가공의 공사원가로 과세한 매입세금계산서상 가액이 전 대표자 급여라는 주장이 맞는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 기계설비공사업(상호:주식회사○○엔지니어링)을 영위하였던 법인으로서, 1999년 제2기 과세기간 중에 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구외 ○○산업(이하 “○○산업” 이라 한다)으로부터 공급가액 26,182,928원의 매입세금계산서 3매와 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구외 ○○산업주식회사(이하 “○○산업” 이라 한다)으로부터 공급가액 40,495,821원의 매입세금계산서 5매를 교부받아 합계 66,678,749원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)을 공사원가로 계상하였고, 처분청은 쟁점금액이 자료상자료라는 ○○지방국세청장의 과세자료통보내용에 따라 가공원가로 보아 1999.01.01~12.31 사업연도 법인세 18,140,560원을 2002.09.09. 청구법인에게 결정ㆍ고지 및 청구외 송○○에게 61,120,590원을 상여처분하여 소득금액변동통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.12.12. 이의신청을 거쳐 2003.03.12. 심사청구를 하였다.

청구법인은 ○○우편집중국 기계설비공사와 관련하여 청구외 ○○조달사무소로부터 공사대금 287,700,000원을 청구법인의 ○○동○○은행통장을 통하여 1999.12.22. 입금 받았고, 다음날 청구법인의 사장이었던 청구외 김○○가 동 금액을 인출하여 청구외 합자회사○○종합설비의 대표사원인 청구외 이○○의 동생인 청구외 이○○의 예금계좌에 공사미지급금 211,545,000원을 송금하고, 잔액 76,155,000원 중 46,155,000원은 수표로, 30,000,000원은 현금으로 인출 당사자인 청구외 김○○가 본인의 급여로 가져간 사실이 있는 바, 전 사장인 청구외 김○○가 본인의 급여로 인출하여 간 76,155,000원은 청구법인의 비용으로 장부에 계상하여야 함에도 업무인수인계과정에서 이를 누락하고, 부득이 ○○산업과 ○○산업에서 쟁점금액의 가공세금계산서를 수취하여 공사원가를 가공계상한 것은 인정한, 상기와 같이 76,155,000원은 청구외 김○○의 급여로 지급된 것이 확인되므로 청구법인의 손금으로 인정되어야 하고, 이 건 공사비 가공계상과 관련하여 전 대표이사인 청구외 송○○은 아무 관련이 없으므로 실제 귀속자인 청구외 김○○에게 상여로 처분하여야 할 것이다.

○○지방국세청장 자료상추적조사 결과, ○○산업과 ○○산업은 자료상으로 직고발된 업체이며, 청구법인은 동 자료상으로부터 수취한 쟁점금액의 세금계산서와 관련하여 가공원가를 계상한 바, 이를 손금불산입하여 1999.01.01~12.31 사업연도 법인세과세 및 당시 대표이사에게 상여처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액의 거래를 가공거래로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세하고 대표자에게 상여처분한 것이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제19조 【손금의 범위】 제1항 및 제2항에서는 『① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 제67조 【소득처분】 에서는 『제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제106조 【소득처분】 제1항에서는 『법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.』라고 규정하면서, 그 제1호에서는 『익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.(이하생략)』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999년 제2기 가세기간 중에 ○○산업과 ○○산업으로부터 쟁점금액의 가공세금계산서를 교부받아 가공원가를 계상하였고, 처분청은 쟁점금액이 자료상자료라는 ○○지방국세청장의 과세자료통보내용에 따라 가공원가를 손금불산입하여 1999.01.01~12.31 사업연도 법인세 18,140,560원을 청구법인에게 결정ㆍ고지하고, 청구법인의 대표이사 청구외 송○○에게 61,120,590원 및 전 대표이사 청구외 김○○에게 12,224,110원으로 안분하여 상여처분 후 소득금액변동통지를 한 것을 심리자료에 의하여 알 수 있다.

(2) ○○산업과 ○○산업은 ○○지방국세청장의 자료상추적조사에 의하여 자료상으로 확정되어 2002.02.14. 각각 검찰에 직고발된 것이 고발서 사본에 의하여 알 수 있고, 청구법인이 이들 자료상으로부터 쟁점금액의 가공세금계산서를 교부받아 매입세액공제를 받은 것에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구주장에 대하여 살펴보면, 첫째, 청구법인은 ○○우편집중국 기계설비공사와 관련하여 청구외 ○○조달사무소에 공급가액 261,545,454원의 매출세금계산서 1매를 1999.12.20. 발행교부하고, 공사대금 287,700,000원(부가가치세포함)을 청구법인의 ○○동○○은행통장(계좌번호: ○○○○○○-○○○○○○○-○○)을 통하여 1999.12.22. 입금 받았고, 둘째, 청구법인 명의로 동 금액을 1999.12.23. 인출하여, 같은 날 청구외 이○○의 ○○은행계좌(계좌번호: ○○○-○○-○○○○○○)에 211,545,000원을 송금한 것이 체신예금지급청구서사본 및 무통장사본 3매에 의하여 알 수 있으며, 이 때 송금의뢰인은 청구외 김○○로 되어 있다. 셋째, 상기와 같이 입금 의뢰인이 전 사장인 청구외 김○○로서 청구외 합자회사○○종합설비의 대표사원인 청구외 이○○의 동생인 이○○에게 공사미지급금을 송금한 사실이 입증되듯이 같은 날 인출된 금액의 잔액 76,155,000원도 청구외 김○○가 46,155,000원은 수표로, 30,000,000원은 현금으로 인출하여 본인의 급여로가져갔다고 주장하나, 청구법인의 직인이 날인된 체신예금 지급청구서 사본에는 ‘수표 46,155,000, 현금 30,000,000 ’ 으로 수기로 기재되어 있을 뿐이다.

(4) 청구외 합자회사○○종합설비의 등기부등본의 사원ㆍ청산인에 관한 사항을 살펴보면, 청구외 이○○는 1996.02.27. 퇴사등기한 것으로 보아 청구외 합자회사○○종합설비와는 아무 관련이 없어 보이는 반면에, 청구법인은 공사미지급금을 지급한 것이라고 하나 공사계약서 등 관련 증빙을 제시하지 못하였고, 청구법인은 1999년 제2기 과세기간 중 청구외 합자회사○○종합설비와 거래사실이 전혀 없는 것이 국세통합전산망(TIS)에 의하여 확인된다.

(5) 또한, 청구법인은 전 사장인 청구외 김○○에게 급여로 76,155,000원을 지급된 것이 확인되므로 손금인정 및 쟁점금액을 청구외 김○○에게 상여처분할 것을 주장하나, 청구법인의 직인이 날인된 체신예금 지급청구서 사본에는 ‘수표 46,155,000, 현금 30,000,000 ’ 으로 수기로 기재되어 있으므로 청구외 김○○가 가져간 금액이라는 청구주장 이외에 동 금액을 청구외 김○○가 실제로 수령하였는지 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙은 제시된 바 없고, 청구법인의 장부에도 급여지급액으로 장부에 계상된 사실이 없는 것을 심리자료에 의하여 알 수 있다.

(6) 처분청은 쟁점금액의 가공원가와 관련하여 손금불산입 후 청구법인의 대표자 청구외 송○○에게 61,120,560원, 전대표자 청구외 김○○에게 12,224,110원으로 안분하여 상여처분한 바, 청구법인의 1999.01.01~12.31 사업연도 주식변동상황명세서에는 기초에는 청구외 김○○의 지분율이 35%로 제일 많았으나, 기말에는 청구외 김○○의 지분은 없고, 청구외 송○○이 30%로 제일 많은 것이 확인되고, 청구외 김○○는 청구법인의 설립일(1995.08.16)이래 청구법인의 주주였거나, 대표이사로 재직한 사실이 없음이 심리자료에 의하여 알 수 있다.

(7) 위 사실들을 종합하여 보면, 청구법인의 청구외 ○○조달사무소에 대한 공사수입금액 287,700,000원은 전액 출금하여 청구외 합자회사○○종합설비에 대한 공사미지급금 지급과 청구법인의 전 사장인 청구외 김○○에게 급여로 지급되었다고 주장하나, 상기 (4), (5)와 같이 그 사실이 확인되지 않으므로, 처분청이 쟁점금액의 가공원가를 손금불산입하고, 청구법인의 대표자 청구외 송○○ 등에게 재직월수에 따라 안분계산하여 상여로 처분한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.