개발비 세액공제는 신청을 누락하였더라도 추가로 세액공제 대상이 되는 것임

[주문]

○○세무서장이 2003.8.16. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2000.1.1.∼12.31. 사업연도 법인세 136,869,950원의 부과처분은, CI 제작의뢰비용 120,000,000원을 당해연도 기술 및 인력개발비 지출액에 가산하여 추가로 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 하는 것으로 하여 세액을 경정합니다. [이유]

청구법인은 ○○시 ○○읍 ○○리 1-4에서 화장품 및 계면활성제를 제조하는 법인으로, 기술 및 인력개발비 세액공제 신청을 하여 총 814,814,732원(2000년 사업연도 235,893,259원, 2001년 사업연도 397,620,370원, 2002년 사업연도 181,301,103원)을 세액공제 받았다.

○○지방국세청장(법인세과)은 2003년 5월 청구법인에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제기획서면분석을 실시하여 부당 세액공제 92,911,781원(2000년 사업연도 95,031,266원, 2001년 사업연도 -47,003,972원, 2002년 사업연도 44,884,486원)을 적출하여 2003.7.15.까지 법인세 수정신고할 것을 안내하였고, 청구법인은 2003.07.21. 2000년 사업연도 중 청구외 ○○○○○○(이하 "개발업체"라 한다)에 지불한 CI제작비 120,000,000원(이하 "쟁점개발비"라 한다)에 대하여 기술 및 인력개발비로 보아 추가 세액공제를 서면으로 요청하였으나 ○○지방국세청장은 쟁점개발비는 기술개발과는 무관하다는 사유로 세액공제를 인정하지 아니하고 2003.8.11. 결정결의서(안)을 처분청에 통보하였다. 처분청은 통보된 결정결의서(안) 내용에 따라 2003.08.16. 청구법인에게 법인세 183,612,650원(2000년 사업연도 136,869,950원, 2002년 사업연도 46,742,700원)을 결정ㆍ고지하였고, 2001년 사업연도 법인세 47,003,970원을 환급결정하였다. 이에 청구법인은 2000년 사업연도분 추가적인 기술ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 12,000,000원을 부인한 처분에 불복하여, 2003.11.11. 심사청구하였다.

청구법인은 조세특례제한법시행령 제9조 제2항 의 규정에 의한 별표61항 사목에서 고유상표 및 고유디자인의 개발을 위한 비용을 기술 및 인력개발비 세액공제 대상으로 하고 있는데도 불구하고, 쟁점개발비를 기술개발과 무관한 비용으로 해석하여 세액공제 대상에서 제외한 것은 부당하므로 조세법률주의에 입각하여 문리해석에 따라 추가로 세액공제를 하는 것이 타당하다.

청구법인이 1999.12.3. 개발업체에 CI 제작관련 디자인 용역을 의뢰하여 2000.9.27. 개발완료하고 쟁점개발비를 지급한 사실은 인정되나, 이건은 지명도를 높이고 외국계 유명업체들에 대응하기 위한 기업통합이미지(CI) 전략이 필요하여 기업의 실체를 확실하게 인식시키며 질서있고 체계적인 관리를 통한 합리적인 기업경영을 위하여 디자인 용역을 의뢰한 것이며, CI사용처는 회사심볼마크, 컬러시스템, 시그니춰시스템, 사원용신분증, 쇼핑백, 명함 등에 주로 사용하여, CI개발비는 기술개발과는 무관한 비용으로 쟁점개발비는 조세특례제한법 규정에 의한 기술ㆍ인력개발비 세액공제 적용대상 비용에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점개발비에 대하여 세액공제 신청을 누락하고 추가로 세액공제를 요청한 경우 기술ㆍ인력개발비 세액공제가 가능한 것인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 ■ 조세특례제한법 제10조 [ 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 ]

① 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "기술·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다.(1998.12.28 개정)

1. 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법(1998.12.28 개정)

2. 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비에 다음 각목의 율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법(1998.12.28 개정)

• 가. 중소기업이 지출한 기술·인력개발비(다른 중소기업에 지출한 기술·인력개발비를 포함한다)의 경우에는 100분의 15(1998.12.28 개정)
• 나. 중소기업외의 자가 지출한 기술·인력개발비의 경우에는 100분의 5. 다만, 중소기업에 지출한 기술·인력개발비의 경우에는 100분의 10으로 한다.(1998.12.28 개정)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.(1998.12.28 개정)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.(1998.12.28 개정) ■ 조세특례제한법시행령 제9조 [ 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 ]

① 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업”이라 함은 제130조 제2항의 규정에 해당하는 사업을 말한다.(2001.12.31 개정)

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.(2000.12.29 개정) *〔별표 6〕연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) ┌─────┬─────────────────────────┐ │ 구 분 │ 비 용 │ ├─────┼─────────────────────────┤ │1.기술개발│사. 고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 │ │ │ 개발을 위한 비용 │ └─────┴─────────────────────────┘ ■ 기술개발촉진법 제2조 [ 정의 ] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "기술개발"이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다. ■ 기술개발촉진법 제4조 [ 기술개발준비금의 사용 ]

① 준비금은 다음 각호의 사업에 한하여 이를 사용할 수 있다.< 중 략 >

8. 기타 대통령령이 정하는 사업 < 이하 생략 > ■ 기술개발촉진법시행령 제5조 [ 준비금의 사용 ]

① 법 제4조 제1항 제8호에서 "기타 대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 사업을 말한다. < 중 략 >

*［별표1］기술개발준비금의 사용기준(제5조 제2항 관련) ┌─────┬────────────────────────┐ │ 구 분 │ 비 용 │ ├─────┼────────────────────────┤ │11.상표 및│< 중 략 > │ │ 디자인의 │사. 고유상표 및 고유디자인의 개발을 위한 비용 │ │ 개발 │ < 이하 생략 > │ └─────┴────────────────────────┘

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인에 대한 기술ㆍ인력개발비 세액공제에 대한 2000년 사업연도 신고 및 경정현황은 다음과 같다. ┌────────────┬──────┬──────┬───────┐ │ 구 분 │ 당 초 │ 경 정 │ 증 감 │ ├────────────┼──────┼──────┼───────┤ │① 연구비 지출액 │582,465,104 │392,402,573 │△190,062,531 │ ├────────────┼──────┼──────┼───────┤ │② 직전 4년간 지출합계액│442,714,350 │442,714,350 │ - │ ├────────────┼──────┼──────┼───────┤ │③ 직전 4년간 연평균 │110,678,587 │110,678,587 │ - │ │ 지출액(②÷4) │ │ │ │ ├────────────┼──────┼──────┼───────┤ │④ 증가지출금액(①-③) │471,786,517 │281,723,986 │△190,062,531 │ ├────────────┼──────┼──────┼───────┤ │⑤ 당해연도에 공제받을 │235,893,259 │140,861,993 │△ 95,031,266 │ │ 세액(④×50/100) │ │ │ │ └────────────┴──────┴──────┴───────┘

2. 청구법인은 기술ㆍ인력개발비에 대하여 증가지출금액을 기준으로 세액공제를 받았고, 조사관서는 기술ㆍ인력개발비 세액공제분에 대한 서면검토시 2000년 사업연도 연구비 지출액 중 전담부서를 설치하기 전 지출비용 등 190,062,531원을 부인하여 세액공제에서 95,031,266원을 불공제한 사실은 처분청에서 제출한 심리자료에 의하여 알 수 있고, 이에 대해서는 다툼이 없다.

3. 청구법인은 서면분석 검토결과 수정신고 안내를 받고 2000년도에 지출한 쟁점개발비에 대하여 서면으로 추가 세액공제를 요청하였으나, 조사관서는 쟁점개발비는 기술개발과는 무관하여 추가 세액공제를 인정하지 아니한 바, 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인이 지출한 쟁점개발비는 1999.12.3. 개발업체에 용역을 의뢰하여 2000.9.27. 개발을 완료하고 지출한 비용으로, 세액공제 대상이 되는 고유상표 및 고유디자인의 개발을 위한 비용에 대하여 재정경제부(재조예 46019-192, 2003.9.30.)와 국세청(법인 46012-147, 1998.1.19)의 입장은, 고유상표의 개발과 관련이 있는 전문디자이너에 대한 디자인 위탁개발 용역비, 자체 고용디자이너의 인건비, 디자인설계기기(CAD)등 관련 설비의 임차료, 디자인 설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료 및 시약류구입비 등은 해당하는 것이나, 초도금형의 매입비용과 상표권의 유지 및 갱신비용은 해당하지 아니한다는 것이다. 나) 기술개발촉진법 및 동법시행령에서 고유상표 및 디자인개발을 위한 비용은 기술개발준비금 사용기준에 포함하여 기술개발 대상으로 보고 있으며, 청구법인이 쟁점개발비와 관련하여 개발된 상표에 대하여 2000.12.29. 특허청에 상표등록출원을 하고 2002.10.17. 상표로 등록(등록 제0532769호)된 사실로 보아, 쟁점개발비는 기술ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 고유상표 위탁개발용역비에 해당된다고 보여지는바, 쟁점개발비에 대하여 기술ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보는 것은 타당한 이유가 없다 할 것으로 이건에 대하여 조사관서 및 처분청에서 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 부인한 행위는 잘못이 있다 하겠다.
• 다) 또한, 법인세 과세표준 및 세액신고시 세액공제신청을 누락하였다 하더라도, 조세감면신청이 납세자의 협력의무에 불과하기 때문에 지급사실이 확인되면 당연히 조세감면을 허용하여야 한다는 대법원 판례(대법 97누10628,1997.10.24)에 따라 청구법인이 서면으로 추가 세액공제를 신청한 행위는 잘못이 없다고 보여진다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주무과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제10조 / 조세특례제한법시행령 제9조 /