계약금과 중도금 지급액에 대하여 인정이자를 계산하여 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2003. 10. 15. 청구법인에게 경정고지한 1998사업연도(1월 1일부터 12월 31일까지이고, 이하 같다) 법인세 7,747,460원, 1999사업연도 법인세 351,998,090원, 2000사업연도 법인세 307,507,200원, 2001사업연도 법인세 267,112,980원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고, ○○도 ○○의 주공장에서 화공제품 포장용 공포대(PP-BAG)와 방수포대를 생산하여 국내 유화업체 등에 판매 및 수출하고 있는 중소ㆍ상장 제조업체로서, 1998. 12. 8. 특수관계법인인 청구외 주식회사○○(이하“전소유자”라 한다)으로부터 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지(○○공업단지내) 소재 공장용지 42,653㎡ 및 건물 4,686.19㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 65억원(건물분 부가가치세 별도)에 매입하기로 계약을 체결한 수, 1999. 2. 3.까지 계약금과 1~3차 중도금 합계 60억원을 지급하고, 소유권이전등기를 2002. 12. 21.에 하였다. 처분청은, 계약금과 중도금 지급액 60억원을 매매를 가장한 특수관계자에 대한 대여금으로 보아, 그 인정이자 2,009,095,891원(1998년 16,561,644원, 1999년 687,452,055원, 2000년 660,000,000원, 2001년 645,082,192원)을 익금산입하여, 2003. 10. 15 청구법인에게 1998사업연도(1월 1일부터 12월 31일 까지이고, 이하 같다) 법인세 7,747,460원, 1999사업연도 법인세 351,998,090원, 2000사업연도 법인세 307,507,2000원, 2001사업연도 법인세 267,112,980원, 합계 934,365,730원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003. 12. 17. 심사청구하였다.

• 가. ○○ 석유화학단지 등 ○○권과 수도권에 제품을 원활하게 공급하고 신규 수요증가에 대비하는 데는 기존 ○○공장보다 ○○ ○○군에 위치한 쟁점공장이 물류비용의 절감 등 유리한 점이 많을 것 같아 매수하게 되었고, 쟁점공장을 양도하는데는 산업집적활성화및공장설립에관한법률(이하“공장설립법”이라 한다) 제39조에 의하여 진천군청의 승인이 있었어야 하나, 같은 공단내 청구외 (주)○○ 등이 별다른 어려움 없이 지방자치단체의 승인을 받고 양도한 사례가 있어, 청국법인도 쟁점공장의 양수가 무난할 것으로 판단하였으며,
• 나. 특수관계인간의 거래이기 때문에 적정한 매매가 산정을 위해 제일감정평가법인의 감정평가를 받아 매매금액을 정하였고,
• 다. 부당행위부인대상으로서 인정이자를 계산하는 경우는“금전 또는 기타 자산을 무상 또는 낮은 이율로 제공하는 경우”이어야 하는데, 이 건은 금전을 무상으로 대여한 것이 아니라 진천군의 매각허가가 늦어져 등기가 지연된, 부동산 매매대금의 선급금(○○지방국세청의 과세전적부심결정 때도 인정받은 바 있다)이어서 부당행위부인대상이 아니다.
• 라. 부동산매매에 있어, 계약금만 지급된 상태에서 계약내용에 위반되면 해약사유가 되지만 중도금까지 지급된 상태에서는 해약을 할 수 없고, 매도자의 귀책사유로 등기가 지연된 경우에는 그에 따른 손해배상으로 적정임대료 상당액을 청구하는 것이 일반적인 상관례 및 판례의 입장인바, 이 건의 경우에도 매도자에게 등기지연에 대한 책임이 있으므로 부당행위부인을 하려면 손해배상금을 적정하게 받았는지를 문제삼아야 할 것이다. 그런데, 등기가 지연된 기간에 대한 적정임대료를 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 의 규정에 의하여 계산해 보면 864,500천원임에 비하여, 등기지연에 대한 보상으로 당초 매매가액에서 10억원을 감액하였고, 계약일 이후 매도인 자금으로 증축한 건물 약 1억원을 무상으로 양수 받았으므로, 이를 감안하면 부당행위부인할 금액은 없다 할 것이다.

• 가. 전소유자는 1990사업연도부터 1997사업연도까지 매년 결손으로 자본잠식상태에 있었고, 쟁점공장에 대한 투자로 자금난이 발생하여 1997~1998사업연도에 부도위기에 처해 있었으며,
• 나. 공장설립법 제11조 제1항 및 제39조에 기준공장면적 15% 미만인 업체가 산업용지 및 공장을 처분하고자 할 때에는 관리기관(진천군청)에게 양도하도록 되어 있는 점과 잔금일을 “지방자치단체와 협의가 완료된 날”로 한 점으로 보아, 쟁점공장을 매수하기 위해서는 사전에 관리기관의 허가 등이 필요함을 알고 있었던 것으로 보아야 하고, 그러함에도 사전조치 없이 매매계약을 체결하였으며,
• 다. 매매계약후 20개월이 지나서야 진천군청에 쟁점공장 양도와 관련하여 질의를 하였고, 이에 대해 불가통지를 받았음에도 매매계약을 취소하지 아니하였으며, 2001. 11. 29. 선급금중 15억원을 청구법인의 자금난을 이유로 회수하였으며,
• 라. ○○군청의 매각동의 없이 2002. 12. 21. 소유권이전등기 한 후에도 전소유자가 2003. 3. 31.까지 계속 쟁점공장을 사용하였고, 처분청이 감사를 착수한 후인 2003. 3. 14.에야 청구법인은 쟁점공장에 대하여 지점으로 사업자등록 하였는바,
• 마. 이러한 사실들로 미루어 보아, 청구법인이 전소유자에게 쟁점공장의 계약금과 중도금조로 60억원을 지급한 것은 매매를 가장한 우회적인 자금대여로 판단되므로, 이를 부당행위부인대상으로 보아 인정이자 계산하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부동산을 취득하기 위하여 계약금과 중도금을 지급하였으나 잔금지급 및 소유권이전등기를 할 때까지의 기간이 4년여가 소요된 데 대하여, 계약금과 중도금 지급액을 대여금으로 보아 인정이자 계산하여 법인세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】제1항은『납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.』라고 규정하고 있다. 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】제1항은『법 제54조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.』라고 규정하면서, 그 제6호는『금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우(단서 생략)』를 열거하고 있다. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 【산업용지 등의 처분제한 등】제1항은『제33조 제5항의 규정에 의한 산업시설구역(이하 “산업시설구역”이라 한다)의 산업용지 및 공장 등을 소유하고 있는 입주기업체가 공장 등의 설립을 완료하기 전에 분양받은 산업용지 및 공장 등을 처분하고자 하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 관리기관에 양도하여야 한다. 다만, 관리기관이 매수할 수 없는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 관리기관이 매수신청을 받아 선정한 다른 기업체나 다음 각호의 기관(이하 “유관기관”이라 한다)에게 양도하여야 한다.』라고 규정하면서, 그 제4호는『기타 입주기업체의 설립 및 지원과 관련된 기관으로서 대통령령이 정하는 기관』을 열거하고 있다. 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제11조 【기준공장면적율의 적용】제1항은『제8조 제2호의 규정에 의하여 고시된 기준공장면적율의 적용대상이 되는 공장의 공장건축물 등의 면적은 기준공장면적율을 적용하여 산정한 면적(이하 “기준공장건축면적”이라 한다)에 적합하여야 한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점공장 취득 계약에서 소유권 이전등기까지의 진행과정은 다음과 같다.

• 가) 1998. 12. 3. 청구법인은 ○○감정평가법인으로부터 일반거래목적의 시가(1998. 12. 3. 시점) 참고용 감정(감정가 6,067백만원)을 받았다.
• 나) 1998. 12. 8. 청구법인과 전소유자는 쟁점공장을 65억원(건물분 부가가치세 별도)에 매매하는 것으로 계약을 하였는데, 매매계약서상 대금지급 약정내용을 보면, 계약일에 계약금 15억원을, 1998. 12. 23. 1차 중도금 15억원을, 1999. 1. 26. 2차 중도금 15억원을, 1999. 2. 28. 3차 중도금 15억원을, 지방자치단체와 협의가 완료된 날에 잔금을 지급하는 것으로 계약을 한 다음, 계약급과 1~3차 중도금 합계 60억원을 계약내용대로 지급(3차 중도금은 계약보다 25일 빠른 1999. 2. 3. 지급)하였다.
• 다) 당시 ○○군 지역경제과 공업담당계장 정○○, 직원 김○○, 계장 김○○ 등이 작성한 경위서를 보면, 1999년 8월 초부터 전소유자의 직원이 여러 차례에 걸쳐 ○○군청을 방문하여 쟁점공장 양도에 대하여 문의하였고, 임의로 양도하려면 공장기준면적율이 15% 이상이어야 하는바, 현재는 약 10.5%에 해당되어 특약상 자의적인 양도는 불가능하며 ○○군이 환매해야 하는데 진천군도 부담스러우니 공장을 좀 더 증축한 후에 양도하도록 그에 대한 증축계획을 진천군에 제출하라고 권고한 사실이 있다고 되어 있다.
• 라) 2000. 5. 20. 전소유자는 101,301,870원을 들여 공장 380㎡ 및 창고 250㎡를 증축하였고, 2000. 8. 25. 진천군청에 서면으로 매각허가를 신청하였으나, 2000. 9. 5. ○○군청은 공장설립 완료전 처분불가(공장기준면적미달)를 이유로 매각을 허가하지 아니한다고 회신하였다.
• 마) 2001. 6. 8. 전소유자는 ○○군청에 서면으로 매각허가를 다시 신청하였고, 2001. 6. 23. ○○군청은 기준공장면적률 미달인 부분가동업체이므로 인수기업이 정상가동계획을 제출하여 협의하자는 내용의 조건부 매각허가를 하였다.
• 바) 2001. 11. 29. 청구법인은 3차 중도금 15억원을 회수하였고, 2002. 12. 7. 전소유자는 정일감정평가법인에 의뢰하여 쟁점공장의 시가(2002. 12. 2. 시점)를 재감정(감정가 5,508백만원)받았다.
• 사) 2002. 12. 10. 청구법인과 전소유자는 1998. 12. 8.자 매매계약을 변경하였는데, 건물면적은 당초보다 1,076㎡ 증가한 반면 매매가액을 당초(65억원) 보다 10억원을 감액하여 55억원으로 하였고, 잔금일자를 당초 ‘지방자치단체와 협의가 완료된 날’에서 “2002. 12. 16.‘으로 하였으며, 그 변경사유는 변경계약서 제2조에 ”1998년 12월 8일 기 체결된 계약이 매조자의 귀책사유로 인해 장기간 소유권 이전등기가 지연되었기에 계약내용을 변경하기로 합의하며, 매매가격은 감정평가법인에서 2002년 12월 2일을 기준으로 재감정한 감정가액을 기준으로 매도자와 매수자가 협의하여 결정하기로 합의된다“고 되어 있다.
• 아) 2002. 12. 16. 변경된 잔금일자에 잔금을 지급하였고, 2002. 12. 21. 소유권 이전등기를 하였으며, 2003. 3. 14. 청구법인의 지점사업장으로 사업자등록을 하였고, 2003. 4. 23.부터 2003. 5. 27.기간 중 ○○군청이 처분신고서의 수리 및 동의를 하고 청구법인이 ○○군청에 증축계획서를 제출함에 따라, 청구법인은 ○○군청과 입주계약을 체결하고 공장등록증을 교부받았다.

2. 청구법인은, 같은 공단내 청구외 (주)○○ 등도 별 어려움이 없이 공장을 양도한 사실이 있어서, 청구법인도 쟁점공장을 인수하는 데는 무리가 없을 줄 알았다고 하는바, 실제로 쟁점공장 매매계약 전에 같은 공단내 타 업체들이 아래와 같이 공장 소유권을 이전한 사실이 있음이 확인된다. 양도업체 양수업체 토지면적(㎡) 건물면적(㎡) 용적률(%) 소유권이전일 (주)

○○

○○ 식품(주) 42,656.00 10,583.29 24.81 1992.11.02. (주)

○○ 상사 (주)

○○ 46,160.00 6,076.28 13.16 1994.12.06.

○○ 산업(주) (주)

○○ 16,530.00 17,013.58 102.92 1995.02.22. (주)

○○ (주)

○○ 42,653.00 10,907.85 25.57 1997.08.16.

3. 쟁점공장에 대한 계약금 및 중도금 등 선급금이 소비대차로 전환되었다는 과세관청의 입증은 없다.

4. 전소유자가 1990~1997사업연도에 매년 결손이 발생하여 자본잠식상태에서 1997~1998사업연도에 부도위기에 있었다고 처분청은 주장하는바, 확인 결과 아래와 같이 1990사업연도부터 자본잠식상태가 된 것은 맞으나, 1991사업연도에는 당기순이익이 발생하였으며, 1997~1998사업연도에 부도위기에 처했다는 주장과 관련하여 처분청은 정황이 그렇다는 것이고 객관적인 증거는 없다고 한다. (단위: 천원) 사업연도 당기순이익 자본총계 1990 △1,030,954 △1,477,780 1991 1,006,285 △383,094 1992 △978,248 △1,652,007 1993 △753,111 △2,405,118 1994 △411,146 △2,816,265 1995 △501,267 △3,317,532 1996 △628,801 △4,490,978 1997 △478,115 △3,862,177

5. 또한 처분청은, 2001. 11. 29. 청구법인이 3차 중도금 15억원을 회수한 것은 청구법인의 자금난 때문이라고 주장하나, 당심에서 확인한 결과 역시 객관적인 증거는 없다는 답변이며, 한편 당심에서 다른 업체와 비교하여 본바, 2001. 12. 31. 현재 청구외 ○○알미늄(알미늄박 독점기업)의 경우 당좌비율이 84.13%, (주)○○(백세멘트 독점기업)의 경우 당좌비율이 69.97%인데, 15억원을 회수하기 직전 청구법인은 83.92%로서, 이들 업체들과 비교해도 당좌비율이 낮지 않음을 알 수 있다. (단위: 천원) 구분 일자 당좌자산(A) 유동부채(B) 당좌비율(A/B) 평상시 연도말 2000.12.31. 17,764,813 24,866,356 71.44 15억원 회수 직전월말 2001.10.31. 17,800,260 21,401,274 83.17 15억원 회수 직전일 2001.11.28. 17,006,952 20,265,690 83.92 15억원 회수후 연도말 2001.12.31. 16,066,472 17,271,279 93.02

6. 위의 ‘1)부터 5)까지’의 일련의 사실로 보아 이 건 계약금과 중도금은 부동산매매대금의 선급금으로 인정된다.

7. 한편, 소유권이전등기가 장기간 지체된 데는 청구법인보다 전소유자의 책임이 크다 할 것인데, 등기지연에 따라 그 기간동안 올릴 수 있었던 기대수익을 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 [당해 자산의 시가(매매가 65억원) × 50% × 정기예금이자율]에 정한 방법으로 계산해 보면 864,500천원임에 비하여, 변경계약서 제2조에서 정한 바와 같이 그 보상으로 매매가액을 10억원 감액하고 전소유자가 매매계약 후에 증축한 1억원 상당의 건물을 무상 양수 받았는바, 이를 감안하면 쟁점공장 매매대금의 선급금을 부당행위부인대상으로 삼기는 어렵다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.