가공매입에 따른 사외유출된 금액을 대표이사의 상여로 처분하여 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 건설업을 영위하는 법인사업자로서 1999년 제2기 과세기간 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○중기(주)(000-00-00000, 대표자 이○○, 건설/중기대여, 이하 “쟁점법인”이라 한다)로부터 공급가액 23,690,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 그에 대한 매입세액 2,369,000원을 공제하여 부가가치세 신고를 하고, 그 공급가액을 1999사업연도의 손금에 산입하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다. 그 후 ○○지방국세청장이 2002년 9월 쟁점법인에 대한 조사결과 2002.11.1. 쟁점법인을 자료상으로 확정하여 ○○지방검찰청 ○○지청에 고발하고 청구법인이 쟁점법인으로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취하였다고 하여 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 청구법인은 2003.3.7. 처분청으로부터 과세자료소명안내문을 받은 후 2003.3.18. 쟁점세금계산서의 공급가액과 세액의 합계액인 26,059,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 쟁점법인의 현 대표이사 성○○이 쟁점법인의 ○○은행계좌(000-000000-00-000)로 입금하여 회수한 것으로 처리하고, 청구법인이 실물거래 없이 수취한 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세수정신고를 하였으며, 쟁점금액에 대하여 사외유출시점부터 회수처리한 때까지 대표이사에 대한 가지급금으로 하여 계산한 인정이자를 대표자 상여로 처분하여 2003.3.21. 법인세를 수정신고 납부하였다. 처분청은 2003.3.18. 청구법인의 통장에 입금된 금액을 1999년 제2기의 가공매입과 관련하여 사외유출된 금액의 정당한 회수로 볼 수 없다고 하여 청구법인의 수정신고 내용을 부인하고 쟁점금액을 전 대표이사 진○○에 대한 상여로 처분하여 법인세를 과세하고 2003.8.3. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 이에 대한 근로소득세를 수정신고ㆍ납부하지 아니하여 2003.10.1. 청구법인에게 1999년 귀속 근로소득세 4,060,980원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.10. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 가공매입에 의하여 사외유출된 쟁점금액을 2003.3.18. 현 대표이사인 성○○이 당시 대표이사인 진○○으로부터 회수하여 청구법인의 계좌로 입금[수정회계처리내역: (차)보통예금 26,059,000 / (대)전기오류수정이익 26,059,000(유보처분)]하고 부가가치세 및 법인세를 수정신고 하였는바, 이는 청구법인이 스스로 사외유출된 쟁점금액을 세무조사의 통지를 받기 전에 정당하게 회수하고 수정신고한 것이므로 법인세법시행령 제106조 제4항 의 규정에 따라 유보로 소득처분하여야 함에도 처분청이 이를 상여로 처분하여 청구법인에게 근로소득세를 과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

처분청에서 청구법인의 2003.3.21. 수정신고서를 검토하면서 청구법인에게 전대표이사 진○○이 현재의 대표이사에게 쟁점금액을 반환한 근거를 제시하라고 충분한 시간을 주었음에도 해명자료 검토결과 통지시(2003.5.23.)까지 이를 입증할 수 있는 금융자료 등을 제시하지 못하였고 이 건 심사청구시 첨부한 영수증 및 확인서는 사후에 작성된 것으로 사외유출된 쟁점금액의 회수와 관련된 증빙으로 볼 수는 없으며, 또한 현 대표이사가 법인통장에 입금한 쟁점금액은 사외유출금액을 정당하게 회수하지 아니한 채 마치 사외유출금액을 회수한 것처럼 처리하여 상여처분을 면하려는 의도로 밖에 볼 수 없으므로 쟁점금액을 상여로 처분하여 근로소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 가공매입과 관련하여 사외유출된 쟁점금액을 대표이사에 대한 상여로 처분하여 근로소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다.

○ 법인세법 제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고 하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기자사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 (소득처분)

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리 내국법인과 비영리 외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2001.12.31. 단서개정)

○ 법인세법시행령 부칙 (2001.12.31. 대통령령 제17457호 개정) 제17조 (소득처분에 관한 적용례) 제106조 제4항의 개정은 이 영 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 1999년 제2기 과세기간 중 쟁점법인과 실물거래 없이 공급가액 23,690,000원의 쟁점세금계산서를 수취하여 그 매입세액 2,369,000원을 공제하여 부가가치세 신고를 하고, 그 공급가액을 1999사업연도의 손금에 산입하여 법2인세를 신고ㆍ납부하였으나, 쟁점법인이 2002.11.1. 자료상으로 확정되어 고발되고 처분청이 2003.3.7. 청구법인에게 이에 대한 과세자료소명안내문을 발송하자, 청구법인의 현 대표이사 성○○이 2003.3.18. 쟁점금액을 쟁점법인의 계좌(000-000000-00-000)로 입금하여 회수한 것으로 처리하고, 청구법인이 쟁점금액에 대하여 사외유출시점부터 회수처리한 때까지 대표이사에 대한 가지급금으로 하여 계산한 인정이자를 대표자상여로 처분하여 2003.3.21. 법인세를 수정신고 납부하였음이 과세자료해명안내문 및 법인세 수정신고서 등에 의하여 확인된다.

② 처분청은 2003.3.18. 청구법인의 통장에 입금된 금액을 1999년 제2기 가공매입과 관련하여 사외유출된 금액의 정당한 회수로 볼 수 없다고 판단하여 청구법인의 수정신고 내용을 부인하고 쟁점금액을 전 대표이사 진○○에 대한 상여로 처분하여 법인세를 과세하고 2003.8.3. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 이에 대한 근로소득세를 수정신고ㆍ납부하지 아니하여 2003.10.1. 청구법인에게 이 건 근로소득세를 과세하였음이 처분청의 과세자료처리복명서 및 법인세경정결의서, 소득금액변동통지서, 근로소득세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

③ 이에 대하여 청구법인은 사외유출된 쟁점금액을 2003.3.18. 현 대표이사인 성○○이 당시 대표이사인 진○○으로부터 회수하여 법인계좌로 입금하고 2003.3.21. 법인세를 수정신고 하였는바, 이는 청구법인 스스로 사외유출된 쟁점금액을 세무조사의 통지를 받기 전에 정당하게 회수하고 수정신고한 것이므로 법인세법시행령 제106조 제4항 의 규정에 의하여 유보로 소득처분하여야 함에도 처분청이 이를 상여로 처분하여 청구법인에게 근로소득세를 과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 당초 1999년 제2기 과세기간 중 쟁점법인으로부터 실물거래 없이 허위로 가공세금계산서를 수취하여 쟁점세금계산서의 공급가액을 청구법인의 1999사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고하였으며, 2002.11.1. 쟁점법인이 자료상으로 확정되어 고발되고 2003.3.7. 처분청에서 청구법인에게 이에 대한 과세자료소명 안내문을 발송하자, 2003.3.18. 청구법인의 현 대표이사 성○○이 쟁점금액을 법인계좌로 입금하여 유보처분하고 2003.3.21. 법인세를 수정신고 하였으며, 이러한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

② 그러나 처분청이 청구법인의 통장에 2003.3.18. 입금된 금액을 가공매입과 관련된 사외유출금액의 정당한 회수로 볼 수 없다고 하여 쟁점금액을 전 대표이사 진○○에 대한 상여로 처분하여 이 건 근로소득세를 과세한데 대하여, 청구법인은 세무조사의 통지를 받기 전인 2003.3.18. 현 대표이사가 당시의 대표이사로부터 당시 사외유출된 쟁점금액을 정당하게 회수하여 법인계좌로 입금하고 2003.3.21. 법인세를 수정신고 한 것이므로 법인세법시행령 제106조 제4항 의 규정에 의하여 유보로 처분하여야 함에도 이를 상여로 처분하여 근로소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

③ 법인세법시행령 제106조 제4항 에 의하면, 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다고 규정되어 있고, 그 단서에는 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금에 산입하는 경우에는 사내유보로 처분하지 아니한다고 규정되어 있다.

④ 이 건의 경우 ○○지방국세청장이 2002.9월 청구법인의 거래상대방인 쟁점법인에 대한 세무조사 후 2002.11.1. 쟁점법인을 자료상으로 확정하여 고발하였고, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공매입으로 과세하기 전에 2003.3.7. 청구법인에게 이에 대한 과세자료소명 안내문을 발송하였으며, 청구법인은 동 안내문을 받은 후인 2003.3.18. 청구법인의 현 대표이사 성○○이 쟁점금액을 쟁점법인의 계좌로 입금하여 회수처리하고 이를 유보로 처분하여 2003.3.21. 법인세 수정신고를 하였는바, 청구법인은 당초 ○○지방국세청장의 쟁점법인에 대한 조사당시 이미 청구법인이 실물거래 없이 수취한 쟁점세금계산서에 대하여 가공매입으로 인한 부가가치세 및 법인세가 과세될 것을 알고 있었다고 할 것이고, 그 후 처분청으로부터 과세자료소명 안내문을 받고 이에 대한 과세를 피할 수 없게 되자 쟁점금액을 회수한 것으로 처리하여 수정신고를 하였다고 할 것이다.

⑤ 또한 청구법인은 쟁점금액을 현 대표이사로부터 송금받아 회수한 것으로 처리하고 이에 대하여 현 대표이사가 직접 전 대표이사로부터 회수하여 입금하였다고 주장하고 있으나, 당초 처분청이 전 대표이사가 현 대표이사에게 쟁점금액을 반환한 근거를 제시토록 요구하였음에도 2003.5.23.까지 이를 입증할 근거를 제시하지 못하고 있다가 과세전적부심사청구 당시 현 대표이사가 2003.3.18.자로 작성한 영수증을 제시하였고, 이 건 청구시에는 2003.8.12.자로 전 대표이사가 작성한 확인서를 제시하고 있으나 이를 입증할 금융자료 등으이 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있다.

⑥ 청구법인이 제시한 위 영수증에 의하면 전 대표이사 진○○이 청구법인의 대표이사로 재직시 1999년 유출하였던 자금(26,059,000원)을 2003.3.18. 회수한 것으로 되어 있고, 확인서에는 전 대표이사 진○○이 현 대표이사에게 지급한 26,059,000원은 대표이사로 재직시에 가공매입으로 인하여 사외유출되었던 회사의 자금을 반환한 것이라고 되어 있으나, 동 영수증과 확인서는 처분청의 과세자료소명 안내 후에 과세가 될 것을 알고 서로 이해관계가 일치하는 사인간에 작성된 것으로 이를 입증할 별도의 객관적인 증빙서류가 제출된 바가 없어 이는 쟁점금액에 대한 상여처분을 면하기 위한 일시적인 회계처리로 보여지므로 그 신빙성을 인정하기가 어렵다고 할 것이다.

⑦ 따라서 청구법인은 직접 세무조사를 받지는 아니하였으나 청구법인의 거래상대방인 쟁점법인에 대한 세무조사(2002.9월)가 있은 후, 쟁점법인이 자료상으로 확정고발(2002.11.1.)되고 처분청의 과세자료소명 안내(2003.3.7.) 후에 수정신고(2003.3.21.)를 하였는바, 이는 세무조사의 통지를 받은 후 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우로 보아야 할 것이므로 법인세법시행령 제106조 제4항 단서규정에 의하여 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 할 것이다.(같은 뜻: 국심 2003서81, 2003.4.23.)

(3) 그러하다면, 처분청에서 청구법인이 1999년 제2기 과세기간에 가공매입으로 인하여 사외유출한 쟁점금액에 대하여 당시 대표이사에 대한 상여로 처분하여 청구법인에게 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.