토지의 취득시 작성한 부동산매매계약서 (이하 "쟁점취득계약서"라 한다)에 따르면 쟁점토지 중 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 잡종지 849㎡ 는1996.5.22. 청구외 이○○로부터 6,425,000원에 취득한 사실이 확인되고, ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 잡종지 639㎡는 청구외 김○○으로부터 4,825,000원에 취득한 사실이 확인되어 쟁점토지의 취득가액은 11,250,000원임이 확인되나, 쟁점건물의 취득가액이 얼마인지에 대하여는 처분청 및 청구법인도 그 증빙서류 제시가 없다.

4. 청구법인은 사업장 및 대표이사의 잦은 변경으로 쟁점부동산의 장부가액을 증명하는 서류의 제출은 없으나, 국세청전산자료에 따르면 청구법인의 각 사업연도별 토지 및 건물 등 유형고정자산의 금액은 아래 <표1>과 같음을 확인할 수 있다. <표 1> (단위: 원) 사업연도 토 지 건 물 기 타 합 계 1995 75,832,400 32,649,000 228,152,224 336,633,624 1996 166,143,470 32,649,000 591,550,551 790,343,021 1997 182,013,470 32,649,000 95,367,997 310,030,467 1998 204,140.710 32,649,000 29,586,718 266,376,428 1999 204,140.710 32,649,000 29,586,718 266,376,428 2000 204,140.710 32,649,000 23,532,000 260,321,710 2001 204,140.710 32,649,000 23,532,000 260,321,710 2002 188,270,710 32,649,000 23,602,000 244,521,710

5. 또한, 처분청이 제출한 청구법인의 설립이후 2002사업연도까지 부동산취득 내역의 전산출력물에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 1996년에 취득하여 1998년에 양도한 사실과 쟁점부동산외에 1997.11.17. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 잡종지 1,390㎡를 취득하였다가 2002사업연도에 양도한 것외에는 부동산 취득 및 양도사항이 없는 것으로 나타나는 바, 사실이 이러하다면 청구법인의 2002사업연도 결산서상 토지 및 건물계정의 금액은 실물없는 가공자산인 것으로 보인다.

• 가) 위 <표 1)에서 보는 것과 같이 1996사업연도 중에 쟁점토지의 취득가액은 11,250,000원이나, 동 사업연도의 토지계정의 증가액은 90,311,070원으로 79,061,070원의 차액이 발생함을 알 수 있으나, 그 차액발생 원인이 취득부대비용인지 여부에 대하여는 청구법인의 증빙서류 제출이 없어 확인할 수 없다.
• 나) 또한, 쟁점건물도 1996사업연도 중에 취득하였으나, 건물계정의 가액은 변동 없어, 건물취득가액이 얼마인지 여부와 그 취득가액을 일시에 손금에 산입하였는지 여부도 증빙서류 제출이 없어 확인할 수 없다.
• 다) 청구법인은 쟁점부동산을 1998사업연도 중에 22,127,240원에 양도하였으므로 대차대조표상의 장부가액이 줄어들어야 하나, 위 <표 1>에서 보는 바와 같이, 오히려 양도가액 만큼 증가한 것으로 회계처리한 사실을 확인할 수 있다.

6. 청구법인은 쟁점토지의 장부가액은 188,270,710원이고, 쟁점건물의 장부가액은 32,649,000원이므로 이를 1998사업연도의 법인세 과세표준 계산시 손금에 산입하거나, 특별부가세를 계산함에 있어서 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 먼저, 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 손금에 산입하는 금액은 양도자산의 취득가액이 아니고, 양도당시의 장부가액을 의미하는 것으로, 양도부동산의 장부가액을 입증하는 증빙서류의 제출이 없이, 입증되지 아니한 청구법인의 2002사업연도말 대차대조표상의 장부가액을 손금에 산입하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다고 판단되나, 위에서 살펴 본 바와 같이 1996사업연도의 토지계정의 증가액이 90,311,070원으로 확인되고, 양도한 쟁점부동산은 토지 및 건물인데도 토지의 취득가액인 11,250,000원을 손금에 산입한 것은 잘못이므로 쟁점부동산의 세무상 장부가액을 재조사하여 그 결과에 따라 경정하여야 한다고 판단된다. 또한 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인은 1997사업연도의 법인세 과세표준을 결손금 330,658,719원으로 신고한 사실이 있고, 청구법인이 신고한 과세표준을 심리일 현재까지도 경정한 사실이 없음이 확인되는데도, 처분청이 청구법인의 1998사업연도의 과세표준 계산시 공제가능한 이월결손금을 공제하지 않은 것은 잘못이므로, 청구법인의 1998사업연도의 각 사업연도 소득금액에서 공제 가능한 이월결손금을 공제하여 청구법인의 법인세과세표준과 세액을 경정하여야 한다고 판단된다.
• 나) 두 번째로, 특별부가세의 과세표준은 양도부동산의 양도가액에서 취득가액을 차감하고 여기에 양도비용 등을 차감하여 계산하는 바. 여기에서 차감되는 취득가액은 장부가액이 아닌 실제 취득가액을 의미하는 것으로 쟁점양도계약서에 의하면 청구법인이 양도한 쟁점부동산의 양도가액은 토지 및 건물가액을 합한 금액 인데도, 쟁점건물의 취득가액이 확인되지 않는다는 이유로 토지의 취득가액만을 차감하여 쟁점부동산의 양도차익을 산정하였는 바, 전시 법령에 의하면, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도 당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 하거나, 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 법인세법시행령 제124조 의 5의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 환산한 가액으로 하여야 하고, 또한 토지 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 양도가액 또는 취득가액을 기준시가 등에 의하여 환산하여야 하는데도 쟁점부동산의 양도차액을 산정함에 있어서 토지의 취득가액만 차감한 것은 잘못이라고 하겠다. 따라서, 청구법인이 양도한 쟁점토지 및 건물의 양도가액 및 취득가액을 제조사하여 그 결과에 따라 실거래가액 및 환산한 가액 또는 기준시가에 의하여 청구법인의 1998사업연도 특별부가세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다고 판단된다.
• 다. 결 론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일응 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.