실지거래하고 수취한 세금계산서인지 여부

[주문]

○○세무서장이 2003.1.10. 청구법인에게 결정고지한 1997년 제2기분 부가가치세 25,838,410원 및 1997.1.1.~1997.12.31.사업연도 법인세 74,424,810원, 합계 100,263,220원의 부과처분은,

1. 청구법인이 1997년 제2기 과세기간 중 서울특별시 ○○구 ○○로2가 16-8 소재 ○○교역(주)(106-81-*)로부터 교부받은 매입세금계산서(5매, 공급가액 198,757,000원)의 매입세액 19,875,700원을 청구법인의 1997년 제2기분 매출세액에서 공제하여 부가가치세액을 경정하고,

2. 청구법인의 1997사업연도 소득금액 계산에 있어서 동 매입세금계산서의 공급가액 198,757,000원을 청구법인의 손금에 산입하여 법인세과세표준과 세액을 경정하며,

3. 청구법인의 대표자에게 인정상여로 처분한 위 매입세금계산서 공급가액과 세액의 합계액 218,632,700원은 이를 취소합니다. [이유]

청구법인은 서울특별시 ○○○구 ○○○동 44-4에서 컴퓨터 등의 제조업을 영위하던 법인사업자로서 1997년 제2기 과세기간 중 서울특별시 ○○구 ○○로2가 16-8 소재 ○○교역(주)(106-81-*, 이하 "쟁점법인"이라 한다)로부터 매입세금계산서 5매 공급가액 198,757,000원(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)을 교부받고 이에 대한 매입세액 19,875,700원을 청구법인의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고납부하고, 그 공급가액 198,757,000원을 1999사업연도 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다. 처분청은 용산세무서장이 쟁점법인에 대한 세무조사에서 쟁점법인에서 1997년 제2기 과세기간 중 가공매출세금계산서(3개 업체, 7매, 공급가액 1,135,199천원)를 발행하였다고 하여 2002.12.23. 용산경찰서에 자료상으로 고발하고 처분청에 통보한 위장가공자료에 의하여 청구법인이 쟁점법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 이에 대한 매입세액을 불공제하고 그 공급가액을 손금불산입하여 2003.2.10. 청구법인에게 1997년 제2기 부가가치세 25,838,410원 및 1997사업연도 법인세 83,863,450원(2003.5.29. 74,424,810원으로 경정되었음)을 경정고지하고, 쟁점세금계산서의 공급가액과 세액의 합계액 218,632,700원을 청구법인의 대표자에 대한 인정상여로 처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.2.17. 이의신청을 거쳐 (2003.3.26. 기각결정) 2003.7.7. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 쟁점법인으로부터 TV수신카드 제조용 전자부품을 구입하고 쟁점 세금계산서를 교부받은 것으로 그 물품구입대금은 어음과 현금으로 지급하였고, 당시 쟁점업체는 ○○전자의 대리점으로 정상적으로 영업을 하면서 청구법인과 실제로 거래한 사실이 쟁점법인의 외상매출장부, 어음사본, ○○전자의 제품거래내역 확인서, 생산담당 직원들의 사실확인서 등에 의하여 확인되는바, 쟁점세금계산서는 실지거래에 따라 수취한 정당한 세금계산서임에도 처분청이 쟁점법인이 자료상으로 고발되었다는 사유만으로 아무런 확인도 없이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 공제부인하고 그 공급가액을 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 과세하고, 그 공급대가를 대표자 상여처분함은 부당하다.

청구법인은 자료상으로 고발딘 쟁점법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 가공거래 혐의를 받고 있으며, 청구법인이 제시하고 있는 외상매출장 등의 자료는 실지거래 증빙으로 불충분하고 그 외 청구법인은 거래내역을 구체적으로 확인할 수 있는 세금계산서 등의 기본적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점법인과 실제로 거래하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다.

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서 생략) 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략)

○ 구 법인세법(1996.12.30. 법률 제5192호 개정) 제9조 (각사업연도의 소득)

① 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.

○ 구 법인세법시행령 제12조 (수익과 손비의 정의)

② 법 제9조 제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

2. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용

○ 구 법인세법 제32조 (결정과 경정)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.

○ 구 법인세법시행령 제94조 의 2 (소득처분)

① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타소득ㆍ기타사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 출자자(임원인 출자자를 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 한다.
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 1997년 제2기 중 쟁점법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서의 매입세액 19,875,700원을 청구법인의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고, 그 공급가액 198,757,000원을 청구법인의 1997사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고한 사실이 국세청 전산조회자료 및 처분청의 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

② 용산세무서장은 쟁점법인에 대한 조사결과 쟁점법인이 1997년 제2기 과세기간 중 3개 업체에 7매의 가공매출 세금계산서(공급가액 1,135,199천원)를 발행하였다고 하여 2002.12.23. 쟁점법인과 실제 행위자인 청구외 함△△를 자료상으로 확정하여 용산경찰서에 고발하고, 쟁점세금계산서를 위장가공자료라고 하여 처분청에 과세자료 통보하였음이 용산세무서의 자료상조사 복명서 및 고발서, 과세자료통보서 등에 의하여 확인된다.

③ 처분청은 위 위장가공자료에 의하여 청구법인이 쟁점법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 그에 대한 매입세액을 공제하지 아니하고, 그 공급가액을 손금에 산입하지 아니하여 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였음이 경정결의서에 의하여 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 쟁점세금계산서에 대한 처분청의 2003년 1월 과세자료처리 복명서를 보면, 처분청은 청구법인이 1998.11.24. 폐업하였고 거래처인 쟁점법인은 2002.12.23. 용산경찰서에 자료상으로 직고발 되었으며, 용산세무서에서 2002.12.23. 처분청에 통보한 1997년 제2기분 위장가공자료는 시효가 임박한 자료라고 하여 별도의 소명절차 없이 쟁점세금계산서를 가공매입자료로 보고 즉시 청구법인에게 이 건 법인세 및 부가가치세를 경정고지한 사실이 확인된다.

② 한편 용산세무서의 자료상조사복명서에 의하면 쟁점법인은 ○○전자(주)의 반도체 대리점으로 1988.2.1. 설립하여 주로 가전 및 전자제품에 소요되는 반도체 칩의 도소매업을 영위하다가 1998년 ○○산업(주), 쟁점법인, ○○제강(주)의 상호간 지급보증으로 인한 연쇄부도로 2000.1.1. 폐업하였음이 확인되며, 또한 용산세무서장은 쟁점법인이 1997년 제2기 중 ○○전자(주)의 만도체 대리점으로 실지로 사업을 영위하였음이 확인되나 동 과세기간 중쟁점법인이 3개 업체[링크(주), 통상(주), (주)]에 공금가액 1,135,199천원의 가공세금계산서 7매를 교부한 사실을 확인하고 청구법인을 자료상으로 확정하여 2002.12.23. 쟁점법인과 대표이사 함△△를 용산경찰서에 고발하였음이 확인된다.

③ 또한 용산세무서장은 2002.12월 쟁점법인의 매출처에 대한 실지거래여부에 대한 소명을 요구하여 소명자료를 제시한 업체 중 20개 업체(2,180,111천원)는 정상거래로 인정하고, 나머지 26개의 업체(3,683,755천원)는 위장가공거래 혐의자로 분류하여 이들 업체와 소명자료를 제시하지 아니한 188개 업체(1,128,572천원) 전부에 대하여 위장가공자료로 과세자료를 통보하였으며, 청구법인은 쟁점법인에 대한 조사당시 이미 폐업되어 소명자료를 제출하지 못하였음이 조사관련 서류 및 국세청 전산조회자료 등에 의하여 확인된다.

④ 청구법인은 당시 청구법인의 주생산제품인 TV수신카드를 제조하면서 주요 필수부품인 DPX1021, KS0122-S, KA34063A를 쟁점법인으로부터 실제로 매입하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것이 사실이며, DPX1021은 청구법인의 발주에 따라 (주)○○전자가 생산하고 (주)○○전자의 반도체 판매대리점인 쟁점법인을 통하여 청구법인이 공급받은 전자부품으로 청구법인 외에는 사용할 수 없는 주문형 반도체이고, 청구법인이 제조하는 TV수신카드는 (주)○○전자에서 생산한 DPX1021칩이 없으면 만들 수 없는 것이라고 주장하면서 청구법인은 부도로 인하여 1998.11.24. 폐업한 관계로 세금계산서 및 관련 장부를 보관하고 있지 아니하여 거래사실을 입증할 수 있는 청구법인의 장부는 제시하지 못하고, 대신 쟁점법인의 외상매출장부, 어음사본, (주)○○전자의 제품거래내역 확인서, 납품담당직원의 거래사실확인원, 청구법인의 생산담당직원들의 사실확인서 등을 제시하고 있다.

⑤ 쟁점법인은 청구법인에 대한 채권회수를 위하여 1998.9.22. 용산 전자단지 우체국에서 쟁점법인의 외상매출장을 첨부하여 청구법인에게 내용증명서를 보낸 사실이 동 내용증명서 등에 의하여 확인되는바 이를 살펴보면, 첫째, 쟁점법인이 청구법인에게 납품한 물품대금 미수금 및 수금한 어음과 당좌수표 부도금액은 1997.11월가지 총 97,877,282원으로 쟁점법인이 청구법인에게 수차에 걸쳐 입금독촉을 하였으나 아무런 조치가 없어 동 미수금에 대하여 1998.9.30.까지 변제할 것을 청구법인에게 요구하였음이 동 내용 증명서에 의하여 확인되고, 둘째, 청구법인에 대한 쟁점법인의 외상매출장(수기로 작성된 원시장부)에 의하면 1996년 청구법인에 대한 매출로 1997.1.3. 현재 이월된 외상매출금이 29,327,500원이고 이 중 1997년에 5,000,000원이 5차례에 걸쳐 현금 등으로 입금되고 24,327,500원이 잔액으로 남아 있으며, 청구법인에 대한 1997년의 매출총액은 463,867,637원(공급대가)이고 이 중 1997년 398,937,287원이 당좌수표 등으로 입금되고 1997년 말 현재 64,930,350원이 잔액으로 남아 있음이 확인되고, 그 중 청구법인이 1997.11.10. 결재한 어음 11,200,000원(자가 01040486, 지급기한 1998.1.23.)이 부도가 되어 청구법인이 1998년 2월에 일부(2,580,568원)를 현금으로 지급하고 8,613,423원이 남아 있어 청구법인이 내용증명을 받을 당시 청구법인의 쟁점법인에 대한 외상매입채무는 97,877,282원임이 청구법인의 대표이사의 진술 등에 의하여 확인된다. 셋째, 또한 쟁점법인이 작성한 위 수기장부에 의하면 청구법인 1997년도 중 쟁점법인으로부너 DPX1021, KS0122-S, KA34063A 등 3가지의 부품을 구입한 것으로 나타나며, 이들 각각에 대한 청구법인의 개당 구입단가(공급가액)는 DPX1021은 4,224원이고 KA34063A는 330원으로 연중 변함이 없이 동일하나, KS0122-S는 연초 7,500에서 시작하여 7,200원으로 하락하였다가 연말에는 6,950원까지 점차적으로 하락한 것으로 나타나고 있고, 청구법인이 제작하는 TV수신카드에는 필수적으로 DPX1021, KS0122-S, KA34063A가 각각 1개씩 소요됨이 TV수신카드에 대한 사진 등에 의하여 확인되므로 청구법인은 쟁점법인으로부터 위 3가지 부품을 동일한 개수로 구입하였다고 판단된다. 넷째, 한편 청구법인이 제출한 외상매출장은 1998.9.22. 쟁점법인이 청구법인에게 발송한 내용증명에 첨부된 것으로서 청구법인에 대한 1996년도 외상 매출액 중 1997년으로 이월된 부분(1장)과 1997년도 매출액 중 1~3월과 11월의 거래분(3장)만 있고 4~10월 거래분에 대하여는 장부가 없어 구체적은 거래내용을 확인할 수는 없으나 이는 수기로 작성된 원시장부로서 그 거래품목과 작성내용 및 연간 매출액, 2002년 12월 용산세무서의 조사 당시 이미 쟁점법인은 1998년 초 부도로 인하여 폐업되고 없어진 사실 등에 비추어 볼 때 동 외상매출장부는 추후에 작성된 것이 아니라 당시에 작성된 진실한 장부라고 보여진다.

⑥ 청구법인은 (주)***프라자에게 의뢰하여 DPX1021칩을 개발하고 제품은 ○○전자(주)가 생산하고 쟁점법인을 통하여 청구법인에게만 공급하도록 계약한 사실이 이들 세 법인이 1996.4.29. 작성한 CUSTOM I.C 개발 및 공급 구매계약서에 의하여 확인되고, 이에 따라 ○○전자(주)가 DPX1021칩을 생산하고 쟁점법인을 통하여 청구법인에게 공급하였으며, 1997년에 청구법인에게 공급한 DPX1021은 모두 35,401개(1월 5,000개, 3월 5,000개, 4월 5,000개, 5월 4,581개, 6월 5,000개, 9월 1,000개, 10월 4,013개, 11월 5,807개)임이 ○○전자(주)의 반도체 판매사업부 국내영업팀 담당 허△△과 주고받은 E-메일 내용과 제품거래내역확인서, ○○전자(주)의 대표이사 윤△△의 제품거래내역확인서에 의하여 확인되므로 청구법인은 1997년 중에 쟁점법인으로부터 DPX1021칩을 35,401개를 구입한 것이 사실이라고 판단된다.

⑦ 또한 당시 쟁점법인의 직원으로서 청구법인에게 제품공급을 담당했던 청구외 김△△는 당시 쟁점법인이 청구법인에게 위의 제품을 공급한 것이 사실이며 DPX1021칩은 청구법인에게 디자인하여 ○○전자(주)에 생산위탁한 제품으로 타사는 사용할 수 없고, 청구법인이 필요량을 주문하면 ○○전자(주)에서 생산하여 ○○반도체 대리점인 쟁점법인에서 납품대행을 한 것이며 DPX1021, KS0122-S, KA34063A는 청구법인이 생산하던 TV수신카드에 세트로 사용되던 제품임을 확인하고 있다.

⑧ 아울러 당시 청구법인에서 생산담당 책임자인 청구외 박△△과 직원들인 청구외 임△△, 황△△, 신△△, 이△△도 당시 청구법인에서 TV수신카드(VT-100 Plus, VT-200 Remocom, VT-300 FM Radio)을 생산하면서 핵심부품인 DPX1021(주문형 반도체), KS0122-S, KA34063A를 쟁점법인에서 매월 공급받아서 제품을 생산한 것이 사실임을 확인하고 있다.

⑨ 한편 쟁점법인의 외상매출장에 의하면 1997년 중 쟁점법이니 청구법인에게 공급한 DPX1021, KS0122-S, KA34063A의 세트당 가액은 최고 12,054원에서 최하 11,504원으로 확인되므로 이를 ○○전자(주)에서 생산하여 쟁점법인을 통하여 청구법인이 구입한 DPX1021의 연간 구입량 35,401개로 환산하면 연간 공급가액이 최고 426,723,654원에서 최저 407,253,104원이 되므로 쟁점법인의 외상매출장의 공급가액 421,697,851원은 동 금액의 사이에 있는 금액으로 그 거래내역이 사실이라고 보여진다.

⑩ 또한 청구법인이 대금지급에 대한 증빙으로 제출한 은행보관 약속어음을 보면 1997,8.27. 만기 어음 23,275,000원은 (주)○○정밀에서 발행한 것으로 청구법인이 이서하여 쟁점법인에게 지급된 사실이 확인되고, 1998.1.20. 만기어음 34,893,860원은 하여 ○○특수화학(주)가 발행한 것으로 청구법인이 1997.11.10. 이서하여 쟁점법인에게 제품구입대금으로 지급한 사실이 쟁점법인의 외상매출장 및 동 어음사본에 의하여 확인될 뿐만 아니라, 동 외상매출장에 의하여 확인되는 1997년 10월과 11월의 공급가액은 94,577,860원으로 국세청 전산조회자료에 의한 청구법인의 1997년 제2기 확정분 매입가액 94,577천원과 일치하고 있는 점 등으로 보아 청구법인이 쟁점법인과 실제로 거래한 것이 사실이라고 판단된다.

⑪ 따라서 쟁점법인은 100% 자료상이 아니라 당시 ○○전자(주) 반도체 판매대리점으로서 정상적으로 사업을 영위한 사실이 확인되고 청구법인이 쟁점법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 실지거래에 의하여 교부받은 정당한 매입세금계산서라고 인정되므로 이에 대한 매입세액은 청구법인의 1997년 제2기분 매출세액에서 공제하여야 하고 그 공급가액은 청구법인은 1997년 사업연도 소득금액계산에 있어서 이를 원가로 인정하여 손금에 산입함이 타당하다고 판단된다.

(3) 그러하다면, 용산세무서에서 쟁점법인에 대한 조사시 청구법인이 이미 폐업하여 실지거래여부 조회에 대한 회신을 하지 못하였음에도 그에 대한 회신이 없다고 하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하고, 이에 따라 처분청은 시효가 임박한 자료라고 하여 곧바로 쟁점세금계산서를 가공매입 자료로 보아 이에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 그 공급가액을 손금불산입하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세하고 그 공급가액과 세액의 합계액을 대표자에 대한 상여로 처분함은 사실관계의 조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 법인세법 제14조 / 법인세법 제66조 / 법인세법시행령 제106조 /