가공매입세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

[이유]

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 소프트웨어개발업을 주업종으로 영위하는 주식회사 ○○○(이하 "청구외법인"이라 한다)으로부터 매입세금계산서 5매 (공급가액 306,498,000원, 부가가치세 30,649,800원, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)을 교부받아 동 부가가치세를 매출세액에서 공제되는 것으로 하여 2001년 제2기 부가가치세를 신고하고, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 매입원가로 손금산입하여 2001사업연도 법인세를 신고하였다. 처분청은 청구외법인에 대한 조사결과 청구외법인이 교부받은 2001년 제2기분 매입세금계산서 7,681백만원의 54%인 4,148백만원이 가공매입인 것으로 확인되었고, 2001년 제2기분 매출세금계산서 교부금액 7,940백만원은 2001년 제1기 매출 761백만원 대비 1,043% 증가한 것으로 나타나고 있음에도 정상매출로 확인되지 아니함에 따라 쟁점세금계산서를 허위로 발행한 혐의가 있는 것으로 판단하여 청구법인을 포함한 매출처의 관할세무서에 위장·가공 혐의자료로 과세자료로 통보하였다(청구법인의 관할세무서는 처분청임). 처분청은 통보받은 과세자료에 대하여 청구법인에게 쟁점세금계산서에 대한 해명을 요구한 후, 청구법인의 해명자료를 검토하여 쟁점세금계산서를 가공매입 세금계산서로 보아 2003.02.10 청구법인에게 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2001년 제2기분 부가가치세 45,683,520원을 경정결정하고, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하여 2001사업연도 법인세 95,342,530원을 경정결정하면서, 쟁점세금계산서상의 공급대가를 대표자 상여처분 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.03.24 이의신청(2003.04.23 기각결정)을 거쳐 2003.08.08 이 건 심사청구를 하였다.

(1) 쟁점세금계산서상 공급대가 중 103,500,000원을 실제 청구외법인으로부터 정상적으로 매입하였음이 금융자료에 의해 확인되고, 나머지 233,647,800원은 제3자인 청구외 손○○으로부터 매입하였음에도, 쟁점세금계산서 전부를 가공매입세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분청의 처분은 부당하다.

(2) 설령, 쟁점세금계산서를 전액 가공거래로 본다. 하더라도, 대표이사에게 상여처분한 금액 337,147,880원은 처분청에서 그 금액이 실질적으로 대표자에게 귀속되었는 지 여부 및 실질귀속자를 밝혀서 그 귀속에 따라 소득 처분하여야 한다.

(1) 청구법인이 제시한 금융자료 103,500,000원만으로는 실물거래에 따른 대금의 지급을 입증하는 증빙으로 볼 수 없고, 제3자인 청구외 손○○으로 부터 나머지 233,647,800원의 실물을 매입하였다는 확인서 또는 다른 입증자료의 제시가 없어 이를 인정할 수 없는 바, 쟁점세금계산서를 가공배입세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 당초처분은 정당하다.

(2) 또한, 쟁점세금계산서상 공급대가의 실질적인 귀속이 확인되지 아니하여 법인세법 시행령 제108조 제1항 제1호 의 규정에 의해 동 금액을 대표이사에서 상여처분하였는 바, 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점세금계산서 전부를 가공매입세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부와

(2) 쟁점세금계산서상의 공급대가를 대표이사에게 상여처분한 것인 적법한 것인지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 [납부세액]

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(이하생략)

○ 부가가치세법 제21조 [경정]

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있을 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있은 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다.(단서이하 생략)

○ 법인세법 제19조 [손금의 범위]

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 [손비의 범위] 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

○ 법인세법 제67조 [소득처분] 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 시고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령 제106조 [소득처분]

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호안생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 동 매입세액을 매출세액에서 공제되는 것으로 하여 2001년 제2기 부가가치세를 신고하였고, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 매입원가로 손금산입하여 2001사업연도 법인세를 신고하였다.

② 처분청은 청구외법인에 대한 조사결과 청구외법인이 쟁점세금계산서를 허위로 발행한 혐의가 있는 것으로 판단하여 청구법인을 포함한 매출처의 관할세무서에 취지·가공혐의자료로 과세자료로 통보하였다(청구 법인의 관할세무서는 처분청임).

③ 처분청은 통보받은 과세자료에 대한 청구법인의 해명자료를 검토하여 쟁점세금계산서를 가공매입세금계산서로 보아 2003.02.10 청구법인에게 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2001년 제2기분 부가가치세 45,683,520원을 경정결정하고, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하여 2001사업연도 법인세 95,342,530원을 경정결정하면서, 쟁점세금계산서상의 공급대가를 대표자 상여로 처분하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 본다.

① 청구법인이 제시한 해명자료를 중심으로 쟁점세금계산서 공급대가 중 103,500,000원은 실지거래이고, 나머지 233,647,800원은 사실은 청구외 손○○으로부터 공급받았다는 주장에 대하여 살펴본다. 첫째, 세금계산서 및 거래명세표의 총액은 공급대가가 337백만원으로 일치하고 있을 뿐, 고액의 거래임에도 불구하고 구체적으로 거래된 품명·규격·수량·단가 등이 나타나지 아니하여 정상적으로 교부받은 세금계산서로 보기에는 무리가 있는 것으로 보인다. 둘째, 입금표에는 청구외법인이 2001.07.30 부터 2001.09.27 까지 193,399,800원을 지급받은 것으로 나타나고 있는 반면, 청구법인은 청구외법인에게 2001.12.05 부터 2002.02.06까지 103,500,000원을 지급하였다고 주장하고 있어, 쟁점세금계산서의 교부시기와 금융자료의 발생시기가 상당한 기간차이가 있고 그 금액 또한 일치하지 아니하며, 쟁점세금계산서를 교부받기 이전에는 청구외법인과 거래한 내역이 나타나지 아니함에도 아무런 담보나 계약의 조건 없이 수개월 후에 대금을 전액 무통장 입금 및 수표로 지급하였다는 것을 받아들이기 어렵고, 설령 청구법인이 청구외법인에게 지급한 금융자료가 사실이라 하더라도 그 지급한 금액이 쟁점세금계산서의 외상매입금인지 여부가 확인되지 아니한다. 셋째, 청구외 손○○의 거래사실 확인서에는 청구외 손○○이 233,647,800원에 해당하는 컴퓨터 및 주변기기 등을 청구법인에게 공급하였다고 기재되어 있으나, 동 확인서에는 어떠한 품목을 얼마만큼의 수량으로 언제부터 언제까지 거래하고, 그 대금을 어떻게 지급받았는지 구체적인 거래내역이 확인 되지 아니할 뿐만 아니라, 동 확인서의 내용을 뒷받침할 만한 입증자료의 제시가 없는 바, 동 거래사실 확인서 만으로는 청구법인이 쟁점세금계산서상 공급대가 중 233,647,800원에 해당하는 재화를 제3자인 청구외 손○○으로부터 실제 매입하였다고 인정하기는 어렵다고 판단된다.

② 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청에서 쟁점세금계산서를 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 본다.

① 법인세법 제106조 제1항 제1호 의 규정에 의하면, 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 소득처분하되, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에 상여처분하는 것임을 알 수 있다.

② 청구법인은 쟁점세금계산서상의 공급대가의 귀속이 불분명하므로, 처분청에서 이를 조사하여 각각위 귀속자에게 소득처분하여야 한다는 주장이나, 동 금액의 실질적인 귀속이 확인되지 아니한 이 건의 경우, 청구법인에게 그 실질적인 귀속자가 대표자가 아님을 객관적으로 반증하지 않는 한, 쟁점세금계산서상의 공급대가 전액을 청구법인의 당시 대표자에게 상여처분한 처분청의 이 건 처분은 적법한 처분이라고 할 것이다.

③ 따라서, 쟁점세금계산서상의 공급대가에 대한 실질적인 대표자 귀속여부를 재조사하여 그 귀속에 따라 소득처분하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 그러하다면, 처분청에서 통보받은 과세자료에 대한 청구법인의 해명자료를 받아들이지 아니하고 쟁점세금계산서를 가공매입세금계산서로 확정하여, 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세하고, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 과세하면서 쟁점세금계산서의 공급대가를 대표자 상여처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제21조 / 법인세법 제19조 / 법인세법시행령 제19조 / 법인세법 제67조 / 법인세법시행령 제106조 /