쟁점주식을 저가양도로 보아 정상가액에서 30%를 차감하고 부당행위계산 하는지

○○세무서장이 2003. 8. 5. 청구법인에게 한 1997과세연도 배당소득세 6,416,980원과 1999사업연도 법인세 235,909,550원의 부과처분은

1. 청구법인에게 원천징수의무를 물어 고지한 1997년 귀속 배당소득세 6,416,980원의 부과처분은 이를 취소하고

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

내용 청구법인은 강원도 ○○시

○○ 로 1가 26-2번지 소재에서 건설/토목공사업을 영위하는 법인으로서 1997.1.10. 특수관계자(주주)인 청구외 심

○○ 과 윤

○○ 으로부터 청구외

○○ 유통(주)의 발행주식 3,600주와 7,200주를 각각 1주당 5,000원씩 계 10,800주(이하 “쟁점①주식”이라 한다)를 취득하고, 또한 1999.11.17. 청구법인의 본점소재지와 같은 곳에 본점소재지를 두고 있는 청구외 석미개발(주)(이하 “청구외법인”이라 한다) 발행주식 112,500주(액면가 5,000원; 이하 “쟁점②주식”이라 한다)를 특수관계자인 ○○파이낸스(주)에게 1주당 5,000원에 양도하였다. 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 청구외법인에 대한 주식변동조사결과, 청구법인이 상속세및증여세법상 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액이 1,399원인 쟁점①주식을 특수관계자로부터 1주당 5,000원에 매수하였고, 또한 보충적 평가방법에 의하여 평가한 1주당 가액이 9,633원인 쟁점②주식을 특수관계자에게 5,000원에 양도하였다는 과세자료를 통보받아 부당행위계산부인하여 쟁점①주식에 대하여는 시가와 매수가액과의 차액을 익금산입하여 주주에게 배당처분하고 청구법인에게 원천징수의무를 물어 2003.8.5. 1997년 귀속 배당소득세 6,416,980원, 쟁점②주식에 대하여는 시가와 양도가액과의 차액 512,212,500원을 익금산입하여 1999사업연도 법인세 235,909,550원을 각각 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.23. 이 건 심사청구를 하였다.

(1) 법인세법상 고가양수나 저가양도 해당여부는 정상가액에서 +30% ~ -30%를 공제하고 판단하여야 하므로 쟁점주식의 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액에서 위와 같이 +30% ~ -30%를 감안하면 쟁점①주식의 양도가 고가양수나 저가양도에 해당되지 아니함에도 법인세법 제15조 제2항 을 적용하여 부당행위계산 부인하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점①주식을 평가함에 있어서 ○○유통(주)는 1990년 자본금 2억원으로 시작하여 1996년 20억원으로 증자하였다가 영업부진으로 2001년에 이르러서는 자본금중 18억원이 잠식된 상태에 있는 법인으로서 세법상 보충적 평가방법으로 평가한 1주당 가액은 무의미하고 물거품 같은 시가이기 때문에 13년간 계속하여 액면가액으로 계속하여 거래하였는 바, 13년간 계속하여 거래한 액면가액에 대하여 부당행위계산부인규정이 적용된다 하더라도 쟁점①주식은 1997.1.10. 양수받은 주식으로서 종합소득세 신고기한인 1998.5.31을 기산일로 하여 5년이 경과한 2003.5.31.에 그 부과제척기간이 만료되었으므로 당사에 2003.8.05. 결정고지한 처분은 위법부당하다.

(3) 청구외법인발행 쟁점②주식의 순자산가액을 계산함에 있어서 임대주택용 토지는 임대주택법(구 임대주택건설촉진법)에 의하여 “택지비 = 한국토지공사로부터 공급받은 공급가액 × 이자율 × 임대기간”으로 분양가가 산정되므로 분양가 산정시 공급가액은 약정이자와 연체이자, 재산세, 취득세 등을 제외한 순수한 공급가액으로 계산하여야 한다.

(1) 법인이 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당되고, 내국법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각사업연도 소득금액을 계산할 수 있는 것이고, 특수관계자에게 저가양도한 이 건의 경우 시가가 없으므로 상증법에 의한 평가액을 시가로 보아 그 차액을 익금산입하여 과세한 처분은 정당하고

(2) 배당소득세의 부과제척기간은 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이므로 쟁점①주식에 대한 익금산입액을 주주에 대한 배당소득으로 소득처분한 날(2003.8월)부터 5년내인 2003.8.05. 경정고지하였으므로 부과제척기간이 경과되었다는 청구인 주장은 이유있는 것으로 받아들이기 어려우며

(3) 상속세및증여세법상 비상장법인의 순자산가액을 평가함에 있어서 토지의 평가는 원칙적으로 개별공시지가를 적용하여 평가하는 것이므로(상속세및증여세법 시행령 제54조 제55조) 임대주택법에 의하여 토지를 평가하면서 취득관련비용을 제외하여야 한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점②주식을 저가양도하였다고 보아 부당행위계산부인하는 경우 정상가액에서 30%를 차감하고 과세하여야 하는지 여부와

(2) 1997년 귀속 배당소득세를 2003.8.5. 청구법인에게 원천징수의무를 물어 경정고지한 경우 부과제척기간이 경과하였는지 여부 및

(3) 비상장주식을 평가함에 있어서 임대주택의 부수토지가액 산정시 임대주택법에 의하여 취득관련비용(취득세, 등록세 등)을 제외하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관계법령

○ 법인세법 제54조 【부당행위게산】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소 득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자” 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

○ 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

⑥ 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 상속세 및 증여세법 제39조 ㆍ제39조의 2, 동법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항ㆍ제29조 제3항 및 제29조의 2 제2항의 규정을 준용한다. 이 경우 “대주주” 및 “특수관계에 있는 자”는 이 영에 의한 "특수관계자" 로 보고, “이익” 및 “대통령령이 정하는 이익”은 "특수관계자에게 분여한 이익" 으로 보되, 그 이익 중 3억원 이상”은 이를 적용하지 아니한다.

○ 상속세및증여세법 제60조 【평가의 원칙 등】

① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제13조의 규정에 의하여 상속재산의 가액 에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 의한다.

○ 상속세및증여세법 제61조 【부동산 등의 평가】

① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토 지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

2. 건 물 대통령령이 정하는 시가표준액에 의한 가액

② 제1항의 규정에 불구하고 상업용 건물 또는 특수용도의 건물로서 당해 건물의 규모ㆍ준공시기ㆍ거래상황 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 것에 대하여는 건물의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액으로 평가한다.

③ 제1항의 규정에 불구하고 건물에 부수되는 토지를 공유하고 건물을 구분소유하는 공동주택으로서 국세청장이 지정하는 지역안에 있는 공동주택에 대하여는 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 참작하여 매년 국세청장이 토지와 건물의 가액을 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액으로 평가한다.

○ 상속세및증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

• 다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

○ 상속세및증여세법시행령 제54조 【비상장주식의 평가】

① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아 니한 주식 및 출자지분(이하 이 조에서 “비상장주식”이라 한다)은 제2항의 경우를 제외하고는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 의한다. 당해 법인의 순자산가액 1주당가액 = [────────────── (이하 “순자산가치” 발행주식총수 라 한다) 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ＋ ────────────────── (이하 "순손익가치" ÷ 2 금융시장에서 형성되는 라 한다)] 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율

② 비상장주식이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 순자산가치에 의하여 평가한 가액에 의한다.

1. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업 또는 청산중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

2. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3. 당해 법인의 자산총액(법 제4장의 규정에 의하여 평가한 자산총액을 말한다) 중 법 제61조 제1항 및 동조 제5항에 규정된 재산의 합계액(법 제60조ㆍ법 제61조 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액의 합계액을 말한다)이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 주식 또는 출자지분

4. 1주당 순손익가치가 1주당 순자산가치의 100분의 50에 미달하는 주식 또는 출자지분

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수 등의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 당해 주식 또는 출자지분의 장부가액에 의한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 “발행주식총수 등”은 평가기준일 현재의 발행주식 총수 등에 의한다.

○ 상속세및증여세법시행령 제55조 【순자산가액의 계산방법】

① 제54조 제1항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 이연자산ㆍ준비금ㆍ충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

○ 국세기본법 26조 의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우 에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날 부터 5년간

○ 소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】

① 다음 각호의 1에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조의 규정에 불구하고 당해 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

④ 근로소득ㆍ연금소득(일용근로소득을 제외한다)ㆍ퇴직소득 또는 제1항 제5호의 규정에 의한 소득이 있는 자에 대하여 제127조의 규정에 의한 원천징수의무를 부담하는 자가 제137조ㆍ제138조ㆍ제143조의 4ㆍ제144조의 2 또는 제146조의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 아니한 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (2000. 12. 29 신설)

○ 임대 주택법시행령 제9조 【임대주택의 임대의무기간 등】

⑤ 공공건설임대주택을 제2항 제2호 또는 제3호의 규정에 의하여 매각하는 경우 그 매각가격의 산정기준은 건설교통부령으로 정한다.(1998.11.13 신설)

○ 임대 주택법시행규칙 제3조 의 3【매각가격의 산정기준】

① 영 제9조 제5항의 규정에 의한 공공건설임대주택 매각가격의 산정기준은 별표1과 같다.

○ <별표1> 공공건설임대주택 매각가격 (분양전환가격)의 산정기준(제3조의 3관련) 1). 분양전환가격의 산정

• 가. 분양전환가격은 건설원가와 감정평가금액의 산술평균가액으로 한다.
• 나. 분양전환가격은 임대주택의 건축비 및 택지비를 기준으로 분양전환 당시에 산정한 당해 주택의 가격(이하 “산정가격”이라 한다)에서 임대기간중의 감가상각비를 공제한 금액을 초과할 수 없다.

2. 항목별 산출방법

• 가. 건설원가 건설원가 = 최초 입주자 모집당시의 주택가격 + 자기자금이자 - 감가상각비

(1) 최초 입주자 모집당시의 주택가격 건축비 및 택지비를 기준으로 입주자 모집 승인권자가 산정한다.

(2) 자기자금이자 자기자금이자 = (최초 입주자 모집당시의 주택가격 - 국민주택기금융자금- 임 대보증금)× 이자율 × 임대기간 (가)이자율: 분양전환당시의 한국주택은행의 1년 만기 정기예금이자율 (나)임대기간: 임대개시일부터 분양전환개시일 전일까지의 기간

(3) 감가상각비 계산은 임대기간중 법인세법시행령의 규정에 의한 계산방식에 따른다.

• 나. 감정평가금액 분양하기로 결정된 날을 기준으로 2인의 감정평가업자가 평가한 당해주택의 감정평가금액의 산술평균금액으로 한다.

(1) 감정평가업자의 선정은 임대인과 임차인이 각각 1인씩을 선정하되, 임대인과 임차인이 선정하지 못할 불가피한 사유가 있는 때에는 관할시장 군수가 선정한다.

(2) 감정평가에 필요한 비용은 임대인이 부담한다.

• 다. 산정가격 산정가격 = 분양전환당시의 건축비 + 입주자모집공고당시의 택지비 + 택지비 이자 택지비 이자 = 택지비 × 이자율 × 임대기간 라. 건축비 및 택지비

(1) 건축비 (가) 건축비의 상한가격은 건설교통부장관이 따로 고시하는 가격(표준건축비) (나) 철골조로 건축하는 주택의 건축비는 표준건축비에 16%를 가산한 금액 으로 한다. (다) 주택사업자가 당해 주택의 시공 및 분양에 필요하여 납부한 보증수수료는 표준건축비에 포함할 수 있다. (라) 사업계획승인권자로부터 최초 입주자모집공고에 포함하여 승인을 얻은 지하층 면적중 지상층 바닥면적 합계의 15분의 1까지는 표준건축비의 100퍼센트를 인정하고 나머지 부분에 대하여는 표준건축비의 80퍼센트에 상당하는 금액을 건축비로 인정할 수 있다.

(2) 택지비 (가)국가 지방자치단체와 한국토지공사, 대한주택공사 등 공공기간이 택지개발촉진법 등 법률에 의하여 개발공급하는 택의 경우에는 그 공급가액

• 다. 사실관계 및 판단 【이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.】

(1) ○○지방국세청에서 청구외법인에 대한 주식이동변동조사결과 청구법인이 1999.11.17. 특수관계자인 ○○파이낸스(주)에게 쟁점②주식을 1주당 5,000원에 양도하였고, 청구외 심○○과 윤○○으로부터 쟁점①주식을 액면가인 주당 5,000원에 취득하였음이 주식변동조사복명서에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 세무조사결과를 통보받아 부당행위계산부인하여 쟁점①주식에 대하여 특수관계자로부터 자산의 고가매입에 해당된다고 보아 시가(보충적 평가방법에 의하여 평가한 1,399원)와 취득가액(1주당 5,000원)과의 차액을 익금산입하여 배당처분하고 청구법인에게 원천징수의무를 물어 이건 과세하였고, 쟁점②주식을 특수관계자에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액(1주당 9,633원)과 양도가액(1주당 5,000원)과의 차액 512,212,500원을 익금산입하여 1999사업연도 법인세를 경정결정하여 이건 과세하였음이 과세자료통보공문, 법인세 과세표준 경정결의서에 의하여 확인된다.

(3) ○○지방국세청장은 청구외법인에 대한 주식변동조사시 주택임대업을 영위하는 청구외법인의 주식을 1999.11.17.을 평가기준일로 하여 평가시 시가가 불분명하다고 보아 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법에 의하여 평가하면서 토지는 임대주택법에 의하여 “임대주택 입주자 모집공고당시의 택지비 + 택지비이자(= 택지비 × 이자율 × 임대기간)”를 적용하여 1주당 순자산가액을 8,758원으로 평가하고 최대주주에 대하여 110%의 할증율을 적용하여 9,633원으로 평가하였음이 주식변동조사복명서, 비상장주식평가조서 등에 의하여 확인된다. (4)청구법인이 제시하고 있는 용지매매계약서에 의하면 청구법인은 1994.10.22. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 2209번지 대지 16,373.8㎡를 한국토지개발공사로부터 2,834,440,000원에 매수하기로 매매계약을 체결하고 할부이자 87,369,450원을 포함하여 매매대금 2,921,809,450원을 1996.03.02. 납부한 사실이 확인된다

(5) 청구법인의 공공건설임대주택 자산의 평가방법에 관한 질의에 대하여 건설교통부는 “임대 주택법시행령 제9조 제5항 의 규정에 의하면 임대사업자가 동조 제2항 제2호 또는 제3호의 규정에 의하여 공공건설임대주택을 매각하는 경우, 동법시행규칙 제3조의 3 및 별표2 공공건설임대주택의 매각가격(분양전환가격)의 산정기준에 의하도록 규정되어 있습니다.”라고 회신한 사실이 관련공문(주정58500-3891, 2000.12.14)에 의하여 확인된다.

(6) 청구외법인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 2209번지 소재 토지 16,373.8㎡를 한국토지공사로부터 취득하면서 취득세와 등록세로 170,693,410원을 납부하고 건설자금이자 374,247,089원을 계상한 사실이 청구외법인의 총계정원장 토지계정에 의하여 확인된다. 【다음으로 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.】 청구법인은 쟁점②주식에 대하여 특수관계자에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하면서 정상가액에서 30%를 차감한 금액에 대하여 익금산입하여야 한다고 주장하나, 법인이 특수관계자에게 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자하는 경우에는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당된다고 규정(법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호)하고 있으므로, 청구법인은 상속세및증여세법상 보충적 평가방법에 의하여 평가한 1주당가액이 9,633원인 쟁점②주식을 1999.11.7. 청구외 ○○파이낸스(주)에게 1주당 5,000원에 양도한 것은 시가가 불분명한 쟁점②주식을 특수관계자에게 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우로서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당된다 할 것이고 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있는 것인바(법인세법 제54조, 같은법시행령 제89조 제5항), 시가가 불분명한 경우 보충적 평가방법에 의한 평가액은 시가로 인정되고 있으므로 동 시가와 양도가액과의 차액을 익금산입하여 과세한 이건 처분은 적법ㆍ타당한 반면, 정상가액(또는 시가)에서 30%를 차감하게 되면 저가양도에 해당되지 아니한다는 청구주장은 부당행위계산부인에 관한 법리를 오인한 그릇된 주장이므로 이를 타당성있는 것으로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 【다음 쟁점(2)에 대하여 본다.】 청구법인은 1997.1.10. 특수관계자로부터 시가가 1,399원인 쟁점②주식을 5,000원에 매입하였는바, 이는 법인세법시행령 제88조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우에 해당되므로 부당행위계산부인하여 고가매입상당액을 익금산입하여 배당처분한 당초처분은 정당하나, 다만, 법인세법에 의하여 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 소득에 대하여 당해 법인에게 소득세법시행령 제192조 제1항 에 의하여 소득금액변동통지를 하였으나 당해 법인이 원천징수의무를 이행하지 아니한 경우 원천징수의무자에게 원천징수세액을 부과할 수 있는 기간은 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 11일부터 5년간이 되는 것이나, 그 원천징수의무대상 소득금액의 귀속사업연도 종합소득세에 대한 부과제척기간이 만료되면 당해 원천징수의무도 소멸하는 것인바(같은 뜻: 재정경제부 예규 조세정책과-1470, 2004.11.9), 이 건의 경우 처분청이 청구법인에게 소득금액변동통지하고 결정․고지한 배당소득세는 1997년 귀속분으로서 동 소득금액의 귀속사업연도 종합소득세의 부과제척기간은 종합소득세 신고기한이 경과한 1998.6.1부터 기산되어 2003.5.31에 종료된다고 봄이 타당하다 하겠다.(국심2003중1425) 따라서, 고가매입상당액을 익금산입하고 주주에게 배당처분하여 과세한 이건의 경우 배당소득에 대한 종합소득세의 법정납부기한인 1998.6.1로부터 5년 2월이 경과한 2003.8.5.에 고지하여 종합소득세에 대한 부과제척기간이 만료되었으므로 동 소득금액에 대한 원천징수의무도 2003.6.1 소멸되었다고 봄이 타당하다 하겠다. 【다음으로 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.】 처분청은 임대주택의 부수토지가액을 산정함에 있어서 과세적부심사결정에 따라 청구외법인의 장부상 토지가액에 임대기간의 정기예금이자율을 곱하여 순자산가액을 계산하여 경정고지한 처분에 대하여 청구법인은 장부가액중 취득세와 등록세를 차감한 금액에 임대기간과 정기예금이자율를 곱하여 순자산가액을 계산하여야 한다고 주장하나 이 건은 법인세법상 부당행위계산의 부인대상이 되는 쟁점②주식의 양도와 관련하여 시가가 불분명한 비상장주식인 쟁점주식을 어떻게 평가할 것인지에 관한 것으로서, 이 건 관련법령인 법인세법 시행규칙 제16조 의 2에서는 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세 및 증여세법 제63조 의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다.고 규정하고 있고, 이에 따른 증여세법 제63조 의 규정과 같은법 시행령 제54조 및 제55조의 규정을 모아서 살펴보면, 비상장주식을 평가함에 있어 당해법인의 1주당 순자산가치와 순손익가치의 평균액으로 1주당가액을 평가하도록 하고, 순자산가치를 산출하는 당해법인의 순자산가액은 평가기준일 현재 당해법인의 자산을 상속세 및 증여세법의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 이에 따라 다시 상속세 및 증여세법 제60조 및 제61조의 규정을 모아서 살펴보면, 시가는 불특정 다수인 사이에 자유로운 거래에서 성립된 가격을 말하는 것으로서, 재산의 평가는 시가로 평가하는 것을 원칙으로 하되, 시가를 산정하기 어려운 경우에는 보충적 평가방법에 따라 평가하도록 하면서 그 보충적 평가방법으로서 토지의 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가에 의하여 평가한다고 규정하고 있다. 그렇다면 임대용주택의 분양전환가격의 범위를 임대주택법령과 공공임대주택건설 및 관리지침 등에 정하고 있다 하더라도 위 분양전환가격 산정기준에 따른 가격을 시가로 본다는 규정을 상속세및증여세법령에 규정하기 전에는 이를 시가로 보기는 어려운 것이며, 임대용주택의 분양전환가격은 주택분양가 원가연동제 적용 등으로 임대용주택의 소재지역에 따라 임대주택법령 등으로 평가한 자산가액이 많거나 적을 수 있을 뿐 아니라, 분양전환가액이란 임대용주택을 건축한 후 임차인들이 일정기간동안 거주하고 동 주택을 분양용으로 전환할 때의 공급가액을 의미하는 것이므로 평가일 현재 신축중이거나 임대중인 주택의 경우에는 미래의 분양전환가액을 현재의 시가로 보기도 어려운 것인 바, 쟁점②주식의 평가일 현재 청구외법인이 보유하고 있는 임대용주택에 대한 실제 매매가격이 있거나 동 주택의 객관적인 교환가치가 확인되지 않는 이상은 상속세및증여세법 제61조 제1항 의 규정에 따라 임대용주택의 토지를 개별공시지가로 평가함이 타당하다 할 것이므로(같은뜻: 2004년 감심 제163호, 2004.12.28), 임대주택의 부수토지를 평가함에 있어서 임대주택법에 의하여 분양전환가액산정시 적용되는 토지공사로부터 취득한 장부가액에서 취득세와 등록세 등을 차감한 금액에 임대기간과 이자율을 곱하여 계산하여야 한다는 청구주장은 이를 타당성 있는 것으로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.