환산 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산한 것이 정당한지 여부

[이유]

청구법인은 1983.4.1.부터 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 프라스틱 성형제품 제조업을 영위하는 법인인 바, ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 토지 8,409.4㎡와 건물 2,818.5㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 2000.9.8. 청구외 한국☆☆공사와 2000.12.28. 청구외 ○황전자(주)에 각각 분할하여 양도하고, 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액 2,266,181,200원으로, 취득가액은 실지 양도가액을 토지. 건물의 기준시가로 환산한 2,117,060,400원(이하 "환산취득가액"이라 한다)으로 하여 양도차익을 계산한 후 청구법인의 2000.1.1 ~ 2000.12.31. 사업연도(이하 "2000사업연도"라고 한다)의 특별부가세를 신고납부하였다. 처분청은 ○○지방국세청장의 감사지적에 따라 쟁점부동산의 양도차익계산시 실제 취득가액(토지 150,207,605원, 건물 341,109,463원)으로 계산하여야 함에도 청구법인은 취득가액이 불분명한 경우로 보아 환산 취득가액(토지 1,805,139,000원, 건물 311,921,400원)을 기준으로 양도차익을 과소신고하였다고 하여 청구법인의 2000사업연도 특별부가세 334,083,710원을 2003.8.4. 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 1992.2.13. 취득한 후 장부상에 토지 150,207,605원, 341,109,463원으로 계상하고 있다는 이유로 이를 실지거래 가액으로 보아 이건 특별부가세를 결정고지하였으나, 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액은 불분명한 것이므로 쟁점부동산의 취득가액을 환산 취득가액으로 하여 양도차익을 계산함이 타당하다.

청구법인이 법인세를 신고하면서 제출한 결산서 첨부서류 (보유토지 명세서, 유형고정자산 명세서)등에 의하여 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액이 확인됨에도, 청구법인은 구체적인 증빙없이 장부상에 계상된 쟁점부동산의 실지거래 가액이 불분명한 것으로 보아 환산 취득가액을 기준으로 쟁점부동산의 양도차익을 계산함은 잘못이라는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 경우로 보아 환산 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 ο 법인세법 제99조 [과세표준]

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.(2000.02.03 개정)

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)(2000.02.03 신설)

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)(2000.02.03 신설)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.(2000.12.29 단서삭제)

1. 취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.(1998.12.28 개정)

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용(1998.12.28 개정)

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액이 분명하지 아니한 경우에는 제102조 제2항의 규정에 의한 가액을 취득가액으로 한다.(2000.12.29 개정) ο 법인세법시행령 제141조 [기준시가의 산정]

① 법 제99조 제4항에서 "대통령령이 정하는 산식" 이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다.

양도가액 x 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가 (단서생략)

• 다. 사실관계 및 판단 [먼저 사실관계에 대하여 살펴본다]

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 1992.2.13. 취득하고, 장부상 취득가액을 토지 150,207,605원, 건물 341,109,463원으로 계상한 사실이 있음에도, 쟁점부동산의 양도차익계산시 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산한 후 청구법인의 2000사업연도 특별부가세를 신고한 사실이 법인결산서 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액이 장부상에 계상되어 있음에도 한산 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산함은 잘못이므로 장부상에 계상된 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액을 기준으로 양도차익을 계산한 후 이 건 처분을 하였음이 결의서 등에 의하여 확인된다. [다음 쟁점에 대하여 살펴본다]

(1) 쟁점부동산의 양도차익을 계산하는데 있어 취득가액이 불분명한지 여부에 대한 다툼이므로 이에 대하여 살펴본다.

① 법인세법 제99조 제3항 에서 "양도차익은 도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다"라고 규정하고 있으며, 제1호 "취득가액" 제2호 "토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용"으로 규정하고 있고, 같은조 제4항에서는 제3항의 규정을 적용함에 있어 취득가액이 분명하지 아니한 경우에는 같은법시행령 제141조 제1항에 의하여 확인되는 양도가액과 취득가액을 취득당시의 기준시가와 양도당시의 기준시가로 환산한 가액으로 계산하도록 규정하고 있음을 알 수 있다.

② 쟁점부동산 양도차익에 대한 특별부가세는 [표1]에서와 같이, 처분청은 쟁점부동산 취득후 장부에 계상된 가액을 취득당시 실지거래가액으로 보아 양도차익을 계산하였고, 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 그 거래가액을 장부에 계상하여 실지거래가액으로 신고하였음에도 취득당시 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 취득가액을 환산한 환산 취득가액으로 양도차익을 계산하였음이 법인결산서 등에 의하여 확인된다. [표1] 쟁점부동산의 양도차익 계산내역 ┌──────┬──────────┬─────────────┬──────────┐ │ 구 분 │ 양도가액 │ 취득가액 │ 양도차익 │ ├──────┼──────────┼─────────────┼──────────┤ │ 청구법인① │ 2,266,181,200원 │ 2,117,060,400원(환산가액)│ 149,120,800원 │ ├──────┼──────────┼─────────────┼──────────┤ │ 처 분 청② │ 2,266,181,200원 │ 491,317,068원(환산가액)│ 1,774,864,132원 │ ├──────┼──────────┼─────────────┼──────────┤ │ 차이(①-②)│ 0 │ 1,625,743,332원 │ △1,625,743,332원 │ └──────┴──────────┴─────────────┴──────────┘

③ 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점부동산을 1992.2.13. 취득하여 취득당시 실지거래가액을 장부가액으로 계상하여 기업회계기준에 의한 재무제표를 작성하여 온 것으로 기 조사된 바 있고, 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액이 491,317,068원인 사실이 청구법인의 법인세신고시 제출한 보유토지명세서와 유형고정자산 명세서에 의하여 [표2]와 같이 확인되고 있는 반면, [표2] 쟁점부동산 기초취득금액 ┌──────┬───────────┬───────────┬───────────┐ │ 구 분 │ 합 계 │ 토 지 │ 건물 등 │ ├──────┼───────────┼───────────┼───────────┤ │ 금액 │ 491,317,068원 │ 150,207,605원 │ 341,109,463원 │ └──────┴───────────┴───────────┴───────────┘

④ 청구법인은 구체적인 증빙없이 쟁점부동산의 1992.2.13. 취득당시 실지 거래가액이 불분명한 것으로 간주한 후 양도차익 계산시 환산취득가액을 기준으로 하였는데 청구법인의 토지 환산 취득가액을 보면, 청구외 한국☆☆공사에 불할한도한 5,000㎡의 취득가액은 실지양도가액 1,202,500,000원을 취득당시 기준시가(㎡/160,000원)와 양도당시 기준시가(㎡/164,000원)로 환산한 1,173,159,000원으로, 청구외 ○황전자(주)에 분할 양도한 토지 3,409.4㎡는 실지 양도가액 647,786,000원을 위 취득당시 기준시가와 양도당시 기준시가로 환산한 631,980,000원 합계 1,805,139,000원으로 계산하였으며, 건물 환산 취득가액의 경우는, 청구외 한국☆☆공사에 분할 양도한 1,082.8㎡는 실지양도가액 288,599,200원을 취득당시 기준시가(76,304,010원)와 양도당시 기준시가(100,740,880원)로 환산한 216,449,400원으로, 청구외 ○황전자(주)에 양도한 건물 1,735.7㎡는 실지양도가액 127,296,000원을 취득당시 기준시가(122,352,630원)와 양도당시 기준시가(161,536,680원)로 환산한 95,472,000원 합산 311,921,400원으로 하여, 쟁점부동산의 토지. 건물 전체에 대한 취득가액을 환산 취득가액으로 신고하였음이 2000사업연도 법인세 신고서 등에 의하여 확인된다.

⑤ 쟁점부동산 중 토지의 장부가액은 취득한 1992사업연도부터 1999사업연도까지 변동이 없고, 그 장부가액은 150,207,605원임이 국세통합전산망에 의하여 확인되며, 건물의 경우에도 쟁점부동산의 건물 취득가액은 150,207,605원, 구축물의 취득가액은 67,141,487원 합계 341,109,463원임이 1998사업연도 법인세 결산서에서 확인된다.

⑥ 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점부동산의 1992.2.13. 취득당시 실지 거래가액이 장부상에 계상되어 있음에도, 청구법인은 구체적인 입증제시 없이 장부상에 계상되어 있는 토지 150,207,605원 및 건물 341,109,463원은 실지 취득가액이 아니라고 주장하면서 쟁점부동산의 양도차익계산시 환산 취득가액을 기준으로 하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다.

(2) 그러하다면, 쟁점부동산의 양도차익계산시 실지 양도가액 2,266,181,200원과 실지 취득가액 491,317,068원을 기준으로 계산하여 쟁점부동산에 대한 양도차익을 계산한 후 법인세법 제76조 제3호 에 의한 가산세(납부불성실가산세)를 적용하여 특별부가세를 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(같은뜻: 국심2001관297,2001. 6.26.)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의거 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제99조 / 법인세법시행령 제141조 /