가공거래로 과세한 매입세금계산서상 가액이 실지운송용역 대가에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2003.02.04. 청구법인에게 결정고지한 2000.01.01~12.31 사업연도 법인세 5,042,020원은 청구외 ○○통운주식회사로부터 2000년 제2기 과세기간 중에 매입한 공급가액 7,596,666원을 손금불산입 대상에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 택배업(상호: ○○택배주식회사)을 영위하고 있는 법인으로서, ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 청구외 ○○통운주식회사(이하 “○○통운” 이라 한다)로부터 2000년 제1기 공급가액 12,900,000원의 매입세금계산서 3매를 교부받아 손금에 산입하여 2000.01.01~12.31 사업연도 법인세를 신고하였다.

○○지방국세청장은 자료상추적조사에서 자료상으로 확인된 ○○통운이 청구법인에게 매출하였다고 신고한 2000년 제1기 공급가액 12,900,000원, 2000년 제2기 공급가액 7,596,666원 합계 20,496,666원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)을 청구법인의 가공매입자료로 처분청에 통보하였고, 처분청은 통보된 과세자료통보내용에 따라, 2000년 제1기 부가가치세 2,272,980원, 2000년 제2기 부가가치세 1,268,160원 및 2000.01.01~12.31 사업연도 법인세 5,042,020원을 2003.02.04. 청구법인에게 경정고지하고, 청구법인의 대표이사인 청구외 민○○에게 2003.02.08. 상여처분(22,545,600원) 하였다.(처분청은 이의신청과정에서 2000년 제2기 공급가액 7,596,666원은 매입세액공제 받은 사실이 없음을 확인하고 2000년 제2기 부가가치세 1,268,160원은 직권시정함) 청구법인은 이에 불복하여 2003.02.18. 이의신청을 거쳐 2003.05.28. 심사청구를 하였다.

쟁점금액 중 2000년 제2기 공급가액 7.596.666원은 당초 운송원가에 산입하지 아니하였으므로 이를 차감하여야 하고, 또한 2000년 제1기 공급가액 12,900,000원도 ○○통운의 지입차주인 청구외 박○○과 계약한 화물운송계약내용 및 은행송금을 통한 결재대금내역과 같이 청구외 박○○과 실제거래를 하였으나, 청구외 박○○이 미등록사업자인 관계로 지입회사인 ○○통운으로부터 쟁점금액의 세금계산서를 수취하였을 뿐이므로 이를 손금에 산입하여야 한다.

청구법인은 ○○통운의 지입차주인 청구외 박○○과의 실제거래를 주장하나, ○○통운은 ○○지방국세청장의 자료상추적결과 자료상으로 확인되어 ○○경찰서에 직고발된 업체인 반면에, 구체적인 거래사실을 증명할 수 있는 관련자료는 제출하지 못하므로, 이건 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액의 거래를 가공거래로 보아 법인세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제19조 【손금의 범위】 제1항 및 제2항에서는 『① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다를 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 제67조 【소득처분】 에서는 『제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제106조 【소득처분】 제1항에서는 『법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.』라고 규정하면서, 그 제1호에서는 『익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여(이하생략)』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○통운으로부터 쟁점금액의 매입세금계산서 5매를 교부 받았으나, 그 중 2000년 제2기분 7,596,666원에 대하여는 매입세액공제 및 손금산입한 사실이 없고, 2000년 제1기분 12,900,000원만 매입세액공제 및 법인 소득금액 계산시 손금에 산입한 사실을 관계서류에 의하여 알 수 있다.

○○지방국세청장은 ○○통운에 대한 자료상조사를 한 후, ○○통운이 청구법인에게 매출한 것으로 신고한 쟁점금액을 가공거래혐의자료로 처분청에 통보하였고, 이에따라 처분청은 2000년 제1기 부가가치세 2,272980원, 2000년 제2기 부가가치세 1,268,160원 및 2000.01.01~12.31 사업연도 법인세 5,042,020원을 2003.02.04. 청구법인에게 경정고지 및 청구법인의 대표이사인 청구외 민○○에게 2003.02.08. 상여처분(22,545,600원) 하였다가, 이의신청과정에서 2000년 제2기 공급가액 7,596,666원은 매입세액공제 받은 사실이 없음을 확인하고, 2000년 제2기 부가가치세 1,268,160원은 직권시정 하였으나 법인세는 경정하지 않았음이 심리자료에 의하여 알 수 있다.

(2) 청구법인은 쟁점금액 중 2000년 제1기분 12,900,000원에 대하여 청구외 박○○과 실지 거래하였으나, 그가 사업등록이 없는 관계로 세금계산서만 ○○통운에서 교부받았다고 주장하면서 청구외 박○○에게 지급한 금융증빙 등을 제시하므로, 이를 살펴보면, 첫째, 청구외 박○○(주민등록번호: ○○○○○○-○○○○○○○)은 청구법인의 주장대로 미등록사업자임이 국세통합전산망(TIS)에 의하여 확인되나, 운송용역제공에 사용된 차량인 5톤 화물차(차량번호: ○○ ○○○○ ○○○○)의 소유주는 청구외 박○○이 아닌 ○○통운임이 차량등록증사본에 의하여 알 수 있고, 둘째, 청구외 박○○과 실제 거래하였다는 증거로 화물운송 용역 계약서 사본을 제출하였으나, 동 계약체결일이 2000.03.28.인데 계약기간은 2000.02.14.부터 용역제공을 개시한 것으로 되어 있어, 시간의 흐름상 모순되어 동 계약서의 신빙성에 의문이 가고, 셋째, 대금지금내역은 아래와 같다고 주장한, 쟁점금액과 관계된 기간인 2000.02.14.부터 2000년 03월말까지는 대금지급사실이 전혀 나타나지 아니하고, 관련 부가가치세 1,290,000원은 2000.07.26. ○○통운의 ○○중앙회계좌에 예금이체 하였다고 하나, 관련 이체증빙은 제시하지 아니하여 그 지급사실을 확인할 수 없으며, 지급수단이 공제로 되어 있는 합계 2,700,000원은 운송도중 사고 등의 대비로서 청구법인이 예치한 운송보증금에서 운송용역대가에서 차감한 금액이라고 하나, 청구법인이 청구외 박○○에 대하여 운송보증금을 예치한 증거서류를 제시하지 못하고 있으며, 청구외 박○○은 차량을 소유한 사실이 확인되지 아니한 점 등을 종합하여 보면, 쟁점금액 중 12,900,000원은 청구외 박○○과 실제거래 하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 지급일자 지급액 지급수단 은 행 명 지급받는자 비고 2000.05.03 3,550,000 예금이체

○○은행 박○○ 2000.05.03 750,000 공 제

• ″ 운송보증금회수 2000.06.02 2,765,000 예금이체

○○은행 ″ 2000.06.02 750,000 공 제

• ″ 운송보증금회수 2000.06.10 785,000 현금지급

• ″ 2000.07.28 3,100,000 예금이체

○○은행 ″ 2000.07.26 1,290,000 예금이체

○○중앙회

○○통운 부가가치세지급 2000.07.28 1,200,000 공 제

• 박○○ 운송보증금회수 합 계 14,900,000

(3) 그러나, 처분청의 결정내용 중 이의신청과정에서 직권시정하여 2000년 제2기 공급가액 7,596,666원에 대한 부가가치세는 취소된 것이 확인되나, 동 금액과 관련된 법인세와 대표자상여처분금액은 감액되지 않은 것이 확인되므로 이 부분은 손금불산입 및 상여처분에서 제외하여야 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.