변경 전 법인의 매출누락을 과세한 처분에 대해 변경 후 법인이 실제 사업자라는 주장이 맞는지 여부

○○세무서장이 2003.4.1. 청구법인에게 결정고지한 2001년 제2기분 부가가치세 6,819,750원 및 2001 사업연도 법인세 9,954,000원, 합계 16,773,750원의 부과처분은, 2001년 제2기 과세기간 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 (주)○○전기(000-00-00000)에 공급가액 45,000,000원의 물품을 공급하고 매출세금계산서를 발행ㆍ교부한 실사업자가 청구법인에서 법인명과 소재지 및 대표이사 등을 변경하여 2001.3.15. 신규로 사업자등록을 한 ○○산업(주)(000-00-00000)인지 개인 이○○(000000-0000000)인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 벽지 제조업을 영위하는 법인사업자(대표자 유○○, 000-00-00000)로서 2001년 제2기 과세기간 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 (주)○○전기(000-00-00000, 이하 “청구외법인”이라 한다)에 공급가액 45,000,000원의 매출세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행ㆍ교부하였으나, 이에 대한 부가가치세 및 법인세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 청구외법인에게 쟁점세금계산서를 발행하였음에도 이에 대한 매출을 신고하지 아니하였다고 하여 2003.4.1. 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 6,819,750원 및 2001사업연도 법인세 9,954,000원, 합계 16,773,750원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.5.16. 이의신청을 거쳐(2003.8.20. 기각결정) 2003.11.20. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 벽지 등 제조를 목적으로 1999.10.21. 설립하였고, 당시 청구인 유○○(이하 “청구인”이라 한다)은 청구외 서○○ 등과 같이 사업을 시작하기로 하여 1억2천만원을 투자하고 청구법인의 대표이사에 취임하였으나 사업진행과정이 당초 계획과 현저한 차이가 있고 이들에게 기만당한 사실을 알고 투자금액을 회수하는 조건으로 2001.3월 청구외 이○○와 대표이사를 사임하기로 약정하여 2001.3.12. 청구인이 대표이사를 사임하고 같은 날 청구외 이○○가 대표이사에 취임하면서 청구법인의 법인명을 ○○산업(주)(이하 “쟁점법인”이라 한다)로 변경하여 청구법인과 쟁점법인은 동일한 법인으로 하나의 법인격을 가지고 있음에도, 처분청이 청구법인의 사업자등록(000-00-00000)을 2000.6.30자로 폐업처리하고 2001.3.15. 쟁점법인 명의로 새로운 사업자등록번호(000-00-00000)를 부여함으로 인하여 동일한 법인에게 이중으로 사업자등록번호를 부여하였고, 청구인이 대표이사로 있던 기간에는 청구법인이 생산시설도 갖추지 못한 상태로 판매할 상품도 없었을 뿐만 아니라 쟁점세금계산서가 교부된 2001년 제2기에는 청구인이 사업에 관여하지 아니하여 내용도 알지 못함에도 처분청이 청구법인이 매출을 누락한 것으로 보아 청구법인에게 과세함은 부당하므로 실질과세원칙에 따라 이를 취소하고 실제로 사업을 영위한 쟁점법인에게 과세하여야 한다.

청구법인은 쟁점세금계산서에 대하여 실물거래 없는 폐업 후 거래라고 주장하나 청구법인의 직원인 청구외 이○○와 이○○이 청구외법인에게 작성하여 준 각서와 같이 정상거래 사실이 인정되며, 또한 청구외법인이 두차례에 걸쳐 청구법인에게 입금한 무통장입금표에 의하여 청구법인과의 거래가 정상거래로 확인되므로 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 실제로 사업을 하고 쟁점세금계산서에 해당하는 매출을 신고누락한 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다.

○ 부가가치세법 제6조 (재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 도는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

○ 부가가치세법 제21조 (경정)

① 서업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

○ 법인세법 제4조 (실질과세)

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

○ 법인세법 제6조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구외법인은 2001년 제2기 과세기간 중 청구법인 명의로 발행된 공급가액 45,000,000원의 쟁점세금계산서를 수취하고 이에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였으나, 청구법인의 쟁점세금계산서를 신고하지 아니하여 매입세액공제 확인자료가 발생하자 청구외법인 관할 ○○세무서장이 동 자료를 처리하는 과정에서 청구외법인이 제출한 청구외 이○○ 및 이○○의 확인서와 무통장입금증에 의하여 청구외법인이 청구법인으로부터 실제로 물품을 구입하고 쟁점세금계산서를 수취한 실거래로 확인된다고 하여 청구법인에 대한 매출누락 과세자료를 처분청에 통보하였음이 매입세액공제 확인자료 처리내역 및 과세자료통보서에 의하여 확인된다.

② 처분청은 위 과세자료에 의하여 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 물품을 청구외법인에게 판매하고도 이에 대한 신고를 하지 아니하였다고 하여 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였음이 처분청의 결정결의서에 의하여 확인된다.

③ 이에 대하여 청구인은 2001.3.12. 청구법인의 대표이사를 사임하고 같은 날 청구외 이○○가 청구법인의 대표이사에 취임하면서 ○○산업(주)로 변경하였음에도 처분청이 청구법인의 사업자등록을 2000.6.30.자 폐업처리하고 2001.3.15. 쟁점법인 명의로 새로운 사업자등록번호(000-00-00000)를 부여함으로 인하여 동일한 법인에게 이중으로 사업자등록번호를 부여하였고, 청구인이 대표로 있던 기간에는 생산시설도 갖추지 못하였을 뿐만 아니라 쟁점세금계산서 교부당시에는 청구인이 사업에 관여하지 아니하여 내용도 알지 못함에도 청구법인이 매출누락한 것으로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세함은 부당하므로 이를 취소하고 당시에 실지로 사업을 영위한 쟁점 법인에게 과세하여야 한다고 주장한다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 1999.10.21. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 유○○을 대표이사로 하고 법인명을 ○○화학공업(주)(벽지 제조업)로 하여 사업자등록(000-00-00000)을 하였다가 2001.1.22. 처분청에 의하여 2000.6.30.자로 소급하여 직권폐업 처리되었으며, 쟁점법인은 같은 리 ○○번지에서 법인명을 ○○산업(주)(정화조 제조업)로 하고 대표이사를 이○○로 하여 2001.3.15. 신규로 사업자등록(000-00-00000)을 하여 현재까지 사업을 영위하고 있는 사실이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다.

② 법인등기부등본에 의하면, 청구법인과 쟁점법인은 법인등록번호가 000000-0000000이고 법인설립등기일이 1999.10.21.로 별도의 법인이 아니라 동일한 법인임이 확인되며, 당초 청구법인 설립당시 법인소재지는 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지, 임원은 대표이사 유○○, 이사 서○○ㆍ김○○, 감사 이○○, 법인명은 ○○화학공업 주식회사였으나, 201.3.12. 법인소재지를 같은 리 ○○번지로 이전하고 법인명을 ○○산업 주식회사로 변경하면서 법인 설립당시의 대표이사 유○○과 이사 서○○이 사임하고 대표이사 이○○와 이사 문○○이 취임하였으며, 그 후 2001.5.14. 대표이사 이○○, 감사 이○○가 사임하고 대표이사 조○○, 감사 박○○이 취임하였다가, 2002.4.10. 조○○ 대표이사가 사임하고 현재의 대표이사 이○○이 취임하였으며, 2002.4.27.에는 이사 김○○와 이사 문○○이 사임하고 이○○와 인○○이 쟁점법인의 이사로 취임한 사실이 법인등기부등본에 의하여 확인된다.

③ 처분청은 당초 청구법인에 대한 사업자등록시 청구법인의 법인등록번호를 000000-0000000로 전산입력하여 사업자등록증을 교부하였으나 청구법인의 법인등기부등본 및 사업자등록신청서에 의하면 청구법인의 법인등록번호가 000000-0000000로 기재되어 있음이 확인되므로 당초 처분청이 청구법인의 사업자등록신청서 전산입력시 법인등록번호의 앞자리 000000을 000000로 잘못 입력하여 청구법인에게 사업자등록증을 교부한 것으로 보여진다.

④ 또한 처분청은 청구법인에서 법인명과 대표자 및 법인소재지 등을 변경한 쟁점법인은 청구법인과 동일한 법인이므로 당초의 청구법인에 대한 사업자 등록사항 중 법인명과 대표자, 법인소재지, 업종 등을 정정하여 청구법인과 동일한 사업자등록번호(000-00-00000)의 사업자등록증을 교부하여야 함에도 쟁점법인이 2001.3.15. 신규로 사업을 개시한 것으로 보아 쟁점법인에게 새로운 사업자등록번호(000-00-00000)를 부여하여 사업자등록증을 교부한 사실이 확인된다.

⑤ 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인과 쟁점법인은 동일한 법인이고, 청구인은 2001.3.11.까지 청구법인의 대표이사로 재직하면서 청구법인을 경영하다 2001.3.12. 대표이사를 사임하고 투자금을 회수하여 청구법인의 사업에는 관여하지 아니하였으며, 그 이후에는 청구외 이○○(2001.3.12.~2001.5.13.), 조○○(2001.5.14.~2002.4.9.), 이○○(2002.4.10.~현재)이 순차로 쟁점법인의 대표이사로서 쟁점법인을 경영한 사실이 청구인과 청구외 이○○의 약정서 및 법인등기부등본 등에 의하여 확인되고, 쟁점세금계산서는 2001년 제2기 과세기간에 교부된 것으로 쟁점세금계산서 교부당시에는 청구법인에 대한 사업자등록이 폐지된 이후로 청구법인에서 법인명과 대표자를 변경한 쟁점법인이 사업을 영위하고 있었으며 청구외 조○○이 쟁점법인의 대표이사로 재직하고 있었음이 확인되는바, 청구인이 쟁점법인 명의로 청구외법인과 거래하고 쟁점세금계산서를 발행하였다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

⑥ 한편 쟁점세금계산서를 보면, 청구법인이 2001.7.20. 공급가액 12,000,000원, 2001.8.28. 공급가액 18,000,000원, 2001.9.23. 공급가액 15,000,000원에 해당하는 ○○ 금형을 매월 1식씩을 청구외법인에게 판매한 것으로 되어 있으며, 공급자란에는 당시 사업을 영위한 쟁점법인이 아니라 청구법인의 사업자등록번호ㆍ법인명ㆍ대표자ㆍ사업장주소가 기재되어 있고, 업종에는 제조, 도매/벽지, 무역업, 금형 및 기계제작으로 기재되어 있으나 금형 및 기계 제작업은 청구법인에서 쟁점법인으로 변경되면서 2001.3.12. 사업목적에 추가된 것(2002.7.19.부터 쟁점법인의 주 사업종목으로 변경 등기됨)으로 청구인이 대표이사로 청구법인을 경영할 당시에는 청구법인이 영위한 사업종목에 해당하지 아니한 사실이 법인등기부등본 등에 의하여 확인되므로 청구법인이 청구외법인과 거래하고 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다.

⑦ 청구외법인이 매입세액공제 확인자료에 대한 소명당시 ○○세무서장에게 제출한 2002.6.14.자 각서를 살펴보면, 청구외법인과의 거래에 있어서 청구법인이 물품을 납품하고 쟁점세금계산서를 발행하여 청구외법인에게 교부한 것은 정상적인 실지거래이며, 청구법인이 이를 신고하지 아니하여 청구외 법인에게 불이익을 초래한데 대하여 추후 문제가 발생할 경우에는 청구외 이○○와 이○○이 모든 법적 책임을 진다는 내용으로 작성되어 있고, 동각서에는 청구법인의 법인명과 대표이사로 청구인 명의가 기재되어 있으나 법인인감이나 청구인이 날인한 사실은 없고 단지 청구의 이○○와 이○○이 서명 날인한 사실이 확인되고 있으며, 부속서류에는 쟁점법인의 인감증명과 청구외 이○○와 이○○의 인감증명서 및 주민등록증 사본이 첨부되어 있음이 확인된다.

⑧ 국세청 전산조회자료에 의하면, 청구외 이○○와 이○○이 청구법인의 직원으로 근무한 사실은 나타나지 아니하고, 단지 청구외 이○○는 1995.9.20.~1997.12.31. ○○기계라는 상호로 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 볼트 및 너트 제조업을 영위하였고, 청구외 이○○은 2002.10.1.부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○기계라는 상호로 기계부품 제조업을 영위하고 있음이 확인된다.

⑨ 위 각서의 내용과 쟁점세금계산서에 대하여 당심에서 청구외 이○○에게 확인(000-000-0000)한 바에 의하면, 청구외 이○○와 이○○은 모두 청구법인의 직원은 아니었으며, 당시 청구법인의 공장에는 가본 사실이 없으나 청구외 이○○와 영업상의 관계로 오래전(약 8년전)부터 아는 사이였고 청구외 이○○가 청구법인의 실질적인 사장이라고 하여 그렇게 알고 소개하여 청구외법인에 금형을 납품하게 하였으며, 이○○ 자신은 거래를 소개한 관계로 청구외 이○○로부터 쟁점세금계산서를 받아 청구외법인에게 전달 하였고, 물품대금도 청구외 이○○가 소유하고 있던 청구법인 명의의 통장사본을 받아 청구외법인에게 건네주어 대금을 송금하게 하였으며, 당시 청구법인이 물품을 납품한 것이 아니라면 청구외 이○○가 청구법인의 명의를 사용하여 개인적으로 납품한 것으로 생각되며, 이와 같은 거래관계로 인하여 이○○ 자신이 청구외 이○○와 함께 위 각서에 서명 날인하게 된 것이라고 진술하고 있다.

⑩ 또한 청구외법인이 청구법인 통장으로 물품대금을 입금한 무통장입금증을 살펴보면, 청구외법인이 청구법인의 계좌(000-000000-00-000)로 2001.10.23. 25,000,000원, 2001.10.29. 14,124,600원, 2001.11.14. 10,000,000원을 송금한 것으로 되어 있으나 동 계좌는 ○○은행 ○○지점에서 개설된 계좌로 청구법인의 소재지와는 관계가 없는 반면, 청구외 이○○의 당시 주소지가 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌라 ○동 ○호인 점과 청구외 이○○의 진술로 보아 청구외 이○○가 개설한 통장으로 보여진다.

⑪ 한편 청구외 이○○는 2002.4.27. 쟁점법인의 이사로 취임한 사실이 법인등기부등본에 의하여 확인되고 있고, 청구외법인이 청구법인으로부터 수취한 세금계산서는 쟁점세금계산서 외에도 2001년 제1기분 세금계산서 4매(공급가액 60,725천원)가 있으며, 이에 대하여 청구법인은 물론 쟁점법인도 매출로 신고한 사실이 없음이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인되고 있으며, 처분청은 쟁점세금계산서에 대한 별도의 확인조사 없이 과세자료에 의하여 곧바로 과세하였기에 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의해서는 청구외법인에게 실제로 물품을 공급한 실사업자가 누구인지를 확인할 수가 없다고 할 것이다.

⑫ 따라서 이 건은 청구외법인에게 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 물품을 실제로 공급하고 쟁점세금계산서를 교부한 실사업자가 누구인지를 재조사하여 그 결과에 따라 실사업자에게 과세함이 타당하다고 판단된다.

(3) 그러하다면, 처분청에서 쟁점법인이 청구법인에서 법인명과 대표자 등 만이 변경된 동일한 법인임에도 청구법인과 쟁점법인을 별도의 법인으로 보아 청구법인을 폐업처리하고 쟁점법인에게 새로이 사업자등록번호를 부여한 후, 과세자료만에 근거하여 폐업처리된 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 당초 처분은 사실관계의 조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.