농산물 위탁판매 매출누락으로 과세한 처분에 대해 대응원가의 손금산입이 가능한지 여부

○○세무서장이 2003.7.1. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2002.1.1.~2002.12.31. 사업연도 법인세 31,589,160원의 과세처분은 청구법인이 ○○영농조합에게 교부한 계산서와 관련된 매입가액 109,800,000원을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 2003.11.1. 청구법인에게 결정ㆍ고지한 2002년 귀속 근로소득세 22,215,160원의 과세처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재에서 곡물가공업을 영위하는 사업자로서 2002.7.16. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 청구외 ○○영농조합(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 계산서 1매 공급가액 109,800,000원(정곡 80,592kg으로 이하 “쟁점계산서”라 한다)을 교부하였으나, 이에 대해 계산서합계표를 제출하지 아니하였으며 법인세 신고도 하지 아니하였다. 처분청은 청구법인의 2002년 귀속 계산서합계표제출일람표에 의해 청구법인이 쟁점계산서를 제출하지 아니한 사실을 확인하고, 이를 청구법인이 매출누락한 것으로 보아 쟁점계산서상의 공급가액을 익금산입하여 2003.7.1. 2002.1.1.~2002.12.31.사업연도 법인세 31,589,160원을 경정·고지함과 아울러 동액을 청구법인의 대표자에게 상여처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 이에 대한 원천징수의무를 이행하지 아니하자 2003.11.1. 2002년 귀속 근로소득세 22,215,160원을 청구법인에게 결정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.8.12. 이의신청을 거쳐 2003.12.11. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재에서 ○○정미소를 운영하는 청구외 윤○○으로부터 농민들이 맡겨놓은 벼를 매각하여 달라는 부탁을 받고 청구외법인을 그에게 소개만 시켜 주었으나, 농민들이 청구외법인에게 계산서를 교부할 수 없어서 부득이 소개해 준 청구법인의 전무이사가 청구법인 명의로 쟁점계산서를 청구외법인에게 교부하여 주었을 뿐, 쟁점계산서상의 거래는 청구법인과 전혀 관계없는 거래이며, 설사, 청구법인이 쟁점계산서상의 공급가액을 매출 누락한 것으로 본다 하더라도, 매출누락에 대응하는 매입대금을 손금산입하여야하고, 쟁점계산서상의 공급가액은 전액 청구외 윤○○에게 지급하여 사외유출되었음이 확인되므로, 대표자 상여처분 대상이 아니라는 주장이다.

청구법인의 전무이사가 쟁점계산서를 교부한 사실을 청구법인도 인정하고 있고, 청구외법인이 청구법인 계좌로 쟁점계산서 관련 거래대금을 입금하였다는 사실에 비추어 볼 때, 쟁점계산서상의 공급가액을 청구법인아 매출누락한 것으로 보이므로, 법인세 과세처분은 정당하며, 농민들에게 쟁점계산서 관련 거래대금이 입금된 사실이 객관적으로 확인되지 아니하므로, 귀속이 불분명하다할 것이어서 대표자 상여처분하고 청구법인에게 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점계산서상의 공급가액을 청구법인이 매출누락하였는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인이 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달이 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손금의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 법인이 다음 각호의 2에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 정정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다.(단서생략)

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(괄호생략)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출․매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대해 살펴본다.

① 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재에서 곡물가공업을 영위하는 사업자로서 2002.7.16. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 청구외 ○○영농조합(청구외법인)에게 계산서 1매 공급가액 109,800,000원(정곡80,592kg)을 교부하였으나, 이에 대해 계산서합계표를 제출하지 아니하였으며, 법인세 신고시 이를 포함하지 아니한 사실이 국세통합전산망 및 2000년 귀속계산서합계표제출일람표 등에 의해 확인된다.

② 처분청은 청구법인의 2002년 귀속 계산서합계표제출일람표에 의해 청구법인이 쟁점계산서를 제출하지 아니한 사실을 확인하고, 이를 청구법인이 매출누락한 것으로 보아 쟁점계산서상의 공급가액을 익금산입하여 2003.7.1. 2002.1.1 ~2002.12.31.사업연도 법인세 31,589,160원을 경정․고지함과 아울러 동액을 청구법인의 대표자에게 상여처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 이에 대한 원천징수의무를 이행하지 아니하자 2003.11.1. 2002년 귀속 근로소득세 22,215,160원을 청구법인에게 결정ㆍ공지하였음이 법인세경정결의서 및 근로소득세결정결의서 등에 의해 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대해 살펴본다.

① 먼저, 쟁점계산서상의 거래가 청구법인과 전혀 관계없는 거래인지의 여부에 대하여 살펴보면, 첫째, 쟁점계산서에 의하면, 청구법인이 2002.7.16. 정곡 80,592㎏을 청구외법인에게 109,800,000원에 공급한 것으로 기재되어 있고, 둘째, 청구법인이 제출한 청구법인 명의의 통장사본에 의하면, 청구외법인은 쟁점계산서 거래와 관련하여 2002.7.16.자 50,000,000원, 2002.7.19.자 59,000,000원, 2002.7.23.자 800,000원, 합계 109,800,000원을 청구법인의 ○○은행 계좌(계좌번호: 000-00-000000)로 입금한 사실이 확인되고 있다. 셋째, 처분청이 청구법인에게 2002년 귀속 계산서합계표 불부합 소명안내를 하였으나, 청구법인은 대리인을 통해 쟁점계산서상의 공급가액을 매출누락한 것으로 소명한 사실이 확인되고 있다. 넷째, 사실이 위와 같다면, 쟁점계산서상의 공급가액은 청구법인 책임하에 정곡(벼)을 청구외법인에게 공급하였다고 봄이 타당하다 할 것이어서 쟁점계산서상의 거래가 청구법인과 전혀 관계없다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

② 다음, 쟁점계산서상의 거래가 어떻게 이루어졌는지에 대해 살펴보면. 첫째, ○○정미소를 운영하는 청구외 윤○○의 확인서에 의하면, 2002년도에 농민들이 벼를 정미소에 위탁하여 보관하고 있던 중, 농민들이 벼를 팔아달라고 하여서 여러 곳을 수소문하였으나, 벼의 품질이 좋지 아니하여 팔리지 않던 중 청구법인의 전무이사가 청구외법인에게 연락해 보라고 해서 청구외법인에 직접 연락하여 농민들의 벼 80,592㎏을 1㎏당 1,362.5원씩 총 109,800,000원에 판매한 사실이 있으며, 청구외법인이 계산서 교부를 요구하영 본인은 농민들의 소유라서 본인 명의의 계산서를 교부하여 줄 수 없다고 하였고, 이에 청구외법인이 거래대금 지급을 거절하여 부득이 청구법인명의의 계산서를 교부하여 준 사실이 있고, 거래대금 109,800,000원 중 50,000,000원은 2002.7.16.에, 59,000,000원은 2002.7.19.에, 잔액 800,000원은 2002.7.22. 청구법인으로부터 수취하여 본인 통장에 입금하여 이를 전액 인출한 사실이 있다라고 기재되어 있고, 둘째, 청구법인 명의의 ○○은행 계좌에 의하면, 청구외법인으로부터 2002.7.16.자 50,000,000원, 200.7.19.자 59,000,000원, 2002.7.23.자 800,000,000원, 합계 109,800,000원을 청구법인의 ○○은행 계좌(계좌번호: 000-00-000000)로 입금받아, 2002.7.16.자 50,000,000원, 2002.7.19.자 387,944,000원을 각각 인출한 것으로 나타나고 있으며, 청구법인은 인출된 상기 금액 중 2002.7.16.자 50,000,000원을, 2002.7.19.자 59,000,000원을 청구외 윤○○에게 지급하였고, 2002.7.23. 보관하던 현금으로 800,000원을 청구외 윤○○에게 지급하였다고 주장하고 있고, 셋째, 청구외 윤○○의 통장사본에 의하면, 청구외 윤○○ 명의의 ○○은행 계좌(계좌번호: 00000-00-000000)에 2002.4.16.자 50,000,000원이 입금되어 동일자에 50,091,500원이 인출되고, 2002.7.19.자 59,000,000원이 입금되어 동일자에 223,805,000원이 인출되었음이 확인되고 있으며, 넷째, 농민이라고 주장하는 청구외 박○○ 외 10인의 조곡대금수령확인서에 의하면, ○○도 ○○시 ○○읍에 거주하는 것으로 인감증명서에 의해 확인되고 있는 위 11인은 청구외 윤○○의 정미소에 보관하던 벼 80,592kg을 1kg당 1,362.5원에 매도하고 2002.7.16.부터 2002.7.19.사이에 매도대금을 청구외 윤○○으로부터 수령하였다고 진술하고 있고, 다섯째, 위 농민 11인에 대해 총사업내역을 전산조회한 바, 2002년도에 사업을 영위하는 자는 청구외 장○○(1952년생)으로 사진관을 1977.9.15.부터 운영하고 있는 것으로 나타나고 있으나, 위 청구외 장○○을 포함하여 위 농민 11인은 농사를 짓는 것으로 농지원부에 의해 확인되고 있는 바, 여섯째, 사실이 그러하다면, 청구법인은 농민 11인의 벼를 보관하던 청구외 윤○○의 부탁으로 청구법인의 책임하에 농민들 소유의 벼 80,592㎏를 청구외법인에게 109,800,000원에 매도하고, 쟁점계산서를 교부한 것으로 봄이 타당하고, 이 경우 청구법인은 쟁점계산서와 관련하여 매출 공급가액과 매입가액 공히 109,800,000원에 거래한 것으로 봄이 타당하다 할 것이어서, 처분청이 쟁점계산서상의 공급가액은 익금산입하면서 동액의 매입가액은 손금산입하지 아니하고 2002사업연도 법인세를 과세한 처분과 쟁점계산서상의 공급가액이 청구외 윤○○에게 지급되어 결국에는 농민들에게 지출된 사실이 확인되어 사외유출되었음이 분명함에도 불구하고 동액의 귀속이 불분명하다 하여 청구법인의 대표자에게 상여처분하고, 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 판단된다. 다만, 청구법인이 미제출한 쟁점계산서에 대해 처분청에서 계산서합계표미제출가산세를 부과한 처분은 정당하다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.