비영리법인의 설립목적 외의 자에게 수련시설 등의 이용료를 면세 할 수 있는지

[주문]

○○세무서장이 2003.09.16. 청구법인에게 결정고지한 법인세 128,933,190원 (2000사업연도 66,711,490원, 2001사업연도 44,706,050원, 2002사업연도 17,515,650원)은 불복청구기간이 경과되어 이를 각하하고, 2003.09.17. 청구법인에게 결정고지한 부가가치세 78,346,010원(2000년 제1기 2,847,300원, 2000년 제2기 19,091,520원, 2001년 제1기 13,657,910원, 2001년 제2기 18,501,080원, 2002년 제1기 11,364,460원, 2002년 제2기 12,883,740원)은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다. [이유]

청구법안은 경기도 ○○시 ☆☆면 ○○리 ***번지에서 청소년 수련시설을 갖추고 청소년에게 교육용역을 제공하는 비영리법인으로서, 2000.02.14. 설립이후 법인세 및 부가가치세 신고는 하지 않았다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 청구법인이 청소년 수련시설을 설치ㆍ운영하고 받는 이용료는 수익사업에 해당된다고 보아 청구법인의 장부 등을 근거로 청구법인의 법인세 및 부가가치세 과세표준을 산출하여 청구법인에게 2003.09.16. 법인세 128,933,190원(2000사업연도 66,711,490원, 2001사업연도 44,706,050원, 2002사업연도 17,515,650원), 2003.09.17. 부가가치세 78,346,010원(2000년 제1기 2,847,300원, 2000년 제2기 19,091,520원, 2001년 제1기 13,657,910원, 2001년 제2기 18,501,080원, 2002년 제1기 11,364,460원, 2002년 제2기 12,883,740원)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.12.17. 심사청구를 하였다.

청구법인은 ○○시에서 100％ 출연하여 설립한 재단법인이고 민법 제32조 및 문화관광부 및 문화재 청소년 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조의 규정에 의하여 설립이 허가된 단체이므로 모든 소득의 귀속은 ○○시의 것이므로 청구법인이 행사 할 수 있는 소득은 아무것도 없을 뿐만 아니라, 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 에 의거 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합이 공급한 재화 또는 용역은 면세로 규정되어 있으므로 청구법인에게 부가가치세를 고지하는 것은 부당하며, 청구법인의 모든 행위는 주무관청인 ○○시청과 ○○시 의회의 통제를 받고 있으며, 청구법인의 대표이사는 당연직으로서 ○○시 부시장이 겸임하고 있어 청구법인의 모든 수익의 귀속은 청구법인 소속이며 구성주주는 ○○시이므로 청구법인에게 부과된 법인세와 부가가치세 부과를 취소하여야 한다.

청구법인은 법인세법상 비영리법인에 해당되며 비영리법인의 납세의무는 법인세법상에서 규정하는 수익사업과 토지 등 양도에 따른 법인세 및 특별부가세 납세의무가 있는 것이므로, 청구법인이 수익사업을 영위하면서 청소년이 아닌 일반인들로부터 지속적으로 대가를 수취한 수익사업의 실질내역으로 볼 때 부가가치세 및 법인세 면세적용은 불가하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 법인세법 제2조 에 의한 국가ㆍ지방자치단체(지방자치단체 조합 포함)로서 법인세가 비과세되는 법인인지 여부

② 청구법인이 제공한 용역이 부가가치세가 면세되는 용역인지 여부를 가리는데 있다

• 나. 관련법령 ■ 법인세법 제2조 【납세의무】

① 다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

② 내국법인 및 외국법인에게 제99조의 규정에 의한 양도차익이 있거나 내국법인에게 제105조의 규정에 의한 양도차익이 있는 때에는 이 법에 의하여 특별부가세를 법인세로서 납부할 의무가 있다.

③ 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세 및 특별부가세를 부과하지 아니한다.

④ (생략) ■ 국세기본법 제61조 【청구기간】

① 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. ■ 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1.∼4.(생략)

5. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것 6.∼16.(생략)

17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역 ■ 부가가치세법시행령 제30조 【교육용역의 범위】 법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 교육용역은 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교ㆍ학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소 기타 비영리단체 및 청소년기본법에 의한 청소년수련시설에서 학생ㆍ수강생ㆍ훈련생ㆍ교습생 또는 청강생에게 지식ㆍ기술 등을 가르치는 것으로 한다. ■ 법인세법 제66조 【결졍 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② ∼④(생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 칭구법인은 청소년 수련시설을 갖추고 청소년에게 교육용역을 제공하기 위해 민법 제32조 및 문화관광부 및 문화재 청소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조에 의거 ○○시에서 100％ 출연하여 2002.02.14. 설립한 비영리법인으로서, 2000.02.28. 처분청에 수익사업을 하지 않는 비영립법인 및 국가기관 등에 부여하는 고유번호증을 교부받았고, 수익사업에 대한 부가가치세 및 법인세를 신고한 사실이 없음이 처분청 및 청구인이 제시한 심리자료, 국세통합시스템에 의거 확인된다. (나) 처분청은 청구법인에 대하여 2000.07.16.∼2003.07.26. 법인세 조사를 실시한 결과, 청구법인은 비영리법인이나 청소년 수련시설을 설치ㆍ운영하고 이용료를 받는 것은 수익사업을 운영하는 것이라고 보아 청구법인의 장부 등에 의거 청구법인의 수익사업에 대한 법인세 수입금액을 산출하고, 청구법인이 아래 【표】와 같이 청소년기본법상의 청소년에 해당하는 만 24세이하 이용자가 청구법인의 교육과정(눈썰매장, 수영장 이용료 포함)을 이행함에 따라 받은 이용료는 부가가치세가 면제되는 수입금액으로 보고 이외 성인에게 시설을 대여하고 받은 이용료 및 매점 임대료는 부가가치세가 과세되는 수입금액으로 보아 부가가치세 과세표준을 산출하였음이 처분청에서 제시한 심리자료에 의거 알 수 있고, 이에 따른 법인세 3건 128,933,206원은 2003.09.16. 고지하여 청구법인의 직원이 2003.09.17. 고지서를 수령하였고, 부가가치세 6건 78,346,050원은 2003.09.17. 고지하여 청구법인의 직원이 2003.09.18. 고지서를 수령하였음이 처분청에서 제시한 배달증명서 등에 의거 확인된다. 【표】 (단위: 원) ┌───┬───────┬─────────────┬────────────┐ │ │ │ 부가가치세 과세표준금액 │ 부가가치세 면세수입금액│ │ 과세 │ 법인세 ├───────┬─────┼──────┬─────┤ │ 기간 │ 수입금액 │ 청소년 │ 수영장 │ 성인팀 │ 매점 │ │ │ │ │ 눈썰매장 │ │ │ ├───┼───────┼───────┼─────┼──────┼─────┤ │ 2000 │ 899,686,350│ 742,842,110│ 1,848,000│ 149,169,000│ 5,845,240│ ├───┼───────┼───────┼─────┼──────┼─────┤ │ 2001 │ 1,292,443,500│ 978,995,170│28,194,500│ 279,253,830│ 6,000,000│ ├───┼───────┼───────┼─────┼──────┼─────┤ │ 2002 │ 1,543,504,110│ 1,273,996,430│46,480,500│ 217,027,180│ 6,000,000│ └───┴───────┴───────┴─────┴──────┴─────┘

(2) 판 단 (가) 쟁점①(법인세 128,933,206원)에 대하여 본다. 본안 심리에 앞서 이건 심사청구가 적법한 청구인지 여부를 살펴보면, 처분청은 2003.09.16. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 66,711,495원, 2001사업연도 법인세 44,706,059원, 2002사업연도 법인세 17,515,652원을 결정하여 2003.09.30. 납부기한으로 납세고지서를 발송하였고, 청구법인은 2003.09.17. 이 건 납세고지서를 수령하였음이 배달증명원에 의거 확인되며, 청구인은 이 건 심사청구를 2003.12.17. 처분청에 접수하였다. 청구인은 2003.09.17. 당해 처분이 있은 것을 알았다면 이를 안 날로부터 90일 이내인 2003.12.16.까지 불복청구를 제기하였어야 함에도 91일이 지난 2003.12.17. 심사청구하였는 바, 이는 국세기본법 제61조 의 불복청구기간을 경과한 부적합한 청구라고 판단된다. (나) 쟁점②(부가가치세 78,346,050원)에 대하여 본다. 청구법인은 청구법인이 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체 조합에 해당되므로 청구법인이 공급한 재화 및 용역은 부가가치세 면세라고 주장하나, 사실관계에서 보았듯이 청구법인은 지방자치단체인 ○○시에서 100％ 출자하여 설립한 비영리법인이므로 청구법인을 국가ㆍ지방자치단체(지방자치단체조합 포함)으로 볼 수는 없다고 하겠다. 따라서, 처분청에서 청구법인의 수익사업과 관련된 수입금액 중 청구법인의 설립목적에 따라 청소년기본법상의 청소년인 만 24세이하 청소년에게 수련시설 및 교육용역을 제공하고 받은 이용료에 대하여 부가가치세법 제12조 제1항 제5호 에서 정한 교육용역으로 보아 부가가치세를 면제하고, 이외 성인에게 시설을 대여하고 받은 이용료 및 매점 임대료에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 하겠다.

• 라. 결 론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제2조 / 국세기본법 제61조 / 부가가치세법 제12조 / 부가가치세법시행령 제30조 / 법인세법 제66조 /