매출 누락 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

처분청은 청구법인에게 1999년 제2기 ~ 2001년 제1기 부가가치세 과세기간의 세금계산서불부합 전산자료에 대하여 소명을 요구하였으나 매출처인 청구외 주식회사○○에 대한 매출누락혐의 금액 29,560천원 및 청구외 주식회사 ○○에 대한 매출누락 혐의 금액 69,350천원 합계 98,910천원(공급가액, 이하 “쟁점불부합금액”이라 한다)에 대하여 청구법인이 객관적 불부합 발생 사유를 밝히지 못함을 이유로 쟁점불부합금액을 청구법인의 매출누락금액으로 보아 2003.7.2. 청구법인에게 1999년 제2기 ~ 2001년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 16,754,710원과 1999~2001사업연도 법인세 40,689,530원을 경정․고지하는 한편, 쟁점금액에 부가가치세를 포함한 108,801,000원을 청구법인의 대표자 송○○에 대한 인정상여로 소득금액 변동통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.08.05. 이의신청을 제기한 결과 쟁점불부합금액 중 청구외 주식회사○○에 대한 2001년 제1기 과세기간에 대한 매출누락금액 28,570천원은 청구외 주식회사○○가 2001.5.31. 세금계산서28,570천원을 이중계상한 사실이 확인된다하여 감액경정하도록 결정함에 따라 2003.10.8. 2001년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 4,722,620원과 2001사업연도에 대한 법인세 9,823,500원을 감액하여 경정하였다. 따라서, 이 건 청구대상 금액은 청구외 주식회사○○에 대한 매출누락금액 29,560천원 및 청구외 주식회사○○에 대한 매출누락 혐의 금액 40,780천원, 합계 70,340천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대한 부가가치세 12,032,090원(1999.1기 1,009,480원, 2000.1기 825,970원, 2000.2기 3,455,610원, 2001.1기 6,741,030원) 법인세 30,866,030원(1999년 5,884,030원, 2000년 10,960,200원, 2001년 14,021,800원)이다. 청구인은 위 이의신청 결정처분에 불복하여 2003.12.29. 이 건 심사청구를 하였다.

세금계산서 불부합으로 문제가 된 쟁점금액은 도메인관련 부분으로 청구법인의 모든 도메인관련 등록신청은 인터넷을 통해 실시간으로 하고 있으며 선등록 원칙 때문에 임의로 등록을 빼돌리거나 온라인이 아닌 오프라인에서 등록을 받아 가로채는 등의 부정이 발생할 수 없다. 사용자가 인터넷을 통해 도메인등록신청을 하고 곧바로 인터넷지불결제방식(신용카드 결제 또는 인터넷소액결제)을 통해 대금결제를 하면 청구법인은 등록된 내용에 따라 일자별로 집계하여 매출로 회계처리하고, 연장신청을 하는 경우에는 등록기간 만료 1개월 전에 금융결제원의 지로용지를 등록자에게 고지한 후 지로로 납부한 금액은 금융결제원에서 통장으로 입금한 내역에 의해 매출처리와 입금처리를 하기 때문에 매출누락이 발생할 여지가 없다. 세금계산서 불부합자료가 발생한 쟁점금액은 새롭게 입력되는 사업자등록번호나 상호 등이 기존 도메인등록관리시스템 상의 내용과 상이해 이를 집계하는 과정에서 다른 거래처로 인식되거나 전산입력과정에 담당자의 실수로 사업자등록번호에 "-"나 Blank등이 삽입되어 처분청에 제출한 세금계산서 합계표를 만드는 과정에서 집계가 누락되어 기타매출로 처리된 전산오류금액이다. 따라서, 처분청이 쟁점금액을 청구법인의 매출누락금액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

청구법인은 쟁점금액의 세금계산서 불부합자료 발생원인이 전산오류라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있으므로 거래상대방인 청구외 주식회사○○ 및 주식회사 ○○의 관할 세무서장이 조사․확인하여 통보한 내용에 따라 쟁점금액을 청구법인의 매출누락 금액으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점금액을 매출 누락하였는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제112조 【장부의 비치 ․ 기장】 납세의무있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치․보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 수익사업을 영위하는 경우에 한한다.

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치․기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치․기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사․결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 정보화사업구축을 고유목적사업으로 정보통신부가 출연하여 설립한 비영리법인으로 1999.6.29. 부터 인터넷주소 관리 및 도메인 등록업무와 관련한 수익사업을 영위하고 있다.

2. 이 건 처분관련 이의신청 결정서 및 경정결의서 등에 의하면 아래와 같이 확인된다.

• 가) 처분청은 2003.07.02. 청구외 주식회사○○에 대한 매출누락혐의 금액 29,560천원 및 청구외 주식회사 ○○에 대한 매출누락 혐의 금액 69,350천원 합계 98,910천원(쟁점불부합금액)에 대하여 청구법인의 매출누락금액으로 보아 법인세 및 부가가치세 경정하였다.
• 나) 청구인은 위 처분에 불복하여 2003.08.05. 이의신청을 제기한 결과 쟁점불부합금액 중 청구외 주식회사○○에 대한 2001년 제1기 과세기간에 대한 매출누락금액 28,570천원은 청구외 주식회사○○가 2001.5.31. 세금계산서28,570천원을 이중계상한 사실이 확인된다하여 감액경정 하도록 결정함에 따라 2003.10.8. 2001년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 4,722,620원과 2001사업연도에 대한 법인세 9,823,500원을 감액하여 경정하였다. 따라서, 이 건 청구대상 매출누락 금액은 청구외 주식회사○○에 대한 매출누락금액 29,560천원 및 청구외 주식회사○○에 대한 매출누락 혐의 금액 40,780천원, 합계 70,340천원(쟁점금액)이다.
• 다) 청구법인이 매출세금계산서합계표 제출시 쟁점금액을 제출 누락한 사실에 대하여는 당사자 간에 다툼은 없다.

3. 처분청은 2001.11.11. 청구법인의 거래 상대방인 청구외 주식회사오늘과 내일 관할 ○○세무서장 및 2002.12.9. 청구외 주식회사○○ 관할 ○○세무서장으로부터 세금계산서불부합자료 확인한 바 청구법인이 쟁점불부합금액을 매출누락한 혐의가 있다는 과세자료를 통보 받고 청구법인에게 소명자료를 제출하도록 안내하였음이 이의신청 결정서 등에 의하여 확인된다.

4. 청구법인은 세금계산서 불부합자료가 발생한 쟁점금액은 새롭게 입력되는 사업자등록번호나 상호 등이 기존 도메인등록관리시스템 상의 내용과 상이해 이를 집계하는 과정에서 다른 거래처로 인식되거나 전산입력과정에 담당자의 실수로 사업자등록번호에 "-"나 Blank등이 삽입되어 처분청에 제출한 세금계산서 합계표를 만드는 과정에서 집계가 누락되어 기타매출로 처리된 전산오류금액이라고 주장하고 있으나,

• 가) 국세청전산자료에 의하면, 쟁점거래처는 청구법인이 사업을 개시할 때부터 거래한 업체로서 현재까지 사업자등록번호 및 상호를 변경한 사실은 없음이 확인된다.
• 나) 청구법인이 이 건 청구시 제출한 전산자료 등에 의하면, 쟁점거래처의 사업자등록번호에 "-"나 Blank등이 삽입되어 있는 흔적은 확인되지 않는다.
• 다) 쟁점금액이 기타매출로 신고되었는지 여부는 확인되지 않는다.
• 라) 청구법인이 쟁점금액의 전산불부합자료가 발생한 과세기간에 부가가치세 매출과세표준으로 신고한 금액은 아래와 같다. (단위:천원) 구 분

1999. 2기

2000. 1기

2000. 2기

2001. 1기 세금계산서 매출 3,299,030 3,126,616 3,325,780 5,083,647 기타 매출 2,209,510 6,157,640 3,855,235 875,259 합 계 5,508,540 9,284,256 7,181,015 5,958,906

5. 청구법인은 쟁점금액의 건별 기장내역을 확인되지 않지만 쟁점금액의 매출누락 불부합전산자료가 발생한 부가가치세 과세기간에 쟁점거래처에 매출세금계산서 발행한 금액이 아래와 같이 쟁점거래처가 청구법인으로부터 매입하였다고 신고한 금액보다 많으므로 청구법인의 매출누락은 없으며 오히려 쟁점거래처의 매입누락이라고 주장하고 있다.

• 가) 청구외 주식회사○○ 관련 (단위:천원) 구분 청구법인의 매출신고 ① (주)○○ 매입 신고 ② 청구법인의 합계표제출③ 차액 (①-②) 차액 (②-③) 1999.1기 37,570 37,240 32,000 330 5,240 2000.1기 55,610 39,240 34,740 16,370 4,500 2000.2기 37,390 37,390 17,570 0 19,820 합계 130,570 113,870 84,310 16,700 29,560 ※ 청구법인은 이의신청에서 1999.1기 청구법인 매출신고금액을 32,480천원으로 주장하였다가 이건 청구시 37,570천원으로 변경하였다. ※ (주)○○은 2000.1기 청구법인으로부터 매입금액을 55,610천원으로 신고하였다가 39,240천원으로 수정신고하였다.
• 나) 청구외 주식회사○○ 관련 (단위:천원) 구분 청구법인 매출 신고① (주)○○ 매입 신고② 청구법인 합계표제출③ 차액 (①-②) 차액 (②-③) 2001.1기 345,370 324,270 283,490 21,100 40,780 ※ (주)○○의 매입 신고 금액 324,270천원은 이의 신청에서 중복 신고로 인정된 28,570천원을 차감한 금액이다. ※ 청구법인은 (주)○○의 매입 신고 금액에는 이의 신청에서 중복 신고로 인정된 28,570천원과 같은 형태로 중복 신고된 32,120천원이 포함되어 있다고 주장하나 (주)○○의 장부확인 결과 사실이 아님이 확인된다.
• 다) 청구법인이 쟁점거래처에 대한 매출로 신고하였다는 금액①은 청구법인의 주장일 뿐, 실제 신고하였는지 여부는 객관적으로 확인되지는 않는다.

6. 청구법인은 1999년 설립시부터 지금까지 세금계산서 발행은 기본적으로 전산시스템에서 이루어져 왔으며, 월 3 ~ 4만건의 세금계산서를 발행하다보니 공급 받는 자용 세금계산서 만 인터넷을 통해 발행하여주고 공급자용 세금계산서는 전산 데이터로만 보관하고 세무서에도 전산디스켓으로 신고하여 왔다고 주장하는 한편, 동 보관용 전산데이터를 근거로 전산출력된 것이라며 쟁점거래처에 대한 세금계산서 발행 내역(이하 “쟁점세금계산서발행내역”이라 한다)을 제출하였는바,

• 가) 쟁점세금계산서 발행내역서에는 청구법인이 쟁점거래처에 쟁점금액의 세금계산서를 발행한 것으로 나타나고는 있으나 청구법인이 쟁점세금계산서발행내역과 같이 실제 쟁점거래처에 세금계산서를 발행하고 매출로 신고하였는지 여부는 객관적으로 확인되지는 않는다.
• 나) 쟁점발행내역서상 일자별 세금계산서 발행내역은 쟁점거래처에서 제출 받은 매입장과는 세금계산서 발행일자 및 금액 등이 일부 일치하지 않고 있음이 확인된다.

7. 처분청의 이의신청 결정서에 의하면, 처분청이 쟁점금액에 대하여 청구법인이 매출로 계상하였는지 여부를 확인하기 위하여 실제 매출발생일자별 대금결재내역을 요구하였으나 청구법인은 제출하지 아니하였으며, 이 건 청구시에도 제출된 바 없다.

8. 청구법인이 제출한 도메인등록수수료 계정별보조원장에 의하면, 일자별, 건별 도메인등록수수료 수입이 기재되어 있으나, 거래처가 기재되어있지 않아 쟁점금액이 수입금액으로 기장 되어 있는지는 확인할 수 없다.

9. 청구법인은 1999.2기~2001.1기 기간 중 도메인등록 수입과 관련하여 아래표의 합계금액을 근거로 부가가치세 신고금액(27,966,657천원)과 통장입금액과 매출채권의 합계액(27,923,187천원)의 차액 43,470천원 중 기간귀속차이 22,968천원을 제외한 20,502천원은 사업초기인 1999년에 도메인 중복 등록이나 취소분을 제대로 정정하지 못하여 부가가치세를 과다 신고한 것이라는 주장이나. 아래표의 과세기간별로 비교하여 보면 1999년 2기와 2001년 1기는 부가가치세를 매출과표를 과다신고한 결과이나 2000년에는 과소신고한 결과로 나타난다. (단위: 천원) 구분 합계 1999.2기 2000.1,2기

2001. 1기 비 고 통장으로 입금액

① 27,661,545 5,591,924 16,551,783 5,517,838 부가가치세 포함 매출채권

② 261,642 444,288 367,276 261,642 소 계 (① + ②)

③ 27,923,187 6,036,212 16,474,771 5,412,204 당기입금-기초채권 +기말채권 장부상 수입계상액

④ 27,923,187 6,032,304 16,467,212 5,423,670 부가가치세 포함 부가세 매출신고액

⑤ 27,966,657 6,059,394 16,467,212 5,423,670 부가가치세 포함 차액(⑤-③) 43,470 23,182

• 7,559 11,466 기간귀속차이 및 과 과다신고

10. 청구법인은 정보통신부 산하의 인터넷주소 자원을 관리하는 공익적 성격의 재단법인으로 정부의 관리 감독을 받고 있는 상황이며, 모든 매출은 전액 금융기관의 통장을 통해 입금되고, 모든 지출은 정부의 승인을 받은 예산범위 내에서만 가능하도록 통제되고 있다고 주장하나, 처분청이 쟁점금액을 매출누락으로 과세한 이후 2003년12월과 2004년 2월에 정보통신부에서 예산 및 회계 등 경영관리분야에 종합감사를 실시하였으나 쟁점금액을 매출누락으로 보아 과세한 처분과 관련하여 처분이 정당한지 등에 대하여 전혀 감사한 바 없었다고 청구법인의 기획관리실장인 청구외 이계남의 진술이 있었다.

11. 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인은 쟁점금액에 대하여 세금계산서 합계표를 작성하는 과정에서 전산오류에 의하여 기타매출로 분류되었을 뿐 매출누락은 아니라고 주장하나, 첫째, 청구주장을 뒷받침할 객관적 증거를 제시하지 못하고 있는 점, 둘째, 청구법인이 주장하는 전산오류의 흔적을 찾아볼 수 없는 점, 셋째, 청구법인이 쟁점거래처에 실제 세금계산서 발행한 내역이라고 제출한 자료와 쟁점거래처의 매입세금계산서 내역이 일치하지 아니하는 점, 넷째, 청구법인이 쟁점거래처에 대한 매출발생일자별 대금결재내역을 제시하지 아니하는 점, 다섯째, 청구법인이 이의신청에서는 1999년 제2기 과세기간에 청구외 주식회사 오늘과 내일에 대한 매출세금계산서 발행금액을 32,480천원 이라고 주장하였다가 이건 청구에서는 37,570천원 이라고 객관적 근거 없이 청구주장을 변경하고 있는 점, 여섯째, 청구법인도 일부 과세기간에 대하여는 부가가치세 매출과세표준이 과다신고 되었다고 주장하는 등 스스로 기장내용의 부정확성을 인정하고 있는 점 등으로 보아 청구주장은 신빙성이 없어 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.