중소기업에 대한 특별세액감면계산시 감면대상사업이 2개 이상인 경우 감면대상소득계산방법

○○세무서장이 2003.2.3. 청구법인에게 경정고지한 2001.1.1. ~ 12.31. 사업연도 법인세 12,688,620원은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 철강관연결구류 제조업을 운영하는 사업자로서, 2001. 1. 1∼ 12. 31. 사업연도법인세 과세표준 및 세액신고시 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별세액감면 16,171,030원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 공제하여 신고하였다. 처분청에 대한 2002. 11. 7. ○○지방국세청의 정기업무감사시 청구법인이 2001. 1. 1∼12. 31 사업연도에 공제받은 쟁점금액의 계산시 감면제외소득인 160,150,752원의 이자수익 등(수입이자 160,037,244원, 유가증권처분이익 16,911원, 유형자산처분이익 96,597원, 이하 "쟁점감면제외소득" 이라 한다)이 감면대상소득에 포함되어 법인세가 과다하게 감면되었다는 감사지적에 따라, 처분청은 쟁점감면제외소득을 법인세 과세표준에서 제외하고 감면세액을 재계산하여 2003. 2. 3.청구인에게 2001. 1. 1. ∼12. 31. 사업연도 법인세 12,688,620원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003. 5. 2. 심사청구를 하였다.

청구법인은 2001. 1. 1.∼ 12. 31. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 제조업 소득으로 351,455,545원, 도매업소득으로 -276,236,889원, 기타 소득으로 160,150,752원, 합계 235,369,408원을 각 사업연도소득 및 과세표준으로 신고하고, 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별세액감면 계산시 제조업소득 전부를 감면대상소득으로 보아 제조업소득 중 각 사업연도 소득금액 범위내인 235,369,408원에 대하여 30%의 감면율을 적용하여 쟁점금액을 공제하였는바, 이는 감면대상사업이 2개 이상인 경우 법인세법 제59조 제2항 에 의하여 감면세액을 계산할 때 감면대상사업소득을 합산하는 것이 아닌 각 감면대상사업의 소득별로 감면율을 적용하여 감면세액을 계산한 것(같은 뜻: 서이46012-10133, 2003.1.21.)으로 당초 신고내용은 정당함에도 처분청이 제조업소득에서 도매업소득을 차감한 75,218,656원을 감면대상 소득으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별세액감면 계산방법은 법인세법 제52조 제2항 에서 "감면 또는 면제되는 소득이 과세표준에서 차지하는 비율"로 규정하고 있는데 이는 감면소득과 과세소득만을 구분하는 것으로 해석하는 것이 중소기업 특정업종의 감면을 하고자하는 법 취지에 맞는 것으로 보여지므로 감면율이 다른 각 소득별로 감면세액을 계산해야 한다는 청구법인의 주장은 설득력이 없으며 기타소득 160,037,244원은 감면대상소득이 아님이 확인됨으로 과세표준에서 기타소득을 차감하여 감면세액 계산하여 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별세액감면 계산시 감면대상사업이 2개 이상인 경우 감면대상소득금액을 각각의 감면대상소득의 합계액으로 계산한 당초 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업”이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업”이라한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다): 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은100분의 10)

2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(특별부가세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.

③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인등이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법 등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 조세특례제한법 기본통칙 6-0...3 【감면대상소득의 범위】 법 제6조 제1항 및 제2항ㆍ제7조 제1항ㆍ제63조 제1항ㆍ제64조 제1항ㆍ제66조 제1항ㆍ제67조 제1항ㆍ제68조 제1항의 규정에 의한 세액감면 대상소득에는 이자수익·유가증권처분이익 등은 포함되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2001. 1. 1.∼ 12. 31. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 제조업소득으로 351455,545원, 도매업소득으로 -276,236,889원, 기타소득으로 160,150,752원, 합계235,369,408원을 각 사업연도소득 및 과세표준으로 신고하고, 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별 세액감면 계산시 제조업소득 전부를 감면대상소득으로 보아 제조업소득 중 각 사업연도 소득금액 범위내인 235,369,408원에 대하여30%의 감면율을 적용하여 쟁점금액의 특별감면세액을 공제하였음이 처분청에서 제시한 심리자료에 의거 확인된다.

(2) 2002. 11. 7. ○○지방국세청의 처분청에 대한 정기업무감사시 청구법인이 2001. 1. 1∼12. 31 사업연도에 공제받은 쟁점금액은 감면제외 소득인 160,150,752원의 이자수익 등(수입이자 160,037,244원, 유가증권처분이익 16,911원, 유형자산처분이익 96,597원)이 감면대상소득에 포함되어 법인세가 과다하게 감면되었다는 감사 지적에 따라, 쟁점감면제외소득을 법인세 과세표준에서 제외하고 감면세액을 재계산하여 이 건 고지하였음이 처분청에서 제시한 심리자료에 의거 알 수 있다.

(3) 청구법인은 감면대상사업이 2개 이상인 경우 법인세법 제59조 제2항 에 의하여 감면세액을 계산할 때 감면대상사업소득의순액이 아닌 각 감면대상사업의 소득에 감면율을 적용하여 감면세액을 계산하여야 하는 것이므로 처분청이 제조업소득에서 도매업소득을 차감한 75,218,656원을 감면대상소득으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별세액감면 계산시 감면율이 다른 2개 이상의 감면대상사업을 겸영하는 경우에는 각각의 감면소득에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면의 감면율을 적용하는 것(같은뜻: 서이46012-10188, 2003. 1. 27)으로 이는 각 사업연도소득금액에 대한 산출세액에서 감면율이 다른 소득금액이 영향을 주는 비율만큼 감면하여 주는 것이므로, 따라서 법인세법 제59조 의 규정에 따라 감면세액을 계산함에 있어서 감면대상소득은 각 사업연도소득금액 범위내의 각각의 감면대상소득이라 할 수 있다.

(4) 위 사실을 종합하여 보면, 처분청은 감면대상사업이 2개 이상인 경우의 감면세액을 계산시 각 사업연도소득금액을 감면대상소득의 순액과 감면제외소득으로 구분하였으나, 청구법인과 같이 감면율이 서로 다른 제조업(감면율 30%)과 도매업(감면율 10%)을 겸영하는 경우로서 각 사업연도소득 금액중 도매업부문은 결손이고 제조업소득과 기타 과세소득은 소득금액이 발생되어 각소득을 합산하면 산출세액이 계산되었을 때에는 법인세법 제59조 의 감면소득금액은 각 사업연도소득금액 범위내의 각각의 제조업소득과 도매업소득이고, 따라서 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별감면세액은 감면대상사업별로 계산하여야 할 것이므로, 이건의 경우 제조업소득 351,455,545원 중 2001.1.1∼12.31사업연도 각 사업연도소득금액(235,369,408원) 범위내인 235,369,408원을 감면대상소득금액으로 하여 특별감면세액을 계산하여야 함에도, 처분청이 청구법인의 제조업소득과결손이 발생한 도매업소득을 합산한 소득을 감면소득금액으로 계산한 처분은 법률관계를 오인한 잘못된 처분이라고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.