수입금액 누락으로 과세한 처분은 적부

[주문]

1. ○○세무서장이 2003.8.1. 청구법인에게 2001.8.10.~2001.12.31. 사업연도 법인세(특별부가세 포함) 285,326,150원, 2001년 제2기분 부가가치세 19,632,950원, 2002년 제1기분 부가가치세 13,986,930원 및 2002년 제2기분 부가가치세 64,487,770원을 각 부과처분한 데 대한 불복은, 이를 받아들일 수 없어 기각합니다.

2. ○○ㆍ○○ㆍ○○세무서장이 2003년 8월 청구외 이○ㆍ최○○ㆍ안○○ 등 3인에게 2001년 귀속 증권거래세 각 687,500원씰을 부과처분한 데 대하여 청구법인이 낸 불복은, 당사자 부적격이므로 이를 각하합니다. [이유]

청구법인은 부동산 개발 및 토지분양업을 전문으로 영위하고 있는 법인으로서, 2001연도에 강원도 ○○군 ○○면 ○○리 산 162번지 임야 20,226평(이하 "쟁점토지"라 한다)을 분양전문회사를 통하여 분양한 후, 쟁점토지의 분양수입금액을 2,478,702,000원으로 하여 2001.8.10.~2001.12.31. 사업연도 법인세를 신고하였고, 위 개발사업 관련 매입세액에 대하여 2001년 제1기분부터 2002년 제2기분까지의 부가가치세 신고시 89,188,770원을 환급신고하였다.

○○지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점토지의 실지분양가액이 3,008,500,000원임을 확인하고, 신고수입금액과 실지분양가액과의 차액 529,798,000원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 익금가산하는 등 하여 법인세 경정결의서를 작성한 다음 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 동 통보내용에 따라 2003.8.1. 청구법인에게 2001.8.10~2001.12.31. 사업연도 법인세(특별부가세 포함) 285,326,150원을 경정고지하였다. 또한, ○○지방국세청장은 위 개발사업과 관련된 매입세액을 전부 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세 경정결의서를 작성한 다음 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 동 통보내용에 따라 같은 날 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 19,632,950원, 2002년 제1기분 부가가치세 13,986,930원, 2002년 제2기분 부가가치세 64,487,770원, 합계 98,107,650원을 경정고지하였다. 한편, ○○지방국세청장은 청구법인의 주주인 청구외 이○ㆍ최○○ㆍ안○○ 등 3인이 보유중인 청구법인 주식을 2001.11.20. 양도하고도 이에 대한 증권거래세를 신고하지 아니한 사실을 발견하고, 이들의 주소지 관할세무서인 ○○(처분청)ㆍ○○ㆍ○○세무서에 이 사실을 통보하였으며, ○○ㆍ○○ㆍ○○세무서장은 동 통보내용에 따라 2003년 8월 청구외 이○ㆍ최○○ㆍ안○○ 등 3인에게 2001년 귀속 증권거래세 각 687,500원, 합계 2,062,500원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.6. 심사청구하였다.

수익의 인식기준으로 기업회계기준이나 관행이 실현주의를 채택하고 있는데, 수익으로 인식하는 시점은 중요한 경제활동이 완료되는 시점으로서, 청구법인이 스키장 개발등 공공시설 지구와 상업ㆍ숙박시설 지구에 적합한 토지를 조성하면서 분양토지에 대하여 3년 이내에 상업ㆍ숙박시설 지구로 조성하여 준다는 것을 전제조건으로 하였기에, 적합한 토지를 조성하지 못하면 계약위반이 되므로 토지조성이 완료되었을 때를 수익의 인식기준으로 보아야 하고, 분양계약 내용상 토지조성이 완료된 후에야 새로운 권리를 부여받을 수 있고, 감보율 등이 적용되어 필지ㆍ면적이 변동될 수 있으며, 정산금이 발생할 수 있는 점으로 보아, 토지조성이 완료되는 시점이 쌍방간에 권리와 의무가 확정되는 시점이고, 분양을 받은 자에게 지분등기를 한 것은 투자채권에 대한 담보목적을 달성하기 위한 담보적 의미에 불과하며, 법인세법에서도 손익의 귀속사업연도에 대하여 기업회계기준의 관행을 적용하여 왔다면 그 관행과 선례에 의한다고 규정하고 있으므로, 처분청이 쟁점금액을 익금가산하여 법인세를 과세하고, 위 개발사업 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하며, 청구외 이○ㆍ최○○ㆍ안○○ 등 3인에게 증권거래세를 과세함은 부당하다.

자산의 양도로서 상품 등외의 것의 손익의 귀속사업연도는 대금의 청산일이 속하는 사업연도로 하되 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 소유권이전등기일이 속하는 사업연도로 하는 것으로서, 청구법인은 쟁점토지 일대 임야를 매입하여 스키장 등으로 개발한다는 명목으로 일반 투자자들에게 분양대행사를 통하여 100~300평 단위로 지분분할하여 쟁점토지를 분양하고 그에 대한 대금을 전액 수령한 후 분양을 받은 자들에게 소유권이전 등기를 완료하였으며, 청구법인은 ○○지구 토지 분양사업과 관련하여 회계처리 및 기장방법에 대하여 기업회계기준 및 관행에 따라 일관되게 회계처리를 하였다고 주장하나, 2001 사업연도는 잔금수령과 동시에 분양을 받은 자에게 등기분양을 하여준 반면, 2002 사업연도는 잔금수령 후 분양 받은 자를 수익자로 하여 신탁등기하는 등 일관성이 없이 회계처리하고 있고, 쟁점토지를 분양받은 자가 제3자에게 이를 재차 양도한 경우도 있을 뿐만 아니라, 청구법인 스스로도 소유권이전등기일을 쟁점토지 분양에 대한 손익의 귀속사업연도로 하여 신고하였던바, 평당 분양가를 낮추는 방식으로 수입금액을 과소신고한 쟁점금액에 대하여 이를 익금가산하여 법인세를 과세하고, 위 개발사업 관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 그에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하며, 비상장주식을 양도하고도 증권거래세를 신고하지 아니한 데 대하여 증권거래세를 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 익금가산하여 법인세를 과세하고 위 개발사업 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하여 비상장주식 양도에 대하여 증권거래세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제40조 [손익의 귀속사업연도] 제1항은 『내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.』라고 규정하고 있고, 동 제2항은 『제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있다.

○ 법인세법시행령 제68조 [자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] 제1항은 『법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.』라고 규정하면서, 그 제3호는 『상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 부가가치세법 제17조 [납부세액] 제2항은 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하면서, 그 제4호는 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』을 열거하고 있다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 [매입세액의 범위] 제6항은 『법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.』라고 규정하고 있다.

○ 국세기본법 제55조 [불복] 제1항은 『이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.』라고 규정하고 있다.

○ 국세기본법 제65조 [결정] 제1항은 『심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.』라고 규정하면서, 그 제1호는 『심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 국세기본법 기본통칙 7-2-8...65 [각하결정사유] 제1항은 『법 제65조 제항에 규정하는 각하결정을 하여야 하는 때에는 다음의 경우를 포함한다.』라고 규정하면서, 그 제2호는 『불복청구의 대상이 된 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당하지 않은 자의 불복(당사자부적격)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 법인세(특별부가세 포함) 285,326,150원의 부과처분에 대하여 (가) 청구법인은 강원도 ○○군 ○○면 ○○리 일대 임야를 매입하여 스키장 등으로 개발한다면서 그 중 쟁점토지를 분양대행사를 통하여 2001연도에 청구외 권○○ 등 63인에게 100~300평 단위로 지분분할하여 분양하고, 쟁점토지의 분양수입금액을 평당 127,000원(37,000원도 3건 있음)인 2,478,702,000원으로 하여 2001.8.10.~2001.12.31. 사업연도 법인세를 신고하였고, ○○지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점토지의 실지분양가액이 평당 150,000원(105,000원과 170,000원도 각 3건과 2건 있음)인 3,008,500,000원임을 확인하고 평당 분양가를 낮게 신고한데 따른 과소신고금액 529,798,000원(쟁점금액)에 대하여 처분청에 조사내용을 통보하였으며, 처분청은 동 통보내용에 따라 이 건 법인세(특별부가세 포함) 285,326,150원을 과세하였음이 조사관련서류 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인과 분양대행사인 청구외 주식회사○○○건설 및 분양받은 자 중 한사람인 청구외 이○○ 등 3자간 2001. 11. 1.7 작성한 용지분양계약서를 보면, 다른 분양받은 자들과 계약할 때에도 사용한 정형화된 양식으로서, 사업명의 ○○ 리조트타운 개발사업이라고 되어 있고, 제2조 제1항은 『매도인은 매매대금 전액을 영수함과 동시에 매수인에게 이 부동산에 대한 소유권이전등기 절차를 이행하고 이 부동산을 명도하기로 한다.』라고 규정하고 있으며, 제3조는 『이 부동산의 등기이전일을 기준으로 하여 당해 부동산에 관하여 발생한 제세공과금 등의 지출부담은 등기이전일까지의 것은 매도인이 부담하고 그 이후의 것은 매수인이 부담한다.』라고 규정하고 있고, 제8조는 『매수인은 잔금을 완납하고 ○○ 리조트타운 개발사업에 대한 약정서 작성 및 개발사업을 원활하게 진행할 수 있도록 관련서류 일체를 제공한다.』라고 규정하고 있다. (다) 청구법인과 분양받은 자 중 한사람인 청구외 함○○간 2002. 5. 59. 작성한 ○○ 리조트타운 개발합의서를 보면, 제3조(개발착공 및 개발비 부담) 제1항은 『"갑(청구법인)"은 "을(함○○)"의 토지사용승낙을 득한후 3년이내에 개발부지조성공사를 착공한다. 단, 관계기간의 행정절차상 기간이 단축 또는 지연될 수 있다.』라고 규정하고 있고, 제4조(조성공사 완료용지 제공시기 및 방법) 제1항은 『개발용지 조성사업계획에 의한 조성용지 제공방법은 본 약정시점의 소유지번에 관계없이 개발부지 전체면적(○○리 산 136, 산 158, 산 162, 산 165번지)에 대한 용지조성사업완료 3개월전에 전체면적의 용도에 관계없이 공개추첨에 의하여 해당면적에 비율을 준하여 새로운 지번을 "을"에게 제공하기로 하며, "갑"은 용지조성사업 준공후 "을"이 현물부담한 부분인 소유토지의 50%를 제외하고 나머지 50%에 대하여 등기이전 정리를 성실히 이행한다. 이에 따른 등기이전 제비용은 "을"이 부담한다.』라고 규정하고 있으며, 동조 제3항은 『"갑"과 "을"사이의 정산은 위 제1항에 따라 "갑"이 "을"에게 등기이전하는 조성용지 부분으로 갈음하며, "을"은 "갑"에 대하여 별도 정산을 요구할 수 없다.』라고 규정하고 있고, 제5조(권리의무의 승계) 제1항은 『"을"은 "갑"과 사전 협의를 거쳐 소유토지를 제3자에게 양도할 수 있다.』라고 규정하고 있다. (라) 청구법인은 쟁점토지를 분양하고 매매대금 전액을 영수한 뒤 청구법인과 분양대행사 및 분양받은 자 등 3자간 작성한 위 용지분양계약서 제2조 제1항의 규정에 따라 매수인들에게 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 절차를 이행하였음이 동 등기부등본에 의하여 확인된다. (마) 전시 관련법령과 사실관계를 종합하여 판단하면, 청구법인은 토지조성사업이 완료된 후 새로운 권리를 부여받으며 감보율 등이 적용되어 필지ㆍ면적이 변동될 수 있고 정산금이 발생한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지 분양시 사용한 용지분양계약서와 리조트타운을 개발하기 위하여 사용한 개발합의서에는 그러한 내용이 전혀 없을 뿐만 아니라, 오히려 청구법인은 매매대금전액을 영수함과 동시에 매수인에게 부동산에 대한 소유권이전등기 절차를 이행하고 이 부동산을 명도하기로 되어 있고, 등기이전일을 기준으로 하여 그 이후의 제세공과금 등은 매수인이 부담한다고 되어 있으며, 용지조성사업완료 3개월전에 공개추첨에 의하여 해당면적에 비율을 준하여 새로운 지번을 분양을 받은 자에게 제공하면 분양을 받은 자는 청구법인에 대하여 별도 정산을 요구할 수 없고, 분양을 받은 자는 청구법인과 사전 협의를 거쳐 소유토지를 제3자에게 양도할 수 있도록 규정하고 있는 점 등으로 보아, 등기이전 시점에 사실상 매수인에게 그 토지에 대한 권리와 의무가 모두 이전되었다고 보여지므로, 담보목적으로 소유권을 이전한 것이라는 청구주장이 신빙성이 없다. (바) 자산의 양도로서 상품 등외의 것의 손익의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이고, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 하는 것인바, 처분청이 이 건 과세한 이유를 보면, 쟁점토지 분양수입금액의 귀속사업연도를 언제로 볼 것인지의 다툼에 의하여 과세한 것이 아니라, 청구법인이 쟁점토지의 실제 평당 분양가인 150,000원 등을 127,000원 등으로 낮추어 신고함으로써 과소신고한 수입금액(쟁점금액)에 대하여 이를 바로잡아 과세한 것으로서, 쟁점토지를 분양하고 매매대금 전액을 영수한 뒤 그에 대한 소유권이전 등기 절차를 이행하였음에 다툼이 없고, 청구법인 스스로도 소유권이전등기일을 쟁점토지 분양금액에 대한 손익의 귀속사업연도로 하여 신고하였기에, 과소신고한 수입금액(쟁점금액)에 대해서도 소유권이전등기일을 그 손익의 귀속사업연도로 보는 것이 당연하다 할 것이므로, 쟁점토지의 분양금액에 대한 손익의 귀속사업연도를 토지조성사업이 완료된 날로 하여 과세하여야 한다는 청구주장은 더 나아가 살펴볼 필요없이 이를 받아들일 수 있다.

(2) 부가가치세 98,107,650원의 부과처분에 대하여 처분청이 쟁점토지 일대 개발사업과 관련된 매입세액을 전부 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 2003.8.1. 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 19,632,950원, 2002년 제1기분 부가가치세 13,986,930원, 2002년 제2기분 부가가치세 64,487,770원, 합계 98,107,650원을 경정고지한 데 대하여, 청구법인은 위 과세처분이 부당하다면서 이 건 심사청구를 하였으나 그 이유를 제시하지 못하고 있으므로, 이 부분 청구주장 역시 받아들일 수 없다.

(3) 증권거래세 2,062,500원의 부과처분에 대하여 이 건 불복의 대상이 된 증권거래세 2,062,500원의 부과처분은, ○○(처분청)ㆍ○○ㆍ○○세무서장이 ○○지방국세청장의 조사결과 통보내용에 따라 2003년 8월 청구외 이○ㆍ최○○ㆍ안○○ 등 3인에게 과세한 것으로서, 청구법인은 동 증권거래세 2,062,500원의 부과처분과 관련하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 사실이 없으므로, 이 부분 심사청구는 불복청구의 대상이 된 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당하지 않은 자의 불복에 해당하여 각하대상이라고 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제40조 / 법인세법시행령 제68조 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법시행령 제60조 / 국세기본법 제55조 /